contrib/SpectrumLibraryExport/src/satoshi/LibraryExportPlugin.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3700 07 May 10 fredrik 1 package satoshi;
3700 07 May 10 fredrik 2
3700 07 May 10 fredrik 3 import org.proteios.core.BaseException;
3700 07 May 10 fredrik 4 import org.proteios.core.DbControl;
3700 07 May 10 fredrik 5 import org.proteios.core.Directory;
3700 07 May 10 fredrik 6 import org.proteios.core.File;
3700 07 May 10 fredrik 7 import org.proteios.core.FileType;
3700 07 May 10 fredrik 8 import org.proteios.core.Hit;
3700 07 May 10 fredrik 9 import org.proteios.core.ItemFactory;
3700 07 May 10 fredrik 10 import org.proteios.core.ItemQuery;
3700 07 May 10 fredrik 11 import org.proteios.core.ItemResultList;
4300 13 Mar 12 fredrik 12 import org.proteios.core.ObservedModification;
3700 07 May 10 fredrik 13 import org.proteios.core.Peptide;
3700 07 May 10 fredrik 14 import org.proteios.core.Permission;
3700 07 May 10 fredrik 15 import org.proteios.core.PermissionDeniedException;
3700 07 May 10 fredrik 16 import org.proteios.core.ProgressReporter;
3700 07 May 10 fredrik 17 import org.proteios.core.Project;
4300 13 Mar 12 fredrik 18 import org.proteios.core.SearchModification;
3700 07 May 10 fredrik 19 import org.proteios.core.SessionControl;
3700 07 May 10 fredrik 20 import org.proteios.core.plugin.About;
3700 07 May 10 fredrik 21 import org.proteios.core.plugin.AboutImpl;
3700 07 May 10 fredrik 22 import org.proteios.core.plugin.AbstractPlugin;
3700 07 May 10 fredrik 23 import org.proteios.core.plugin.ParameterValues;
3700 07 May 10 fredrik 24 import org.proteios.core.plugin.Plugin;
3700 07 May 10 fredrik 25 import org.proteios.core.plugin.Request;
3700 07 May 10 fredrik 26 import org.proteios.core.plugin.Response;
3700 07 May 10 fredrik 27 import org.proteios.core.query.Expressions;
3700 07 May 10 fredrik 28 import org.proteios.core.query.Hql;
4300 13 Mar 12 fredrik 29 import org.proteios.core.query.Orders;
3700 07 May 10 fredrik 30 import org.proteios.core.query.Restrictions;
3700 07 May 10 fredrik 31 import org.proteios.io.MgfFileReader;
4328 08 May 12 fredrik 32 import org.proteios.io.MzMLFileReader;
3700 07 May 10 fredrik 33 import org.proteios.io.PeakListFileImpl;
3700 07 May 10 fredrik 34 import org.proteios.io.PeakListFileInterface;
3700 07 May 10 fredrik 35 import org.proteios.io.SpectrumInterface;
3700 07 May 10 fredrik 36 import org.proteios.io.SpectrumPrecursor;
3700 07 May 10 fredrik 37
4545 26 Feb 14 fredrik 38 import se.lth.immun.chem.Ion;
4545 26 Feb 14 fredrik 39 import se.lth.immun.chem.ModifiedAminoAcid;
4545 26 Feb 14 fredrik 40 import se.lth.immun.chem.Modifier;
4545 26 Feb 14 fredrik 41 import se.lth.immun.chem.PeptideFragment;
4545 26 Feb 14 fredrik 42 import se.lth.immun.chem.PeptideUtil;
4545 26 Feb 14 fredrik 43
3700 07 May 10 fredrik 44 import java.io.BufferedWriter;
4300 13 Mar 12 fredrik 45 import java.io.IOException;
3700 07 May 10 fredrik 46 import java.io.OutputStream;
3700 07 May 10 fredrik 47 import java.io.OutputStreamWriter;
3700 07 May 10 fredrik 48 import java.text.DecimalFormat;
3772 17 Aug 10 fredrik 49 import java.text.DecimalFormatSymbols;
3700 07 May 10 fredrik 50 import java.util.ArrayList;
4300 13 Mar 12 fredrik 51 import java.util.Collections;
4300 13 Mar 12 fredrik 52 import java.util.Comparator;
3700 07 May 10 fredrik 53 import java.util.Iterator;
3700 07 May 10 fredrik 54 import java.util.List;
3772 17 Aug 10 fredrik 55 import java.util.Locale;
3700 07 May 10 fredrik 56
3700 07 May 10 fredrik 57 /**
3700 07 May 10 fredrik 58  * This is a plugin for export of Spectrum libraries from search results
3700 07 May 10 fredrik 59  * 
3700 07 May 10 fredrik 60  * @author satoshi
3700 07 May 10 fredrik 61  */
4338 25 Jun 12 fredrik 62 public class LibraryExportPlugin extends AbstractPlugin implements Plugin
3700 07 May 10 fredrik 63
3700 07 May 10 fredrik 64 {
3700 07 May 10 fredrik 65   private static final org.apache.log4j.Logger log = org.apache.log4j.LogManager
4338 25 Jun 12 fredrik 66       .getLogger("org.proteios.io");
3700 07 May 10 fredrik 67
3700 07 May 10 fredrik 68   /**
3700 07 May 10 fredrik 69    * Key to identify the file parameter. The action that creates a job using
3700 07 May 10 fredrik 70    * this plugin should name the incomming file parameter with this key.
3700 07 May 10 fredrik 71    */
3700 07 May 10 fredrik 72   // public static final String FILEPARAM = "file";
3700 07 May 10 fredrik 73   public static final String OUTFILEPARAM = "outfile";
3700 07 May 10 fredrik 74   public static final String OUTFILEPARAM2 = "outfile2";
3700 07 May 10 fredrik 75   public static final String FDRCUTOFFPARAM = "fdrCutOff";
4264 26 Oct 11 fredrik 76   public static final String SSLPARAM = "sslFormat";
3700 07 May 10 fredrik 77   public static final String MSPPARAM = "mspFormat";
4545 26 Feb 14 fredrik 78   public static final String EVALUEPARAM = "eValue";
4545 26 Feb 14 fredrik 79   public static final String FRAGMENTTOLERANCEPARAM = "fragTol";
3700 07 May 10 fredrik 80   private static final Double MONOISTOPIC_PROTON_MASS = 1.007276035;
3700 07 May 10 fredrik 81
3700 07 May 10 fredrik 82   /**
3700 07 May 10 fredrik 83    * // parameters to be imported.
3700 07 May 10 fredrik 84    * 
3700 07 May 10 fredrik 85    * @see #init(SessionControl, ParameterValues, ParameterValues)
3700 07 May 10 fredrik 86    */
3700 07 May 10 fredrik 87   // private File file = null;
3700 07 May 10 fredrik 88   private String outfile = null;
3700 07 May 10 fredrik 89   private String outfile2 = null;
3700 07 May 10 fredrik 90   private double fdrCutOff = 0.01; // default 0.01
3700 07 May 10 fredrik 91   private boolean mgfFormat = true; // to be used for X!hunter
3700 07 May 10 fredrik 92   private boolean mspFormat = true; // to be used for SpectraSt
4264 26 Oct 11 fredrik 93   private boolean sslFormat = true;
4545 26 Feb 14 fredrik 94   private boolean eValue = false;
3700 07 May 10 fredrik 95   // other variables
3700 07 May 10 fredrik 96   private Project project = null;
3700 07 May 10 fredrik 97   private boolean fileNameAssigned = false;
3700 07 May 10 fredrik 98   private boolean fileNameAssigned2 = false;
4264 26 Oct 11 fredrik 99   private int spectrumNumber = 1;
4545 26 Feb 14 fredrik 100   private double mzTolerance = 0.5d;
3700 07 May 10 fredrik 101
3700 07 May 10 fredrik 102   // SessionControl sc; // instantiated below
3700 07 May 10 fredrik 103
3700 07 May 10 fredrik 104   /*
3700 07 May 10 fredrik 105    * (non-Javadoc)
4338 25 Jun 12 fredrik 106    * 
3700 07 May 10 fredrik 107    * @see org.proteios.core.plugin.Plugin#getAbout()
3700 07 May 10 fredrik 108    */
4338 25 Jun 12 fredrik 109   public About getAbout() {
3700 07 May 10 fredrik 110     return new AboutImpl("Spectrum Library export",
4338 25 Jun 12 fredrik 111         "Export spectrum library from hits", "0.3", "",
4338 25 Jun 12 fredrik 112         "Satoshi Okawa", "", "www.proteios.org");
3700 07 May 10 fredrik 113   }
3700 07 May 10 fredrik 114
3700 07 May 10 fredrik 115   /*
3700 07 May 10 fredrik 116    * (non-Javadoc)
4338 25 Jun 12 fredrik 117    * 
3700 07 May 10 fredrik 118    * @see org.proteios.core.plugin.Plugin#getMainType()
3700 07 May 10 fredrik 119    */
4338 25 Jun 12 fredrik 120   public MainType getMainType() {
3700 07 May 10 fredrik 121     return MainType.EXPORT;
3700 07 May 10 fredrik 122   }
3700 07 May 10 fredrik 123
3700 07 May 10 fredrik 124   public void init(SessionControl sc, ParameterValues configuration,
4338 25 Jun 12 fredrik 125       ParameterValues job) throws BaseException {
3700 07 May 10 fredrik 126     super.init(sc, configuration, job);
3700 07 May 10 fredrik 127     // this.sc = sc;
3700 07 May 10 fredrik 128     // Before running this plugin it's initialized here.
