plugin/src/org/proteios/plugins/PiumsPepfilImportPlugin.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1433 22 Mar 07 fredrik 1 /*
1433 22 Mar 07 fredrik 2  $Id$
1433 22 Mar 07 fredrik 3
1916 31 Aug 07 jari 4  Copyright (C) 2007 Fredrik Levander, Gregory Vincic
1433 22 Mar 07 fredrik 5
1433 22 Mar 07 fredrik 6  Files are copyright by their respective authors. The contributions to
1433 22 Mar 07 fredrik 7  files where copyright is not explicitly stated can be traced with the
1433 22 Mar 07 fredrik 8  source code revision system.
1433 22 Mar 07 fredrik 9
1433 22 Mar 07 fredrik 10  This file is part of Proteios.
1433 22 Mar 07 fredrik 11  Available at http://www.proteios.org/
1433 22 Mar 07 fredrik 12
1433 22 Mar 07 fredrik 13  Proteios-2.x is free software; you can redistribute it and/or
1433 22 Mar 07 fredrik 14  modify it under the terms of the GNU General Public License
1433 22 Mar 07 fredrik 15  as published by the Free Software Foundation; either version 2
1433 22 Mar 07 fredrik 16  of the License, or (at your option) any later version.
1433 22 Mar 07 fredrik 17
1433 22 Mar 07 fredrik 18  Proteios is distributed in the hope that it will be useful,
1433 22 Mar 07 fredrik 19  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1433 22 Mar 07 fredrik 20  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1433 22 Mar 07 fredrik 21  GNU General Public License for more details.
1433 22 Mar 07 fredrik 22
1433 22 Mar 07 fredrik 23  You should have received a copy of the GNU General Public License
1433 22 Mar 07 fredrik 24  along with this program; if not, write to the Free Software
1433 22 Mar 07 fredrik 25  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
1433 22 Mar 07 fredrik 26  Boston, MA  02111-1307, USA.
1433 22 Mar 07 fredrik 27  */
1433 22 Mar 07 fredrik 28 package org.proteios.plugins;
1433 22 Mar 07 fredrik 29
1656 22 May 07 gregory 30 import org.proteios.core.Annotator;
1433 22 Mar 07 fredrik 31 import org.proteios.core.BaseException;
1433 22 Mar 07 fredrik 32 import org.proteios.core.DataProcessingStep;
1433 22 Mar 07 fredrik 33 import org.proteios.core.DbControl;
1433 22 Mar 07 fredrik 34 import org.proteios.core.File;
1433 22 Mar 07 fredrik 35 import org.proteios.core.FileType;
1433 22 Mar 07 fredrik 36 import org.proteios.core.Hardware;
1433 22 Mar 07 fredrik 37 import org.proteios.core.HardwareType;
1523 27 Apr 07 gregory 38 import org.proteios.core.ItemFactory;
1433 22 Mar 07 fredrik 39 import org.proteios.core.ItemQuery;
1433 22 Mar 07 fredrik 40 import org.proteios.core.ItemResultIterator;
1433 22 Mar 07 fredrik 41 import org.proteios.core.Peak;
1433 22 Mar 07 fredrik 42 import org.proteios.core.PeakList;
1433 22 Mar 07 fredrik 43 import org.proteios.core.PeakListSet;
1433 22 Mar 07 fredrik 44 import org.proteios.core.ProgressReporter;
1433 22 Mar 07 fredrik 45 import org.proteios.core.SessionControl;
1433 22 Mar 07 fredrik 46 import org.proteios.core.Software;
