contrib/SpectrumLibraryExport/src/satoshi/LibraryExportForm.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3700 07 May 10 fredrik 1 package satoshi;
3700 07 May 10 fredrik 2
3700 07 May 10 fredrik 3 import org.proteios.ActionLink;
3700 07 May 10 fredrik 4 import org.proteios.Context;
3700 07 May 10 fredrik 5 import org.proteios.ContextEnabled;
3779 18 Aug 10 fredrik 6 import org.proteios.TableToolbarContext;
3700 07 May 10 fredrik 7 import org.proteios.action.ProteiosAction;
3779 18 Aug 10 fredrik 8 import org.proteios.core.Hit;
3700 07 May 10 fredrik 9 import org.proteios.gui.Title;
3700 07 May 10 fredrik 10 import org.proteios.gui.Toolbar;
3700 07 May 10 fredrik 11 import org.proteios.gui.form.Checkbox;
3700 07 May 10 fredrik 12 import org.proteios.gui.form.Fieldset;
3700 07 May 10 fredrik 13 import org.proteios.gui.form.Form;
3700 07 May 10 fredrik 14 import org.proteios.gui.form.TextField;
3700 07 May 10 fredrik 15 import org.proteios.gui.layout.RowLayout;
3700 07 May 10 fredrik 16
3700 07 May 10 fredrik 17 import se.lu.thep.waf.ActionException;
3700 07 May 10 fredrik 18 import se.lu.thep.waf.constraints.InvalidParameterValue;
3700 07 May 10 fredrik 19 import se.lu.thep.waf.constraints.VBoolean;
3700 07 May 10 fredrik 20 import se.lu.thep.waf.constraints.VFloat;
3700 07 May 10 fredrik 21 import se.lu.thep.waf.constraints.VString;
3700 07 May 10 fredrik 22
3700 07 May 10 fredrik 23 import java.util.ArrayList;
3700 07 May 10 fredrik 24 import java.util.List;
3700 07 May 10 fredrik 25
3700 07 May 10 fredrik 26 /**
3702 10 May 10 fredrik 27  * Form
3700 07 May 10 fredrik 28  * 
3700 07 May 10 fredrik 29  * @author satoshi
3700 07 May 10 fredrik 30  */
3700 07 May 10 fredrik 31 public class LibraryExportForm
3700 07 May 10 fredrik 32     extends ProteiosAction<LibraryExportForm>
3700 07 May 10 fredrik 33     implements ContextEnabled
3700 07 May 10 fredrik 34 {
3700 07 May 10 fredrik 35   /**
3700 07 May 10 fredrik 36    * The prefix added to each file that is imported, 1-12 characters long.
3700 07 May 10 fredrik 37    */
4264 26 Oct 11 fredrik 38   public static final VFloat FDRCUTOFF = new VFloat("fdrCutOff", 0f, 1f);
4264 26 Oct 11 fredrik 39   public static final VString OUTFILENAME = new VString("filename", 1, 100,
4264 26 Oct 11 fredrik 40     true);
4264 26 Oct 11 fredrik 41   public static final VString OUTFILENAME2 = new VString("filename2", 1, 100,
4264 26 Oct 11 fredrik 42     true);
4264 26 Oct 11 fredrik 43   public static final VBoolean SSLFORMAT = new VBoolean("sslON", false);
3700 07 May 10 fredrik 44   public static final VBoolean MSPFORMAT = new VBoolean("mspON", false);
4545 26 Feb 14 fredrik 45   public static final VBoolean EVALUE = new VBoolean("evalueON", false);
4545 26 Feb 14 fredrik 46   public static final VFloat FRAGMENTTOL = new VFloat("fragTol", 0f, 1f);
4264 26 Oct 11 fredrik 47
4264 26 Oct 11 fredrik 48
3700 07 May 10 fredrik 49   @Override
3700 07 May 10 fredrik 50   protected void runMe()
3700 07 May 10 fredrik 51       throws ActionException, InvalidParameterValue
3700 07 May 10 fredrik 52   {
4264 26 Oct 11 fredrik 53     Form form = new Form("exportform");
4264 26 Oct 11 fredrik 54     Fieldset fieldSet = new Fieldset();
4264 26 Oct 11 fredrik 55     form.addFieldset(fieldSet);
4264 26 Oct 11 fredrik 56     fieldSet.setTitle(new Title("Export settings"));
4264 26 Oct 11 fredrik 57     /*
4264 26 Oct 11 fredrik 58      * Then add an optional parameter. We'll add a string field. This will
4264 26 Oct 11 fredrik 59      * be the prefix add to each file that has been "imported". 1. FDR
4264 26 Oct 11 fredrik 60      * cutoff 2. export file name
4264 26 Oct 11 fredrik 61      */
4264 26 Oct 11 fredrik 62     TextField<String> fdrCutOff = new TextField<String>(FDRCUTOFF);
4264 26 Oct 11 fredrik 63     fdrCutOff.setLabel(getLocale().get("FDR cutoff"));
4264 26 Oct 11 fredrik 64     fdrCutOff.setValue("0.01");
4264 26 Oct 11 fredrik 65     fieldSet.add(fdrCutOff);
3700 07 May 10 fredrik 66
