plugin/src/org/proteios/plugins/GelSpotPlatePosToHitPlugin.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1431 20 Mar 07 fredrik 1 /*
1431 20 Mar 07 fredrik 2  $Id$
1431 20 Mar 07 fredrik 3
1916 31 Aug 07 jari 4  Copyright (C) 2007 Fredrik Levander, Gregory Vincic
1431 20 Mar 07 fredrik 5
1431 20 Mar 07 fredrik 6  Files are copyright by their respective authors. The contributions to
1431 20 Mar 07 fredrik 7  files where copyright is not explicitly stated can be traced with the
1431 20 Mar 07 fredrik 8  source code revision system.
1431 20 Mar 07 fredrik 9
1431 20 Mar 07 fredrik 10  This file is part of Proteios.
1431 20 Mar 07 fredrik 11  Available at http://www.proteios.org/
1431 20 Mar 07 fredrik 12
1431 20 Mar 07 fredrik 13  Proteios-2.x is free software; you can redistribute it and/or
1431 20 Mar 07 fredrik 14  modify it under the terms of the GNU General Public License
1431 20 Mar 07 fredrik 15  as published by the Free Software Foundation; either version 2
1431 20 Mar 07 fredrik 16  of the License, or (at your option) any later version.
1431 20 Mar 07 fredrik 17
1431 20 Mar 07 fredrik 18  Proteios is distributed in the hope that it will be useful,
1431 20 Mar 07 fredrik 19  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1431 20 Mar 07 fredrik 20  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1431 20 Mar 07 fredrik 21  GNU General Public License for more details.
1431 20 Mar 07 fredrik 22
1431 20 Mar 07 fredrik 23  You should have received a copy of the GNU General Public License
1431 20 Mar 07 fredrik 24  along with this program; if not, write to the Free Software
1431 20 Mar 07 fredrik 25  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
1431 20 Mar 07 fredrik 26  Boston, MA  02111-1307, USA.
1431 20 Mar 07 fredrik 27  */
1431 20 Mar 07 fredrik 28 package org.proteios.plugins;
1431 20 Mar 07 fredrik 29
1431 20 Mar 07 fredrik 30 import org.proteios.core.BaseException;
1431 20 Mar 07 fredrik 31 import org.proteios.core.DbControl;
1431 20 Mar 07 fredrik 32 import org.proteios.core.File;
1431 20 Mar 07 fredrik 33 import org.proteios.core.FileType;
1431 20 Mar 07 fredrik 34 import org.proteios.core.Hit;
1533 29 Apr 07 gregory 35 import org.proteios.core.ItemFactory;
1431 20 Mar 07 fredrik 36 import org.proteios.core.ItemQuery;
1431 20 Mar 07 fredrik 37 import org.proteios.core.ItemResultIterator;
1431 20 Mar 07 fredrik 38 import org.proteios.core.ProgressReporter;
1431 20 Mar 07 fredrik 39 import org.proteios.core.Project;
1431 20 Mar 07 fredrik 40 import org.proteios.core.SessionControl;
1431 20 Mar 07 fredrik 41 import org.proteios.core.plugin.About;
1431 20 Mar 07 fredrik 42 import org.proteios.core.plugin.AboutImpl;
1431 20 Mar 07 fredrik 43 import org.proteios.core.plugin.AbstractPlugin;
1431 20 Mar 07 fredrik 44 import org.proteios.core.plugin.ParameterValues;
1431 20 Mar 07 fredrik 45 import org.proteios.core.plugin.Request;
1431 20 Mar 07 fredrik 46 import org.proteios.core.plugin.Response;
2534 05 Feb 08 fredrik 47 import org.proteios.core.query.Expressions;
2534 05 Feb 08 fredrik 48 import org.proteios.core.query.Hql;
2534 05 Feb 08 fredrik 49 import org.proteios.core.query.Restrictions;
1431 20 Mar 07 fredrik 50 import org.proteios.io.FilenameParseUtil;
1431 20 Mar 07 fredrik 51 import org.proteios.io.RobotFileImpl;
2531 05 Feb 08 fredrik 52 import org.proteios.io.RobotFileSpotXY;
1431 20 Mar 07 fredrik 53 import org.xml.sax.SAXException;
3465 27 Oct 09 fredrik 54
1431 20 Mar 07 fredrik 55 import java.util.ArrayList;
1431 20 Mar 07 fredrik 56 import java.util.Iterator;
1431 20 Mar 07 fredrik 57 import java.util.List;
3465 27 Oct 09 fredrik 58
1431 20 Mar 07 fredrik 59 import javax.xml.stream.XMLStreamException;
1431 20 Mar 07 fredrik 60
1431 20 Mar 07 fredrik 61 /**
1431 20 Mar 07 fredrik 62  * @author gregory
1431 20 Mar 07 fredrik 63  * @author fredrik
1431 20 Mar 07 fredrik 64  */
1431 20 Mar 07 fredrik 65 public class GelSpotPlatePosToHitPlugin
1431 20 Mar 07 fredrik 66     extends AbstractPlugin
1431 20 Mar 07 fredrik 67 {
1431 20 Mar 07 fredrik 68   /**
1431 20 Mar 07 fredrik 69    * Logger used. Used to log specific events.