3700 07 May 10 fredrik 129   }
3700 07 May 10 fredrik 130
3700 07 May 10 fredrik 131   /*
3700 07 May 10 fredrik 132    * (non-Javadoc)
4338 25 Jun 12 fredrik 133    * 
3700 07 May 10 fredrik 134    * @see
3700 07 May 10 fredrik 135    * org.proteios.core.plugin.Plugin#run(org.proteios.core.plugin.Request,
3700 07 May 10 fredrik 136    * org.proteios.core.plugin.Response, org.proteios.core.ProgressReporter)
3700 07 May 10 fredrik 137    */
3700 07 May 10 fredrik 138   public void run(Request request, Response response,
4338 25 Jun 12 fredrik 139       ProgressReporter progress) {
3700 07 May 10 fredrik 140     String command = request.getCommand();
4338 25 Jun 12 fredrik 141     if (command.equals(Request.COMMAND_EXECUTE)) {
3700 07 May 10 fredrik 142       Directory outCoreDir = (Directory) job.getValue("directory");
3700 07 May 10 fredrik 143       project = (Project) job.getValue("project");
4264 26 Oct 11 fredrik 144       log.info("Library export for project:" + project);
3700 07 May 10 fredrik 145       String filename = (String) job.getValue(OUTFILEPARAM);
3700 07 May 10 fredrik 146       String filename2 = (String) job.getValue(OUTFILEPARAM2); // for .msp
3700 07 May 10 fredrik 147       fdrCutOff = ((Float) job.getValue(FDRCUTOFFPARAM)).doubleValue();
4545 26 Feb 14 fredrik 148       mzTolerance = ((Float) job.getValue(FRAGMENTTOLERANCEPARAM)).doubleValue();
4264 26 Oct 11 fredrik 149       mgfFormat = false;
4264 26 Oct 11 fredrik 150       sslFormat = ((Boolean) job.getValue(SSLPARAM)).booleanValue();
3700 07 May 10 fredrik 151       mspFormat = ((Boolean) job.getValue(MSPPARAM)).booleanValue();
4545 26 Feb 14 fredrik 152       eValue = ((Boolean) job.getValue(EVALUEPARAM)).booleanValue();
3700 07 May 10 fredrik 153       if (filename == null && filename2 == null) // stop
3700 07 May 10 fredrik 154       {
4338 25 Jun 12 fredrik 155         throw new BaseException("Failed to initialize job. [outfile="
4338 25 Jun 12 fredrik 156             + filename + "][fdrCutOff=" + fdrCutOff + "]");
3700 07 May 10 fredrik 157       }
3700 07 May 10 fredrik 158
4338 25 Jun 12 fredrik 159       if (outCoreDir == null) {
4338 25 Jun 12 fredrik 160         throw new BaseException("Failed to initialize job. [outfile="
4338 25 Jun 12 fredrik 161             + outCoreDir + "][fdrCutOff=" + fdrCutOff + "]");
3700 07 May 10 fredrik 162       }
3700 07 May 10 fredrik 163       doExport(outCoreDir, filename, filename2, progress);
3700 07 May 10 fredrik 164       /*
3700 07 May 10 fredrik 165        * Add the prefix to the file. This is where you'd put your fancy
3700 07 May 10 fredrik 166        * algorithm that does something to the file in question.
3700 07 May 10 fredrik 167        */
3700 07 May 10 fredrik 168       // file.setName(prefix + file.getName());
3700 07 May 10 fredrik 169       // file.getDbControl().commit();
3700 07 May 10 fredrik 170       response.setDone(getSuccessMessage());
4338 25 Jun 12 fredrik 171     } else {
3700 07 May 10 fredrik 172       response.setError("Unknown command: " + command, null);
3700 07 May 10 fredrik 173     }
3700 07 May 10 fredrik 174   }
3700 07 May 10 fredrik 175
3700 07 May 10 fredrik 176   /**
3700 07 May 10 fredrik 177    * Called if successful to let the subclass generate a simple message that
3700 07 May 10 fredrik 178    * is sent back to the core and user interface. The default implementation
3700 07 May 10 fredrik 179    * always returns null.
3700 07 May 10 fredrik 180    * 
3700 07 May 10 fredrik 181    * @return String with success message.
3700 07 May 10 fredrik 182    */
4338 25 Jun 12 fredrik 183   protected String getSuccessMessage() {
3779 18 Aug 10 fredrik 184     String retval = "Done.";
3779 18 Aug 10 fredrik 185     if (outfile != null)
3779 18 Aug 10 fredrik 186       retval += " Library exported: " + outfile;
3779 18 Aug 10 fredrik 187     if (outfile2 != null)
3779 18 Aug 10 fredrik 188       retval += " Library exported: " + outfile2;
3779 18 Aug 10 fredrik 189     return retval;
3700 07 May 10 fredrik 190   }
3700 07 May 10 fredrik 191
3700 07 May 10 fredrik 192   /**
3700 07 May 10 fredrik 193    * Checks before file writing
3700 07 May 10 fredrik 194    */
3700 07 May 10 fredrik 195   public void doExport(Directory outCoreDir, String filename,
4338 25 Jun 12 fredrik 196       String filename2, ProgressReporter progress) throws BaseException {
3700 07 May 10 fredrik 197     /*
3700 07 May 10 fredrik 198      * Check if output core directory exists. If so, try to create a core
3700 07 May 10 fredrik 199      * file in it with specified filename. If a previous core file already
3700 07 May 10 fredrik 200      * exists with the desired name, try again with a counter of type "_001"
3700 07 May 10 fredrik 201      * added to the base filename (base filename = filename without file
3700 07 May 10 fredrik 202      * extension).
3700 07 May 10 fredrik 203      */
3700 07 May 10 fredrik 204     /*
3700 07 May 10 fredrik 205      * Check if core output directory may be written to.
3700 07 May 10 fredrik 206      */
4338 25 Jun 12 fredrik 207     try {
3700 07 May 10 fredrik 208       outCoreDir.checkPermission(Permission.WRITE);
4338 25 Jun 12 fredrik 209     } catch (PermissionDeniedException e) {
4338 25 Jun 12 fredrik 210       log.warn("You do not have permission to write to directory "
4338 25 Jun 12 fredrik 211           + outCoreDir.getName() + ": " + e);
3700 07 May 10 fredrik 212       throw new BaseException(e);
3700 07 May 10 fredrik 213     }
3700 07 May 10 fredrik 214     /*
3700 07 May 10 fredrik 215      * Find unique filename to use.
3700 07 May 10 fredrik 216      */
3700 07 May 10 fredrik 217     DbControl dc = sc.newDbControl();
3700 07 May 10 fredrik 218     ItemFactory factory = new ItemFactory(dc);
3700 07 May 10 fredrik 219     String coreFilename = new String(filename);
3700 07 May 10 fredrik 220     String coreFilename2 = new String(filename2);
3700 07 May 10 fredrik 221     File outCoreFile = factory.create(File.class);
3700 07 May 10 fredrik 222     File outCoreFile2 = factory.create(File.class);
3700 07 May 10 fredrik 223     outCoreFile.setName("file");
3700 07 May 10 fredrik 224     outCoreFile2.setName("file2");
3700 07 May 10 fredrik 225
3700 07 May 10 fredrik 226     /*
3700 07 May 10 fredrik 227      * Extract basename and optional fileextension, including ".".
3700 07 May 10 fredrik 228      */
4338 25 Jun 12 fredrik 229     log.info("testtest:: doExport(): coreFilename = \"" + coreFilename
4338 25 Jun 12 fredrik 230         + "\"");
3700 07 May 10 fredrik 231
4338 25 Jun 12 fredrik 232     if (mgfFormat || sslFormat) {
3700 07 May 10 fredrik 233       String basename = new String(coreFilename);
3700 07 May 10 fredrik 234       // If there was no file name suffix we add the following:
3700 07 May 10 fredrik 235       String fileextension = new String(".mgf");
4338 25 Jun 12 fredrik 236       if (sslFormat) {
4264 26 Oct 11 fredrik 237         fileextension = ".ssl";
4264 26 Oct 11 fredrik 238       }
3700 07 May 10 fredrik 239       int dotIndex = coreFilename.lastIndexOf(".");
3700 07 May 10 fredrik 240
4338 25 Jun 12 fredrik 241       if (dotIndex >= 0) {
3700 07 May 10 fredrik 242         /*
3700 07 May 10 fredrik 243          * String coreFilename contains at least one ".".
3700 07 May 10 fredrik 244          */
3700 07 May 10 fredrik 245         basename = coreFilename.substring(0, dotIndex);
4338 25 Jun 12 fredrik 246         if (dotIndex < coreFilename.length()) {
3700 07 May 10 fredrik 247           fileextension = coreFilename.substring(dotIndex);
3700 07 May 10 fredrik 248         }
3700 07 May 10 fredrik 249       }
3700 07 May 10 fredrik 250
3700 07 May 10 fredrik 251       log.info("testtest:: doExport(): basename = \"" + basename + "\"");
4338 25 Jun 12 fredrik 252       log.info("testtest:: doExport(): fileextension = \""
4338 25 Jun 12 fredrik 253           + fileextension + "\"");
3700 07 May 10 fredrik 254       int counter = 0;
3700 07 May 10 fredrik 255       coreFilename = basename + fileextension;
4338 25 Jun 12 fredrik 256       while (File.exists(dc, outCoreDir, coreFilename)) {
3700 07 May 10 fredrik 257         /*
3700 07 May 10 fredrik 258          * Append counter of type "_001" to base filename, and try
3700 07 May 10 fredrik 259          * again.
3700 07 May 10 fredrik 260          */
3700 07 May 10 fredrik 261         counter++;
3700 07 May 10 fredrik 262         String counterStr = new String("_");
4338 25 Jun 12 fredrik 263         if (counter < 100) {
3700 07 May 10 fredrik 264           counterStr = counterStr + "0";
3700 07 May 10 fredrik 265         }
4338 25 Jun 12 fredrik 266         if (counter < 10) {
3700 07 May 10 fredrik 267           counterStr = counterStr + "0";
3700 07 May 10 fredrik 268         }
3700 07 May 10 fredrik 269         counterStr = counterStr + Integer.toString(counter);
3700 07 May 10 fredrik 270
4338 25 Jun 12 fredrik 271         log.info("testtest:: doExport(): counterStr = \"" + counterStr
4338 25 Jun 12 fredrik 272             + "\"");
3700 07 May 10 fredrik 273         /*
3700 07 May 10 fredrik 274          * Get new trial core filename.
3700 07 May 10 fredrik 275          */
3700 07 May 10 fredrik 276         coreFilename = basename + counterStr + fileextension;
4338 25 Jun 12 fredrik 277         log.info("testtest:: doExport(): trial coreFilename = \""
4338 25 Jun 12 fredrik 278             + coreFilename + "\"");
3700 07 May 10 fredrik 279       }
3700 07 May 10 fredrik 280       /*
3700 07 May 10 fredrik 281        * Create the new core file.
3700 07 May 10 fredrik 282        */
3700 07 May 10 fredrik 283       outCoreFile.setDirectory(outCoreDir);
3700 07 May 10 fredrik 284       /*
3700 07 May 10 fredrik 285        * There should be no problems naming the new core file now.
3700 07 May 10 fredrik 286        */
3700 07 May 10 fredrik 287       outCoreFile.setName(coreFilename);
3700 07 May 10 fredrik 288       fileNameAssigned = true;
3700 07 May 10 fredrik 289       /*
3700 07 May 10 fredrik 290        * Save core file item before getting uploadstream
3700 07 May 10 fredrik 291        */
3700 07 May 10 fredrik 292       dc.saveItem(outCoreFile);
3700 07 May 10 fredrik 293       /*
3700 07 May 10 fredrik 294        * Call doExport(File, ProgressReporter) to export the PeakListSet
3700 07 May 10 fredrik 295        * data to core File.
