doc/course/src/exercise/analysing_ms_results.html

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4093 12 Jan 11 gregory 4
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4093 12 Jan 11 gregory 11   <title>Proteios Software Environment Exercise</title>
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4093 12 Jan 11 gregory 13
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4093 12 Jan 11 gregory 15   <h1>Analysing MS results and preparing data for publication</h1><a class="printhide" href="course_front.html">&laquo; Back</a>
4093 12 Jan 11 gregory 16
4093 12 Jan 11 gregory 17   <p>In this exercise you will practice</p>
4093 12 Jan 11 gregory 18
4093 12 Jan 11 gregory 19   <ul>
4093 12 Jan 11 gregory 20     <li>view search results</li>
4093 12 Jan 11 gregory 21
4093 12 Jan 11 gregory 22     <li>analyze search results</li>
4093 12 Jan 11 gregory 23
4093 12 Jan 11 gregory 24     <li>preparing data for publication (PRIDE)</li>
4093 12 Jan 11 gregory 25   </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 26
4093 12 Jan 11 gregory 27   <h2>Import data</h2>
4093 12 Jan 11 gregory 28
4093 12 Jan 11 gregory 29   <p class="note">Depending on the timelinit of the course this part may already been done for you.</p>
4093 12 Jan 11 gregory 30
4093 12 Jan 11 gregory 31   <ol>
4093 12 Jan 11 gregory 32     <li>Go to your Home view</li>
4093 12 Jan 11 gregory 33
4093 12 Jan 11 gregory 34     <li>Click the course project with your username and todays date next to it.
4093 12 Jan 11 gregory 35
4093 12 Jan 11 gregory 36       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 37         <li>This project is a non gel based project with two samples <b>ADH</b> and <b>Glu1</b></li>
4093 12 Jan 11 gregory 38
4093 12 Jan 11 gregory 39         <li>It also contains several data files which we'll use below.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 40       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 41     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 42
4093 12 Jan 11 gregory 43     <li>Start data import using
4093 12 Jan 11 gregory 44
4093 12 Jan 11 gregory 45       <ol class="clickstream in">
4093 12 Jan 11 gregory 46         <li>Non-Gel Hits Import Wizard</li>
4093 12 Jan 11 gregory 47       </ol>
4093 12 Jan 11 gregory 48
4093 12 Jan 11 gregory 49       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 50         <li>Enter <i>ADH</i> in field <b>Or enter new:</b> as we want to import data files related to this sample.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 51       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 52     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 53
4093 12 Jan 11 gregory 54     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 55       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 56         <li>Next - Select PeakList File[s]</li>
4093 12 Jan 11 gregory 57       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 58     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 59
4093 12 Jan 11 gregory 60     <li>Check the checkbox next to file <b>ADH_100126_mix.mzData</b></li>
4093 12 Jan 11 gregory 61
4093 12 Jan 11 gregory 62     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 63       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 64         <li>Import</li>
4093 12 Jan 11 gregory 65       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 66
4093 12 Jan 11 gregory 67       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 68         <li>You have now created a job that will run at a later time. You can see see your ongoing jobs in the project home view.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 69       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 70     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 71
4093 12 Jan 11 gregory 72     <li>Repeat steps 3-6 for sample <i>Glu1</i> and file <b>100427_yeast_Glu_1.mzData</b></li>
4093 12 Jan 11 gregory 73
4093 12 Jan 11 gregory 74     <li>Open the Non-Gel Hits Import Wizard again from the project overview.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 75
4093 12 Jan 11 gregory 76     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 77       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 78         <li>Next - Select Search Result File[s]</li>
4093 12 Jan 11 gregory 79       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 80     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 81
4093 12 Jan 11 gregory 82     <li>Select all <b>.xml</b> files, these are our Mascot search results.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 83
4093 12 Jan 11 gregory 84     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 85       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 86         <li>Import</li>
4093 12 Jan 11 gregory 87       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 88
4093 12 Jan 11 gregory 89       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 90         <li>Wait until the jobs have been executed, note you can reload the project home view for better view of which jobs are left.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 91
4093 12 Jan 11 gregory 92         <li>Once all jobs have finnished click
4093 12 Jan 11 gregory 93
4093 12 Jan 11 gregory 94           <ul class="clickstream in">
4093 12 Jan 11 gregory 95             <li>Hits Report</li>
4093 12 Jan 11 gregory 96           </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 97         </li>
4093 12 Jan 11 gregory 98       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 99     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 100   </ol>
4093 12 Jan 11 gregory 101
4093 12 Jan 11 gregory 102   <h2>Data analysis</h2>
4093 12 Jan 11 gregory 103
4093 12 Jan 11 gregory 104   <p>Once your data has been imported you use the <b>Hits Report</b> to view and analyse your data. In this exercise you'll learn to apply filters on the data and finally export the data to PRIDE format.</p>
4093 12 Jan 11 gregory 105
4093 12 Jan 11 gregory 106   <ol>
4093 12 Jan 11 gregory 107     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 108       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 109         <li>My Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 110
4093 12 Jan 11 gregory 111         <li>Overview</li>
4093 12 Jan 11 gregory 112
4093 12 Jan 11 gregory 113         <li>Hits Report</li>
4093 12 Jan 11 gregory 114       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 115
4093 12 Jan 11 gregory 116       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 117         <li>Below each column where filters may be applied has a textfield or selectbox below the title.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 118
4093 12 Jan 11 gregory 119         <li>In the filter you write an matching operator followed by a value, eg. =10 would match any value that equals 10</li>
4093 12 Jan 11 gregory 120
4093 12 Jan 11 gregory 121         <li>Wildcards are allowed e.g. =ADH_* in the Search results file column would show all rows containing the a filename starting with ADH_</li>
4093 12 Jan 11 gregory 122       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 123     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 124
4093 12 Jan 11 gregory 125     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 126       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 127         <li>Table Options</li>
4093 12 Jan 11 gregory 128       </ul>in the top right corner of the table.