4545 26 Feb 14 fredrik 67     Checkbox<VBoolean> eON = new Checkbox<VBoolean>(EVALUE);
4545 26 Feb 14 fredrik 68     eON.setValue("true");
4545 26 Feb 14 fredrik 69     eON.isChecked(false);
4545 26 Feb 14 fredrik 70     eON.setLabel(getLocale().get("E-value"));
4545 26 Feb 14 fredrik 71     eON.setHelp("E-value instead of FDR cutoff");
4545 26 Feb 14 fredrik 72     fieldSet.add(eON);
4545 26 Feb 14 fredrik 73
4264 26 Oct 11 fredrik 74     TextField<String> filename = new TextField<String>(OUTFILENAME);
4264 26 Oct 11 fredrik 75     filename.setLabel(getLocale().get(".ssl file name"));
4264 26 Oct 11 fredrik 76     filename.setValue("spectrum_library.ssl");
4264 26 Oct 11 fredrik 77     fieldSet.add(filename);
3700 07 May 10 fredrik 78
4264 26 Oct 11 fredrik 79     TextField<String> filename2 = new TextField<String>(OUTFILENAME2);
4300 13 Mar 12 fredrik 80     filename2.setValue("spectrum_library.msp");
4264 26 Oct 11 fredrik 81     filename2.setLabel(getLocale().get(".ms2 or .msp file name"));
4264 26 Oct 11 fredrik 82     fieldSet.add(filename2);
3700 07 May 10 fredrik 83
4264 26 Oct 11 fredrik 84     Checkbox<VBoolean> mgfON = new Checkbox<VBoolean>(SSLFORMAT);
4264 26 Oct 11 fredrik 85     mgfON.setValue("true"); // default check value
4264 26 Oct 11 fredrik 86     mgfON.isChecked(false); // default check status
4264 26 Oct 11 fredrik 87     mgfON.setLabel(getLocale().get(".ssl format as output"));
4264 26 Oct 11 fredrik 88     fieldSet.add(mgfON);
3700 07 May 10 fredrik 89
4264 26 Oct 11 fredrik 90     Checkbox<VBoolean> mspON = new Checkbox<VBoolean>(MSPFORMAT);
4264 26 Oct 11 fredrik 91     mspON.setValue("true");
4264 26 Oct 11 fredrik 92     mspON.isChecked(true);
4264 26 Oct 11 fredrik 93     mspON.setLabel(getLocale().get(".msp format as output"));
4264 26 Oct 11 fredrik 94     fieldSet.add(mspON);
4545 26 Feb 14 fredrik 95     
4545 26 Feb 14 fredrik 96     TextField<String> fragTolF = new TextField<String>(FRAGMENTTOL);
4545 26 Feb 14 fredrik 97     fragTolF.setLabel(getLocale().get("Fragment m/z tolerance"));
4545 26 Feb 14 fredrik 98     fragTolF.setValue("0.5");
4545 26 Feb 14 fredrik 99     fieldSet.add(fragTolF);
4264 26 Oct 11 fredrik 100
4264 26 Oct 11 fredrik 101     /*
4264 26 Oct 11 fredrik 102      * Add the toolbar with one button labeled 'Next' to the form.
4264 26 Oct 11 fredrik 103      */
4264 26 Oct 11 fredrik 104     Toolbar toolbar = new Toolbar();
4264 26 Oct 11 fredrik 105     ActionLink next = getActionFactory().getActionLink(
4264 26 Oct 11 fredrik 106       CreateLibraryExportJob.class, getLocale().get("Execute"));
4264 26 Oct 11 fredrik 107     toolbar.add(next);
4264 26 Oct 11 fredrik 108     form.setToolbar(toolbar);
4264 26 Oct 11 fredrik 109     /*
4264 26 Oct 11 fredrik 110      * Build and set the layout used to display our form necessary for
4264 26 Oct 11 fredrik 111      * creating a next page
4264 26 Oct 11 fredrik 112      */
4264 26 Oct 11 fredrik 113     RowLayout layout = getLayoutFactory().getRowLayout();
4264 26 Oct 11 fredrik 114     layout.add(form);
4264 26 Oct 11 fredrik 115     setLayout(layout);
4264 26 Oct 11 fredrik 116   }
4264 26 Oct 11 fredrik 117
4264 26 Oct 11 fredrik 118   // }
4264 26 Oct 11 fredrik 119
3779 18 Aug 10 fredrik 120   private static List<Context> contexts = new ArrayList<Context>(1);
3779 18 Aug 10 fredrik 121   static
3779 18 Aug 10 fredrik 122   {
3779 18 Aug 10 fredrik 123     TableToolbarContext btn = new TableToolbarContext("libraryexport",
3779 18 Aug 10 fredrik 124       "Library export", LibraryExportForm.class, Hit.class);
3779 18 Aug 10 fredrik 125     contexts.add(btn);
3779 18 Aug 10 fredrik 126   }
3779 18 Aug 10 fredrik 127
3779 18 Aug 10 fredrik 128
3700 07 May 10 fredrik 129   public List<Context> listContexts()
3700 07 May 10 fredrik 130   {
3700 07 May 10 fredrik 131     return contexts;
3700 07 May 10 fredrik 132   }
3779 18 Aug 10 fredrik 133
3700 07 May 10 fredrik 134 }

Generated on Thu Jul 20 09:48:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)