1431 20 Mar 07 fredrik 70    */
1431 20 Mar 07 fredrik 71   protected static final org.apache.log4j.Logger log = org.apache.log4j.LogManager
1431 20 Mar 07 fredrik 72     .getLogger("org.proteios.io");
1431 20 Mar 07 fredrik 73
1533 29 Apr 07 gregory 74
2386 14 Nov 07 gregory 75   @Override
1431 20 Mar 07 fredrik 76   public void init(SessionControl sc, ParameterValues configuration,
1431 20 Mar 07 fredrik 77       ParameterValues job)
1431 20 Mar 07 fredrik 78       throws BaseException
1431 20 Mar 07 fredrik 79   {
1431 20 Mar 07 fredrik 80     super.init(sc, configuration, job);
1431 20 Mar 07 fredrik 81   }
1431 20 Mar 07 fredrik 82
1431 20 Mar 07 fredrik 83
1431 20 Mar 07 fredrik 84   public void run(Request request, Response response,
1431 20 Mar 07 fredrik 85       ProgressReporter progress)
1431 20 Mar 07 fredrik 86   {
1431 20 Mar 07 fredrik 87     String command = request.getCommand();
1431 20 Mar 07 fredrik 88     if (command.equals(Request.COMMAND_EXECUTE))
1431 20 Mar 07 fredrik 89     {
1431 20 Mar 07 fredrik 90       execute(request, response, progress);
1431 20 Mar 07 fredrik 91     }
1431 20 Mar 07 fredrik 92     else if (command.equals(Request.COMMAND_CONFIGURE_PLUGIN))
1431 20 Mar 07 fredrik 93     {
1431 20 Mar 07 fredrik 94       response.setContinue(Request.COMMAND_EXECUTE);
1431 20 Mar 07 fredrik 95     }
1431 20 Mar 07 fredrik 96     else
1431 20 Mar 07 fredrik 97     {
1431 20 Mar 07 fredrik 98       response.setError("Unknown command " + command, null);
1431 20 Mar 07 fredrik 99     }
1431 20 Mar 07 fredrik 100   }
1431 20 Mar 07 fredrik 101
1431 20 Mar 07 fredrik 102
1431 20 Mar 07 fredrik 103   private void execute(Request request, Response response,
1431 20 Mar 07 fredrik 104       ProgressReporter progress)
1431 20 Mar 07 fredrik 105   {
1431 20 Mar 07 fredrik 106     String gelId = (String) job.getValue("gelId");
1533 29 Apr 07 gregory 107     if (gelId != null && gelId.length() > 0)
1431 20 Mar 07 fredrik 108     {
1533 29 Apr 07 gregory 109       log
1533 29 Apr 07 gregory 110         .info("GelSpotPlatePosToHitPlugin: only importing results for gel:" + gelId);
1431 20 Mar 07 fredrik 111     }
1431 20 Mar 07 fredrik 112     FilenameParseUtil fpu = new FilenameParseUtil();
1431 20 Mar 07 fredrik 113     File f = (File) job.getValue("file");
1431 20 Mar 07 fredrik 114     DbControl dc = sc.newDbControl();
1533 29 Apr 07 gregory 115     ItemFactory factory = new ItemFactory(dc);
1495 17 Apr 07 fredrik 116     Project project = Project.getById(dc, sc.getActiveProjectId());
1431 20 Mar 07 fredrik 117     ItemQuery<FileType> fileTypeQuery = FileType.getQuery();
1533 29 Apr 07 gregory 118     FileType ft_robot = null;
3001 15 Dec 08 fredrik 119     boolean ok = false;
3001 15 Dec 08 fredrik 120     int imported = 0;
1533 29 Apr 07 gregory 121     ItemResultIterator<FileType> ftit = fileTypeQuery.iterate(dc);
1431 20 Mar 07 fredrik 122     while (ftit.hasNext())
1533 29 Apr 07 gregory 123     {
1533 29 Apr 07 gregory 124       FileType fileType = ftit.next();
1533 29 Apr 07 gregory 125       if (fileType.isSystemItem())
1431 20 Mar 07 fredrik 126       {
1533 29 Apr 07 gregory 127         if (fileType.getSystemId().equals(FileType.SHW_RESULT))
1533 29 Apr 07 gregory 128           ft_robot = fileType;
1431 20 Mar 07 fredrik 129       }
1431 20 Mar 07 fredrik 130     }
1431 20 Mar 07 fredrik 131     ftit.close();