1433 22 Mar 07 fredrik 47 import org.proteios.core.SoftwareType;
1433 22 Mar 07 fredrik 48 import org.proteios.core.SystemItems;
1433 22 Mar 07 fredrik 49 import org.proteios.core.Type;
1433 22 Mar 07 fredrik 50 import org.proteios.core.User;
1433 22 Mar 07 fredrik 51 import org.proteios.core.plugin.About;
1433 22 Mar 07 fredrik 52 import org.proteios.core.plugin.AboutImpl;
1433 22 Mar 07 fredrik 53 import org.proteios.core.plugin.AbstractPlugin;
1433 22 Mar 07 fredrik 54 import org.proteios.core.plugin.ParameterValues;
1433 22 Mar 07 fredrik 55 import org.proteios.core.plugin.Plugin;
1433 22 Mar 07 fredrik 56 import org.proteios.core.plugin.Request;
1433 22 Mar 07 fredrik 57 import org.proteios.core.plugin.Response;
1433 22 Mar 07 fredrik 58 import org.proteios.core.query.Expressions;
1433 22 Mar 07 fredrik 59 import org.proteios.core.query.Hql;
1433 22 Mar 07 fredrik 60 import org.proteios.core.query.Restrictions;
1433 22 Mar 07 fredrik 61 import org.proteios.io.FileTypeInterface;
1433 22 Mar 07 fredrik 62 import org.proteios.io.FileValidationInterface;
3272 12 May 09 fredrik 63 import org.proteios.io.PiumsPepfilReader;
1433 22 Mar 07 fredrik 64 import org.xml.sax.Attributes;
1433 22 Mar 07 fredrik 65 import org.xml.sax.SAXException;
1433 22 Mar 07 fredrik 66 import org.xml.sax.helpers.DefaultHandler;
3272 12 May 09 fredrik 67
1433 22 Mar 07 fredrik 68 import java.io.IOException;
1433 22 Mar 07 fredrik 69 import java.io.InputStream;
1433 22 Mar 07 fredrik 70 import java.text.DateFormat;
1433 22 Mar 07 fredrik 71 import java.text.ParsePosition;
1433 22 Mar 07 fredrik 72 import java.text.SimpleDateFormat;
1433 22 Mar 07 fredrik 73 import java.util.Arrays;
1433 22 Mar 07 fredrik 74 import java.util.Date;
3272 12 May 09 fredrik 75
1433 22 Mar 07 fredrik 76 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
1433 22 Mar 07 fredrik 77 import javax.xml.parsers.SAXParser;
1433 22 Mar 07 fredrik 78 import javax.xml.parsers.SAXParserFactory;
3272 12 May 09 fredrik 79 import javax.xml.stream.XMLStreamException;
1433 22 Mar 07 fredrik 80
1433 22 Mar 07 fredrik 81 /**
1433 22 Mar 07 fredrik 82  * This import plugin imports a PiumsPepfil file. If a Hardware is given as a
1433 22 Mar 07 fredrik 83  * ParameterValue it will be added as the hardware type.
1433 22 Mar 07 fredrik 84  * 
1433 22 Mar 07 fredrik 85  * @author fredrik
1433 22 Mar 07 fredrik 86  */
1433 22 Mar 07 fredrik 87 public class PiumsPepfilImportPlugin
1433 22 Mar 07 fredrik 88     extends AbstractPlugin
1433 22 Mar 07 fredrik 89     implements FileTypeInterface, FileValidationInterface
1433 22 Mar 07 fredrik 90 {
1433 22 Mar 07 fredrik 91   static float MONOISOTOPIC_PROTON_MASS = (float) 1.00782;
1433 22 Mar 07 fredrik 92   private File resultsFile;
1433 22 Mar 07 fredrik 93   /**
1433 22 Mar 07 fredrik 94    * The hardware configuration to use for the import
1433 22 Mar 07 fredrik 95    */
