plugin/conf/xsd/mzIdentML1.1.0.xsd

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4555 09 May 14 fredrik 1 <!-- edited with XMLSpy v2011 sp1 (x64) (http://www.altova.com) by Martin Eisenacher (Medizinisches Proteom-Center) -->
4555 09 May 14 fredrik 2 <!-- mzIdentML version 1.1.0
4555 09 May 14 fredrik 3 Distributed under the Creative Commons license http://creativecommons.org/licenses/by/2.0/.
4555 09 May 14 fredrik 4 -->
4555 09 May 14 fredrik 5 <xsd:schema xmlns:psi-pi="http://psidev.info/psi/pi/mzIdentML/1.1" xmlns="http://psidev.info/psi/pi/mzIdentML/1.1" xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" targetNamespace="http://psidev.info/psi/pi/mzIdentML/1.1" elementFormDefault="qualified" version="1.1.0">
4555 09 May 14 fredrik 6   <xsd:element name="MzIdentML" type="MzIdentMLType">
4555 09 May 14 fredrik 7     <xsd:unique name="PK_MZIDENTML">
4555 09 May 14 fredrik 8       <xsd:selector xpath="."/>
4555 09 May 14 fredrik 9       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 10     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 11     <xsd:unique name="PK_SCDBSEQ">
4555 09 May 14 fredrik 12       <xsd:selector xpath="./psi-pi:SequenceCollection/psi-pi:DBSequence"/>
4555 09 May 14 fredrik 13       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 14     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 15     <xsd:unique name="PK_SCPEP">
4555 09 May 14 fredrik 16       <xsd:selector xpath="./psi-pi:SequenceCollection/psi-pi:Peptide"/>
4555 09 May 14 fredrik 17       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 18     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 19     <xsd:unique name="PK_SCPEPEVLIPEPEV">
4555 09 May 14 fredrik 20       <xsd:selector xpath="./psi-pi:SequenceCollection/psi-pi:PeptideEvidence"/>
4555 09 May 14 fredrik 21       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 22     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 23     <xsd:unique name="PK_ANA">
4555 09 May 14 fredrik 24       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisCollection/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 25       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 26     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 27     <xsd:unique name="PK_APC">
4555 09 May 14 fredrik 28       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisProtocolCollection/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 29       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 30     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 31     <xsd:unique name="PK_APCSIPMT">
4555 09 May 14 fredrik 32       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisProtocolCollection/psi-pi:SpectrumIdentificationProtocol/psi-pi:MassTable"/>
4555 09 May 14 fredrik 33       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 34     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 35     <xsd:unique name="PK_APCSIPENZ">
4555 09 May 14 fredrik 36       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisProtocolCollection/psi-pi:SpectrumIdentificationProtocol/psi-pi:Enzymes/psi-pi:Enzyme"/>
4555 09 May 14 fredrik 37       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 38     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 39     <xsd:unique name="PK_APCSIPDTTT">
4555 09 May 14 fredrik 40       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisProtocolCollection/psi-pi:SpectrumIdentificationProtocol/psi-pi:DatabaseTranslation/psi-pi:TranslationTable"/>
4555 09 May 14 fredrik 41       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 42     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 43     <xsd:unique name="PK_DATAIN">
4555 09 May 14 fredrik 44       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:Inputs/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 45       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 46     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 47     <xsd:unique name="PK_DATAAD">
4555 09 May 14 fredrik 48       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 49       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 50     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 51     <xsd:unique name="PK_DATAADSIL">
4555 09 May 14 fredrik 52       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 53       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 54     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 55     <xsd:unique name="PK_DATAADSILSIR">
4555 09 May 14 fredrik 56       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/psi-pi:SpectrumIdentificationResult/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 57       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 58     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 59     <xsd:unique name="PK_DATAADSILSIRSII">
4555 09 May 14 fredrik 60       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/psi-pi:SpectrumIdentificationResult/psi-pi:SpectrumIdentificationItem"/>
4555 09 May 14 fredrik 61       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 62     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 63     <xsd:unique name="PK_DATAADPDL">
4555 09 May 14 fredrik 64       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:ProteinDetectionList/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 65       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 66     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 67     <xsd:unique name="PK_DATAADPDLPAG">
4555 09 May 14 fredrik 68       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:ProteinDetectionList/psi-pi:ProteinAmbiguityGroup/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 69       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 70     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 71     <xsd:unique name="PK_ANASW">
4555 09 May 14 fredrik 72       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisSoftwareList/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 73       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 74     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 75     <xsd:unique name="PK_PROV">
4555 09 May 14 fredrik 76       <xsd:selector xpath="./Provider"/>
4555 09 May 14 fredrik 77       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 78     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 79     <xsd:unique name="PK_AUDIT">
4555 09 May 14 fredrik 80       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AuditCollection/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 81       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 82     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 83     <xsd:unique name="PK_AUDITORG">
4555 09 May 14 fredrik 84       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AuditCollection/psi-pi:Organization"/>
4555 09 May 14 fredrik 85       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 86     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 87     <xsd:unique name="PK_AUDITPER">
4555 09 May 14 fredrik 88       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AuditCollection/psi-pi:Person"/>
4555 09 May 14 fredrik 89       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 90     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 91     <xsd:unique name="PK_SAMPLE">
4555 09 May 14 fredrik 92       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisSampleCollection/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 93       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 94     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 95     <xsd:unique name="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 96       <xsd:selector xpath="./psi-pi:cvList/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 97       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 98     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 99     <xsd:unique name="PK_DATAADSILFRAGTMEAS">
4555 09 May 14 fredrik 100       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/psi-pi:FragmentationTable/psi-pi:Measure"/>
4555 09 May 14 fredrik 101       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 102     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 103     <xsd:unique name="PK_Bibref">
4555 09 May 14 fredrik 104       <xsd:selector xpath="./psi-pi:BibliographicReference"/>
4555 09 May 14 fredrik 105       <xsd:field xpath="@id"/>
4555 09 May 14 fredrik 106     </xsd:unique>
4555 09 May 14 fredrik 107     <xsd:keyref name="FK_SoftwareContact" refer="PK_AUDIT">
4555 09 May 14 fredrik 108       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisSoftwareList/psi-pi:AnalysisSoftware/psi-pi:ContactRole"/>
4555 09 May 14 fredrik 109       <xsd:field xpath="@contact_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 110     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 111     <xsd:keyref name="FK_AUDITPERAFF" refer="PK_AUDITORG">
4555 09 May 14 fredrik 112       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AuditCollection/psi-pi:Person/psi-pi:Affiliation"/>
4555 09 May 14 fredrik 113       <xsd:field xpath="@organization_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 114     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 115     <xsd:keyref name="FK_AUDITORGPAR" refer="PK_AUDITORG">
4555 09 May 14 fredrik 116       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AuditCollection/psi-pi:Organization/psi-pi:Parent"/>
4555 09 May 14 fredrik 117       <xsd:field xpath="@organization_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 118     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 119     <xsd:keyref name="FK_ProviderContact" refer="PK_AUDIT">
4555 09 May 14 fredrik 120       <xsd:selector xpath="./psi-pi:Provider/psi-pi:ContactRole"/>
4555 09 May 14 fredrik 121       <xsd:field xpath="@contact_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 122     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 123     <xsd:keyref name="FK_ProviderSoftware" refer="PK_ANASW">
4555 09 May 14 fredrik 124       <xsd:selector xpath="./psi-pi:Provider"/>
4555 09 May 14 fredrik 125       <xsd:field xpath="@software_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 126     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 127     <xsd:keyref name="FK_SampleContact" refer="PK_AUDIT">
4555 09 May 14 fredrik 128       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisSampleCollection/psi-pi:Sample/psi-pi:ContactRole"/>
4555 09 May 14 fredrik 129       <xsd:field xpath="@contact_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 130     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 131     <xsd:keyref name="FK_subSamples" refer="PK_SAMPLE">
4555 09 May 14 fredrik 132       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisSampleCollection/psi-pi:Sample/psi-pi:SubSample"/>
4555 09 May 14 fredrik 133       <xsd:field xpath="@sample_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 134     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 135     <xsd:keyref name="FK_DBSEQ_SDB" refer="PK_DATAIN">
4555 09 May 14 fredrik 136       <xsd:selector xpath="./psi-pi:SequenceCollection/psi-pi:DBSequence"/>
4555 09 May 14 fredrik 137       <xsd:field xpath="@searchDatabase_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 138     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 139     <xsd:keyref name="FK_PEPEVID_PEP" refer="PK_SCPEP">
4555 09 May 14 fredrik 140       <xsd:selector xpath="./psi-pi:SequenceCollection/psi-pi:PeptideEvidence"/>
4555 09 May 14 fredrik 141       <xsd:field xpath="@peptide_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 142     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 143     <xsd:keyref name="FK_PEPEVID_DBSEQ" refer="PK_SCDBSEQ">
4555 09 May 14 fredrik 144       <xsd:selector xpath="./psi-pi:SequenceCollection/psi-pi:PeptideEvidence"/>
4555 09 May 14 fredrik 145       <xsd:field xpath="@dBSequence_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 146     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 147     <xsd:keyref name="FK_PEPEVID_TT" refer="PK_APCSIPDTTT">
4555 09 May 14 fredrik 148       <xsd:selector xpath="./psi-pi:SequenceCollection/psi-pi:PeptideEvidence"/>
4555 09 May 14 fredrik 149       <xsd:field xpath="@translationTable_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 150     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 151     <xsd:keyref name="FK_SI_SIP" refer="PK_APC">
4555 09 May 14 fredrik 152       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisCollection/psi-pi:SpectrumIdentification"/>
4555 09 May 14 fredrik 153       <xsd:field xpath="@spectrumIdentificationProtocol_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 154     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 155     <xsd:keyref name="FK_SI_SILR" refer="PK_DATAAD">