3700 07 May 10 fredrik 296        */
3700 07 May 10 fredrik 297       outfile = outCoreDir.getName() + "/" + outCoreFile.getName();
3700 07 May 10 fredrik 298     }
3700 07 May 10 fredrik 299
3700 07 May 10 fredrik 300     // Repeat for .msp file
4338 25 Jun 12 fredrik 301     if (mspFormat || sslFormat) {
3700 07 May 10 fredrik 302       String basename = new String(coreFilename2);
3700 07 May 10 fredrik 303       // If there was no file name suffix we add the following:
3700 07 May 10 fredrik 304       String fileextension = new String(".msp");
4338 25 Jun 12 fredrik 305       if (sslFormat) {
4264 26 Oct 11 fredrik 306         fileextension = ".ssl";
4264 26 Oct 11 fredrik 307       }
4264 26 Oct 11 fredrik 308
3700 07 May 10 fredrik 309       int dotIndex = coreFilename2.lastIndexOf(".");
3700 07 May 10 fredrik 310
4338 25 Jun 12 fredrik 311       if (dotIndex >= 0) {
3700 07 May 10 fredrik 312         /*
3700 07 May 10 fredrik 313          * String coreFilename contains at least one ".".
3700 07 May 10 fredrik 314          */
3700 07 May 10 fredrik 315         basename = coreFilename2.substring(0, dotIndex);
4338 25 Jun 12 fredrik 316         if (dotIndex < coreFilename2.length()) {
3700 07 May 10 fredrik 317           fileextension = coreFilename2.substring(dotIndex);
3700 07 May 10 fredrik 318         }
3700 07 May 10 fredrik 319       }
3700 07 May 10 fredrik 320
3700 07 May 10 fredrik 321       log.info("testtest:: doExport(): basename = \"" + basename + "\"");
4338 25 Jun 12 fredrik 322       log.info("testtest:: doExport(): fileextension = \""
4338 25 Jun 12 fredrik 323           + fileextension + "\"");
3700 07 May 10 fredrik 324       int counter = 0;
3700 07 May 10 fredrik 325       coreFilename2 = basename + fileextension;
4338 25 Jun 12 fredrik 326       while (File.exists(dc, outCoreDir, coreFilename2)) {
3700 07 May 10 fredrik 327         /*
3700 07 May 10 fredrik 328          * Append counter of type "_001" to base filename, and try
3700 07 May 10 fredrik 329          * again.
3700 07 May 10 fredrik 330          */
3700 07 May 10 fredrik 331         counter++;
3700 07 May 10 fredrik 332         String counterStr = new String("_");
4338 25 Jun 12 fredrik 333         if (counter < 100) {
3700 07 May 10 fredrik 334           counterStr = counterStr + "0";
3700 07 May 10 fredrik 335         }
4338 25 Jun 12 fredrik 336         if (counter < 10) {
3700 07 May 10 fredrik 337           counterStr = counterStr + "0";
3700 07 May 10 fredrik 338         }
3700 07 May 10 fredrik 339         counterStr = counterStr + Integer.toString(counter);
3700 07 May 10 fredrik 340
4338 25 Jun 12 fredrik 341         log.info("testtest:: doExport(): counterStr = \"" + counterStr
4338 25 Jun 12 fredrik 342             + "\"");
3700 07 May 10 fredrik 343         /*
3700 07 May 10 fredrik 344          * Get new trial core filename.
3700 07 May 10 fredrik 345          */
3700 07 May 10 fredrik 346         coreFilename2 = basename + counterStr + fileextension;
4338 25 Jun 12 fredrik 347         log.info("testtest:: doExport(): trial coreFilename = \""
4338 25 Jun 12 fredrik 348             + coreFilename2 + "\"");
3700 07 May 10 fredrik 349       }
3700 07 May 10 fredrik 350       /*
3700 07 May 10 fredrik 351        * Create the new core file.
3700 07 May 10 fredrik 352        */
3700 07 May 10 fredrik 353       // log.debug(">>2" + outCoreFile2 + "\t" + outCoreDir + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 354       outCoreFile2.setDirectory(outCoreDir);
3700 07 May 10 fredrik 355       /*
3700 07 May 10 fredrik 356        * There should be no problems naming the new core file now.
3700 07 May 10 fredrik 357        */
3700 07 May 10 fredrik 358       outCoreFile2.setName(coreFilename2);
3700 07 May 10 fredrik 359       fileNameAssigned2 = true;
4547 28 Feb 14 fredrik 360       outCoreFile2.setMimeType("text/plain");
3700 07 May 10 fredrik 361       /*
3700 07 May 10 fredrik 362        * Save core file item before getting uploadstream
3700 07 May 10 fredrik 363        */
3700 07 May 10 fredrik 364       dc.saveItem(outCoreFile2);
3700 07 May 10 fredrik 365       /*
3700 07 May 10 fredrik 366        * Call doExport(File, ProgressReporter) to export the PeakListSet
3700 07 May 10 fredrik 367        * data to core File.
3700 07 May 10 fredrik 368        */
3700 07 May 10 fredrik 369       outfile2 = outCoreDir.getName() + "/" + outCoreFile2.getName();
3700 07 May 10 fredrik 370     }
3700 07 May 10 fredrik 371
3700 07 May 10 fredrik 372     doExport(outCoreFile, outCoreFile2, progress);
3700 07 May 10 fredrik 373     dc.commit();
3700 07 May 10 fredrik 374     log.info("testtest:: doExport(): commit()");
3700 07 May 10 fredrik 375   }
3700 07 May 10 fredrik 376
3700 07 May 10 fredrik 377   /**
3700 07 May 10 fredrik 378    * Perform the actual table generation and export CombinedHits ->
3700 07 May 10 fredrik 379    * JobOrPlugin
3700 07 May 10 fredrik 380    */
3700 07 May 10 fredrik 381
3700 07 May 10 fredrik 382   public void doExport(File outCoreFile, File outCoreFile2,
4338 25 Jun 12 fredrik 383       ProgressReporter progress) throws BaseException {
4338 25 Jun 12 fredrik 384     try {
3700 07 May 10 fredrik 385       BufferedWriter output = null;
3700 07 May 10 fredrik 386       BufferedWriter output2 = null;
3700 07 May 10 fredrik 387
4338 25 Jun 12 fredrik 388       if (fileNameAssigned) {
3700 07 May 10 fredrik 389         OutputStream outstream = outCoreFile.getUploadStream(false);
4264 26 Oct 11 fredrik 390         output = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(outstream));
4338 25 Jun 12 fredrik 391         if (sslFormat) {
4264 26 Oct 11 fredrik 392           output.write("file\tscan\tcharge\tsequence\n");
4338 25 Jun 12 fredrik 393         } else { // for .mgf
4264 26 Oct 11 fredrik 394           output.write("SEARCH=MIS" + "\n" // .MGF file headers
4264 26 Oct 11 fredrik 395               + "REPTYPE=Peptide" + "\n" + "LIBSIZE=" + "\n");
4264 26 Oct 11 fredrik 396         }
3700 07 May 10 fredrik 397       }
4338 25 Jun 12 fredrik 398       if (fileNameAssigned2) {
3700 07 May 10 fredrik 399         OutputStream outstream2 = outCoreFile2.getUploadStream(false);
3700 07 May 10 fredrik 400         output2 = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(outstream2)); // for
3700 07 May 10 fredrik 401         // .msp
3700 07 May 10 fredrik 402       }
3700 07 May 10 fredrik 403       DbControl dc = sc.newDbControl();
3700 07 May 10 fredrik 404       // ItemFactory factory = new ItemFactory(dc);
3700 07 May 10 fredrik 405
3700 07 May 10 fredrik 406       ItemQuery<Hit> hitQuery = Hit.getQuery();
3700 07 May 10 fredrik 407       hitQuery.restrictPermanent(Restrictions.eq(Hql.property("project"),
4338 25 Jun 12 fredrik 408           Hql.entity(project)));
3778 18 Aug 10 fredrik 409       hitQuery.restrictPermanent(Restrictions.eq(Hql.property("protein"),
4338 25 Jun 12 fredrik 410           Expressions.parameter("protein")));
3778 18 Aug 10 fredrik 411       hitQuery.setPermanentParameter("protein", false, null);
4545 26 Feb 14 fredrik 412       if (!eValue)
4545 26 Feb 14 fredrik 413       {
4545 26 Feb 14 fredrik 414         hitQuery.restrict(Restrictions.lteq(Hql.property("combinedFDR"),
4338 25 Jun 12 fredrik 415           Expressions.aFloat((float) fdrCutOff)));
4545 26 Feb 14 fredrik 416       }
4545 26 Feb 14 fredrik 417       else
4545 26 Feb 14 fredrik 418       {
4545 26 Feb 14 fredrik 419         hitQuery.restrict(Restrictions.lteq(Hql.property("expectationValue"),
4545 26 Feb 14 fredrik 420           Expressions.aFloat((float) fdrCutOff)));
4545 26 Feb 14 fredrik 421         
4545 26 Feb 14 fredrik 422       }
4332 14 May 12 fredrik 423       hitQuery.restrict(Restrictions.neq(Hql.property("scoreType"),
4338 25 Jun 12 fredrik 424           Expressions.string("Proteios aligned")));
4300 13 Mar 12 fredrik 425       hitQuery.order(Orders.asc(Hql.property("charge")));
4300 13 Mar 12 fredrik 426       hitQuery.order(Orders.asc(Hql.property("description")));
4545 26 Feb 14 fredrik 427       if (!eValue) hitQuery.order(Orders.asc(Hql.property("combinedFDR")));
4300 13 Mar 12 fredrik 428       hitQuery.order(Orders.asc(Hql.property("expectationValue")));
4300 13 Mar 12 fredrik 429       List<String> sequencesForCharge = new ArrayList<String>();
4300 13 Mar 12 fredrik 430       List<Hit> retainHits = new ArrayList<Hit>();
3700 07 May 10 fredrik 431       ItemResultList<Hit> hitlist = hitQuery.list(dc);
4300 13 Mar 12 fredrik 432       int currentCharge = 0;
4545 26 Feb 14 fredrik 433       log.debug("Number of hits:"+hitlist.size());
4338 25 Jun 12 fredrik 434       for (Hit h : hitlist) {
4338 25 Jun 12 fredrik 435         if (currentCharge != h.getCharge().intValue()) {
4300 13 Mar 12 fredrik 436           currentCharge = h.getCharge();
4300 13 Mar 12 fredrik 437           sequencesForCharge = new ArrayList<String>();
4300 13 Mar 12 fredrik 438         }
4300 13 Mar 12 fredrik 439         String s = h.getDescription();
4549 06 Mar 14 fredrik 440         if (s.contains("delta:"))
4549 06 Mar 14 fredrik 441         {
4549 06 Mar 14 fredrik 442           log.debug("Truncating:"+s);
4549 06 Mar 14 fredrik 443           s = s.substring(0, s.indexOf(" delta:"));
4549 06 Mar 14 fredrik 444           log.debug("Result:"+s);
4549 06 Mar 14 fredrik 445         }
4338 25 Jun 12 fredrik 446         if (!sequencesForCharge.contains(s)) {
4300 13 Mar 12 fredrik 447           sequencesForCharge.add(s);
4300 13 Mar 12 fredrik 448           retainHits.add(h);
4300 13 Mar 12 fredrik 449         }
4300 13 Mar 12 fredrik 450       }
4300 13 Mar 12 fredrik 451       Comparator<Hit> comparator = new PeakListHitComparator();