1431 20 Mar 07 fredrik 132     dc.reattachItem(f);
1431 20 Mar 07 fredrik 133     FileType ft = f.getFileType();
3001 15 Dec 08 fredrik 134     if (ft == null || ft.equals(ft_robot))
1431 20 Mar 07 fredrik 135     {
1431 20 Mar 07 fredrik 136       RobotFileImpl rfi = new RobotFileImpl(f);
3001 15 Dec 08 fredrik 137       log.info("GelSpotPlatePosToHitPlugin: Trying if valid");
1431 20 Mar 07 fredrik 138       try
1431 20 Mar 07 fredrik 139       {
1431 20 Mar 07 fredrik 140         if (rfi.valid())
1431 20 Mar 07 fredrik 141         {
2534 05 Feb 08 fredrik 142           // SHW robot file!
1431 20 Mar 07 fredrik 143           log.info("GelSpotPlatePosToHitPlugin: valid robot file");
1533 29 Apr 07 gregory 144           if (f.getFileType() == null)
1431 20 Mar 07 fredrik 145           {
1431 20 Mar 07 fredrik 146             f.setFileType(ft_robot);
1431 20 Mar 07 fredrik 147           }
4225 08 Jun 11 olle 148           if (f.getMimeType() == null)
4225 08 Jun 11 olle 149           {
4225 08 Jun 11 olle 150             f.setMimeType("application/xml");
4225 08 Jun 11 olle 151           }
3465 27 Oct 09 fredrik 152           List<String> gellist = rfi.getGelIdList();
3465 27 Oct 09 fredrik 153           /* If no gel in the file, try to import spotting only */
3465 27 Oct 09 fredrik 154           if (gellist == null)
1431 20 Mar 07 fredrik 155           {
3465 27 Oct 09 fredrik 156             List<String> microtitrePlates = rfi
3465 27 Oct 09 fredrik 157               .getPlateIdListFromMicroPlate();
3465 27 Oct 09 fredrik 158             rfi = new RobotFileImpl(f);
3465 27 Oct 09 fredrik 159             ItemQuery<Hit> hitQuery = Hit.getQuery(project);
3465 27 Oct 09 fredrik 160             for (String mp : microtitrePlates)
1431 20 Mar 07 fredrik 161             {
3465 27 Oct 09 fredrik 162               hitQuery.reset();
3465 27 Oct 09 fredrik 163               hitQuery.restrict(Restrictions.eq(Hql
3465 27 Oct 09 fredrik 164                 .property("plateId"), Expressions
3465 27 Oct 09 fredrik 165                 .parameter("plateId")));
3465 27 Oct 09 fredrik 166               hitQuery.setParameter("plateId", mp, null);
3465 27 Oct 09 fredrik 167               List<Hit> hits = hitQuery.list(dc);
3465 27 Oct 09 fredrik 168               for (Hit h : hits)
1431 20 Mar 07 fredrik 169               {
3465 27 Oct 09 fredrik 170                 String plateId = rfi.getPlateIdFromTargetPlate(
3465 27 Oct 09 fredrik 171                   h.getPlateId(), h.getWellPosition());
3465 27 Oct 09 fredrik 172                 if (plateId != null)
3465 27 Oct 09 fredrik 173                 {
3465 27 Oct 09 fredrik 174                   String platePos = rfi
3465 27 Oct 09 fredrik 175                     .getPlatePosFromTargetPlate(h
3465 27 Oct 09 fredrik 176                       .getPlateId(), h.getWellPosition());
3465 27 Oct 09 fredrik 177                   if (platePos != null)
3465 27 Oct 09 fredrik 178                   {
3465 27 Oct 09 fredrik 179                     imported++;
3465 27 Oct 09 fredrik 180                     Hit hit = factory.create(Hit.class);
3465 27 Oct 09 fredrik 181                     hit.setProject(project);
3465 27 Oct 09 fredrik 182                     hit.setMicroPlate(new Boolean(false));
3465 27 Oct 09 fredrik 183                     hit.setPlateId(plateId);
3465 27 Oct 09 fredrik 184                     hit.setWellPosition(fpu