1433 22 Mar 07 fredrik 96   private Hardware hardware;
1433 22 Mar 07 fredrik 97   /**
1433 22 Mar 07 fredrik 98    * logger to use
1433 22 Mar 07 fredrik 99    */
1433 22 Mar 07 fredrik 100   private static final org.apache.log4j.Logger log = org.apache.log4j.LogManager
1433 22 Mar 07 fredrik 101     .getLogger("org.proteios.io");
1433 22 Mar 07 fredrik 102
1433 22 Mar 07 fredrik 103
1433 22 Mar 07 fredrik 104   public PiumsPepfilImportPlugin()
1433 22 Mar 07 fredrik 105   {
1433 22 Mar 07 fredrik 106     super();
1433 22 Mar 07 fredrik 107   }
1433 22 Mar 07 fredrik 108
1433 22 Mar 07 fredrik 109
1433 22 Mar 07 fredrik 110   /**
1433 22 Mar 07 fredrik 111    * Constructor to use if FileValidationInterface is to used
1433 22 Mar 07 fredrik 112    * 
1433 22 Mar 07 fredrik 113    * @param piumsFile The file to import
1433 22 Mar 07 fredrik 114    * @param sc The session control
1433 22 Mar 07 fredrik 115    */
1433 22 Mar 07 fredrik 116   public PiumsPepfilImportPlugin(File piumsFile, SessionControl sc)
1433 22 Mar 07 fredrik 117   {
1433 22 Mar 07 fredrik 118     super();
1433 22 Mar 07 fredrik 119     resultsFile = piumsFile;
1433 22 Mar 07 fredrik 120     this.sc = sc;
1433 22 Mar 07 fredrik 121   }
1433 22 Mar 07 fredrik 122
1433 22 Mar 07 fredrik 123
1433 22 Mar 07 fredrik 124   public MainType getMainType()
1433 22 Mar 07 fredrik 125   {
1433 22 Mar 07 fredrik 126     return Plugin.MainType.IMPORT;
1433 22 Mar 07 fredrik 127   }
1433 22 Mar 07 fredrik 128
1433 22 Mar 07 fredrik 129
1433 22 Mar 07 fredrik 130   public String getFileType()
1433 22 Mar 07 fredrik 131   {
1433 22 Mar 07 fredrik 132     return FileType.PIUMS_PEPFIL;
1433 22 Mar 07 fredrik 133   }
1433 22 Mar 07 fredrik 134
1433 22 Mar 07 fredrik 135
1433 22 Mar 07 fredrik 136   public About getAbout()
1433 22 Mar 07 fredrik 137   {
1433 22 Mar 07 fredrik 138     return new AboutImpl("Piums Pepfil importer",
1433 22 Mar 07 fredrik 139       "PeakListSet import from Piums Pepfil", "1.0",
1433 22 Mar 07 fredrik 140       "2006, Protein Technology, Lund University", null, null,
1433 22 Mar 07 fredrik 141       "http://www.proteios.org  ");
1433 22 Mar 07 fredrik 142   }
1433 22 Mar 07 fredrik 143
1433 22 Mar 07 fredrik 144
2386 14 Nov 07 gregory 145   @Override
1433 22 Mar 07 fredrik 146   public void init(SessionControl sc, ParameterValues configuration,
1433 22 Mar 07 fredrik 147       ParameterValues job)
1433 22 Mar 07 fredrik 148       throws BaseException
1433 22 Mar 07 fredrik 149   {
1433 22 Mar 07 fredrik 150     super.init(sc, configuration, job);
1433 22 Mar 07 fredrik 151   }
1433 22 Mar 07 fredrik 152
1433 22 Mar 07 fredrik 153
1433 22 Mar 07 fredrik 154   public void run(Request request, Response response,
1433 22 Mar 07 fredrik 155       ProgressReporter progress)
1433 22 Mar 07 fredrik 156   {
1433 22 Mar 07 fredrik 157     String command = request.getCommand();
1433 22 Mar 07 fredrik 158     if (command.equals(Request.COMMAND_EXECUTE))