4555 09 May 14 fredrik 156       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisCollection/psi-pi:SpectrumIdentification"/>
4555 09 May 14 fredrik 157       <xsd:field xpath="@spectrumIdentificationList_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 158     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 159     <xsd:keyref name="FK_SISDB_SDBR" refer="PK_DATAIN">
4555 09 May 14 fredrik 160       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisCollection/psi-pi:SpectrumIdentification/psi-pi:SearchDatabaseRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 161       <xsd:field xpath="@searchDatabase_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 162     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 163     <xsd:keyref name="FK_SIIS_SDR" refer="PK_DATAIN">
4555 09 May 14 fredrik 164       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisCollection/psi-pi:SpectrumIdentification/psi-pi:InputSpectra"/>
4555 09 May 14 fredrik 165       <xsd:field xpath="@spectraData_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 166     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 167     <xsd:keyref name="FK_PD_PDP" refer="PK_APC">
4555 09 May 14 fredrik 168       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisCollection/psi-pi:ProteinDetection"/>
4555 09 May 14 fredrik 169       <xsd:field xpath="@proteinDetectionProtocol_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 170     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 171     <xsd:keyref name="FK_PD_PDL" refer="PK_DATAAD">
4555 09 May 14 fredrik 172       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisCollection/psi-pi:ProteinDetection"/>
4555 09 May 14 fredrik 173       <xsd:field xpath="@proteinDetectionList_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 174     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 175     <xsd:keyref name="FK_PDSIL_ISI" refer="PK_DATAAD">
4555 09 May 14 fredrik 176       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisCollection/psi-pi:ProteinDetection/psi-pi:InputSpectrumIdentifications"/>
4555 09 May 14 fredrik 177       <xsd:field xpath="@spectrumIdentificationList_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 178     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 179     <xsd:keyref name="FK_APSIP_ASW" refer="PK_ANASW">
4555 09 May 14 fredrik 180       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisProtocolCollection/psi-pi:SpectrumIdentificationProtocol"/>
4555 09 May 14 fredrik 181       <xsd:field xpath="@analysisSoftware_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 182     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 183     <xsd:keyref name="FK_APPDP_ASW" refer="PK_ANASW">
4555 09 May 14 fredrik 184       <xsd:selector xpath="./psi-pi:AnalysisProtocolCollection/psi-pi:ProteinDetectionProtocol"/>
4555 09 May 14 fredrik 185       <xsd:field xpath="@analysisSoftware_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 186     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 187     <xsd:keyref name="FK_SIIPEV_PEPEVR" refer="PK_SCPEPEVLIPEPEV">
4555 09 May 14 fredrik 188       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/psi-pi:SpectrumIdentificationResult/psi-pi:SpectrumIdentificationItem/psi-pi:PeptideEvidenceRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 189       <xsd:field xpath="@peptideEvidence_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 190     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 191     <xsd:keyref name="FK_DATAADSILSIR_SDR" refer="PK_DATAIN">
4555 09 May 14 fredrik 192       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/psi-pi:SpectrumIdentificationResult"/>
4555 09 May 14 fredrik 193       <xsd:field xpath="@spectraData_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 194     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 195     <xsd:keyref name="FK_DATAADSILSIRSII_PEP" refer="PK_SCPEP">
4555 09 May 14 fredrik 196       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/psi-pi:SpectrumIdentificationResult/psi-pi:SpectrumIdentificationItem"/>
4555 09 May 14 fredrik 197       <xsd:field xpath="@peptide_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 198     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 199     <xsd:keyref name="FK_DATAADPDLPAGPDHPH_PEPEV" refer="PK_SCPEPEVLIPEPEV">
4555 09 May 14 fredrik 200       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:ProteinDetectionList/psi-pi:ProteinAmbiguityGroup/psi-pi:ProteinDetectionHypothesis/psi-pi:PeptideHypothesis"/>
4555 09 May 14 fredrik 201       <xsd:field xpath="@peptideEvidence_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 202     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 203     <xsd:keyref name="FK_DATAADPDLPAGPDHPHSIIR_SII" refer="PK_DATAADSILSIRSII">
4555 09 May 14 fredrik 204       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:ProteinDetectionList/psi-pi:ProteinAmbiguityGroup/psi-pi:ProteinDetectionHypothesis/psi-pi:PeptideHypothesis/psi-pi:SpectrumIdentificationItemRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 205       <xsd:field xpath="@spectrumIdentificationItem_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 206     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 207     <xsd:keyref name="FK_PDH_DBSeq" refer="PK_SCDBSEQ">
4555 09 May 14 fredrik 208       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:ProteinDetectionList/psi-pi:ProteinAmbiguityGroup/psi-pi:ProteinDetectionHypothesis"/>
4555 09 May 14 fredrik 209       <xsd:field xpath="@dBSequence_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 210     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 211     <xsd:keyref name="FK_DATAADSILSIRSIIFRAGIONFRAGARR" refer="PK_DATAADSILFRAGTMEAS">
4555 09 May 14 fredrik 212       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/psi-pi:SpectrumIdentificationResult/psi-pi:SpectrumIdentificationItem/psi-pi:Fragmentation/psi-pi:IonType/psi-pi:FragmentArray"/>
4555 09 May 14 fredrik 213       <xsd:field xpath="@measure_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 214     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 215     <xsd:keyref name="FK_Sample" refer="PK_SAMPLE">
4555 09 May 14 fredrik 216       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/psi-pi:SpectrumIdentificationResult/psi-pi:SpectrumIdentificationItem"/>
4555 09 May 14 fredrik 217       <xsd:field xpath="@sample_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 218     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 219     <xsd:keyref name="FK_MassTable" refer="PK_APCSIPMT">
4555 09 May 14 fredrik 220       <xsd:selector xpath="./psi-pi:DataCollection/psi-pi:AnalysisData/psi-pi:SpectrumIdentificationList/psi-pi:SpectrumIdentificationResult/SpectrumIdentificationItem"/>
4555 09 May 14 fredrik 221       <xsd:field xpath="@massTable_ref"/>
4555 09 May 14 fredrik 222     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 223     <xsd:keyref name="FK_UnitCVlist1" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 224       <xsd:selector xpath="*"/>
4555 09 May 14 fredrik 225       <xsd:field xpath="@unitCvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 226     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 227     <xsd:keyref name="FK_UnitCVlist2" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 228       <xsd:selector xpath="*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 229       <xsd:field xpath="@unitCvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 230     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 231     <xsd:keyref name="FK_UnitCVlist3" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 232       <xsd:selector xpath="*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 233       <xsd:field xpath="@unitCvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 234     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 235     <xsd:keyref name="FK_UnitCVlist4" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 236       <xsd:selector xpath="*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 237       <xsd:field xpath="@unitCvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 238     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 239     <xsd:keyref name="FK_UnitCVlist5" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 240       <xsd:selector xpath="*/*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 241       <xsd:field xpath="@unitCvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 242     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 243     <xsd:keyref name="FK_UnitCVlist6" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 244       <xsd:selector xpath="*/*/*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 245       <xsd:field xpath="@unitCvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 246     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 247     <xsd:keyref name="FK_UnitCVlist7" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 248       <xsd:selector xpath="*/*/*/*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 249       <xsd:field xpath="@unitCvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 250     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 251     <xsd:keyref name="FK_UnitCVlist8" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 252       <xsd:selector xpath="*/*/*/*/*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 253       <xsd:field xpath="@unitCvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 254     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 255     <xsd:keyref name="FK_CVlist1" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 256       <xsd:selector xpath="*"/>
4555 09 May 14 fredrik 257       <xsd:field xpath="@cvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 258     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 259     <xsd:keyref name="FK_CVlist2" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 260       <xsd:selector xpath="*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 261       <xsd:field xpath="@cvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 262     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 263     <xsd:keyref name="FK_CVlist3" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 264       <xsd:selector xpath="*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 265       <xsd:field xpath="@cvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 266     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 267     <xsd:keyref name="FK_CVlist4" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 268       <xsd:selector xpath="*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 269       <xsd:field xpath="@cvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 270     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 271     <xsd:keyref name="FK_CVlist5" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 272       <xsd:selector xpath="*/*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 273       <xsd:field xpath="@cvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 274     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 275     <xsd:keyref name="FK_CVlist6" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 276       <xsd:selector xpath="*/*/*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 277       <xsd:field xpath="@cvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 278     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 279     <xsd:keyref name="FK_CVlist7" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 280       <xsd:selector xpath="*/*/*/*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 281       <xsd:field xpath="@cvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 282     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 283     <xsd:keyref name="FK_CVlist8" refer="PK_CV">
4555 09 May 14 fredrik 284       <xsd:selector xpath="*/*/*/*/*/*/*/*"/>
4555 09 May 14 fredrik 285       <xsd:field xpath="@cvRef"/>
4555 09 May 14 fredrik 286     </xsd:keyref>
4555 09 May 14 fredrik 287   </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 288   <xsd:complexType name="CVListType">
4555 09 May 14 fredrik 289     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 290       <xsd:documentation>The list of controlled vocabularies used in the file.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 291     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 292     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 293       <xsd:element name="cv" type="cvType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 294     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 295   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 296   <xsd:complexType name="AnalysisSoftwareListType">
4555 09 May 14 fredrik 297     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 298       <xsd:documentation>The software packages used to perform the analyses.