4301 13 Mar 12 fredrik 452       Collections.sort(retainHits, comparator);
4300 13 Mar 12 fredrik 453       Iterator<Hit> hitit = retainHits.iterator();
3700 07 May 10 fredrik 454
3700 07 May 10 fredrik 455       // store pklFiles
3700 07 May 10 fredrik 456       List<Hit> hitList = new ArrayList<Hit>();
3700 07 May 10 fredrik 457       File pklFile = null;
4338 25 Jun 12 fredrik 458       while (hitit.hasNext()) {
3700 07 May 10 fredrik 459         Hit currentHit = hitit.next();
4545 26 Feb 14 fredrik 460         if (pklFile == null)
4545 26 Feb 14 fredrik 461         {
4545 26 Feb 14 fredrik 462           pklFile = currentHit.getPeakListFile(); 
4545 26 Feb 14 fredrik 463         }
4545 26 Feb 14 fredrik 464         if (pklFile != currentHit.getPeakListFile())
4545 26 Feb 14 fredrik 465         {
4545 26 Feb 14 fredrik 466           retrieveAndWriteSpectra(pklFile, hitList, output,
4338 25 Jun 12 fredrik 467                 output2, dc);
4545 26 Feb 14 fredrik 468           // empty hitList
3778 18 Aug 10 fredrik 469           hitList.clear();
4545 26 Feb 14 fredrik 470           pklFile = currentHit.getPeakListFile();
4545 26 Feb 14 fredrik 471         } 
4545 26 Feb 14 fredrik 472         log.debug("Adding hit:"+currentHit.getDescription());
4545 26 Feb 14 fredrik 473         hitList.add(currentHit);
3700 07 May 10 fredrik 474       }
4545 26 Feb 14 fredrik 475       log.debug("At final");
4545 26 Feb 14 fredrik 476       if (!hitList.isEmpty()) retrieveAndWriteSpectra(pklFile, hitList, output, output2,dc);
4338 25 Jun 12 fredrik 477       if (output != null) {
3700 07 May 10 fredrik 478         // log.debug(">3 output closed\n");
3700 07 May 10 fredrik 479         output.close();
3700 07 May 10 fredrik 480       }
4338 25 Jun 12 fredrik 481       if (output2 != null) {
3700 07 May 10 fredrik 482         // log.debug(">4 output2 closed\n");
3700 07 May 10 fredrik 483         output2.close();
3700 07 May 10 fredrik 484       }
3700 07 May 10 fredrik 485       dc.commit();
4338 25 Jun 12 fredrik 486       if (progress != null) {
3700 07 May 10 fredrik 487         progress.display(100, "Completed");
3700 07 May 10 fredrik 488       }
4338 25 Jun 12 fredrik 489     } catch (Exception e) {
3700 07 May 10 fredrik 490       throw new BaseException(e);
3700 07 May 10 fredrik 491     }
3700 07 May 10 fredrik 492   }
3700 07 May 10 fredrik 493
4338 25 Jun 12 fredrik 494   public void done() {
4338 25 Jun 12 fredrik 495     // Called when the execution has ended. Do some cleanup if you need here
3700 07 May 10 fredrik 496   }
3700 07 May 10 fredrik 497
3700 07 May 10 fredrik 498   // The list of modifications patterns
3700 07 May 10 fredrik 499   // String oxidation1 = "(Oxidation)\\s\\((\w)\\)"; // group 1 and 2
3700 07 May 10 fredrik 500   // String oxidation2 = "(d+)\\s(Oxidation)\\s\\((\w)\\)"; //group 1, 2, and
3700 07 May 10 fredrik 501   // 3
3700 07 May 10 fredrik 502   // List<Pattern> Modifications = new ArrayList<Pattern>();
3700 07 May 10 fredrik 503   // Pattern monoOxidation = Pattern.compile("(Oxidation)\s\((\w)\)");
3700 07 May 10 fredrik 504   // Pattern multipleOxidation = Pattern.compile(oxidation2);
3700 07 May 10 fredrik 505   // Modifications.add(o1);
3700 07 May 10 fredrik 506   // Modifications.add(o2);
3700 07 May 10 fredrik 507
3700 07 May 10 fredrik 508   public void processModificationMGF(BufferedWriter output, String sequence,
4338 25 Jun 12 fredrik 509       String modification) {
4338 25 Jun 12 fredrik 510     try {
3700 07 May 10 fredrik 511       // Modifications modType; // enum
3700 07 May 10 fredrik 512       Integer modificationN = 0;
3700 07 May 10 fredrik 513       int count = 0;
3700 07 May 10 fredrik 514       String[] Mod = modification.split(" ");
4338 25 Jun 12 fredrik 515       if (Mod.length == 2 && Mod[0].equalsIgnoreCase("oxidation")) { // modification
4338 25 Jun 12 fredrik 516                                       // number
4338 25 Jun 12 fredrik 517                                       // is
4338 25 Jun 12 fredrik 518                                       // 1
3700 07 May 10 fredrik 519         modificationN = 1;
4338 25 Jun 12 fredrik 520         for (int o = 0; o < sequence.length(); o++) {
4338 25 Jun 12 fredrik 521           if (Mod[1].equals("(" + sequence.charAt(o) + ")")
4338 25 Jun 12 fredrik 522               && count < modificationN) { // the first to appear
3700 07 May 10 fredrik 523             output.write("PEPMOD=15.9949@" + (o + 1) + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 524             count++; // take only once
3700 07 May 10 fredrik 525             // log.debug(">2PEPMOD=15.9949@" + (o+1) + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 526           }
3700 07 May 10 fredrik 527         }
4338 25 Jun 12 fredrik 528       } else if (Mod.length == 3 && Mod[1].equalsIgnoreCase("oxidation")) {
4338 25 Jun 12 fredrik 529         for (int o = 0; o < sequence.length(); o++) {
4338 25 Jun 12 fredrik 530           if (Mod[2].equals("(" + sequence.charAt(o) + ")")
4338 25 Jun 12 fredrik 531               && count < modificationN) { // the first to appear
3700 07 May 10 fredrik 532             output.write("PEPMOD=15.9949@" + (o + 1) + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 533             count++; // take only once
3700 07 May 10 fredrik 534             // log.debug(">3PEPMOD=15.9949@" + (o+1) + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 535           }
3700 07 May 10 fredrik 536         }
4338 25 Jun 12 fredrik 537       } else if (Mod[0].contains("@")) { // when a result is from xtandem
3700 07 May 10 fredrik 538         modificationN = 1;
4338 25 Jun 12 fredrik 539         for (int q = 0; q < Mod.length; q++) {
3700 07 May 10 fredrik 540           String[] arr = Mod[0].split("@");
4338 25 Jun 12 fredrik 541           for (int o = 0; o < sequence.length(); o++) {
3700 07 May 10 fredrik 542             char c = arr[1].charAt(0);
4338 25 Jun 12 fredrik 543             if (c == sequence.charAt(o) && count < modificationN) { // the
4338 25 Jun 12 fredrik 544                                         // first
4338 25 Jun 12 fredrik 545                                         // to
4338 25 Jun 12 fredrik 546                                         // appear
4338 25 Jun 12 fredrik 547               output.write("PEPMOD=" + arr[0] + "@" + (o + 1)
4338 25 Jun 12 fredrik 548                   + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 549               count++; // take only once
3700 07 May 10 fredrik 550               // log.debug(">3PEPMOD=" + arr[0] + "@" + arr[1] +
3700 07 May 10 fredrik 551               // "\n");
3700 07 May 10 fredrik 552             }
3700 07 May 10 fredrik 553           }
3700 07 May 10 fredrik 554         }
3700 07 May 10 fredrik 555       }
4338 25 Jun 12 fredrik 556     } catch (Exception e) {
3700 07 May 10 fredrik 557       throw new BaseException(e);
3700 07 May 10 fredrik 558     }
3700 07 May 10 fredrik 559   }
3700 07 May 10 fredrik 560
3700 07 May 10 fredrik 561   public String processModificationMSP(BufferedWriter output2,
4300 13 Mar 12 fredrik 562       ItemFactory factory, String sequence, String modstring,
4338 25 Jun 12 fredrik 563       List<SearchModification> fixedMods) throws IOException {
4485 10 Jun 13 fredrik 564     List<ObservedModification> mods = ObservedModification.getModList(sequence, modstring,
4338 25 Jun 12 fredrik 565         fixedMods, factory);
4300 13 Mar 12 fredrik 566     List<Integer> positions = new ArrayList<Integer>();
4300 13 Mar 12 fredrik 567     String modout = "" + mods.size();
4338 25 Jun 12 fredrik 568     for (ObservedModification om : mods) {
4338 25 Jun 12 fredrik 569       if (om.getName().equals("Oxidation")) {
4300 13 Mar 12 fredrik 570         positions.add(om.getPosition());
3700 07 May 10 fredrik 571       }
4338 25 Jun 12 fredrik 572       modout += "/" + om.getPosition() + "," + om.getModifiedAminoAcid()
4338 25 Jun 12 fredrik 573           + "," + om.getName();
4300 13 Mar 12 fredrik 574     }
4300 13 Mar 12 fredrik 575     char[] seq = sequence.toCharArray();
4338 25 Jun 12 fredrik 576     if (sequence.contains(" ")) {
4300 13 Mar 12 fredrik 577       seq = sequence.substring(0, sequence.indexOf(" ")).toCharArray();
4300 13 Mar 12 fredrik 578     }
4300 13 Mar 12 fredrik 579     output2.write("Name: ");
4338 25 Jun 12 fredrik 580     for (int i = 0; i < seq.length; i++) {
4338 25 Jun 12 fredrik 581       if (seq[i] == 'M' && positions.contains(Integer.valueOf(i))) {
4300 13 Mar 12 fredrik 582         output2.write("M(O)");
4338 25 Jun 12 fredrik 583       } else {
4300 13 Mar 12 fredrik 584         output2.write(seq[i]);
3700 07 May 10 fredrik 585       }
4300 13 Mar 12 fredrik 586     }
4300 13 Mar 12 fredrik 587     output2.write("/");
4300 13 Mar 12 fredrik 588     return modout;
3700 07 May 10 fredrik 589
3700 07 May 10 fredrik 590   }
3700 07 May 10 fredrik 591
4264 26 Oct 11 fredrik 592   public void retrieveAndWriteSpectra(File pklFile, List<Hit> peptideHits,
4338 25 Jun 12 fredrik 593       BufferedWriter output, BufferedWriter output2, DbControl dc) {
4338 25 Jun 12 fredrik 594     try {
3700 07 May 10 fredrik 595       // updating arraylists for each pklFile
3700 07 May 10 fredrik 596       List<String> requestSpectraStringID = new ArrayList<String>();
3700 07 May 10 fredrik 597       List<String> requestSpectraSEQ = new ArrayList<String>();
3700 07 May 10 fredrik 598       List<String> requestSpectraModification = new ArrayList<String>();
4547 28 Feb 14 fredrik 599       List<String> requestSpectraProtein = new ArrayList<String>();
3700 07 May 10 fredrik 600       List<Float> requestSpectraEXP = new ArrayList<Float>();