4093 12 Jan 11 gregory 129
4093 12 Jan 11 gregory 130       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 131         <li>The <b>Table Options</b> allow you to show/hide colums, change their position and sort on the values.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 132       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 133     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 134
4093 12 Jan 11 gregory 135     <li>Deselect <b>Spectrum ID (string)</b> and select <b>Score Type</b></li>
4093 12 Jan 11 gregory 136
4093 12 Jan 11 gregory 137     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 138       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 139         <li>Apply</li>
4093 12 Jan 11 gregory 140       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 141     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 142
4093 12 Jan 11 gregory 143     <li>Show only Proteins in the report (hint, scroll to the very right of the report table)
4093 12 Jan 11 gregory 144
4093 12 Jan 11 gregory 145       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 146         <li>When you change a filter with a select box you may have to click on <b>Update</b> in the toolbar to apply the filter.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 147       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 148     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 149
4093 12 Jan 11 gregory 150     <li>Show only Mascot peptide score
4093 12 Jan 11 gregory 151
4093 12 Jan 11 gregory 152       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 153         <li>Apply filter to <b>Score Type</b></li>
4093 12 Jan 11 gregory 154
4093 12 Jan 11 gregory 155         <li>Remember to remove other filters</li>
4093 12 Jan 11 gregory 156       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 157     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 158
4093 12 Jan 11 gregory 159     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 160       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 161         <li>ADH_100126_mix_20100428_F025760.xml</li>
4093 12 Jan 11 gregory 162       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 163
4093 12 Jan 11 gregory 164       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 165         <li>The search result file contains more information such as database searched, digest parameters, modifications and sequence information.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 166       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 167     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 168
4093 12 Jan 11 gregory 169     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 170       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 171         <li>My Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 172
4093 12 Jan 11 gregory 173         <li>Overview</li>
4093 12 Jan 11 gregory 174
4093 12 Jan 11 gregory 175         <li>Hits Report</li>
4093 12 Jan 11 gregory 176
4093 12 Jan 11 gregory 177         <li>ADH_100126_mix.mzData</li>
4093 12 Jan 11 gregory 178       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 179
4093 12 Jan 11 gregory 180       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 181         <li>The peaklist file contains more details about each spectrum e.g. precursor, instrument and retention time information.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 182       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 183     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 184
4093 12 Jan 11 gregory 185     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 186       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 187         <li>My Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 188
4093 12 Jan 11 gregory 189         <li>Overview</li>
4093 12 Jan 11 gregory 190
4093 12 Jan 11 gregory 191         <li>Hits Report</li>
4093 12 Jan 11 gregory 192
4093 12 Jan 11 gregory 193         <li>PRIDE XML Report</li>
4093 12 Jan 11 gregory 194       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 195       <ul class="notes"><li>Note that in our example we are have an incomplete
4093 12 Jan 11 gregory 196           data set. Though the procedure of exporting a valid PRIDE xml
4093 12 Jan 11 gregory 197           document is the same.</li></ul>
4093 12 Jan 11 gregory 198     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 199       <li>Select <b>Local Sample ID</b> ADH</li>
4093 12 Jan 11 gregory 200       <li>Check <b>Add contact info</b> and <b>Add sample name</b></li>
4093 12 Jan 11 gregory 201     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 202       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 203         <li>Next - Select PRIDE Protocol File(Optional)</li>
4093 12 Jan 11 gregory 204         <li>Next - Create export job[s]</li>
4093 12 Jan 11 gregory 205       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 206     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 207   <li>
4093 12 Jan 11 gregory 208       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 209         <li>My Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 210
4093 12 Jan 11 gregory 211         <li>Overview</li>
4093 12 Jan 11 gregory 212       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 213       <ul class="notes"><li>Wait for the export job to finnish</li></ul>
4093 12 Jan 11 gregory 214    </li>
4093 12 Jan 11 gregory 215   <li>
4093 12 Jan 11 gregory 216       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 217         <li>My Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 218
4093 12 Jan 11 gregory 219         <li>Files</li>
4093 12 Jan 11 gregory 220       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 221  <ul class="notes"><li>At the bottom you should see a file whos name starts
4093 12 Jan 11 gregory 222      with <b>PrideExport </b></li></ul>
4093 12 Jan 11 gregory 223   </li>
4093 12 Jan 11 gregory 224   <li>Click the file and then <b>Download</b>, save it locally somewhere.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 225   <li>Validate the file using the online validator PRIDE validator at <a href="http://www.ebi.ac.uk/pride/validateXML.do">http://www.ebi.ac.uk/pride/validateXML.do</a></li>
4093 12 Jan 11 gregory 226   </ol>
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