doc/course/src/exercise/prose_interface.html

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4093 12 Jan 11 gregory 8   "HTML Tidy for Linux (vers 31 October 2006), see www.w3.org" />
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4093 12 Jan 11 gregory 14   <title>Proteios Software Environment Exercise</title>
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4093 12 Jan 11 gregory 18   <h1>User interface exercise</h1>
4093 12 Jan 11 gregory 19   <a class="printhide" href="course_front.html">&laquo; Back</a>
4093 12 Jan 11 gregory 20
4093 12 Jan 11 gregory 21   <p>In this exercise you will learn to</p>
4093 12 Jan 11 gregory 22
4093 12 Jan 11 gregory 23   <ul>
4093 12 Jan 11 gregory 24     <li>navigate the Proteios SE user interface</li>
4093 12 Jan 11 gregory 25
4093 12 Jan 11 gregory 26     <li>create a project, sample and</li>
4093 12 Jan 11 gregory 27
4093 12 Jan 11 gregory 28     <li>upload files</li>
4093 12 Jan 11 gregory 29   </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 30
4093 12 Jan 11 gregory 31   <h2>Create project</h2>
4093 12 Jan 11 gregory 32
4093 12 Jan 11 gregory 33   <ol>
4093 12 Jan 11 gregory 34     <li>Login with a valid username and password.
4093 12 Jan 11 gregory 35
4093 12 Jan 11 gregory 36       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 37         <li>All required fields have a <span style=
4093 12 Jan 11 gregory 38         "background-color: #d0f0ff">blue background</span></li>
4093 12 Jan 11 gregory 39
4093 12 Jan 11 gregory 40         <li>If there is something wrong in your form a red error
4093 12 Jan 11 gregory 41         message will show up on top of the page aswell as next to
4093 12 Jan 11 gregory 42         the field that was faulty.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 43
4093 12 Jan 11 gregory 44         <li>Once logged in, your personal home view is shown. It's always
4093 12 Jan 11 gregory 45         accessible through the main menu
4093 12 Jan 11 gregory 46
4093 12 Jan 11 gregory 47           <ul class="clickstream in">
4093 12 Jan 11 gregory 48             <li>View</li>
4093 12 Jan 11 gregory 49
4093 12 Jan 11 gregory 50             <li>Home</li>
4093 12 Jan 11 gregory 51           </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 52         </li>
4093 12 Jan 11 gregory 53       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 54     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 55
4093 12 Jan 11 gregory 56     <li>Look at the main menu and you should see File, Edit, View,
4093 12 Jan 11 gregory 57     <span style="color:#999">Project</span> and Help
4093 12 Jan 11 gregory 58
4093 12 Jan 11 gregory 59       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 60         <li>Project is dimmed as there is no active project.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 61       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 62     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 63
4093 12 Jan 11 gregory 64     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 65       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 66         <li>File</li>
4093 12 Jan 11 gregory 67
4093 12 Jan 11 gregory 68         <li>New</li>
4093 12 Jan 11 gregory 69
4093 12 Jan 11 gregory 70         <li>Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 71       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 72     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 73
4093 12 Jan 11 gregory 74     <li>Enter <i>My Project</i> into the Name field</li>
4093 12 Jan 11 gregory 75
4093 12 Jan 11 gregory 76     <li>Click <b>Save</b>
4093 12 Jan 11 gregory 77
4093 12 Jan 11 gregory 78       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 79         <li>The Project menu item is now active and renamed to My
4093 12 Jan 11 gregory 80         Project.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 81
4093 12 Jan 11 gregory 82         <li>The properties view of your newly created
4093 12 Jan 11 gregory 83         project is displayed. It's always accessible through
4093 12 Jan 11 gregory 84
4093 12 Jan 11 gregory 85           <ul class="clickstream in">
4093 12 Jan 11 gregory 86             <li>My Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 87
4093 12 Jan 11 gregory 88             <li>Properties</li>
4093 12 Jan 11 gregory 89           </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 90         </li>
4093 12 Jan 11 gregory 91
4093 12 Jan 11 gregory 92         <li><b>Item ID</b> tells you the id of this project within
4093 12 Jan 11 gregory 93         the Proteios SE system. You will find similar id properties
4093 12 Jan 11 gregory 94         on other elements within the system.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 95
4093 12 Jan 11 gregory 96         <li><b>Owner</b> tells you who owns this project.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 97
4093 12 Jan 11 gregory 98
4093 12 Jan 11 gregory 99         <li>If <b>Project Type</b> is set more features of Proteios
4093 12 Jan 11 gregory 100         SE are shown/hidden if they apply or not to the given type
4093 12 Jan 11 gregory 101         of project.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 102
4093 12 Jan 11 gregory 103         <li><b>Status</b> indicates if a project is closed or open.