3465 27 Oct 09 fredrik 185                       .convertWellNotation(platePos));
3465 27 Oct 09 fredrik 186                     hit.setGelExternalId(h
3465 27 Oct 09 fredrik 187                       .getGelExternalId());
3465 27 Oct 09 fredrik 188                     hit.setSpotId(h.getSpotId());
3465 27 Oct 09 fredrik 189                     hit.setSpotXPixel(h.getSpotXPixel());
3465 27 Oct 09 fredrik 190                     hit.setSpotYPixel(h.getSpotYPixel());
3465 27 Oct 09 fredrik 191                     dc.saveItem(hit);
3465 27 Oct 09 fredrik 192                     if (!ok)
3465 27 Oct 09 fredrik 193                     {
3465 27 Oct 09 fredrik 194                       hitQuery.reset();
3465 27 Oct 09 fredrik 195                       hitQuery.restrict(Restrictions.eq(
3465 27 Oct 09 fredrik 196                         Hql.property("gelExternalId"),
3465 27 Oct 09 fredrik 197                         Expressions.string(hit
3465 27 Oct 09 fredrik 198                           .getGelExternalId())));
3465 27 Oct 09 fredrik 199                       hitQuery.restrict(Restrictions.eq(
3465 27 Oct 09 fredrik 200                         Hql.property("spotId"),
3465 27 Oct 09 fredrik 201                         Expressions.integer(hit
3465 27 Oct 09 fredrik 202                           .getSpotId())));
3465 27 Oct 09 fredrik 203                       hitQuery.restrict(Restrictions.eq(
3465 27 Oct 09 fredrik 204                         Hql.property("plateId"),
3465 27 Oct 09 fredrik 205                         Expressions.string(hit
3465 27 Oct 09 fredrik 206                           .getPlateId())));
3465 27 Oct 09 fredrik 207                       hitQuery.restrict(Restrictions.eq(
3465 27 Oct 09 fredrik 208                         Hql.property("wellPosition"),
3465 27 Oct 09 fredrik 209                         Expressions.string(hit
3465 27 Oct 09 fredrik 210                           .getWellPosition())));
3465 27 Oct 09 fredrik 211                       if (hitQuery.count(dc) > 0)
3465 27 Oct 09 fredrik 212                       {
3465 27 Oct 09 fredrik 213                         throw new BaseException(
3465 27 Oct 09 fredrik 214                           "Already imported");
3465 27 Oct 09 fredrik 215                       }
3465 27 Oct 09 fredrik 216                       ok = true;
3465 27 Oct 09 fredrik 217                     }
3465 27 Oct 09 fredrik 218                   }
3465 27 Oct 09 fredrik 219                 }
1431 20 Mar 07 fredrik 220               }
3465 27 Oct 09 fredrik 221             }
3465 27 Oct 09 fredrik 222             if (imported == 0)
3465 27 Oct 09 fredrik 223             {
3465 27 Oct 09 fredrik 224               throw new BaseException(
3465 27 Oct 09 fredrik 225                 "No microtitre plates in the hits report matched those spotted in the file.");
3465 27 Oct 09 fredrik 226             }
3465 27 Oct 09 fredrik 227           }
3465 27 Oct 09 fredrik 228           else
3465 27 Oct 09 fredrik 229           /* Import gel spots: */
3465 27 Oct 09 fredrik 230           {
3465 27 Oct 09 fredrik 231             Iterator<String> gelit = gellist.iterator();
3465 27 Oct 09 fredrik 232             while (gelit.hasNext())
3465 27 Oct 09 fredrik 233             {
3465 27 Oct 09 fredrik 234               String currentGel = gelit.next();
2534 05 Feb 08 fredrik 235               log