4555 09 May 14 fredrik 299       </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 300     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 301     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 302       <xsd:element name="AnalysisSoftware" type="AnalysisSoftwareType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 303     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 304   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 305   <xsd:complexType name="AnalysisSampleCollectionType">
4555 09 May 14 fredrik 306     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 307       <xsd:documentation>The samples analysed can optionally be recorded using CV terms for descriptions. If a composite sample has been analysed, the subsample association can be used to build a hierarchical description. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 308     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 309     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 310       <xsd:element name="Sample" type="SampleType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 311     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 312   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 313   <xsd:complexType name="SequenceCollectionType">
4555 09 May 14 fredrik 314     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 315       <xsd:documentation>The collection of sequences (DBSequence or Peptide) identified and their relationship between each other (PeptideEvidence) to be referenced elsewhere in the results. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 316     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 317     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 318       <xsd:element name="DBSequence" type="DBSequenceType" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 319       <xsd:element name="Peptide" type="PeptideType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 320       <xsd:element name="PeptideEvidence" type="PeptideEvidenceType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 321     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 322   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 323   <xsd:complexType name="AnalysisCollectionType">
4555 09 May 14 fredrik 324     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 325       <xsd:documentation>The analyses performed to get the results, which map the input and output data sets. Analyses are for example: SpectrumIdentification (resulting in peptides) or ProteinDetection (assemble proteins from peptides).</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 326     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 327     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 328       <xsd:element name="SpectrumIdentification" type="SpectrumIdentificationType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 329       <xsd:element name="ProteinDetection" type="ProteinDetectionType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 330     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 331   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 332   <xsd:complexType name="AnalysisProtocolCollectionType">
4555 09 May 14 fredrik 333     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 334       <xsd:documentation>The collection of protocols which include the parameters and settings of the performed analyses. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 335     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 336     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 337       <xsd:element name="SpectrumIdentificationProtocol" type="SpectrumIdentificationProtocolType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 338       <xsd:element name="ProteinDetectionProtocol" type="ProteinDetectionProtocolType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 339     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 340   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 341   <xsd:complexType name="InputsType">
4555 09 May 14 fredrik 342     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 343       <xsd:documentation>The inputs to the analyses including the databases searched, the spectral data and the source file converted to mzIdentML. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 344     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 345     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 346       <xsd:element name="SourceFile" type="SourceFileType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 347       <xsd:element name="SearchDatabase" type="SearchDatabaseType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 348       <xsd:element name="SpectraData" type="SpectraDataType" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 349     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 350   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 351   <xsd:complexType name="AnalysisDataType">
4555 09 May 14 fredrik 352     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 353       <xsd:documentation>Data sets generated by the analyses, including peptide and protein lists. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 354     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 355     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 356       <xsd:element name="SpectrumIdentificationList" type="SpectrumIdentificationListType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 357       <xsd:element name="ProteinDetectionList" type="ProteinDetectionListType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 358     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 359   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 360   <xsd:complexType name="DataCollectionType">
4555 09 May 14 fredrik 361     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 362       <xsd:documentation>The collection of input and output data sets of the analyses.
4555 09 May 14 fredrik 363       </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 364     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 365     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 366       <xsd:element name="Inputs" type="InputsType"/>
4555 09 May 14 fredrik 367       <xsd:element name="AnalysisData" type="psi-pi:AnalysisDataType"/>
4555 09 May 14 fredrik 368     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 369   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 370   <xsd:complexType name="MzIdentMLType">
4555 09 May 14 fredrik 371     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 372       <xsd:documentation>The upper-most hierarchy level of mzIdentML with sub-containers for example describing software, protocols and search results (spectrum identifications or protein detection results). </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 373     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 374     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 375       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 376         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 377           <xsd:element name="cvList" type="CVListType"/>
4555 09 May 14 fredrik 378           <xsd:element name="AnalysisSoftwareList" type="AnalysisSoftwareListType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 379           <xsd:element name="Provider" type="ProviderType" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 380             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 381               <xsd:documentation>The Provider of the mzIdentML record in terms of the contact and software. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 382             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 383           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 384           <xsd:element name="AuditCollection" type="AuditCollectionType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 385           <xsd:element name="AnalysisSampleCollection" type="AnalysisSampleCollectionType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 386           <xsd:element name="SequenceCollection" type="SequenceCollectionType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 387           <xsd:element name="AnalysisCollection" type="AnalysisCollectionType"/>
4555 09 May 14 fredrik 388           <xsd:element name="AnalysisProtocolCollection" type="AnalysisProtocolCollectionType"/>
4555 09 May 14 fredrik 389           <xsd:element name="DataCollection" type="DataCollectionType"/>
4555 09 May 14 fredrik 390           <xsd:element name="BibliographicReference" type="BibliographicReferenceType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 391             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 392               <xsd:documentation>Any bibliographic references associated with the file</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 393             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 394           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 395         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 396         <xsd:attribute name="creationDate" type="xsd:dateTime">
4555 09 May 14 fredrik 397           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 398             <xsd:documentation>The date on which the file was produced.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 399           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 400         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 401         <xsd:attribute name="version" type="versionRegex" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 402           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 403             <xsd:documentation>The version of the schema this instance document refers to, in the format x.y.z. Changes to z should not affect prevent instance documents from validating. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 404           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 405         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 406       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 407     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 408   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 409   <xsd:complexType name="SearchDatabaseType">
4555 09 May 14 fredrik 410     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 411       <xsd:documentation>A database for searching mass spectra. Examples include a set of amino acid sequence entries, or annotated spectra libraries. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 412     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 413     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 414       <xsd:extension base="ExternalDataType">
4555 09 May 14 fredrik 415         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 416           <xsd:element name="DatabaseName" type="ParamType">
4555 09 May 14 fredrik 417             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 418               <xsd:documentation>The database name may be given as a cvParam if it maps exactly to one of the release databases listed in the CV, otherwise a userParam should be used. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 419             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 420           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 421           <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 422         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 423         <xsd:attribute name="version" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 424           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 425             <xsd:documentation>The version of the database.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 426           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 427         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 428         <xsd:attribute name="releaseDate" type="xsd:dateTime">
4555 09 May 14 fredrik 429           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 430             <xsd:documentation>The date and time the database was released to the public; omit this attribute when the date and time are unknown or not applicable (e.g. custom databases). </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 431           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 432         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 433         <xsd:attribute name="numDatabaseSequences" type="xsd:long">
4555 09 May 14 fredrik 434           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 435             <xsd:documentation>The total number of sequences in the database.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 436           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 437         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 438         <xsd:attribute name="numResidues" type="xsd:long">
4555 09 May 14 fredrik 439           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 440             <xsd:documentation>The number of residues in the database.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 441           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 442         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 443       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 444     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 445   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 446   <xsd:complexType name="SourceFileType">
4555 09 May 14 fredrik 447     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 448       <xsd:documentation>A file from which this mzIdentML instance was created.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 449     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 450     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 451       <xsd:extension base="ExternalDataType">
4555 09 May 14 fredrik 452                 <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 453           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 454             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 455                 <xsd:documentation>Any additional parameters description the source
4555 09 May 14 fredrik 456                 file.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 457             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 458             </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 459           </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 460       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 461
4555 09 May 14 fredrik 462     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 463   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 464   <xsd:complexType name="ModificationParamsType">
4555 09 May 14 fredrik 465     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 466       <xsd:documentation>The specification of static/variable modifications (e.g. Oxidation of Methionine) that are to be considered in the spectra search. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 467     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 468     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 469       <xsd:element name="SearchModification" type="SearchModificationType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 470     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 471   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 472   <xsd:complexType name="FilterType">
4555 09 May 14 fredrik 473     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 474       <xsd:documentation>Filters applied to the search database. The filter must include at least one of Include and Exclude. If both are used, it is assumed that inclusion is performed first. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 475     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 476     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 477       <xsd:element name="FilterType" type="ParamType">
4555 09 May 14 fredrik 478         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 479           <xsd:documentation>The type of filter e.g. database taxonomy filter, pi filter, mw filter </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 480         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 481       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 482       <xsd:element name="Include" type="ParamListType" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 483         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 484           <xsd:documentation>All sequences fulfilling the specifed criteria are included.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 485         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 486       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 487       <xsd:element name="Exclude" type="ParamListType" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 488         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 489           <xsd:documentation>All sequences fulfilling the specifed criteria are excluded.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 490         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 491       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 492     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 493   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 494   <xsd:complexType name="DatabaseFiltersType">
4555 09 May 14 fredrik 495     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 496       <xsd:documentation>The specification of filters applied to the database searched.