1433 22 Mar 07 fredrik 159     {
1433 22 Mar 07 fredrik 160       InputStream in = null;
1433 22 Mar 07 fredrik 161       try
1433 22 Mar 07 fredrik 162       {
1433 22 Mar 07 fredrik 163         hardware = (Hardware) job.getValue("Hardware");
1433 22 Mar 07 fredrik 164         File f = (File) job.getValue("file");
1433 22 Mar 07 fredrik 165         resultsFile = f;
1433 22 Mar 07 fredrik 166         in = f.getDownloadStream(0);
1433 22 Mar 07 fredrik 167         if (valid(in))
1433 22 Mar 07 fredrik 168         {
1433 22 Mar 07 fredrik 169           in.close();
1433 22 Mar 07 fredrik 170           in = f.getDownloadStream(0);
1433 22 Mar 07 fredrik 171           doImport(in, progress);
1433 22 Mar 07 fredrik 172           in.close();
1433 22 Mar 07 fredrik 173         }
1433 22 Mar 07 fredrik 174         else
1433 22 Mar 07 fredrik 175         {
1433 22 Mar 07 fredrik 176           throw new BaseException("Not valid PiumsPepfil file");
1433 22 Mar 07 fredrik 177         }
1433 22 Mar 07 fredrik 178         response.setDone(getSuccessMessage());
1433 22 Mar 07 fredrik 179       }
1433 22 Mar 07 fredrik 180       catch (Throwable ex)
1433 22 Mar 07 fredrik 181       {
1433 22 Mar 07 fredrik 182         if (in != null)
1433 22 Mar 07 fredrik 183         {
1433 22 Mar 07 fredrik 184           try
1433 22 Mar 07 fredrik 185           {
1433 22 Mar 07 fredrik 186             in.close();
1433 22 Mar 07 fredrik 187           }
1433 22 Mar 07 fredrik 188           catch (IOException iox)
1433 22 Mar 07 fredrik 189           {}
1433 22 Mar 07 fredrik 190         }
1433 22 Mar 07 fredrik 191         response.setError(ex.getMessage(), Arrays.asList(ex));
1433 22 Mar 07 fredrik 192       }
1433 22 Mar 07 fredrik 193     }
1433 22 Mar 07 fredrik 194     else
1433 22 Mar 07 fredrik 195     {
1433 22 Mar 07 fredrik 196       response.setError("Unknown command: " + command, null);
1433 22 Mar 07 fredrik 197     }
1433 22 Mar 07 fredrik 198   }
1433 22 Mar 07 fredrik 199
1433 22 Mar 07 fredrik 200
1433 22 Mar 07 fredrik 201   /**
1433 22 Mar 07 fredrik 202    * Called if the parsing was successful to let the subclass generate a
1433 22 Mar 07 fredrik 203    * simple message that is sent back to the core and user interface. The
1433 22 Mar 07 fredrik 204    * default implementation always return null.
1433 22 Mar 07 fredrik 205    * 
1433 22 Mar 07 fredrik 206    * @return String with success message.
1433 22 Mar 07 fredrik 207    */
1433 22 Mar 07 fredrik 208   protected String getSuccessMessage()
1433 22 Mar 07 fredrik 209   {
1433 22 Mar 07 fredrik 210     return "File imported";
1433 22 Mar 07 fredrik 211   }
1433 22 Mar 07 fredrik 212
1433 22 Mar 07 fredrik 213
1433 22 Mar 07 fredrik 214   /**
1433 22 Mar 07 fredrik 215    * Read a Piums Pepfil file and add to database.
1433 22 Mar 07 fredrik 216    * 
1433 22 Mar 07 fredrik 217    * @param instream Input stream to read from.