3465 27 Oct 09 fredrik 236                 .info("GelSpotPlatePosToHitPlugin: gel:" + currentGel);
3465 27 Oct 09 fredrik 237               /*
3465 27 Oct 09 fredrik 238                * If a gel was specified we only enter data for
3465 27 Oct 09 fredrik 239                * that one
3465 27 Oct 09 fredrik 240                */
3465 27 Oct 09 fredrik 241               if (gelId == null || gelId.length() == 0 || gelId
3465 27 Oct 09 fredrik 242                 .equals(currentGel))
1431 20 Mar 07 fredrik 243               {
3465 27 Oct 09 fredrik 244                 log
3465 27 Oct 09 fredrik 245                   .info("GelSpotPlatePosToHitPlugin: gel to import:" + currentGel);
3465 27 Oct 09 fredrik 246                 List<String> spots = rfi
3465 27 Oct 09 fredrik 247                   .getSpotIdListFromMicroPlate(currentGel);
3465 27 Oct 09 fredrik 248                 List<String> gels = new ArrayList<String>();
3465 27 Oct 09 fredrik 249                 for (int i = 0; i < spots.size(); i++)
1431 20 Mar 07 fredrik 250                 {
3465 27 Oct 09 fredrik 251                   gels.add(currentGel);
3465 27 Oct 09 fredrik 252                 }
3465 27 Oct 09 fredrik 253                 List<String> mpIds = rfi
3465 27 Oct 09 fredrik 254                   .getPlateIdFromMicroPlate(spots, gels);
3465 27 Oct 09 fredrik 255                 List<String> mpWells = rfi
3465 27 Oct 09 fredrik 256                   .getWellIdFromMicroPlate(spots, gels);
3465 27 Oct 09 fredrik 257                 List<String> targetIds = rfi
3465 27 Oct 09 fredrik 258                   .getTargetIdFromTargetPlate(spots, gels);
3465 27 Oct 09 fredrik 259                 List<String> targetPos = rfi
3465 27 Oct 09 fredrik 260                   .getPositionIdFromTargetPlate(spots, gels);
3465 27 Oct 09 fredrik 261                 RobotFileSpotXY spotxy = new RobotFileSpotXY(f);
3465 27 Oct 09 fredrik 262                 List<Float> spotXs = spotxy.getSpotXs(spots,
3465 27 Oct 09 fredrik 263                   gels);
3465 27 Oct 09 fredrik 264                 List<Float> spotYs = spotxy.getSpotYs(spots,
3465 27 Oct 09 fredrik 265                   gels);
3465 27 Oct 09 fredrik 266                 log
3465 27 Oct 09 fredrik 267                   .info("GelSpotPlatePosToHitPlugin: Spots to add:" + spots
3465 27 Oct 09 fredrik 268                     .size());
3465 27 Oct 09 fredrik 269                 imported = spots.size();
3465 27 Oct 09 fredrik 270                 for (int i = 0; i < spots.size(); i++)
3465 27 Oct 09 fredrik 271                 {
3465 27 Oct 09 fredrik 272                   if (mpIds.get(i) != null && mpWells.get(i) != null)
2534 05 Feb 08 fredrik 273                   {
3465 27 Oct 09 fredrik 274                     Hit hit = factory.create(Hit.class);
3465 27 Oct 09 fredrik 275                     hit.setProject(project);
3465 27 Oct 09 fredrik 276                     hit.setMicroPlate(new Boolean(true));
3465 27 Oct 09 fredrik 277                     hit.setPlateId(mpIds.get(i));
3465 27 Oct 09 fredrik 278                     hit
3465 27 Oct 09 fredrik 279                       .setWellPosition(fpu
3465 27 Oct 09 fredrik 280                         .convertWellNotation(mpWells
3465 27 Oct 09 fredrik 281                           .get(i)));
3465 27 Oct 09 fredrik 282                     hit.setGelExternalId(currentGel);