4555 09 May 14 fredrik 497       </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 498     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 499     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 500       <xsd:element name="Filter" type="FilterType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 501     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 502   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 503   <xsd:complexType name="TranslationTableType">
4555 09 May 14 fredrik 504     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 505       <xsd:documentation>The table used to translate codons into nucleic acids e.g. by reference to the NCBI translation table. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 506     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 507     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 508       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 509         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 510           <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 511             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 512               <xsd:documentation>The details specifying this translation table are captured as cvParams, e.g. translation table, translation start codons and translation table description (see specification document and mapping file)</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 513             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 514           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 515         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 516       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 517     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 518   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 519   <xsd:complexType name="DatabaseTranslationType">
4555 09 May 14 fredrik 520     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 521       <xsd:documentation>A specification of how a nucleic acid sequence database was translated for searching. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 522     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 523     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 524       <xsd:element name="TranslationTable" type="TranslationTableType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 525     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 526     <xsd:attribute name="frames" type="listOfAllowedFrames">
4555 09 May 14 fredrik 527       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 528         <xsd:documentation>The frames in which the nucleic acid sequence has been translated as a space separated list </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 529       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 530     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 531   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 532   <xsd:complexType name="SpectrumIdentificationProtocolType">
4555 09 May 14 fredrik 533     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 534       <xsd:documentation>The parameters and settings of a SpectrumIdentification analysis.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 535     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 536     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 537       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 538         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 539           <xsd:element name="SearchType" type="ParamType">
4555 09 May 14 fredrik 540             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 541               <xsd:documentation>The type of search performed e.g. PMF, Tag searches, MS-MS </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 542             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 543           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 544           <xsd:element name="AdditionalSearchParams" type="ParamListType" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 545             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 546               <xsd:documentation>The search parameters other than the modifications searched. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 547             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 548           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 549           <xsd:element name="ModificationParams" type="ModificationParamsType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 550           <xsd:element name="Enzymes" type="EnzymesType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 551           <xsd:element name="MassTable" type="MassTableType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 552           <xsd:element name="FragmentTolerance" type="ToleranceType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 553           <xsd:element name="ParentTolerance" type="ToleranceType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 554           <xsd:element name="Threshold" type="ParamListType">
4555 09 May 14 fredrik 555             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 556               <xsd:documentation>The threshold(s) applied to determine that a result is significant. If multiple terms are used it is assumed that all conditions are satisfied by the passing results.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 557             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 558           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 559           <xsd:element name="DatabaseFilters" type="DatabaseFiltersType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 560           <xsd:element name="DatabaseTranslation" type="DatabaseTranslationType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 561         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 562         <xsd:attribute name="analysisSoftware_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 563           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 564             <xsd:documentation>The search algorithm used, given as a reference to the SoftwareCollection section. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 565           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 566         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 567       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 568     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 569   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 570   <xsd:complexType name="InputSpectraType">
4555 09 May 14 fredrik 571     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 572       <xsd:documentation>The attribute referencing an identifier within the SpectraData section. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 573     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 574     <xsd:attribute name="spectraData_ref" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 575       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 576         <xsd:documentation>A reference to the SpectraData element which locates the input spectra to an external file. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 577       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 578     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 579   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 580   <xsd:complexType name="SearchDatabaseRefType">
4555 09 May 14 fredrik 581     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 582       <xsd:documentation>One of the search databases used.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 583     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 584     <xsd:attribute name="searchDatabase_ref" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 585       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 586         <xsd:documentation>A reference to the database searched.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 587       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 588     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 589   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 590   <xsd:complexType name="SpectrumIdentificationType">
4555 09 May 14 fredrik 591     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 592       <xsd:documentation>An Analysis which tries to identify peptides in input spectra, referencing the database searched, the input spectra, the output results and the protocol that is run. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 593     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 594     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 595       <xsd:extension base="ProtocolApplicationType">
4555 09 May 14 fredrik 596         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 597           <xsd:element name="InputSpectra" type="InputSpectraType" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 598             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 599               <xsd:documentation>One of the spectra data sets used.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 600             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 601           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 602           <xsd:element name="SearchDatabaseRef" type="SearchDatabaseRefType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 603         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 604         <xsd:attribute name="spectrumIdentificationProtocol_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 605           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 606             <xsd:documentation>A reference to the search protocol used for this SpectrumIdentification. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 607           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 608         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 609         <xsd:attribute name="spectrumIdentificationList_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 610           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 611             <xsd:documentation>A reference to the SpectrumIdentificationList produced by this analysis in the DataCollection section. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 612           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 613         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 614       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 615     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 616   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 617   <xsd:complexType name="MeasureType">
4555 09 May 14 fredrik 618     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 619       <xsd:documentation>References to CV terms defining the measures about product ions to be reported in SpectrumIdentificationItem </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 620     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 621     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 622       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 623         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 624           <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 625         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 626       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 627     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 628   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 629   <xsd:complexType name="FragmentationTableType">
4555 09 May 14 fredrik 630     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 631       <xsd:documentation>Contains the types of measures that will be reported in generic arrays for each SpectrumIdentificationItem e.g. product ion m/z, product ion intensity, product ion m/z error </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 632     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 633     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 634       <xsd:element name="Measure" type="MeasureType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 635     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 636   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 637   <xsd:complexType name="SpectrumIdentificationListType">
4555 09 May 14 fredrik 638     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 639       <xsd:documentation>Represents the set of all search results from SpectrumIdentification.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 640     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 641     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 642       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 643         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 644           <xsd:element name="FragmentationTable" type="FragmentationTableType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 645           <xsd:element name="SpectrumIdentificationResult" type="SpectrumIdentificationResultType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 646           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 647             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 648               <xsd:documentation>Scores or output parameters associated with the SpectrumIdentificationList.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 649             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 650           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 651         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 652         <xsd:attribute name="numSequencesSearched" type="xsd:long">
4555 09 May 14 fredrik 653           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 654             <xsd:documentation>The number of database sequences searched against. This value should be provided unless a de novo search has been performed.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 655           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 656         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 657       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 658     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 659   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 660   <xsd:complexType name="SpecificityRulesType">
4555 09 May 14 fredrik 661     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 662       <xsd:documentation>The specificity rules of the searched modification including for example the probability of a modification's presence or peptide or protein termini. Standard fixed or variable status should be provided by the attribute fixedMod.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 663     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 664     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 665       <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 666     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 667   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 668   <xsd:complexType name="SearchModificationType">
4555 09 May 14 fredrik 669     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 670       <xsd:documentation>Specification of a search modification as parameter for a spectra search. Contains the name of the modification, the mass, the specificity and whether it is a static modification. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 671     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 672     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 673       <xsd:element name="SpecificityRules" type="SpecificityRulesType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 674       <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 675         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 676           <xsd:documentation>The modification is uniquely identified by references to external CVs such as UNIMOD, see specification document and mapping file for more details.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 677         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 678       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 679     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 680     <xsd:attribute name="fixedMod" type="xsd:boolean" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 681       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 682         <xsd:documentation>True, if the modification is static (i.e. occurs always).</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 683       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 684     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 685     <xsd:attribute name="massDelta" type="xsd:float" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 686       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 687         <xsd:documentation>The mass delta of the searched modification in Daltons.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 688       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 689     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 690     <xsd:attribute name="residues" type="listOfCharsOrAny" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 691       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 692         <xsd:documentation>The residue(s) searched with the specified modification. For N or C terminal modifications that can occur on any residue, the . character should be used to specify any, otherwise the list of amino acids should be provided.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 693       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 694     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 695   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 696   <xsd:complexType name="FragmentArrayType">
4555 09 May 14 fredrik 697     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 698       <xsd:documentation>An array of values for a given type of measure and for a particular ion type, in parallel to the index of ions identified. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 699     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 700     <xsd:attribute name="values" type="listOfFloats" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 701       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 702         <xsd:documentation>The values of this particular measure, corresponding to the index defined in ion type </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 703       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 704     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 705     <xsd:attribute name="measure_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 706       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 707         <xsd:documentation>A reference to the Measure defined in the FragmentationTable</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 708       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 709     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 710   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 711   <xsd:complexType name="IonTypeType">
4555 09 May 14 fredrik 712     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 713       <xsd:documentation>IonType defines the index of fragmentation ions being reported, importing a CV term for the type of ion e.g. b ion. Example: if b3 b7 b8 and b10 have been identified, the index attribute will contain 3 7 8 10, and the corresponding values will be reported in parallel arrays below </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 714     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 715     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 716       <xsd:element name="FragmentArray" type="FragmentArrayType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 717       <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType">
4555 09 May 14 fredrik 718         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 719           <xsd:documentation>The type of ion identified.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 720         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 721       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 722     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 723     <xsd:attribute name="index" type="listOfIntegers">
4555 09 May 14 fredrik 724       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 725         <xsd:documentation>The index of ions identified as integers, following standard notation for a-c, x-z e.g. if b3 b5 and b6 have been identified, the index would store "3 5 6". For internal ions, the index contains pairs defining the start and end point - see specification document for examples. For immonium ions, the index is the position of the identified ion within the peptide sequence - if the peptide contains the same amino acid in multiple positions that cannot be distinguished, all positions should be given. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 726       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 727     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 728     <xsd:attribute name="charge" type="xsd:int" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 729       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 730         <xsd:documentation>The charge of the identified fragmentation ions.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 731       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 732     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 733   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 734   <xsd:complexType name="FragmentationType">
4555 09 May 14 fredrik 735     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 736       <xsd:documentation>The product ions identified in this result.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 737     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 738     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 739       <xsd:element name="IonType" type="IonTypeType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 740     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 741   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 742   <xsd:complexType name="PeptideEvidenceRefType">
4555 09 May 14 fredrik 743     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 744       <xsd:documentation>Reference to the PeptideEvidence element identified. If a specific sequence can be assigned to multiple proteins and or positions in a protein all possible PeptideEvidence elements should be referenced here.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 745     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 746     <xsd:attribute name="peptideEvidence_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 747       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 748         <xsd:documentation>A reference to the PeptideEvidenceItem element(s).</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 749       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 750     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 751   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 752   <xsd:complexType name="SpectrumIdentificationItemType">
4555 09 May 14 fredrik 753     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 754       <xsd:documentation>An identification of a single (poly)peptide, resulting from querying an input spectra, along with the set of confidence values for that identification.