1433 22 Mar 07 fredrik 218    * @param progress Progress reporter to report progress to
1433 22 Mar 07 fredrik 219    */
1433 22 Mar 07 fredrik 220   public void doImport(InputStream instream, ProgressReporter progress)
1433 22 Mar 07 fredrik 221       throws BaseException
1433 22 Mar 07 fredrik 222   {
1433 22 Mar 07 fredrik 223     // get a factory
1433 22 Mar 07 fredrik 224     SAXParserFactory spf = SAXParserFactory.newInstance();
1433 22 Mar 07 fredrik 225     try
1433 22 Mar 07 fredrik 226     {
1433 22 Mar 07 fredrik 227       // get a new instance of parser
1433 22 Mar 07 fredrik 228       SAXParser sp = spf.newSAXParser();
1433 22 Mar 07 fredrik 229       PiumsPepfilHandler pmh = new PiumsPepfilHandler();
1433 22 Mar 07 fredrik 230       pmh.progress = progress;
1433 22 Mar 07 fredrik 231       // parse the file and also register this class for call backs
1433 22 Mar 07 fredrik 232       sp.parse(instream, pmh);
1433 22 Mar 07 fredrik 233     }
1433 22 Mar 07 fredrik 234     catch (SAXException se)
1433 22 Mar 07 fredrik 235     {
1433 22 Mar 07 fredrik 236       throw new BaseException(se);
1433 22 Mar 07 fredrik 237     }
1433 22 Mar 07 fredrik 238     catch (ParserConfigurationException pce)
1433 22 Mar 07 fredrik 239     {
1433 22 Mar 07 fredrik 240       throw new BaseException(pce);
1433 22 Mar 07 fredrik 241     }
1433 22 Mar 07 fredrik 242     catch (IOException ie)
1433 22 Mar 07 fredrik 243     {
1433 22 Mar 07 fredrik 244       throw new BaseException(ie);
1433 22 Mar 07 fredrik 245     }
1433 22 Mar 07 fredrik 246   }
1433 22 Mar 07 fredrik 247
1433 22 Mar 07 fredrik 248
1433 22 Mar 07 fredrik 249   /**
1433 22 Mar 07 fredrik 250    * Validate the entire file.
1433 22 Mar 07 fredrik 251    * 
1433 22 Mar 07 fredrik 252    * @param instream input stream to validate.
1433 22 Mar 07 fredrik 253    * @return true if valid
1433 22 Mar 07 fredrik 254    */
1433 22 Mar 07 fredrik 255   private boolean valid(InputStream instream)
1433 22 Mar 07 fredrik 256       throws BaseException
1433 22 Mar 07 fredrik 257   {
3272 12 May 09 fredrik 258     boolean retval = false;
1433 22 Mar 07 fredrik 259     try
1433 22 Mar 07 fredrik 260     {
3272 12 May 09 fredrik 261       PiumsPepfilReader ppr = new PiumsPepfilReader(instream);
3272 12 May 09 fredrik 262       retval = ppr.valid();
1433 22 Mar 07 fredrik 263     }
1433 22 Mar 07 fredrik 264     catch (SAXException e)
1433 22 Mar 07 fredrik 265     {
1433 22 Mar 07 fredrik 266       log.warn(e);
1433 22 Mar 07 fredrik 267       throw new BaseException(e);
1433 22 Mar 07 fredrik 268     }
3272 12 May 09 fredrik 269     catch (XMLStreamException ie)
1433 22 Mar 07 fredrik 270     {
3272 12 May 09 fredrik 271       log.warn(ie);
1433 22 Mar 07 fredrik 272       throw new BaseException(ie);
1433 22 Mar 07 fredrik 273     }
3272 12 May 09 fredrik 274     return retval;
1433 22 Mar 07 fredrik 275   }
1433 22 Mar 07 fredrik 276
1433 22 Mar 07 fredrik 277
2386 14 Nov 07 gregory 278   @Override
1433 22 Mar 07 fredrik 279   public void done()
1433 22 Mar 07 fredrik 280   {
1433 22 Mar 07 fredrik 281     super.done();
1433 22 Mar 07 fredrik 282   }
1433 22 Mar 07 fredrik 283
1433 22 Mar 07 fredrik 284
1433 22 Mar 07 fredrik 285   // ----------------------------------------------------------
1433 22 Mar 07 fredrik 286   /*