3465 27 Oct 09 fredrik 283                     hit.setSpotId(Integer.valueOf(spots
3465 27 Oct 09 fredrik 284                       .get(i)));
3465 27 Oct 09 fredrik 285                     hit.setSpotXPixel(spotXs.get(i));
3465 27 Oct 09 fredrik 286                     hit.setSpotYPixel(spotYs.get(i));
3465 27 Oct 09 fredrik 287                     dc.saveItem(hit);
3465 27 Oct 09 fredrik 288                     if (!ok)
2534 05 Feb 08 fredrik 289                     {
3465 27 Oct 09 fredrik 290                       ItemQuery<Hit> hitQuery = Hit
3465 27 Oct 09 fredrik 291                         .getQuery(project);
3465 27 Oct 09 fredrik 292                       hitQuery
3465 27 Oct 09 fredrik 293                         .restrict(Restrictions.eq(Hql
3465 27 Oct 09 fredrik 294                           .property("gelExternalId"),
3465 27 Oct 09 fredrik 295                           Expressions
3465 27 Oct 09 fredrik 296                             .string(currentGel)));
3465 27 Oct 09 fredrik 297                       hitQuery.restrict(Restrictions.eq(
3465 27 Oct 09 fredrik 298                         Hql.property("spotId"),
3465 27 Oct 09 fredrik 299                         Expressions.integer(Integer
3465 27 Oct 09 fredrik 300                           .parseInt(spots.get(i)))));
3465 27 Oct 09 fredrik 301                       hitQuery.restrict(Restrictions.eq(
3465 27 Oct 09 fredrik 302                         Hql.property("plateId"),
3465 27 Oct 09 fredrik 303                         Expressions
3465 27 Oct 09 fredrik 304                           .string(mpIds.get(i))));
3465 27 Oct 09 fredrik 305                       hitQuery.restrict(Restrictions.eq(
3465 27 Oct 09 fredrik 306                         Hql.property("wellPosition"),
3465 27 Oct 09 fredrik 307                         Expressions.string(hit
3465 27 Oct 09 fredrik 308                           .getWellPosition())));
3465 27 Oct 09 fredrik 309                       if (hitQuery.count(dc) > 0)
3465 27 Oct 09 fredrik 310                       {
3465 27 Oct 09 fredrik 311                         throw new BaseException(
3465 27 Oct 09 fredrik 312                           "Already imported");
3465 27 Oct 09 fredrik 313                       }
3465 27 Oct 09 fredrik 314                       ok = true;
2534 05 Feb 08 fredrik 315                     }
3465 27 Oct 09 fredrik 316                     imported++;
2534 05 Feb 08 fredrik 317                   }
3465 27 Oct 09 fredrik 318                   if (targetIds.get(i) != null && targetPos
3465 27 Oct 09 fredrik 319                     .get(i) != null)
3465 27 Oct 09 fredrik 320                   {
3465 27 Oct 09 fredrik 321                     Hit hit = factory.create(Hit.class);
3465 27 Oct 09 fredrik 322                     hit.setProject(project);
3465 27 Oct 09 fredrik 323                     hit.setMicroPlate(new Boolean(false));
3465 27 Oct 09 fredrik 324                     hit.setPlateId(targetIds.get(i));
3465 27 Oct 09 fredrik 325                     hit.setWellPosition(fpu
3465 27 Oct 09 fredrik 326                       .convertWellNotation(targetPos
3465 27 Oct 09 fredrik 327                         .get(i)));
3465 27 Oct 09 fredrik 328                     hit.setGelExternalId(currentGel);
3465 27 Oct 09 fredrik 329                     hit.setSpotId(Integer.valueOf(spots
3465 27 Oct 09 fredrik 330                       .get(i)));