3700 07 May 10 fredrik 601       List<List<String>> requestSpectraExternalID = new ArrayList<List<String>>();
3700 07 May 10 fredrik 602       List<File> requestSpectraPeaklistFileName = new ArrayList<File>();
3700 07 May 10 fredrik 603       List<Float> requestSpectraFDR = new ArrayList<Float>();
3700 07 May 10 fredrik 604       List<Float> requestSpectraExperimentalMassD = new ArrayList<Float>();
3700 07 May 10 fredrik 605       List<Float> requestSpectraDeltaMassD = new ArrayList<Float>();
4338 25 Jun 12 fredrik 606       ItemFactory factory = new ItemFactory(dc);
3700 07 May 10 fredrik 607       List<Integer> requestSpectraCharge = new ArrayList<Integer>();
4485 10 Jun 13 fredrik 608       List<SearchModification> fixedMods = SearchModification.getFixedMods(peptideHits
4338 25 Jun 12 fredrik 609           .get(0).getIdentificationResultFile(), dc, factory);
3778 18 Aug 10 fredrik 610       DecimalFormatSymbols dfs = new DecimalFormatSymbols(Locale.US);
3778 18 Aug 10 fredrik 611       DecimalFormat fourDecimals = new DecimalFormat("####.0000", dfs);
3700 07 May 10 fredrik 612       // correct only unique ones
3700 07 May 10 fredrik 613       int requestSpectraNr = 0;
4545 26 Feb 14 fredrik 614       log.debug("PKL file:"+pklFile.getName()+" hits:"+peptideHits.size());
4338 25 Jun 12 fredrik 615       for (Hit phit : peptideHits) {
3778 18 Aug 10 fredrik 616         // make sure the file format and its interface
3778 18 Aug 10 fredrik 617         if (!requestSpectraStringID
4338 25 Jun 12 fredrik 618             .contains(phit.getSpectrumStringId())) {
3778 18 Aug 10 fredrik 619           requestSpectraStringID.add(phit.getSpectrumStringId());
4547 28 Feb 14 fredrik 620           String externalID = phit.getExternalId();
4586 13 Nov 15 fredrik 621           if (phit.getDescription().contains("Asn->Asp")) phit.setDescription(phit.getDescription().replace("Asn->Asp", "Deamidation"));
3778 18 Aug 10 fredrik 622           String[] s1 = phit.getDescription().split(" ", 2);
4545 26 Feb 14 fredrik 623           if (s1.length == 2 && s1[1].contains(">"))
4545 26 Feb 14 fredrik 624           {
4545 26 Feb 14 fredrik 625             log.debug("Sequence:"+s1[0]+" mod:"+s1[1]);
4545 26 Feb 14 fredrik 626             String[] parts = s1[1].split(" ");
4545 26 Feb 14 fredrik 627             String newString = null;
4545 26 Feb 14 fredrik 628             for (String s2:parts)
4545 26 Feb 14 fredrik 629             {
4545 26 Feb 14 fredrik 630               if (s2.contains(">"))
4545 26 Feb 14 fredrik 631               {
4545 26 Feb 14 fredrik 632                 int pos = Integer.parseInt(s2.substring(s2.indexOf('@')+2,s2.indexOf('('))); 
4545 26 Feb 14 fredrik 633                 char newchar = s2.charAt(s2.indexOf('>')+1);
4547 28 Feb 14 fredrik 634                 externalID += " " + s2.substring(s2.indexOf('>')-1,s2.indexOf('>')+2) + "@" + pos;
4545 26 Feb 14 fredrik 635                 if (pos>0) --pos;
4545 26 Feb 14 fredrik 636                 String newSeq = s1[0].substring(0,pos)+newchar+s1[0].substring(pos+1);
4545 26 Feb 14 fredrik 637                 s1[0]=newSeq;
4545 26 Feb 14 fredrik 638                 log.debug("new Sequence:"+newSeq);
4545 26 Feb 14 fredrik 639               }
4545 26 Feb 14 fredrik 640               else
4545 26 Feb 14 fredrik 641               {
4545 26 Feb 14 fredrik 642                 if (newString == null) newString=s2;
4545 26 Feb 14 fredrik 643                 else newString+=" "+s2;
4545 26 Feb 14 fredrik 644               }
4545 26 Feb 14 fredrik 645             }
4545 26 Feb 14 fredrik 646             s1[1]=newString;
4545 26 Feb 14 fredrik 647           }
4547 28 Feb 14 fredrik 648           requestSpectraProtein.add(externalID);
3778 18 Aug 10 fredrik 649           requestSpectraSEQ.add(s1[0]); // sequence
4338 25 Jun 12 fredrik 650           if (s1.length == 2) {
3778 18 Aug 10 fredrik 651             requestSpectraModification.add(s1[1]); // modification
3778 18 Aug 10 fredrik 652             // if any
3778 18 Aug 10 fredrik 653             // log.debug(">" + s1[0] + "\t" + s1[1]);
4338 25 Jun 12 fredrik 654           } else {
3778 18 Aug 10 fredrik 655             requestSpectraModification.add(null); // put
3778 18 Aug 10 fredrik 656             // something
3778 18 Aug 10 fredrik 657             // so that
3778 18 Aug 10 fredrik 658             // the order
3778 18 Aug 10 fredrik 659             // is kept
3778 18 Aug 10 fredrik 660             // log.debug(">" + s1[0] + "\n");
3778 18 Aug 10 fredrik 661           }
3778 18 Aug 10 fredrik 662           // expectation value
3778 18 Aug 10 fredrik 663           requestSpectraEXP.add(phit.getExpectationValue());
3778 18 Aug 10 fredrik 664           // combinedFDR
3778 18 Aug 10 fredrik 665           requestSpectraFDR.add(phit.getCombinedFDR());
3778 18 Aug 10 fredrik 666           // experimental mass
3778 18 Aug 10 fredrik 667           requestSpectraExperimentalMassD.add(phit
4338 25 Jun 12 fredrik 668               .getExperimentalMassInDaltons());
3778 18 Aug 10 fredrik 669           // delta mass
3778 18 Aug 10 fredrik 670           requestSpectraDeltaMassD.add(phit.getDeltaMassInDaltons());
3778 18 Aug 10 fredrik 671           // charge
3778 18 Aug 10 fredrik 672           requestSpectraCharge.add(phit.getCharge());
3700 07 May 10 fredrik 673
3778 18 Aug 10 fredrik 674           // IPI IDs and get the appropriate Peptide for
3778 18 Aug 10 fredrik 675           // positional info for each hit
3778 18 Aug 10 fredrik 676           requestSpectraPeaklistFileName.add(phit.getPeakListFile());
3778 18 Aug 10 fredrik 677           String[] s2 = phit.getExternalId().split(",");
3700 07 May 10 fredrik 678
3778 18 Aug 10 fredrik 679           // Start positions
3778 18 Aug 10 fredrik 680           List<String> idlist = new ArrayList<String>();
4338 25 Jun 12 fredrik 681           if (mgfFormat) {
4338 25 Jun 12 fredrik 682             for (int i = 0; i < s2.length; i++) {
4338 25 Jun 12 fredrik 683               String id2 = s2[i]
4338 25 Jun 12 fredrik 684                   + "@"
4338 25 Jun 12 fredrik 685                   + getStartPosition(s2[i],
4338 25 Jun 12 fredrik 686                       phit.getDescription(), dc);
3778 18 Aug 10 fredrik 687               idlist.add(id2);
3700 07 May 10 fredrik 688             }
3778 18 Aug 10 fredrik 689           }
3778 18 Aug 10 fredrik 690           requestSpectraNr++;
3778 18 Aug 10 fredrik 691           log.debug("Retrieved startpos:" + requestSpectraNr);
4264 26 Oct 11 fredrik 692           requestSpectraExternalID.add(idlist);
4264 26 Oct 11 fredrik 693         }
4264 26 Oct 11 fredrik 694       }
4338 25 Jun 12 fredrik 695       if (sslFormat) {
4264 26 Oct 11 fredrik 696         // output for .ssl and output2 for .ms2
4264 26 Oct 11 fredrik 697         PeakListFileInterface peaklistReader = null;
4338 25 Jun 12 fredrik 698         if (requestSpectraStringID.size() > 0) {
4338 25 Jun 12 fredrik 699           log.info("Spectra to retrieve:"
4338 25 Jun 12 fredrik 700               + requestSpectraStringID.size());
4338 25 Jun 12 fredrik 701           if (pklFile.getFileType().getSystemId()
4338 25 Jun 12 fredrik 702               .equals(FileType.MGF_PEAK_LIST)) {
4338 25 Jun 12 fredrik 703             MgfFileReader mgfReader = new MgfFileReader(
4338 25 Jun 12 fredrik 704                 pklFile.getDownloadStream(0));
4264 26 Oct 11 fredrik 705             mgfReader.setTitleUsedAsId(true);
4264 26 Oct 11 fredrik 706             peaklistReader = (PeakListFileInterface) mgfReader;
4338 25 Jun 12 fredrik 707           } else if (pklFile.getFileType().getSystemId()
4338 25 Jun 12 fredrik 708               .equals(FileType.MZML)) {
4338 25 Jun 12 fredrik 709             peaklistReader = new MzMLFileReader(
4338 25 Jun 12 fredrik 710                 pklFile.getDownloadStream(0));
4338 25 Jun 12 fredrik 711           } else if (pklFile.getFileType().getSystemId()
4338 25 Jun 12 fredrik 712               .equals(FileType.MZDATA)) { // mzData
4338 25 Jun 12 fredrik 713             peaklistReader = new PeakListFileImpl(
4338 25 Jun 12 fredrik 714                 pklFile.getDownloadStream(0));
4338 25 Jun 12 fredrik 715           } else {
4264 26 Oct 11 fredrik 716             throw new BaseException(
4338 25 Jun 12 fredrik 717                 pklFile.getName()
4338 25 Jun 12 fredrik 718                     + " is not an MGF or mzData file. Cannot retrieve reporter ion intensities");
4264 26 Oct 11 fredrik 719           }
4264 26 Oct 11 fredrik 720         }
4264 26 Oct 11 fredrik 721         String ms2file = outfile2;
4338 25 Jun 12 fredrik 722         if (outfile2.contains("/")) {
4264 26 Oct 11 fredrik 723           ms2file = outfile2.substring(outfile2.lastIndexOf("/") + 1);
4264 26 Oct 11 fredrik 724         }
4264 26 Oct 11 fredrik 725         Iterator<SpectrumInterface> specins = peaklistReader
4338 25 Jun 12 fredrik 726             .getSpectrum(requestSpectraStringID);
4264 26 Oct 11 fredrik 727         int i = 0;
4338 25 Jun 12 fredrik 728         while (specins.hasNext()) {
4264 26 Oct 11 fredrik 729           SpectrumInterface spec = specins.next();
3700 07 May 10 fredrik 730
4264 26 Oct 11 fredrik 731           double[] masses;
4264 26 Oct 11 fredrik 732           List<SpectrumPrecursor> precursors;
4264 26 Oct 11 fredrik 733           double[] intensities;
3700 07 May 10 fredrik 734
4338 25 Jun 12 fredrik 735           if (spec.listMass() != null) {
4264 26 Oct 11 fredrik 736             masses = spec.listMass();
4338 25 Jun 12 fredrik 737           } else {
4264 26 Oct 11 fredrik 738             masses = null;
4264 26 Oct 11 fredrik 739           }