4555 09 May 14 fredrik 755 PeptideEvidence elements should be given for all mappings of the corresponding Peptide sequence within protein sequences. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 756     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 757     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 758       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 759         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 760           <xsd:element name="PeptideEvidenceRef" type="PeptideEvidenceRefType" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 761           <xsd:element name="Fragmentation" type="FragmentationType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 762           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 763             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 764               <xsd:documentation>Scores or attributes associated with the SpectrumIdentificationItem e.g. e-value, p-value, score.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 765             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 766           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 767         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 768         <xsd:attribute name="chargeState" type="xsd:int" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 769           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 770             <xsd:documentation>The charge state of the identified peptide.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 771           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 772         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 773         <xsd:attribute name="experimentalMassToCharge" type="xsd:double" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 774           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 775             <xsd:documentation>The mass-to-charge value measured in the experiment in Daltons / charge. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 776           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 777         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 778         <xsd:attribute name="calculatedMassToCharge" type="xsd:double">
4555 09 May 14 fredrik 779           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 780             <xsd:documentation>The theoretical mass-to-charge value calculated for the peptide in Daltons / charge. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 781           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 782         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 783         <xsd:attribute name="calculatedPI" type="xsd:float">
4555 09 May 14 fredrik 784           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 785             <xsd:documentation>The calculated isoelectric point of the (poly)peptide, with relevant modifications included. Do not supply this value if the PI cannot be calcuated properly. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 786           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 787         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 788         <xsd:attribute name="peptide_ref" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 789           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 790             <xsd:documentation>A reference to the identified (poly)peptide sequence in the Peptide element. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 791           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 792         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 793         <xsd:attribute name="rank" type="xsd:int" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 794           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 795             <xsd:documentation>For an MS/MS result set, this is the rank of the identification quality as scored by the search engine. 1 is the top rank. If multiple identifications have the same top score, they should all be assigned rank =1. For PMF data, the rank attribute may be meaningless and values of rank = 0 should be given. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 796           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 797         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 798         <xsd:attribute name="passThreshold" type="xsd:boolean" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 799           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 800             <xsd:documentation>Set to true if the producers of the file has deemed that the identification has passed a given threshold or been validated as correct. If no such threshold has been set, value of true should be given for all results. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 801           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 802         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 803         <xsd:attribute name="massTable_ref" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 804           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 805             <xsd:documentation>A reference should be given to the MassTable used to calculate the sequenceMass only if more than one MassTable has been given.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 806           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 807         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 808         <xsd:attribute name="sample_ref" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 809           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 810             <xsd:documentation>A reference should be provided to link the SpectrumIdentificationItem to a Sample if more than one sample has been described in the AnalysisSampleCollection. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 811           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 812         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 813       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 814     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 815   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 816   <xsd:complexType name="SpectrumIdentificationResultType">
4555 09 May 14 fredrik 817     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 818       <xsd:documentation>All identifications made from searching one spectrum. For PMF data, all peptide identifications will be listed underneath as SpectrumIdentificationItems. For MS/MS data, there will be ranked SpectrumIdentificationItems corresponding to possible different peptide IDs.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 819     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 820     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 821       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 822         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 823           <xsd:element name="SpectrumIdentificationItem" type="SpectrumIdentificationItemType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 824           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 825             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 826               <xsd:documentation> Scores or parameters associated with the SpectrumIdentificationResult (i.e the set of SpectrumIdentificationItems derived from one spectrum) e.g. the number of peptide sequences within the parent tolerance for this spectrum. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 827             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 828           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 829         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 830         <xsd:attribute name="spectrumID" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 831           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 832             <xsd:documentation>The locally unique id for the spectrum in the spectra data set specified by SpectraData_ref. External guidelines are provided on the use of consistent identifiers for spectra in different external formats. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 833           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 834         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 835         <xsd:attribute name="spectraData_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 836           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 837             <xsd:documentation>A reference to a spectra data set (e.g. a spectra file).</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 838           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 839         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 840       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 841     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 842   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 843   <xsd:complexType name="InputSpectrumIdentificationsType">
4555 09 May 14 fredrik 844     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 845       <xsd:documentation>The lists of spectrum identifications that are input to the protein detection process. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 846     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 847     <xsd:attribute name="spectrumIdentificationList_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 848       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 849         <xsd:documentation>A reference to the list of spectrum identifications that were input to the process. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 850       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 851     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 852   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 853   <xsd:complexType name="ProteinDetectionType">
4555 09 May 14 fredrik 854     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 855       <xsd:documentation>An Analysis which assembles a set of peptides (e.g. from a spectra search analysis) to proteins. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 856     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 857     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 858       <xsd:extension base="ProtocolApplicationType">
4555 09 May 14 fredrik 859         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 860           <xsd:element name="InputSpectrumIdentifications" type="InputSpectrumIdentificationsType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 861         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 862         <xsd:attribute name="proteinDetectionList_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 863           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 864             <xsd:documentation>A reference to the ProteinDetectionList in the DataCollection section. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 865           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 866         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 867         <xsd:attribute name="proteinDetectionProtocol_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 868           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 869             <xsd:documentation>A reference to the detection protocol used for this ProteinDetection. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 870           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 871         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 872       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 873     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 874   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 875   <xsd:complexType name="ProteinDetectionProtocolType">
4555 09 May 14 fredrik 876     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 877       <xsd:documentation>The parameters and settings of a ProteinDetection process.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 878     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 879     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 880       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 881         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 882           <xsd:element name="AnalysisParams" type="ParamListType" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 883             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 884               <xsd:documentation>The parameters and settings for the protein detection given as CV terms. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 885             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 886           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 887           <xsd:element name="Threshold" type="ParamListType" minOccurs="1">
4555 09 May 14 fredrik 888             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 889               <xsd:documentation>The threshold(s) applied to determine that a result is significant. If multiple terms are used it is assumed that all conditions are satisfied by the passing results.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 890             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 891           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 892         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 893         <xsd:attribute name="analysisSoftware_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 894           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 895             <xsd:documentation>The protein detection software used, given as a reference to the SoftwareCollection section. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 896           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 897         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 898       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 899     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 900   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 901   <xsd:complexType name="ProteinDetectionListType">
4555 09 May 14 fredrik 902     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 903       <xsd:documentation>The protein list resulting from a protein detection process.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 904     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 905     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 906       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 907         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 908           <xsd:element name="ProteinAmbiguityGroup" type="ProteinAmbiguityGroupType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 909           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 910             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 911               <xsd:documentation>Scores or output parameters associated with the whole ProteinDetectionList </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 912             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 913           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 914         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 915       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 916     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 917   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 918   <xsd:complexType name="SpectrumIdentificationItemRefType">
4555 09 May 14 fredrik 919     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 920       <xsd:documentation>Reference(s) to the SpectrumIdentificationItem element(s) that support the given PeptideEvidence element. Using these references it is possible to indicate which spectra were actually accepted as evidence for this peptide identification in the given protein.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 921     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 922     <xsd:attribute name="spectrumIdentificationItem_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 923       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 924         <xsd:documentation>A reference to the SpectrumIdentificationItem element(s).</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 925       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 926     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 927   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 928   <xsd:complexType name="PeptideHypothesisType">
4555 09 May 14 fredrik 929     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 930       <xsd:documentation>Peptide evidence on which this ProteinHypothesis is based by reference to a PeptideEvidence element. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 931     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 932     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 933       <xsd:element name="SpectrumIdentificationItemRef" type="SpectrumIdentificationItemRefType" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 934     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 935     <xsd:attribute name="peptideEvidence_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 936       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 937         <xsd:documentation>A reference to the PeptideEvidence element on which this hypothesis is based. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 938       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 939     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 940   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 941   <xsd:complexType name="ProteinDetectionHypothesisType">
4555 09 May 14 fredrik 942     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 943       <xsd:documentation>A single result of the ProteinDetection analysis (i.e. a protein).</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 944     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 945     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 946       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 947         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 948           <xsd:element name="PeptideHypothesis" type="PeptideHypothesisType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 949           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 950             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 951               <xsd:documentation>Scores or parameters associated with this ProteinDetectionHypothesis e.g. p-value</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 952             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 953           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 954         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 955         <xsd:attribute name="dBSequence_ref" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 956           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 957             <xsd:documentation>A reference to the corresponding DBSequence entry. This optional and redundant, because the PeptideEvidence elements referenced from here also map to the DBSequence. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 958           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 959         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 960         <xsd:attribute name="passThreshold" type="xsd:boolean" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 961           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 962             <xsd:documentation>Set to true if the producers of the file has deemed that the ProteinDetectionHypothesis has passed a given threshold or been validated as correct. If no such threshold has been set, value of true should be given for all results. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 963           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 964         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 965       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 966     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 967   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 968   <xsd:complexType name="ProteinAmbiguityGroupType">
4555 09 May 14 fredrik 969     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 970       <xsd:documentation>A set of logically related results from a protein detection, for example to represent conflicting assignments of peptides to proteins.
4555 09 May 14 fredrik 971       </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 972     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 973     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 974       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 975         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 976           <xsd:element name="ProteinDetectionHypothesis" type="ProteinDetectionHypothesisType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 977           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 978             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 979               <xsd:documentation>Scores or parameters associated with the ProteinAmbiguityGroup.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 980             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 981           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 982         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 983       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 984     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 985   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 986   <xsd:complexType name="ModificationType">
4555 09 May 14 fredrik 987     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 988       <xsd:documentation>A molecule modification specification. If n modifications have been found on a peptide, there should be n instances of Modification. If multiple modifications are provided as cvParams, it is assumed that the modification is ambiguous i.e. one modification or another. A cvParam must be provided with the identification of the modification sourced from a suitable CV e.g. UNIMOD. If the modification is not present in the CV (and this will be checked by the semantic validator within a given tolerance window), there is a â€œunknown modification” CV term that must be used instead. A neutral loss should be defined as an additional CVParam within Modification. If more complex information should be given about neutral losses (such as presence/absence on particular product ions), this can additionally be encoded within the FragmentationArray. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 989     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 990     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 991       <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 992         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 993           <xsd:documentation>CV terms capturing the modification, sourced from an appropriate controlled vocabulary.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 994         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 995       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 996     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 997     <xsd:attribute name="location" type="xsd:int">
4555 09 May 14 fredrik 998       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 999         <xsd:documentation>Location of the modification within the peptide - position in peptide sequence, counted from the N-terminus residue, starting at position 1. Specific modifications to the N-terminus should be given the location 0. Modification to the C-terminus should be given as peptide length + 1. If the modification location is unknown e.g. for PMF data, this attribute should be omitted.  </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1000       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1001     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1002     <xsd:attribute name="residues" type="listOfChars">
4555 09 May 14 fredrik 1003       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1004         <xsd:documentation>Specification of the residue (amino acid) on which the modification occurs. If multiple values are given, it is assumed that the exact residue modified is unknown i.e. the modification is to ONE of the residues listed. Multiple residues would usually only be specified for PMF data.
4555 09 May 14 fredrik 1005         </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1006       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1007     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1008     <xsd:attribute name="avgMassDelta" type="xsd:double">
4555 09 May 14 fredrik 1009       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1010         <xsd:documentation>Atomic mass delta considering the natural distribution of isotopes in Daltons. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1011       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1012     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1013     <xsd:attribute name="monoisotopicMassDelta" type="xsd:double">
4555 09 May 14 fredrik 1014       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1015         <xsd:documentation>Atomic mass delta when assuming only the most common isotope of elements in Daltons. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1016       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1017     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1018   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1019   <xsd:complexType name="PeptideType">
4555 09 May 14 fredrik 1020     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1021       <xsd:documentation>One (poly)peptide (a sequence with modifications). The combination of Peptide sequence and modifications must be unique in the file.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1022     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1023     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1024       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1025         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1026           <xsd:element name="PeptideSequence" type="sequence">
4555 09 May 14 fredrik 1027             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1028               <xsd:documentation>The amino acid sequence of the (poly)peptide. If a substitution modification has been found, the original sequence
4555 09 May 14 fredrik 1029 should be reported. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1030             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1031           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1032           <xsd:element name="Modification" type="ModificationType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 1033           <xsd:element name="SubstitutionModification" type="SubstitutionModificationType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 1034           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1035             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1036               <xsd:documentation>Additional descriptors of this peptide sequence</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1037             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1038           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 1039         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1040       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1041     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1042   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1043   <xsd:complexType name="SubstitutionModificationType">
4555 09 May 14 fredrik 1044     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1045       <xsd:documentation>A modification where one residue is substituted by another (amino acid change). </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1046     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1047     <xsd:attribute name="originalResidue" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1048       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1049         <xsd:documentation>The original residue before replacement.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1050       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1051       <xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1052         <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1053           <xsd:pattern value="[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ?\-]{1}"/>
4555 09 May 14 fredrik 1054         </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1055       </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1056     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1057     <xsd:attribute name="replacementResidue" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1058       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1059         <xsd:documentation>The residue that replaced the originalResidue.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1060       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1061       <xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1062         <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1063           <xsd:pattern value="[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ?\-]{1}"/>
4555 09 May 14 fredrik 1064         </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1065       </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1066     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1067     <xsd:attribute name="location" type="xsd:int">
4555 09 May 14 fredrik 1068       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1069         <xsd:documentation>Location of the modification within the peptide - position in peptide sequence, counted from the N-terminus residue, starting at position 1.