4093 12 Jan 11 gregory 104         A closed project will not show up in a users Home
4093 12 Jan 11 gregory 105         view.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 106       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 107     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 108
4093 12 Jan 11 gregory 109     <li>Show the project overview using
4093 12 Jan 11 gregory 110
4093 12 Jan 11 gregory 111       <ul class="clickstream in">
4093 12 Jan 11 gregory 112         <li>My Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 113
4093 12 Jan 11 gregory 114         <li>Overview</li>
4093 12 Jan 11 gregory 115       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 116
4093 12 Jan 11 gregory 117       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 118         <li>The overview shows shortcuts to Report- and Search
4093 12 Jan 11 gregory 119         tools (which are also available in the menu).</li>
4093 12 Jan 11 gregory 120
4093 12 Jan 11 gregory 121         <li>You also see Samples, Protocols and a list of Remaining
4093 12 Jan 11 gregory 122         jobs, all which are empty.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 123       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 124     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 125   </ol>
4093 12 Jan 11 gregory 126
4093 12 Jan 11 gregory 127   <h2 class="newpage">Create a sample</h2>
4093 12 Jan 11 gregory 128
4093 12 Jan 11 gregory 129   <ol>
4093 12 Jan 11 gregory 130     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 131       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 132         <li>File</li>
4093 12 Jan 11 gregory 133
4093 12 Jan 11 gregory 134         <li>New</li>
4093 12 Jan 11 gregory 135
4093 12 Jan 11 gregory 136         <li>Sample</li>
4093 12 Jan 11 gregory 137       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 138     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 139
4093 12 Jan 11 gregory 140     <li>Enter <i>My Sample</i> in the Name field.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 141
4093 12 Jan 11 gregory 142     <li>Enter <i>sample_A</i> in the External Id field</li>
4093 12 Jan 11 gregory 143
4093 12 Jan 11 gregory 144     <li>And finaly enter <i>100</i> in the last field Original</li>
4093 12 Jan 11 gregory 145
4093 12 Jan 11 gregory 146     <li>Click <b>Save</b></li>
4093 12 Jan 11 gregory 147
4093 12 Jan 11 gregory 148     <li>You now see the properties view of the newly created
4093 12 Jan 11 gregory 149     sample</li>
4093 12 Jan 11 gregory 150
4093 12 Jan 11 gregory 151     <li>Return to the project properties
4093 12 Jan 11 gregory 152
4093 12 Jan 11 gregory 153       <ul class="clickstream in">
4093 12 Jan 11 gregory 154         <li>My Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 155
4093 12 Jan 11 gregory 156         <li>Properties</li>
4093 12 Jan 11 gregory 157       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 158
4093 12 Jan 11 gregory 159       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 160         <li>In the Samples table you should see your <i>sample
4093 12 Jan 11 gregory 161         A</i></li>
4093 12 Jan 11 gregory 162       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 163     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 164   </ol>
4093 12 Jan 11 gregory 165
4093 12 Jan 11 gregory 166   <h2>Upload files</h2>
4093 12 Jan 11 gregory 167
4093 12 Jan 11 gregory 168   <ol>
4093 12 Jan 11 gregory 169     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 170       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 171         <li>My Project</li>
4093 12 Jan 11 gregory 172
4093 12 Jan 11 gregory 173         <li>Files</li>
4093 12 Jan 11 gregory 174       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 175
4093 12 Jan 11 gregory 176       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 177         <li>You should see two tables. The first table contains
4093 12 Jan 11 gregory 178         directories and the second one files within the current
4093 12 Jan 11 gregory 179         directory.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 180
4093 12 Jan 11 gregory 181         <li>Each project has a corresponding directory within the
4093 12 Jan 11 gregory 182         owners home directory.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 183       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 184     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 185
4093 12 Jan 11 gregory 186     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 187       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 188         <li>New directory</li>
4093 12 Jan 11 gregory 189       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 190     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 191
4093 12 Jan 11 gregory 192     <li>Enter <i>My Directory</i> in the Name field</li>
4093 12 Jan 11 gregory 193
4093 12 Jan 11 gregory 194     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 195       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 196         <li>Save</li>
4093 12 Jan 11 gregory 197       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 198
4093 12 Jan 11 gregory 199       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 200         <li>In the Directory table you should now see <i>My
4093 12 Jan 11 gregory 201         Directory</i></li>
4093 12 Jan 11 gregory 202       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 203     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 204
4093 12 Jan 11 gregory 205     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 206       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 207         <li>Upload file</li>
4093 12 Jan 11 gregory 208       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 209     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 210
4093 12 Jan 11 gregory 211     <li>Select a small file that you wish to upload
4093 12 Jan 11 gregory 212
4093 12 Jan 11 gregory 213       <ul class="notes">
4093 12 Jan 11 gregory 214         <li>Any file you have lying around will do, we're only
4093 12 Jan 11 gregory 215         demonstrating the upload function here.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 216
4093 12 Jan 11 gregory 217         <li>Select <b>File type</b> that matches your file, leave
4093 12 Jan 11 gregory 218         empty if no type applies to your file. Doing this enables
4093 12 Jan 11 gregory 219         you to find certain type of files easier later on.</li>
4093 12 Jan 11 gregory 220
4093 12 Jan 11 gregory 221         <li>Leave <b>Transparent compression</b> unchecked</li>
4093 12 Jan 11 gregory 222       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 223     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 224
4093 12 Jan 11 gregory 225     <li>
4093 12 Jan 11 gregory 226       <ul class="clickstream">
4093 12 Jan 11 gregory 227         <li>Save</li>
4093 12 Jan 11 gregory 228       </ul>
4093 12 Jan 11 gregory 229 <ul class="notes"><li>Your files should now be listed in the <b>Files</b> directory.</li></ul>
4093 12 Jan 11 gregory 230     </li>
4093 12 Jan 11 gregory 231   </ol>
4093 12 Jan 11 gregory 232
4093 12 Jan 11 gregory 233 </body>
4093 12 Jan 11 gregory 234 </html>