4338 25 Jun 12 fredrik 740           if (spec.getPrecursors() != null) {
4264 26 Oct 11 fredrik 741             precursors = spec.getPrecursors();
4338 25 Jun 12 fredrik 742           } else {
4264 26 Oct 11 fredrik 743             precursors = null;
4264 26 Oct 11 fredrik 744           }
4338 25 Jun 12 fredrik 745           if (spec.listIntensities() != null) {
4264 26 Oct 11 fredrik 746             intensities = spec.listIntensities();
4338 25 Jun 12 fredrik 747           } else {
4264 26 Oct 11 fredrik 748             intensities = null;
4264 26 Oct 11 fredrik 749           }
4338 25 Jun 12 fredrik 750           if (precursors != null && intensities != null
4338 25 Jun 12 fredrik 751               && requestSpectraModification.get(i) == null) {
4264 26 Oct 11 fredrik 752             Float deltaMassD = requestSpectraDeltaMassD.get(i);
4264 26 Oct 11 fredrik 753             Integer charge = requestSpectraCharge.get(i);
4264 26 Oct 11 fredrik 754             Float experimentalMassD = requestSpectraExperimentalMassD
4338 25 Jun 12 fredrik 755                 .get(i);
4264 26 Oct 11 fredrik 756             // Calculate the theoretical m/z and mass
4338 25 Jun 12 fredrik 757             Float mz = new Float((experimentalMassD - deltaMassD)
4338 25 Jun 12 fredrik 758                 / charge + MONOISTOPIC_PROTON_MASS);
4264 26 Oct 11 fredrik 759             Float mass = experimentalMassD - deltaMassD;
4338 25 Jun 12 fredrik 760             output.write(ms2file + "\t" + spectrumNumber + "\t"
4338 25 Jun 12 fredrik 761                 + charge + "\t" + requestSpectraSEQ.get(i)
4338 25 Jun 12 fredrik 762                 + "\n");
4338 25 Jun 12 fredrik 763             output2.write("S\t" + spectrumNumber + "\t"
4338 25 Jun 12 fredrik 764                 + spectrumNumber + "\t" + mz + "\n");
4338 25 Jun 12 fredrik 765             output2.write("I\t"
4338 25 Jun 12 fredrik 766                 + requestSpectraPeaklistFileName.get(i)
4338 25 Jun 12 fredrik 767                     .getName() + " "
4338 25 Jun 12 fredrik 768                 + requestSpectraStringID.get(i) + "\n");
4264 26 Oct 11 fredrik 769             output2.write("Z\t" + charge + "\t" + mass + "\n");
4264 26 Oct 11 fredrik 770             double max = 0;
4264 26 Oct 11 fredrik 771             double[] normalizedIntensities = new double[intensities.length];
4338 25 Jun 12 fredrik 772             for (double inte : intensities) {
4338 25 Jun 12 fredrik 773               if (inte > max) {
4264 26 Oct 11 fredrik 774                 max = inte;
4264 26 Oct 11 fredrik 775               }
4264 26 Oct 11 fredrik 776             }
4264 26 Oct 11 fredrik 777             double ratio = 100 / max;
4338 25 Jun 12 fredrik 778             for (int j = 0; j < intensities.length; j++) {
4264 26 Oct 11 fredrik 779               normalizedIntensities[j] = ratio * intensities[j];
4264 26 Oct 11 fredrik 780             }
4264 26 Oct 11 fredrik 781
4264 26 Oct 11 fredrik 782             // print out masses and intensities
4338 25 Jun 12 fredrik 783             if (masses.length == normalizedIntensities.length) {
4338 25 Jun 12 fredrik 784               for (int k = 0; k < masses.length; k++) {
4338 25 Jun 12 fredrik 785                 output2.write(fourDecimals.format(masses[k])
4338 25 Jun 12 fredrik 786                     + " " + normalizedIntensities[k] + "\n");
4264 26 Oct 11 fredrik 787               }
4264 26 Oct 11 fredrik 788             }
4264 26 Oct 11 fredrik 789             spectrumNumber++;
4264 26 Oct 11 fredrik 790           }
4264 26 Oct 11 fredrik 791           i++;
3700 07 May 10 fredrik 792         }
4338 25 Jun 12 fredrik 793       } else if (mgfFormat) {
3700 07 May 10 fredrik 794         PeakListFileInterface peaklistReader = null;
4338 25 Jun 12 fredrik 795         if (requestSpectraStringID.size() > 0) {
4338 25 Jun 12 fredrik 796           log.info("Spectra to retrieve:"
4338 25 Jun 12 fredrik 797               + requestSpectraStringID.size());
4338 25 Jun 12 fredrik 798           if (pklFile.getFileType().getSystemId()
4338 25 Jun 12 fredrik 799               .equals(FileType.MGF_PEAK_LIST)) {
4338 25 Jun 12 fredrik 800             MgfFileReader mgfReader = new MgfFileReader(
4338 25 Jun 12 fredrik 801                 pklFile.getDownloadStream(0));
3700 07 May 10 fredrik 802             mgfReader.setTitleUsedAsId(true);
3700 07 May 10 fredrik 803             peaklistReader = (PeakListFileInterface) mgfReader;
4338 25 Jun 12 fredrik 804           } else if (pklFile.getFileType().getSystemId()
4338 25 Jun 12 fredrik 805               .equals(FileType.MZML)) {
4338 25 Jun 12 fredrik 806             peaklistReader = new MzMLFileReader(
4338 25 Jun 12 fredrik 807                 pklFile.getDownloadStream(0));
4338 25 Jun 12 fredrik 808           } else if (pklFile.getFileType().getSystemId()
4338 25 Jun 12 fredrik 809               .equals(FileType.MZDATA)) { // mzData
4338 25 Jun 12 fredrik 810             peaklistReader = new PeakListFileImpl(
4338 25 Jun 12 fredrik 811                 pklFile.getDownloadStream(0));
4338 25 Jun 12 fredrik 812           } else {
3700 07 May 10 fredrik 813             throw new BaseException(
4338 25 Jun 12 fredrik 814                 pklFile.getName()
4338 25 Jun 12 fredrik 815                     + " is not an MGF or mzData file. Cannot retrieve reporter ion intensities");
3700 07 May 10 fredrik 816           }
3700 07 May 10 fredrik 817         }
3700 07 May 10 fredrik 818         Iterator<SpectrumInterface> specins = peaklistReader
4338 25 Jun 12 fredrik 819             .getSpectrum(requestSpectraStringID);
3700 07 May 10 fredrik 820         int i = 0;
4338 25 Jun 12 fredrik 821         while (specins.hasNext()) {
3700 07 May 10 fredrik 822           SpectrumInterface spec = specins.next();
3700 07 May 10 fredrik 823
3700 07 May 10 fredrik 824           double[] masses;
3700 07 May 10 fredrik 825           double[] intensities;
3700 07 May 10 fredrik 826           double retentionTime = -1;
3700 07 May 10 fredrik 827
4338 25 Jun 12 fredrik 828           if (spec.listMass() != null) {
3700 07 May 10 fredrik 829             masses = spec.listMass();
4338 25 Jun 12 fredrik 830           } else {
3700 07 May 10 fredrik 831             masses = null;
3700 07 May 10 fredrik 832           }
4338 25 Jun 12 fredrik 833           if (spec.listIntensities() != null) {
3700 07 May 10 fredrik 834             intensities = spec.listIntensities();
4338 25 Jun 12 fredrik 835           } else {
3700 07 May 10 fredrik 836             intensities = null;
3700 07 May 10 fredrik 837           }
4338 25 Jun 12 fredrik 838           if (spec.getRetentionTimeInMinutes() != null) {
3700 07 May 10 fredrik 839             retentionTime = spec.getRetentionTimeInMinutes();
3700 07 May 10 fredrik 840           }
3700 07 May 10 fredrik 841
3700 07 May 10 fredrik 842           output.write("BEGIN IONS" + "\n");
4338 25 Jun 12 fredrik 843           output.write("#SPECTRUMID=" + requestSpectraStringID.get(i)
4338 25 Jun 12 fredrik 844               + "\n");
4338 25 Jun 12 fredrik 845           output.write("#PEAKLISTFILE="
4338 25 Jun 12 fredrik 846               + requestSpectraPeaklistFileName.get(i) + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 847           output.write("#RETENTIONTIME=" + retentionTime + "\n");
4338 25 Jun 12 fredrik 848           output.write("#COMBINEDFDR=" + requestSpectraFDR.get(i)
4338 25 Jun 12 fredrik 849               + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 850           Float experimentalMassD = requestSpectraExperimentalMassD
4338 25 Jun 12 fredrik 851               .get(i);
4338 25 Jun 12 fredrik 852           output.write("#EXPERIMENTALMASS=" + experimentalMassD
4338 25 Jun 12 fredrik 853               + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 854           Float deltaMassD = requestSpectraDeltaMassD.get(i);
3700 07 May 10 fredrik 855           output.write("#DELTAMASS=" + deltaMassD + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 856           Integer charge = requestSpectraCharge.get(i);
3700 07 May 10 fredrik 857
3700 07 May 10 fredrik 858           // Calculate the theoretical m/z and mass
4338 25 Jun 12 fredrik 859           Float mz = new Float((experimentalMassD - deltaMassD)
4338 25 Jun 12 fredrik 860               / charge + MONOISTOPIC_PROTON_MASS);
3700 07 May 10 fredrik 861           Float mass = experimentalMassD - deltaMassD;
3700 07 May 10 fredrik 862
3700 07 May 10 fredrik 863           output.write("#THEORETICALMASS=" + mass + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 864           // if (retentionTime != -1) {
3700 07 May 10 fredrik 865           // output.write(retentionTime + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 866           // }
3700 07 May 10 fredrik 867           // print out precursors
4338 25 Jun 12 fredrik 868           output.write("PEPMASS=" + mz + "\n" + "CHARGE=" + charge
4338 25 Jun 12 fredrik 869               + "\n");
4338 25 Jun 12 fredrik 870           output.write("PEPSEQ=" + requestSpectraSEQ.get(i) + "\n"
4338 25 Jun 12 fredrik 871               + "PEPEXP=" + requestSpectraEXP.get(i) + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 872
4338 25 Jun 12 fredrik 873           if (requestSpectraModification.get(i) != null) {
3700 07 May 10 fredrik 874             processModificationMGF(output,
4338 25 Jun 12 fredrik 875                 requestSpectraSEQ.get(i),
4338 25 Jun 12 fredrik 876                 requestSpectraModification.get(i));
3700 07 May 10 fredrik 877           }
4338 25 Jun 12 fredrik 878           output.write("#1-EVALUE=" + (1 - requestSpectraEXP.get(i))