4555 09 May 14 fredrik 1070 Specific modifications to the N-terminus should be given the location 0.
4555 09 May 14 fredrik 1071 Modification to the C-terminus should be given as peptide length + 1.    </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1072       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1073     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1074     <xsd:attribute name="avgMassDelta" type="xsd:double">
4555 09 May 14 fredrik 1075       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1076         <xsd:documentation>Atomic mass delta considering the natural distribution of isotopes in Daltons. This should only be reported if the original amino acid is known i.e. it is not "X" </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1077       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1078     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1079     <xsd:attribute name="monoisotopicMassDelta" type="xsd:double">
4555 09 May 14 fredrik 1080       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1081         <xsd:documentation>Atomic mass delta when assuming only the most common isotope of elements in Daltons. This should only be reported if the original amino acid is known i.e. it is not "X" </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1082       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1083     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1084   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1085   <xsd:complexType name="SpectraDataType">
4555 09 May 14 fredrik 1086     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1087       <xsd:documentation>A data set containing spectra data (consisting of one or more spectra). </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1088     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1089     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1090       <xsd:extension base="ExternalDataType">
4555 09 May 14 fredrik 1091         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1092           <xsd:element name="SpectrumIDFormat" type="SpectrumIDFormatType"/>
4555 09 May 14 fredrik 1093         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1094       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1095     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1096   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1097   <xsd:complexType name="AnalysisSoftwareType">
4555 09 May 14 fredrik 1098     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1099       <xsd:documentation>The software used for performing the analyses.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1100     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1101     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1102       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1103         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1104           <xsd:element name="ContactRole" type="ContactRoleType" minOccurs="0" maxOccurs="1">
4555 09 May 14 fredrik 1105             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1106               <xsd:documentation>The contact details of the organisation or person that produced the software</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1107             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1108           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1109           <xsd:element name="SoftwareName" type="ParamType">
4555 09 May 14 fredrik 1110             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1111               <xsd:documentation>The name of the analysis software package, sourced from a CV if available. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1112             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1113           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1114           <xsd:element name="Customizations" type="xsd:string" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 1115             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1116               <xsd:documentation>Any customizations to the software, such as alternative scoring mechanisms implemented, should be documented here as free text. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1117             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1118           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1119         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1120         <xsd:attribute name="version" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1121           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1122             <xsd:documentation>The version of Software used.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1123           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1124         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1125         <xsd:attribute name="uri" type="xsd:anyURI">
4555 09 May 14 fredrik 1126           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1127             <xsd:documentation>URI of the analysis software e.g. manufacturer's website</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1128           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1129         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1130       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1131     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1132   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1133   <xsd:complexType name="EnzymeType">
4555 09 May 14 fredrik 1134     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1135       <xsd:documentation>The details of an individual cleavage enzyme should be provided by giving a regular expression or a CV term if a "standard" enzyme cleavage has been performed. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1136     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1137     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1138       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1139         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1140           <xsd:element name="SiteRegexp" type="xsd:string" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 1141             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1142               <xsd:documentation>Regular expression for specifying the enzyme cleavage site.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1143             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1144           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1145           <xsd:element name="EnzymeName" type="ParamListType" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 1146             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1147               <xsd:documentation>The name of the enzyme from a CV.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1148             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1149           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1150         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1151         <xsd:attribute name="nTermGain" use="optional">
4555 09 May 14 fredrik 1152           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1153             <xsd:documentation>Element formula gained at NTerm.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1154           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1155           <xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1156             <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1157               <xsd:pattern value="[A-Za-z0-9 ]+"/>
4555 09 May 14 fredrik 1158             </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1159           </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1160         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1161         <xsd:attribute name="cTermGain" use="optional">
4555 09 May 14 fredrik 1162           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1163             <xsd:documentation>Element formula gained at CTerm.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1164           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1165           <xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1166             <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1167               <xsd:pattern value="[A-Za-z0-9 ]+"/>
4555 09 May 14 fredrik 1168             </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1169           </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1170         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1171         <xsd:attribute name="semiSpecific" type="xsd:boolean" use="optional">
4555 09 May 14 fredrik 1172           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1173             <xsd:documentation>Set to true if the enzyme cleaves semi-specifically (i.e. one terminus must cleave according to the rules, the other can cleave at any residue), false if the enzyme cleavage is assumed to be specific to both termini (accepting for any missed cleavages). </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1174           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1175         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1176         <xsd:attribute name="missedCleavages" type="xsd:int" use="optional">
4555 09 May 14 fredrik 1177           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1178             <xsd:documentation>The number of missed cleavage sites allowed by the search. The attribute must be provided if an enzyme has been used.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1179           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1180         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1181         <xsd:attribute name="minDistance" use="optional">
4555 09 May 14 fredrik 1182           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1183             <xsd:documentation>Minimal distance for another cleavage (minimum: 1).</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1184           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1185           <xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1186             <xsd:restriction base="xsd:int">
4555 09 May 14 fredrik 1187               <xsd:minInclusive value="1"/>
4555 09 May 14 fredrik 1188             </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1189           </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1190         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1191       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1192     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1193   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1194   <xsd:complexType name="EnzymesType">
4555 09 May 14 fredrik 1195     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1196       <xsd:documentation>The list of enzymes used in experiment</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1197     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1198     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1199       <xsd:element name="Enzyme" type="EnzymeType" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 1200     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1201     <xsd:attribute name="independent" type="xsd:boolean">
4555 09 May 14 fredrik 1202       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1203         <xsd:documentation>If there are multiple enzymes specified, this attribute is set to true if cleavage with different enzymes is performed independently.    </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1204       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1205     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1206   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1207   <xsd:complexType name="ResidueType">
4555 09 May 14 fredrik 1208     <xsd:attribute name="code" type="chars" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1209       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1210         <xsd:documentation>The single letter code for the residue.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1211       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1212     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1213     <xsd:attribute name="mass" type="xsd:float" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1214       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1215         <xsd:documentation>The residue mass in Daltons (not including any fixed modifications). </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1216       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1217     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1218   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1219   <xsd:complexType name="AmbiguousResidueType">
4555 09 May 14 fredrik 1220     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1221       <xsd:documentation>Ambiguous residues e.g. X can be specified by the Code attribute and a set of parameters for example giving the different masses that will be used in the search. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1222     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1223     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1224       <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1225         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1226           <xsd:documentation>Parameters for capturing e.g. "alternate single letter codes"</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1227         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1228       </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 1229     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1230     <xsd:attribute name="code" type="chars" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1231       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1232         <xsd:documentation>The single letter code of the ambiguous residue e.g. X.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1233       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1234     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1235   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1236   <xsd:complexType name="MassTableType">
4555 09 May 14 fredrik 1237     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1238       <xsd:documentation>The masses of residues used in the search.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1239     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1240     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1241       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1242         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1243           <xsd:element name="Residue" type="ResidueType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1244             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1245               <xsd:documentation>The specification of a single residue within the mass table. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1246             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1247           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1248           <xsd:element name="AmbiguousResidue" type="AmbiguousResidueType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 1249           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1250             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1251               <xsd:documentation>Additional parameters or descriptors for the MassTable.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1252             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1253           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 1254         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1255         <xsd:attribute name="msLevel" type="listOfIntegers" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1256           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1257             <xsd:documentation>The MS spectrum that the MassTable refers to e.g. "1" for MS1 "2" for MS2 or "1 2" for MS1 or MS2.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1258           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1259         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1260       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1261     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1262   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1263   <xsd:complexType name="PeptideEvidenceType">
4555 09 May 14 fredrik 1264     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1265       <xsd:documentation>PeptideEvidence links a specific Peptide element to a specific position in a DBSequence. There must only be one PeptideEvidence item per Peptide-to-DBSequence-position. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1266     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1267     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1268       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1269         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1270           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1271             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1272               <xsd:documentation>Additional parameters or descriptors for the PeptideEvidence.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1273             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1274           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 1275         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1276         <xsd:attribute name="dBSequence_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1277           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1278             <xsd:documentation>A reference to the protein sequence in which the specified peptide has been linked. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1279           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1280         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1281         <xsd:attribute name="peptide_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1282           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1283             <xsd:documentation>A reference to the identified (poly)peptide sequence in the Peptide element. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1284           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1285         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1286         <xsd:attribute name="start" type="xsd:int">
4555 09 May 14 fredrik 1287           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1288             <xsd:documentation>Start position of the peptide inside the protein sequence, where the first amino acid of the protein sequence is position 1. Must be provided unless this is a de novo search.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1289           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1290         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1291         <xsd:attribute name="end" type="xsd:int">
4555 09 May 14 fredrik 1292           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1293             <xsd:documentation>The index position of the last amino acid of the peptide inside the protein sequence, where the first amino acid of the protein sequence is position 1. Must be provided unless this is a de novo search. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1294           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1295         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1296         <xsd:attribute name="pre">
4555 09 May 14 fredrik 1297           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1298             <xsd:documentation>Previous flanking residue. If the peptide is N-terminal, pre="-" and not pre="". If for any reason it is unknown (e.g. denovo), pre="?" should be used. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1299           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1300           <xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1301             <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1302               <xsd:pattern value="[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ?\-]{1}"/>
4555 09 May 14 fredrik 1303             </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1304           </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1305         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1306         <xsd:attribute name="post">
4555 09 May 14 fredrik 1307           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1308             <xsd:documentation>Post flanking residue. If the peptide is C-terminal, post="-" and not post="". If for any reason it is unknown (e.g. denovo), post="?" should be used. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1309           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1310           <xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1311             <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1312               <xsd:pattern value="[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ?\-]{1}"/>
4555 09 May 14 fredrik 1313             </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1314           </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1315         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1316         <xsd:attribute name="translationTable_ref" type="xsd:string" use="optional">
4555 09 May 14 fredrik 1317           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1318             <xsd:documentation>A reference to the translation table used if this is PeptideEvidence derived from nucleic acid sequence </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1319           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1320         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1321         <xsd:attribute name="frame" type="allowed_frames" use="optional">
4555 09 May 14 fredrik 1322           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1323             <xsd:documentation>The translation frame of this sequence if this is PeptideEvidence derived from nucleic acid sequence </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1324           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1325         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1326         <xsd:attribute name="isDecoy" type="xsd:boolean" default="false">