3465 27 Oct 09 fredrik 331                     hit.setSpotXPixel(spotXs.get(i));
3465 27 Oct 09 fredrik 332                     hit.setSpotYPixel(spotYs.get(i));
3465 27 Oct 09 fredrik 333                     dc.saveItem(hit);
3465 27 Oct 09 fredrik 334                   }
1431 20 Mar 07 fredrik 335                 }
1431 20 Mar 07 fredrik 336               }
1431 20 Mar 07 fredrik 337             }
1431 20 Mar 07 fredrik 338           }
3001 15 Dec 08 fredrik 339           dc.commit();
3001 15 Dec 08 fredrik 340           response
3001 15 Dec 08 fredrik 341             .setDone("File imported. " + imported + " mappings added to hits report");
1431 20 Mar 07 fredrik 342         }
3001 15 Dec 08 fredrik 343         else
3001 15 Dec 08 fredrik 344         {
3001 15 Dec 08 fredrik 345           response.setError("Robot file not valid",
3001 15 Dec 08 fredrik 346             new ArrayList<Throwable>());
3001 15 Dec 08 fredrik 347         }
1431 20 Mar 07 fredrik 348       }
1431 20 Mar 07 fredrik 349       catch (SAXException e)
1431 20 Mar 07 fredrik 350       {
1431 20 Mar 07 fredrik 351         ArrayList<Throwable> err = new ArrayList<Throwable>(1);
1431 20 Mar 07 fredrik 352         err.add(e);
1431 20 Mar 07 fredrik 353         response.setError("SAX Exception when parsing XML stream", err);
1431 20 Mar 07 fredrik 354       }
1431 20 Mar 07 fredrik 355       catch (XMLStreamException e)
1431 20 Mar 07 fredrik 356       {
1431 20 Mar 07 fredrik 357         ArrayList<Throwable> err = new ArrayList<Throwable>(1);
1431 20 Mar 07 fredrik 358         err.add(e);
1431 20 Mar 07 fredrik 359         response.setError("Error parsing XML stream", err);
1431 20 Mar 07 fredrik 360       }
2534 05 Feb 08 fredrik 361       catch (BaseException e)
2534 05 Feb 08 fredrik 362       {
3465 27 Oct 09 fredrik 363         response.setError("Import failed. " + e.getMessage(), null);
2534 05 Feb 08 fredrik 364       }
1431 20 Mar 07 fredrik 365     }
1431 20 Mar 07 fredrik 366     else
1431 20 Mar 07 fredrik 367     {
1431 20 Mar 07 fredrik 368       ArrayList<Throwable> err = new ArrayList<Throwable>(1);
1533 29 Apr 07 gregory 369       err.add(new BaseException(
1533 29 Apr 07 gregory 370         "File could not be imported using this importer"));
1431 20 Mar 07 fredrik 371       response.setError("Nothing imported", err);
1431 20 Mar 07 fredrik 372     }
1431 20 Mar 07 fredrik 373     done();
1431 20 Mar 07 fredrik 374   }
1431 20 Mar 07 fredrik 375
1431 20 Mar 07 fredrik 376
1431 20 Mar 07 fredrik 377   public About getAbout()
1431 20 Mar 07 fredrik 378   {
1533 29 Apr 07 gregory 379     About about = new AboutImpl(
1533 29 Apr 07 gregory 380       "GelSpotPlatePosToHitPlugin",
1533 29 Apr 07 gregory 381       "Imports spots, plates and wells to hits report from RobotResult files",
3465 27 Oct 09 fredrik 382       "1.1", "", "Gregory Vincic / Fredrik Levander",
1533 29 Apr 07 gregory 383       "gregory@thep.lu.se", "www.proteios.org");
1431 20 Mar 07 fredrik 384     return about;
1431 20 Mar 07 fredrik 385   }
1431 20 Mar 07 fredrik 386
1431 20 Mar 07 fredrik 387
1431 20 Mar 07 fredrik 388   public MainType getMainType()
1431 20 Mar 07 fredrik 389   {
1431 20 Mar 07 fredrik 390     return MainType.IMPORT;
1431 20 Mar 07 fredrik 391   }
1431 20 Mar 07 fredrik 392 }

Generated on Thu Jul 20 09:49:06 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)