contrib/SpectrumLibraryExport/src/satoshi/CreateLibraryExportJob.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3700 07 May 10 fredrik 1 package satoshi;
3700 07 May 10 fredrik 2
3700 07 May 10 fredrik 3 import org.proteios.action.ProteiosAction;
3700 07 May 10 fredrik 4 import org.proteios.action.job.ListJobs;
3700 07 May 10 fredrik 5 import org.proteios.core.BooleanParameterType;
3700 07 May 10 fredrik 6 import org.proteios.core.DbControl;
3700 07 May 10 fredrik 7 import org.proteios.core.Directory;
3700 07 May 10 fredrik 8 import org.proteios.core.FloatParameterType;
3700 07 May 10 fredrik 9 import org.proteios.core.ItemFactory;
3700 07 May 10 fredrik 10 import org.proteios.core.ItemParameterType;
3700 07 May 10 fredrik 11 import org.proteios.core.Job;
3700 07 May 10 fredrik 12 import org.proteios.core.PluginDefinition;
3700 07 May 10 fredrik 13 import org.proteios.core.Project;
3700 07 May 10 fredrik 14 import org.proteios.core.StringParameterType;
3700 07 May 10 fredrik 15
3700 07 May 10 fredrik 16 import se.lu.thep.waf.ActionException;
3700 07 May 10 fredrik 17 import se.lu.thep.waf.constraints.InvalidParameterValue;
3700 07 May 10 fredrik 18
3700 07 May 10 fredrik 19 /**
3700 07 May 10 fredrik 20  * Creates an export job for each file id
3700 07 May 10 fredrik 21  * 
3702 10 May 10 fredrik 22  * @author satoshi
3700 07 May 10 fredrik 23  */
3700 07 May 10 fredrik 24 public class CreateLibraryExportJob
3700 07 May 10 fredrik 25     extends ProteiosAction<CreateLibraryExportJob>
3700 07 May 10 fredrik 26 {
3700 07 May 10 fredrik 27   @Override
3700 07 May 10 fredrik 28   protected void runMe()
3700 07 May 10 fredrik 29       throws ActionException, InvalidParameterValue
3700 07 May 10 fredrik 30   {
3700 07 May 10 fredrik 31     /*
3700 07 May 10 fredrik 32      * Get a valid list of file ids
3700 07 May 10 fredrik 33      */
3700 07 May 10 fredrik 34     // List<Integer> files = getValidIntegerList(FormFactory.VID);
3700 07 May 10 fredrik 35     Float fdr = getValidFloat(LibraryExportForm.FDRCUTOFF);
4545 26 Feb 14 fredrik 36     Float fragTol = getValidFloat(LibraryExportForm.FRAGMENTTOL);
3700 07 May 10 fredrik 37     String prefix2 = getValidString(LibraryExportForm.OUTFILENAME);
3700 07 May 10 fredrik 38     String prefix3 = getValidString(LibraryExportForm.OUTFILENAME2);
4264 26 Oct 11 fredrik 39     Boolean ssl = getValidBoolean(LibraryExportForm.SSLFORMAT);
3700 07 May 10 fredrik 40     Boolean msp = getValidBoolean(LibraryExportForm.MSPFORMAT);
4545 26 Feb 14 fredrik 41     Boolean eValue = getValidBoolean(LibraryExportForm.EVALUE);
4545 26 Feb 14 fredrik 42     if (eValue == null)
4545 26 Feb 14 fredrik 43       eValue = new Boolean(false);
4264 26 Oct 11 fredrik 44     if (ssl == null)
4264 26 Oct 11 fredrik 45       ssl = new Boolean(false);
4264 26 Oct 11 fredrik 46     if (msp == null)
4264 26 Oct 11 fredrik 47       msp = new Boolean(false);
4545 26 Feb 14 fredrik 48     if (!msp.booleanValue() && !ssl.booleanValue()){
4545 26 Feb 14 fredrik 49       throw new ActionException(
4545 26 Feb 14 fredrik 50         "Failed to initialize job. Missing output format");
3700 07 May 10 fredrik 51     }
4264 26 Oct 11 fredrik 52
3700 07 May 10 fredrik 53     /*
3700 07 May 10 fredrik 54      * Get the plugin to execute by getting its PluginDefinition. This time
3700 07 May 10 fredrik 55      * get the class name of the plugin of interest Make sure the plugin is
3700 07 May 10 fredrik 56      * installed first.