4338 25 Jun 12 fredrik 879               + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 880           List<String> acclist = requestSpectraExternalID.get(i);
4338 25 Jun 12 fredrik 881           for (String acc : acclist) {
3700 07 May 10 fredrik 882             output.write("PEPACC=" + acc + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 883           }
3700 07 May 10 fredrik 884
3700 07 May 10 fredrik 885           // output.write("GPMp=" + "Null" + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 886           // (phit.getExperimentalMassInDaltons() -
3700 07 May 10 fredrik 887           // phit.getDeltaMassInDaltons()) + "\t" +
3700 07 May 10 fredrik 888           // phit.getPeakListFile() + "\t" +
3700 07 May 10 fredrik 889           // phit.getSpectrumStringId() + "\t" +
3700 07 May 10 fredrik 890           // phit.getCombinedFDR() + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 891           // output.write(retentionTime + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 892
3700 07 May 10 fredrik 893           // normalized intensities so that the most intense
3700 07 May 10 fredrik 894           // peak has the value of 100
3700 07 May 10 fredrik 895           double max = 0;
3700 07 May 10 fredrik 896           double[] normalizedIntensities = new double[intensities.length];
4338 25 Jun 12 fredrik 897           for (double inte : intensities) {
4338 25 Jun 12 fredrik 898             if (inte > max) {
3700 07 May 10 fredrik 899               max = inte;
3700 07 May 10 fredrik 900             }
3700 07 May 10 fredrik 901           }
3700 07 May 10 fredrik 902           double ratio = 100 / max;
4338 25 Jun 12 fredrik 903           for (int j = 0; j < intensities.length; j++) {
3700 07 May 10 fredrik 904             normalizedIntensities[j] = ratio * intensities[j];
3700 07 May 10 fredrik 905           }
3700 07 May 10 fredrik 906
3700 07 May 10 fredrik 907           // print out masses and intensities
4338 25 Jun 12 fredrik 908           if (masses.length == normalizedIntensities.length) {
4338 25 Jun 12 fredrik 909             for (int k = 0; k < masses.length; k++) {
3700 07 May 10 fredrik 910               output.write(masses[k] + " " + // tab cannot be
4338 25 Jun 12 fredrik 911                   // accepted
4338 25 Jun 12 fredrik 912                   normalizedIntensities[k] + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 913             }
4338 25 Jun 12 fredrik 914           } else {
4338 25 Jun 12 fredrik 915             output.write("The length of the two arrays is not equal\n");
3700 07 May 10 fredrik 916           }
3700 07 May 10 fredrik 917
3700 07 May 10 fredrik 918           // First check if there are any peptide hits that are
3700 07 May 10 fredrik 919           // missing total
3700 07 May 10 fredrik 920           // intensity and if missing either of them,
3700 07 May 10 fredrik 921           // if (phit.getSpectrumId() != null &&
3700 07 May 10 fredrik 922           // phit.getSpectrumId().intValue() > 0 &&
3700 07 May 10 fredrik 923           // (phit.getTotalIntensity() == null || phit
3700 07 May 10 fredrik 924           // .getRetentionTimeInMinutes() == null))
3700 07 May 10 fredrik 925           // {
3700 07 May 10 fredrik 926
3700 07 May 10 fredrik 927           // double totint = 0;
3700 07 May 10 fredrik 928           // totalIntensities.add(new Double(totint));
3700 07 May 10 fredrik 929           // calculating total intensity
3700 07 May 10 fredrik 930           // double[] intensities = spec.listIntensities();
3700 07 May 10 fredrik 931           // for (int i = 0; i < intensities.length; i++)
3700 07 May 10 fredrik 932           // {
3700 07 May 10 fredrik 933           // totint += intensities[i];
3700 07 May 10 fredrik 934           // }
3700 07 May 10 fredrik 935           // totalIntensities.add(new Double(totint));
3700 07 May 10 fredrik 936           // }
3700 07 May 10 fredrik 937
3700 07 May 10 fredrik 938           output.write("END IONS" + "\n\n");
3700 07 May 10 fredrik 939           i++;
3700 07 May 10 fredrik 940         }
3700 07 May 10 fredrik 941         // output.write(requestSpectraNr + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 942       }
3700 07 May 10 fredrik 943
4264 26 Oct 11 fredrik 944       else if (mspFormat) // use output2
3700 07 May 10 fredrik 945       {
3700 07 May 10 fredrik 946         PeakListFileInterface peaklistReader = null;
4338 25 Jun 12 fredrik 947         if (requestSpectraStringID.size() > 0) {
4338 25 Jun 12 fredrik 948           log.info("Spectra to retrieve:"
4338 25 Jun 12 fredrik 949               + requestSpectraStringID.size());
4338 25 Jun 12 fredrik 950           if (pklFile.getFileType().getSystemId()
4338 25 Jun 12 fredrik 951               .equals(FileType.MGF_PEAK_LIST)) {
4338 25 Jun 12 fredrik 952             MgfFileReader mgfReader = new MgfFileReader(
4338 25 Jun 12 fredrik 953                 pklFile.getDownloadStream(0));
3700 07 May 10 fredrik 954             mgfReader.setTitleUsedAsId(true);
3700 07 May 10 fredrik 955             peaklistReader = (PeakListFileInterface) mgfReader;
4338 25 Jun 12 fredrik 956           } else if (pklFile.getFileType().getSystemId()
4338 25 Jun 12 fredrik 957               .equals(FileType.MZML)) {
4338 25 Jun 12 fredrik 958             peaklistReader = new MzMLFileReader(
4338 25 Jun 12 fredrik 959                 pklFile.getDownloadStream(0));
4338 25 Jun 12 fredrik 960           } else if (pklFile.getFileType().getSystemId()
4338 25 Jun 12 fredrik 961               .equals(FileType.MZDATA)) { // mzData
4338 25 Jun 12 fredrik 962             peaklistReader = new PeakListFileImpl(
4338 25 Jun 12 fredrik 963                 pklFile.getDownloadStream(0));
4338 25 Jun 12 fredrik 964           } else {
3700 07 May 10 fredrik 965             throw new BaseException(
4338 25 Jun 12 fredrik 966                 pklFile.getName()
4338 25 Jun 12 fredrik 967                     + " is not an MGF or mzData file. Cannot retrieve reporter ion intensities");
3700 07 May 10 fredrik 968           }
3700 07 May 10 fredrik 969         }
3700 07 May 10 fredrik 970         Iterator<SpectrumInterface> specins = peaklistReader
4338 25 Jun 12 fredrik 971             .getSpectrum(requestSpectraStringID);
3700 07 May 10 fredrik 972         int i = 0;
4338 25 Jun 12 fredrik 973         while (specins.hasNext()) {
3700 07 May 10 fredrik 974           SpectrumInterface spec = specins.next();
3700 07 May 10 fredrik 975
3700 07 May 10 fredrik 976           double[] masses;
3700 07 May 10 fredrik 977           double[] intensities;
3700 07 May 10 fredrik 978           double retentionTime = -1;
3700 07 May 10 fredrik 979
4338 25 Jun 12 fredrik 980           if (spec.listMass() != null) {
3700 07 May 10 fredrik 981             masses = spec.listMass();
4338 25 Jun 12 fredrik 982           } else {
3700 07 May 10 fredrik 983             masses = null;
3700 07 May 10 fredrik 984           }
4338 25 Jun 12 fredrik 985           if (spec.listIntensities() != null) {
3700 07 May 10 fredrik 986             intensities = spec.listIntensities();
4338 25 Jun 12 fredrik 987           } else {
3700 07 May 10 fredrik 988             intensities = null;
3700 07 May 10 fredrik 989           }
4338 25 Jun 12 fredrik 990           if (spec.getRetentionTimeInMinutes() != null) {
3700 07 May 10 fredrik 991             retentionTime = spec.getRetentionTimeInMinutes();
3700 07 May 10 fredrik 992           }
3700 07 May 10 fredrik 993           Float experimentalMassD = requestSpectraExperimentalMassD
4338 25 Jun 12 fredrik 994               .get(i);
3700 07 May 10 fredrik 995           Float deltaMassD = requestSpectraDeltaMassD.get(i);
3700 07 May 10 fredrik 996           Integer charge = requestSpectraCharge.get(i);
3700 07 May 10 fredrik 997           // Calculate the theoretical m/z and mass
4338 25 Jun 12 fredrik 998           Float mz = new Float((experimentalMassD - deltaMassD)
4338 25 Jun 12 fredrik 999               / charge + MONOISTOPIC_PROTON_MASS);
3700 07 May 10 fredrik 1000           Float mass = experimentalMassD - deltaMassD;
4300 13 Mar 12 fredrik 1001           String mods = processModificationMSP(output2, factory,
4338 25 Jun 12 fredrik 1002               requestSpectraSEQ.get(i),
4338 25 Jun 12 fredrik 1003               requestSpectraModification.get(i), fixedMods);
4545 26 Feb 14 fredrik 1004           List<ObservedModification> obsMods = ObservedModification.getModList(requestSpectraSEQ.get(i), requestSpectraModification.get(i),
4545 26 Feb 14 fredrik 1005             fixedMods, factory);
4545 26 Feb 14 fredrik 1006           se.lth.immun.chem.Peptide pep = PeptideUtil.standardPeptideFromString(requestSpectraSEQ.get(i));
4545 26 Feb 14 fredrik 1007           for (ObservedModification om : obsMods)
4545 26 Feb 14 fredrik 1008           {
4545 26 Feb 14 fredrik 1009             int pos = om.getPosition();
4548 28 Feb 14 fredrik 1010             if (om.getDiffFormula()!=null)
4548 28 Feb 14 fredrik 1011             {
4548 28 Feb 14 fredrik 1012               ModifiedAminoAcid maa = new ModifiedAminoAcid(pep.aminoAcids[pos],Modifier.parseMolecule(om.getDiffFormula()));
4548 28 Feb 14 fredrik 1013               pep.aminoAcids[pos]=maa;
4548 28 Feb 14 fredrik 1014             }
4548 28 Feb 14 fredrik 1015             else
4548 28 Feb 14 fredrik 1016             {
4548 28 Feb 14 fredrik 1017               output2.write("WARNING! Couldn't calculate modification properly for peptide:"+om.getName()+"\n");
4548 28 Feb 14 fredrik 1018             }
4545 26 Feb 14 fredrik 1019           }
4545 26 Feb 14 fredrik 1020           List<Ion<PeptideFragment>> ions = PeptideUtil.possibleYAndBIons(pep, 2);