4555 09 May 14 fredrik 1327           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1328             <xsd:documentation>Set to true if the peptide is matched to a decoy sequence. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1329           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1330         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1331       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1332     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1333   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1334   <xsd:complexType name="ToleranceType">
4555 09 May 14 fredrik 1335     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1336       <xsd:documentation>The tolerance of the search given as a plus and minus value with units. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1337     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1338     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1339       <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1340         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1341           <xsd:documentation>CV terms capturing the tolerance plus and minus values.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1342         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1343       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1344     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1345   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1346   <xsd:complexType name="SpectrumIDFormatType">
4555 09 May 14 fredrik 1347     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1348       <xsd:documentation>The format of the spectrum identifier within the source file</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1349     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1350     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1351       <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType">
4555 09 May 14 fredrik 1352         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1353           <xsd:documentation>CV term capturing the type of identifier used.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1354         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1355       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1356     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1357   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1358   <xsd:complexType name="DBSequenceType">
4555 09 May 14 fredrik 1359     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1360       <xsd:documentation>A database sequence from the specified SearchDatabase (nucleic acid or amino acid). If the sequence is nucleic acid, the source nucleic acid sequence
4555 09 May 14 fredrik 1361 should be given in the seq attribute rather than a translated sequence.  </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1362     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1363     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1364       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1365         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1366           <xsd:element name="Seq" type="sequence" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 1367             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1368               <xsd:documentation>The actual sequence of amino acids or nucleic acid.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1369             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1370           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1371           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1372             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1373               <xsd:documentation>Additional descriptors for the sequence, such as taxon, description line etc.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1374             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1375           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 1376         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1377         <xsd:attribute name="length" type="xsd:int">
4555 09 May 14 fredrik 1378           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1379             <xsd:documentation>The length of the sequence as a number of bases or residues. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1380           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1381         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1382         <xsd:attribute name="searchDatabase_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1383           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1384             <xsd:documentation>The source database of this sequence.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1385           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1386         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1387         <xsd:attribute name="accession" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1388           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1389             <xsd:documentation>The unique accession of this sequence.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1390           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1391         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1392       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1393     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1394   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1395   <xsd:complexType name="SampleType">
4555 09 May 14 fredrik 1396     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1397       <xsd:documentation> A description of the sample analysed by mass spectrometry using CVParams or UserParams. If a composite sample has been analysed, a parent sample should be defined, which references subsamples. This represents any kind of substance used in an experimental workflow, such as whole organisms, cells, DNA, solutions, compounds and experimental substances (gels, arrays etc.).  </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1398     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1399     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1400       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1401         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1402           <xsd:element name="ContactRole" type="ContactRoleType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1403             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1404               <xsd:documentation>Contact details for the Material. The association to ContactRole could specify, for example, the creator or provider of the Material. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1405             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1406           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1407           <xsd:element name="SubSample" type="SubSampleType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 1408           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1409             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1410               <xsd:documentation>The characteristics of a
4555 09 May 14 fredrik 1411 Material.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1412             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1413           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 1414         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1415       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1416     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1417   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1418   <xsd:complexType name="SubSampleType">
4555 09 May 14 fredrik 1419     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1420       <xsd:documentation>References to the individual component samples within a mixed parent sample. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1421     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1422     <xsd:attribute name="sample_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1423       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1424         <xsd:documentation>A reference to the child sample.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1425       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1426     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1427   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1428   <xsd:simpleType name="listOfIntegers">
4555 09 May 14 fredrik 1429     <xsd:list itemType="xsd:integer"/>
4555 09 May 14 fredrik 1430   </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1431   <xsd:simpleType name="listOfFloats">
4555 09 May 14 fredrik 1432     <xsd:list itemType="xsd:float"/>
4555 09 May 14 fredrik 1433   </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1434   <xsd:simpleType name="listOfChars">
4555 09 May 14 fredrik 1435     <xsd:list itemType="chars"/>
4555 09 May 14 fredrik 1436   </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1437   <xsd:simpleType name="listOfCharsOrAny">    
4555 09 May 14 fredrik 1438     <xsd:union>
4555 09 May 14 fredrik 1439       <xsd:simpleType id="listOfChars">
4555 09 May 14 fredrik 1440         <xsd:list itemType="chars"/>
4555 09 May 14 fredrik 1441       </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1442       <xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1443         <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1444           <xsd:enumeration value="."/>
4555 09 May 14 fredrik 1445         </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1446       </xsd:simpleType>      
4555 09 May 14 fredrik 1447     </xsd:union>    
4555 09 May 14 fredrik 1448   </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1449   <xsd:simpleType name="chars">
4555 09 May 14 fredrik 1450     <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1451       <xsd:pattern value="[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ]{1}"/>
4555 09 May 14 fredrik 1452     </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1453   </xsd:simpleType>  
4555 09 May 14 fredrik 1454   <xsd:simpleType name="sequence">
4555 09 May 14 fredrik 1455     <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1456       <xsd:pattern value="[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ]*"/>
4555 09 May 14 fredrik 1457     </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1458   </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1459   <xsd:simpleType name="allowed_frames">
4555 09 May 14 fredrik 1460     <xsd:restriction base="xsd:int">
4555 09 May 14 fredrik 1461       <xsd:enumeration value="3"/>
4555 09 May 14 fredrik 1462       <xsd:enumeration value="2"/>
4555 09 May 14 fredrik 1463       <xsd:enumeration value="1"/>
4555 09 May 14 fredrik 1464       <xsd:enumeration value="-3"/>
4555 09 May 14 fredrik 1465       <xsd:enumeration value="-2"/>
4555 09 May 14 fredrik 1466       <xsd:enumeration value="-1"/>
4555 09 May 14 fredrik 1467     </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1468   </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1469   <xsd:simpleType name="listOfAllowedFrames">
4555 09 May 14 fredrik 1470     <xsd:list itemType="allowed_frames"/>
4555 09 May 14 fredrik 1471   </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1472   <xsd:simpleType name="versionRegex">
4555 09 May 14 fredrik 1473     <xsd:restriction base="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1474       <xsd:pattern value="(1\.1\.\d+)"/>
4555 09 May 14 fredrik 1475     </xsd:restriction>
4555 09 May 14 fredrik 1476   </xsd:simpleType>
4555 09 May 14 fredrik 1477   <!-- FuGE stuff -->
4555 09 May 14 fredrik 1478   <xsd:complexType name="ExternalDataType">
4555 09 May 14 fredrik 1479     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1480       <xsd:documentation>Data external to the XML instance document. The location of the data file is given in the location attribute. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1481     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1482     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1483       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1484         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1485           <xsd:element name="ExternalFormatDocumentation" type="xsd:anyURI" minOccurs="0">
4555 09 May 14 fredrik 1486             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1487               <xsd:documentation>A URI to access documentation and tools to interpret the external format of the ExternalData instance. For example, XML Schema or static libraries (APIs) to access binary formats.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1488             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1489           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1490           <xsd:element name="FileFormat" type="FileFormatType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 1491         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1492         <xsd:attribute name="location" type="xsd:anyURI" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1493           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1494             <xsd:documentation>The location of the data file.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1495           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1496         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1497       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1498     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1499   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1500   <xsd:complexType name="FileFormatType">
4555 09 May 14 fredrik 1501     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1502       <xsd:documentation>The format of the ExternalData file, for example "tiff" for image files. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1503     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1504     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1505       <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType">
4555 09 May 14 fredrik 1506         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1507           <xsd:documentation>cvParam capturing file formats</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1508         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1509       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1510     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1511   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1512   <xsd:complexType name="PersonType">
4555 09 May 14 fredrik 1513     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1514       <xsd:documentation>A person's name and contact details. Any additional information such as the address, contact email etc. should be supplied using CV parameters or user parameters.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1515     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1516     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1517       <xsd:extension base="AbstractContactType">
4555 09 May 14 fredrik 1518         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1519           <xsd:element name="Affiliation" type="AffiliationType" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1520             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1521               <xsd:documentation>The organization a person belongs to.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1522             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1523           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1524         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1525         <xsd:attribute name="lastName" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1526           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1527             <xsd:documentation>The Person's last/family name.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1528           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1529         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1530         <xsd:attribute name="firstName" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1531           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1532             <xsd:documentation>The Person's first name.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1533           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1534         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1535         <xsd:attribute name="midInitials" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1536           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1537             <xsd:documentation>The Person's middle initial.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1538           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1539         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1540       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1541     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1542   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1543   <xsd:complexType name="AffiliationType">
4555 09 May 14 fredrik 1544     <xsd:attribute name="organization_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1545       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1546         <xsd:documentation>A reference to the organization this contact belongs to.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1547       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1548     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1549   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1550   <xsd:complexType name="OrganizationType">
4555 09 May 14 fredrik 1551     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1552       <xsd:documentation>Organizations are entities like companies, universities, government agencies. Any additional information such as the address, email etc. should be supplied either as CV parameters or as user parameters. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1553     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1554     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1555       <xsd:extension base="AbstractContactType">
4555 09 May 14 fredrik 1556         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1557           <xsd:element name="Parent" type="ParentOrganizationType" minOccurs="0"/>
4555 09 May 14 fredrik 1558         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1559       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1560     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1561   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1562   <xsd:complexType name="ParentOrganizationType">
4555 09 May 14 fredrik 1563     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1564       <xsd:documentation>The containing organization (the university or business which a lab belongs to, etc.) </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1565     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1566     <xsd:attribute name="organization_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1567       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1568         <xsd:documentation>A reference to the organization this contact belongs to.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1569       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1570     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1571   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1572   <xsd:complexType name="AbstractContactType" abstract="true">
4555 09 May 14 fredrik 1573     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1574       <xsd:documentation>A contact is either a person or an organization.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1575     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1576     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1577       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1578         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1579           <xsd:group ref="ParamGroup" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1580             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1581               <xsd:documentation>Attributes of this contact such as address, email, telephone etc.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1582             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1583           </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 1584         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1585       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1586     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1587   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1588   <xsd:complexType name="ContactRoleType">
4555 09 May 14 fredrik 1589     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1590       <xsd:documentation>The role that a Contact plays in an organization or with respect to the associating class. A Contact may have several Roles within scope, and as such,
4555 09 May 14 fredrik 1591 associations to ContactRole allow the use of a Contact in a certain manner. Examples
4555 09 May 14 fredrik 1592 might include a provider, or a data analyst. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1593     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1594     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1595       <xsd:element name="Role" type="RoleType"/>
4555 09 May 14 fredrik 1596     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1597     <xsd:attribute name="contact_ref" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1598       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1599         <xsd:documentation>When a ContactRole is used, it specifies which Contact the role is associated with. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1600       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1601     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1602   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1603   <xsd:complexType name="RoleType">
4555 09 May 14 fredrik 1604     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1605       <xsd:documentation>The roles (lab equipment sales, contractor, etc.) the Contact fills.