3700 07 May 10 fredrik 57      */
3700 07 May 10 fredrik 58     DbControl dc = newDbControl();
3700 07 May 10 fredrik 59     PluginDefinition plugin = PluginDefinition.getByClassName(dc,
3700 07 May 10 fredrik 60       LibraryExportPlugin.class.getName());
3700 07 May 10 fredrik 61     /*
3700 07 May 10 fredrik 62      * Get the files
3700 07 May 10 fredrik 63      */
3700 07 May 10 fredrik 64     ItemFactory factory = new ItemFactory(dc);
3700 07 May 10 fredrik 65     // for (Integer fileId : files)
3700 07 May 10 fredrik 66     // {
3700 07 May 10 fredrik 67     Job job = factory.createJob(plugin, null);
3700 07 May 10 fredrik 68     job.setName(plugin.getName()); // pass the name of the plugin
3700 07 May 10 fredrik 69     FloatParameterType prefixParam = new FloatParameterType();
4264 26 Oct 11 fredrik 70     job.setParameterValue(LibraryExportPlugin.FDRCUTOFFPARAM, prefixParam,
4264 26 Oct 11 fredrik 71       fdr);
4545 26 Feb 14 fredrik 72     job.setParameterValue(LibraryExportPlugin.FRAGMENTTOLERANCEPARAM, new FloatParameterType(),
4545 26 Feb 14 fredrik 73       fragTol);
3700 07 May 10 fredrik 74     StringParameterType prefixParam2 = new StringParameterType();
4264 26 Oct 11 fredrik 75     job.setParameterValue(LibraryExportPlugin.OUTFILEPARAM, prefixParam2,
4264 26 Oct 11 fredrik 76       prefix2);
3700 07 May 10 fredrik 77     StringParameterType prefixParam3 = new StringParameterType();
4264 26 Oct 11 fredrik 78     job.setParameterValue(LibraryExportPlugin.OUTFILEPARAM2, prefixParam3,
4264 26 Oct 11 fredrik 79       prefix3);
3700 07 May 10 fredrik 80     BooleanParameterType prefixParam4 = new BooleanParameterType();
4264 26 Oct 11 fredrik 81     job.setParameterValue(LibraryExportPlugin.SSLPARAM, prefixParam4, ssl);
3700 07 May 10 fredrik 82     BooleanParameterType prefixParam5 = new BooleanParameterType();
3700 07 May 10 fredrik 83     job.setParameterValue(LibraryExportPlugin.MSPPARAM, prefixParam5, msp);
4545 26 Feb 14 fredrik 84     job.setParameterValue(LibraryExportPlugin.EVALUEPARAM, new BooleanParameterType(), eValue);
3700 07 May 10 fredrik 85     Project project = isProjectActive(dc); // returns the active project if
4264 26 Oct 11 fredrik 86     // any
4264 26 Oct 11 fredrik 87     Directory dir = project.getProjectDirectory(); // returns the project
4264 26 Oct 11 fredrik 88     // directory path
4545 26 Feb 14 fredrik 89     job.setDescription("Library export "+ project.getName());
3700 07 May 10 fredrik 90     ItemParameterType<Directory> dirParam = new ItemParameterType<Directory>(
3700 07 May 10 fredrik 91       Directory.class, null);
3700 07 May 10 fredrik 92     job.setParameterValue("directory", dirParam, dir);
3700 07 May 10 fredrik 93     ItemParameterType<Project> projectParam = new ItemParameterType<Project>(
3700 07 May 10 fredrik 94       Project.class, null);
3700 07 May 10 fredrik 95     job.setParameterValue("project", projectParam, project);
3700 07 May 10 fredrik 96     //
3700 07 May 10 fredrik 97     dc.saveItem(job);
3700 07 May 10 fredrik 98     // jobCount++;
3700 07 May 10 fredrik 99     dc.commit();
3700 07 May 10 fredrik 100     setMessage("job created");
3700 07 May 10 fredrik 101     setForwardTo(ListJobs.class);
3700 07 May 10 fredrik 102   }
3700 07 May 10 fredrik 103 }

Generated on Thu Jul 20 09:47:59 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)