4300 13 Mar 12 fredrik 1021           output2.write(charge + "\n" + "MW: " + mass + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 1022           // List<Double> parent = new ArrayList<Double>();
3700 07 May 10 fredrik 1023           // List<Integer> charge = new ArrayList<Integer>();
3700 07 May 10 fredrik 1024           // log.debug(precursors.size());
3700 07 May 10 fredrik 1025           // if (!precursors.equals(null)) {
3700 07 May 10 fredrik 1026           // for (int k=0; k < precursors.size(); k++) {
3700 07 May 10 fredrik 1027           // SpectrumPrecursor sp = precursors.get(k);
3700 07 May 10 fredrik 1028           // parent.add(sp.getMassToChargeRatio());
3700 07 May 10 fredrik 1029           // charge.add(sp.getCharge());
3700 07 May 10 fredrik 1030           // output2.write(charge.get(k)
3700 07 May 10 fredrik 1031           // + "\n" + "MW: " + parent.get(k)*charge.get(k) + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 1032           // }
3700 07 May 10 fredrik 1033           // }
3700 07 May 10 fredrik 1034           // else {
3700 07 May 10 fredrik 1035           // output2.write("null" + "\n" + "null\n");
3700 07 May 10 fredrik 1036           // }
3700 07 May 10 fredrik 1037
3700 07 May 10 fredrik 1038           // comment line
3700 07 May 10 fredrik 1039           output2.write("Comment:");
3700 07 May 10 fredrik 1040           output2.write(" OrigFile=" + pklFile.getName()); // Used to
3700 07 May 10 fredrik 1041           // be
3700 07 May 10 fredrik 1042           // PeakListfile
3700 07 May 10 fredrik 1043           output2.write(" RetentionTime=" + retentionTime);
4338 25 Jun 12 fredrik 1044           output2.write(" 1-evalue=" + (1 - requestSpectraEXP.get(i)));
3700 07 May 10 fredrik 1045           output2.write(" CombinedFDR=" + requestSpectraFDR.get(i));
3700 07 May 10 fredrik 1046           output2.write(" ExperimentalMass=" + experimentalMassD);
3700 07 May 10 fredrik 1047           output2.write(" DeltaMass=" + deltaMassD);
3700 07 May 10 fredrik 1048           output2.write(" Parent=" + mz); // used to be TheoreticalMZ
3700 07 May 10 fredrik 1049           // output2.write(" Spec= ");
3700 07 May 10 fredrik 1050           // output2.write(" Pep=Tryptic");
3700 07 May 10 fredrik 1051           // output2.write(" Fullname= ");
4547 28 Feb 14 fredrik 1052           output2.write(" Protein=\""+requestSpectraProtein.get(i)+"\"");
4338 25 Jun 12 fredrik 1053           if (mods == null) {
4300 13 Mar 12 fredrik 1054             output2.write(" Mods=0 \n");
4338 25 Jun 12 fredrik 1055           } else {
4300 13 Mar 12 fredrik 1056             output2.write(" Mods=" + mods + " \n");
3700 07 May 10 fredrik 1057           }
3700 07 May 10 fredrik 1058           // output2.write(" Parent=" + parent.get(0));
3700 07 May 10 fredrik 1059           // output2.write(" Inst= ");
3700 07 May 10 fredrik 1060           // output2.write(" Mz_diff= ");
3700 07 May 10 fredrik 1061           // output2.write(" Mz_exact= ");
3700 07 May 10 fredrik 1062           // output2.write(" Mz_az= ");
4547 28 Feb 14 fredrik 1063           
3700 07 May 10 fredrik 1064           // output2.write(" /gene= ");
3700 07 May 10 fredrik 1065           // output2.write(" /function= ");
3700 07 May 10 fredrik 1066           // output2.write(" Pseq= ");
3700 07 May 10 fredrik 1067           // output2.write(" Organism= ");
3700 07 May 10 fredrik 1068           // output2.write(" Se= ");
3700 07 May 10 fredrik 1069           // output2.write(" Sample= ");
3700 07 May 10 fredrik 1070           // output2.write(" Nreps= ");
3700 07 May 10 fredrik 1071           // output2.write(" Missing= ");
3700 07 May 10 fredrik 1072           // output2.write(" Parent_med= ");
3700 07 May 10 fredrik 1073           // output2.write(" Max2med_orig= ");
3700 07 May 10 fredrik 1074           // output2.write(" Dotfull= ");
3700 07 May 10 fredrik 1075           // output2.write(" Dot_cons= ");
3700 07 May 10 fredrik 1076           // output2.write(" Unassign_all= ");
3700 07 May 10 fredrik 1077           // output2.write(" Unassigned= ");
3700 07 May 10 fredrik 1078           // output2.write(" Dotbest= ");
3700 07 May 10 fredrik 1079           // output2.write(" Flags= ");
3700 07 May 10 fredrik 1080           // output2.write(" Naa= ");
3700 07 May 10 fredrik 1081           // output2.write(" DUScorr= ");
3700 07 May 10 fredrik 1082           // output2.write(" Dottheory= ");
3700 07 May 10 fredrik 1083           // output2.write(" Pfin= ");
3700 07 May 10 fredrik 1084           // output2.write(" Probcorr= ");
3700 07 May 10 fredrik 1085           // output2.write(" Tfratio= ");
3700 07 May 10 fredrik 1086           // output2.write(" Pfract= ");
3700 07 May 10 fredrik 1087
3700 07 May 10 fredrik 1088           // normalized intensities so that the most intense
3700 07 May 10 fredrik 1089           // peak has the value of 10000 (changed from 100)
3700 07 May 10 fredrik 1090           double max = 0;
4338 25 Jun 12 fredrik 1091           for (double inte : intensities) {
4338 25 Jun 12 fredrik 1092             if (inte > max) {
3700 07 May 10 fredrik 1093               max = inte;
3700 07 May 10 fredrik 1094             }
3700 07 May 10 fredrik 1095           }
3700 07 May 10 fredrik 1096           double ratio = 10000 / max;
3700 07 May 10 fredrik 1097           List<Double> mzs = new ArrayList<Double>();
3700 07 May 10 fredrik 1098           List<Integer> ints = new ArrayList<Integer>();
4338 25 Jun 12 fredrik 1099           for (int j = 0; j < intensities.length; j++) {
3700 07 May 10 fredrik 1100             int ni = (int) (ratio * intensities[j]);
4338 25 Jun 12 fredrik 1101             if (ni > 5) {
3700 07 May 10 fredrik 1102               mzs.add(new Double(masses[j]));
3700 07 May 10 fredrik 1103               ints.add(new Integer(ni));
3700 07 May 10 fredrik 1104             }
3700 07 May 10 fredrik 1105           }
3700 07 May 10 fredrik 1106
3700 07 May 10 fredrik 1107           output2.write("Num peaks: " + mzs.size() + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 1108           // print out masses and intensities
4338 25 Jun 12 fredrik 1109           for (int l = 0; l < mzs.size(); l++) {
4546 27 Feb 14 fredrik 1110             List<Ion<PeptideFragment>> matchedIons = PeptideUtil.matchingIons(ions, mzs.get(l), mzTolerance);
4546 27 Feb 14 fredrik 1111             if (!matchedIons.isEmpty())
4545 26 Feb 14 fredrik 1112             {
4546 27 Feb 14 fredrik 1113               double mzTheoretical = matchedIons.get(0).mz(); 
4546 27 Feb 14 fredrik 1114               String s = PeptideUtil.matchedIonsAsString(matchedIons);              
4546 27 Feb 14 fredrik 1115               output2.write(fourDecimals.format(mzTheoretical) + "\t"
4546 27 Feb 14 fredrik 1116                   + ints.get(l) + "\t\""+s+"\"\n");
4545 26 Feb 14 fredrik 1117             }
4545 26 Feb 14 fredrik 1118             else
4545 26 Feb 14 fredrik 1119             {
4546 27 Feb 14 fredrik 1120               output2.write(fourDecimals.format(mzs.get(l)) + "\t"
4546 27 Feb 14 fredrik 1121                   + ints.get(l) + "\t\"?\"\n");
4545 26 Feb 14 fredrik 1122             }
3700 07 May 10 fredrik 1123           }
3700 07 May 10 fredrik 1124           output2.write("\n");
3700 07 May 10 fredrik 1125           i++;
3700 07 May 10 fredrik 1126           // output.write(requestSpectraNr + "\n");
3700 07 May 10 fredrik 1127         } // while
3700 07 May 10 fredrik 1128       } // if
4338 25 Jun 12 fredrik 1129     } catch (Exception e) {
3700 07 May 10 fredrik 1130       throw new BaseException(e);
3700 07 May 10 fredrik 1131     }
3700 07 May 10 fredrik 1132   }
3700 07 May 10 fredrik 1133
4300 13 Mar 12 fredrik 1134
4300 13 Mar 12 fredrik 1135
4338 25 Jun 12 fredrik 1136   private int getStartPosition(String accession, String sequence, DbControl dc) {
3700 07 May 10 fredrik 1137     ItemQuery<Peptide> pepQuery = Peptide.getQuery();
3700 07 May 10 fredrik 1138     String[] s = sequence.split(" ");
3700 07 May 10 fredrik 1139     List<Peptide> pepList = null;
4338 25 Jun 12 fredrik 1140     if (accession != null && accession.length() > 0 && sequence != null
4338 25 Jun 12 fredrik 1141         && sequence.length() > 0) {
3700 07 May 10 fredrik 1142       pepQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("accessionNumber"),
4338 25 Jun 12 fredrik 1143           Expressions.parameter("accessionNumber")));
3700 07 May 10 fredrik 1144       pepQuery.setParameter("accessionNumber", accession, null);
3700 07 May 10 fredrik 1145       pepQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("sequence"),
4338 25 Jun 12 fredrik 1146           Expressions.parameter("sequence")));
3700 07 May 10 fredrik 1147       pepQuery.setParameter("sequence", s[0], null);
3700 07 May 10 fredrik 1148       pepList = pepQuery.list(dc);
3700 07 May 10 fredrik 1149     }
4338 25 Jun 12 fredrik 1150     if (pepList != null && !pepList.isEmpty()) {
3700 07 May 10 fredrik 1151       return pepList.get(0).getStartPosition();
4338 25 Jun 12 fredrik 1152     } else {
3700 07 May 10 fredrik 1153       return 0;
3700 07 May 10 fredrik 1154     }
3700 07 May 10 fredrik 1155   }
4301 13 Mar 12 fredrik 1156
4338 25 Jun 12 fredrik 1157   private class PeakListHitComparator implements Comparator<Hit> {
4301 13 Mar 12 fredrik 1158     @Override
4338 25 Jun 12 fredrik 1159     public int compare(Hit o1, Hit o2) {
4301 13 Mar 12 fredrik 1160       return o1.getPeakListFile().getId() - o2.getPeakListFile().getId();
4301 13 Mar 12 fredrik 1161     }
4300 13 Mar 12 fredrik 1162   }
4300 13 Mar 12 fredrik 1163
3700 07 May 10 fredrik 1164 }

Generated on Thu Jul 20 09:48:01 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)