4555 09 May 14 fredrik 1606       </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1607     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1608     <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1609       <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType">
4555 09 May 14 fredrik 1610         <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1611           <xsd:documentation>CV term for contact roles, such as software provider.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1612         </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1613       </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1614     </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1615   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1616   <xsd:complexType name="BibliographicReferenceType">
4555 09 May 14 fredrik 1617     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1618       <xsd:documentation>Represents bibliographic references. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1619     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1620     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1621       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1622         <xsd:attribute name="authors" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1623           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1624             <xsd:documentation>The names of the authors of the reference.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1625           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1626         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1627         <xsd:attribute name="publication" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1628           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1629             <xsd:documentation>The name of the journal, book etc.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1630           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1631         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1632         <xsd:attribute name="publisher" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1633           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1634             <xsd:documentation>The publisher of the publication.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1635           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1636         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1637         <xsd:attribute name="editor" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1638           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1639             <xsd:documentation>The editor(s) of the reference.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1640           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1641         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1642         <xsd:attribute name="year" type="xsd:int">
4555 09 May 14 fredrik 1643           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1644             <xsd:documentation>The year of publication.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1645           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1646         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1647         <xsd:attribute name="volume" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1648           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1649             <xsd:documentation>The volume name or number.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1650           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1651         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1652         <xsd:attribute name="issue" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1653           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1654             <xsd:documentation>The issue name or number.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1655           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1656         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1657         <xsd:attribute name="pages" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1658           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1659             <xsd:documentation>The page numbers.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1660           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1661         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1662         <xsd:attribute name="title" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1663           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1664             <xsd:documentation>The title of the BibliographicReference.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1665           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1666         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1667         <xsd:attribute name="doi" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1668           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1669             <xsd:documentation>The DOI of the referenced publication.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1670           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1671         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1672       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1673     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1674   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1675   <xsd:complexType name="ProtocolApplicationType" abstract="true">
4555 09 May 14 fredrik 1676     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1677       <xsd:documentation>The use of a protocol with the requisite Parameters and ParameterValues. ProtocolApplications can take Material or Data (or both) as input
4555 09 May 14 fredrik 1678 and produce Material or Data (or both) as output. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1679     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1680     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1681       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1682         <xsd:attribute name="activityDate" type="xsd:dateTime">
4555 09 May 14 fredrik 1683           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1684             <xsd:documentation>When the protocol was applied.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1685           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1686         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1687       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1688     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1689   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1690   <xsd:complexType name="AbstractParamType" abstract="true">
4555 09 May 14 fredrik 1691     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1692       <xsd:documentation>Abstract entity allowing either cvParam or userParam to be referenced in other schemas. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1693     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1694     <xsd:attribute name="name" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1695       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1696         <xsd:documentation>The name of the parameter.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1697       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1698     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1699     <xsd:attribute name="value" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1700       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1701         <xsd:documentation>The user-entered value of the parameter.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1702       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1703     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1704     <xsd:attribute name="unitAccession" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1705       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1706         <xsd:documentation>An accession number identifying the unit within the OBO foundry Unit CV. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1707       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1708     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1709     <xsd:attribute name="unitName" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1710       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1711         <xsd:documentation>The name of the unit.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1712       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1713     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1714     <xsd:attribute name="unitCvRef" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1715       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1716         <xsd:documentation>If a unit term is referenced, this attribute must refer to the CV 'id' attribute defined in the cvList in this file. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1717       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1718     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1719   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1720   <xsd:complexType name="UserParamType">
4555 09 May 14 fredrik 1721     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1722       <xsd:documentation>A single user-defined parameter.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1723     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1724     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1725       <xsd:extension base="AbstractParamType">
4555 09 May 14 fredrik 1726         <xsd:attribute name="type" type="xsd:string" use="optional">
4555 09 May 14 fredrik 1727           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1728             <xsd:documentation>The datatype of the parameter, where appropriate (e.g.: xsd:float).</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1729           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1730         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1731       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1732     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1733   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1734   <xsd:complexType name="CVParamType">
4555 09 May 14 fredrik 1735     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1736       <xsd:documentation>A single entry from an ontology or a controlled
4555 09 May 14 fredrik 1737 vocabulary.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1738     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1739     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1740       <xsd:extension base="AbstractParamType">
4555 09 May 14 fredrik 1741         <xsd:attribute name="cvRef" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1742           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1743             <xsd:documentation>A reference to the cv element from which this term originates. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1744           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1745         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1746         <xsd:attribute name="accession" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1747           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1748             <xsd:documentation>The accession or ID number of this CV term in the source CV. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1749           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1750         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1751       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1752     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1753   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1754   <xsd:complexType name="cvType">
4555 09 May 14 fredrik 1755     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1756       <xsd:documentation>A source controlled vocabulary from which cvParams will be obtained.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1757     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1758     <xsd:attribute name="fullName" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1759       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1760         <xsd:documentation>The full name of the CV.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1761       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1762     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1763     <xsd:attribute name="version" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1764       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1765         <xsd:documentation>The version of the CV.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1766       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1767     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1768     <xsd:attribute name="uri" type="xsd:anyURI" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1769       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1770         <xsd:documentation>The URI of the source CV.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1771       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1772     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1773     <xsd:attribute name="id" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1774       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1775         <xsd:documentation>The unique identifier of this cv within the document to be referenced by cvParam elements. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1776       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1777     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1778   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1779   <xsd:complexType name="IdentifiableType" abstract="true">
4555 09 May 14 fredrik 1780     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1781       <xsd:documentation>Other classes in the model can be specified as sub-classes, inheriting from Identifiable. Identifiable gives classes a unique identifier within the scope and a name that need not be unique.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1782     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1783     <xsd:attribute name="id" type="xsd:string" use="required">
4555 09 May 14 fredrik 1784       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1785         <xsd:documentation>An identifier is an unambiguous string that is unique within the scope (i.e. a document, a set of related documents, or a repository) of its use.    </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1786       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1787     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1788     <xsd:attribute name="name" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1789       <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1790         <xsd:documentation>The potentially ambiguous common identifier, such as a human-readable name for the instance. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1791       </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1792     </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1793   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1794   <xsd:complexType name="AuditCollectionType">
4555 09 May 14 fredrik 1795     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1796       <xsd:documentation>The complete set of Contacts (people and organisations) for this file. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1797     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1798     <xsd:choice maxOccurs="unbounded">
4555 09 May 14 fredrik 1799       <xsd:element name="Person" type="PersonType"/>
4555 09 May 14 fredrik 1800       <xsd:element name="Organization" type="OrganizationType"/>
4555 09 May 14 fredrik 1801     </xsd:choice>
4555 09 May 14 fredrik 1802   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1803   <xsd:complexType name="ProviderType">
4555 09 May 14 fredrik 1804     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1805       <xsd:documentation>The provider of the document in terms of the Contact and the software the produced the document instance. </xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1806     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1807     <xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1808       <xsd:extension base="IdentifiableType">
4555 09 May 14 fredrik 1809         <xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1810           <xsd:element name="ContactRole" type="ContactRoleType" minOccurs="0" maxOccurs="1">
4555 09 May 14 fredrik 1811             <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1812               <xsd:documentation>The Contact that provided the document instance.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1813             </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1814           </xsd:element>
4555 09 May 14 fredrik 1815         </xsd:sequence>
4555 09 May 14 fredrik 1816         <xsd:attribute name="analysisSoftware_ref" type="xsd:string">
4555 09 May 14 fredrik 1817           <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1818             <xsd:documentation>The Software that produced the document instance.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1819           </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1820         </xsd:attribute>
4555 09 May 14 fredrik 1821       </xsd:extension>
4555 09 May 14 fredrik 1822     </xsd:complexContent>
4555 09 May 14 fredrik 1823   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1824   <xsd:complexType name="ParamListType">
4555 09 May 14 fredrik 1825     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1826       <xsd:documentation>Helper type to allow multiple cvParams or userParams to be given for an element.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1827     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1828     <xsd:group ref="ParamGroup" maxOccurs="unbounded"/>
4555 09 May 14 fredrik 1829   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1830   <xsd:complexType name="ParamType">
4555 09 May 14 fredrik 1831     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1832       <xsd:documentation>Helper type to allow either a cvParam or a userParam to be provided for an element.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1833     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1834     <xsd:group ref="ParamGroup"/>
4555 09 May 14 fredrik 1835   </xsd:complexType>
4555 09 May 14 fredrik 1836   <xsd:group name="ParamGroup">
4555 09 May 14 fredrik 1837     <xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1838       <xsd:documentation>A choice of either a cvParam or userParam.</xsd:documentation>
4555 09 May 14 fredrik 1839     </xsd:annotation>
4555 09 May 14 fredrik 1840     <xsd:choice>
4555 09 May 14 fredrik 1841       <xsd:element name="cvParam" type="CVParamType"/>
4555 09 May 14 fredrik 1842       <xsd:element name="userParam" type="UserParamType"/>
4555 09 May 14 fredrik 1843     </xsd:choice>
4555 09 May 14 fredrik 1844   </xsd:group>
4555 09 May 14 fredrik 1845 </xsd:schema>

Generated on Thu Jul 20 09:48:44 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)