1433 22 Mar 07 fredrik 287    * From the AutoDetectingImporter interface
1433 22 Mar 07 fredrik 288    * ---------------------------------------------
1433 22 Mar 07 fredrik 289    */
1433 22 Mar 07 fredrik 290   /*
1433 22 Mar 07 fredrik 291    * (non-Javadoc) @param in input stream to check for pkl start line @return
1433 22 Mar 07 fredrik 292    * true if input stream contains pkl start line, else false
1433 22 Mar 07 fredrik 293    */
1433 22 Mar 07 fredrik 294   public final boolean isImportable(InputStream in)
1433 22 Mar 07 fredrik 295   {
3272 12 May 09 fredrik 296     PiumsPepfilReader ppr = new PiumsPepfilReader(in);
3272 12 May 09 fredrik 297     boolean retval = ppr.importable();
3272 12 May 09 fredrik 298     return retval;
1433 22 Mar 07 fredrik 299   }
1433 22 Mar 07 fredrik 300
1433 22 Mar 07 fredrik 301
1433 22 Mar 07 fredrik 302   public boolean importable()
1433 22 Mar 07 fredrik 303   {
1433 22 Mar 07 fredrik 304     return isImportable(resultsFile.getDownloadStream(0));
1433 22 Mar 07 fredrik 305   }
1433 22 Mar 07 fredrik 306
1433 22 Mar 07 fredrik 307
1433 22 Mar 07 fredrik 308   public boolean valid()
1433 22 Mar 07 fredrik 309   {
2881 22 Sep 08 fredrik 310     boolean retval = false;
2881 22 Sep 08 fredrik 311     try
2881 22 Sep 08 fredrik 312     {
2881 22 Sep 08 fredrik 313       retval = valid(resultsFile.getDownloadStream(0));
2881 22 Sep 08 fredrik 314     }
2881 22 Sep 08 fredrik 315     catch (BaseException e)
2881 22 Sep 08 fredrik 316     {}
2881 22 Sep 08 fredrik 317     return retval;
1433 22 Mar 07 fredrik 318   }
1433 22 Mar 07 fredrik 319
1433 22 Mar 07 fredrik 320   public class PiumsPepfilHandler
1433 22 Mar 07 fredrik 321       extends DefaultHandler
1433 22 Mar 07 fredrik 322   {
1433 22 Mar 07 fredrik 323     User owner;
1433 22 Mar 07 fredrik 324     private DbControl dc;
1540 02 May 07 gregory 325     private ItemFactory factory = null;
1656 22 May 07 gregory 326     private Annotator anna = null;
1433 22 Mar 07 fredrik 327     public ProgressReporter progress;
1433 22 Mar 07 fredrik 328     private Peak currentPeak;
1433 22 Mar 07 fredrik 329     private PeakList peaklist;
1433 22 Mar 07 fredrik 330     private DataProcessingStep dataProcessing;
1433 22 Mar 07 fredrik 331     private boolean peak = false;
1433 22 Mar 07 fredrik 332     private boolean subtract_hydrogen_mass = true;
1433 22 Mar 07 fredrik 333     private boolean peak_list = false;
1433 22 Mar 07 fredrik 334     private float total_intensity = 0;
1523 27 Apr 07 gregory 335     private float base_peak = 0;
1433 22 Mar 07 fredrik 336     // This stringbuffer is used to store all the char[]:s generated from
1433 22 Mar 07 fredrik 337     // characters()
1433 22 Mar 07 fredrik 338     private StringBuffer buffer = null;
1433 22 Mar 07 fredrik 339
1433 22 Mar 07 fredrik 340
1433 22 Mar 07 fredrik 341     // Event Handlers
2386 14 Nov 07 gregory 342     @Override
1433 22 Mar 07 fredrik 343     public void startElement(String uri, String localName, String qName,
1433 22 Mar 07 fredrik 344         Attributes attributes)
1433 22 Mar 07 fredrik 345         throws SAXException
1433 22 Mar 07 fredrik 346     {
1433 22 Mar 07 fredrik 347       if (qName.equals("pepfil3"))
1433 22 Mar 07 fredrik 348       {
1433 22 Mar 07 fredrik 349         dc = sc.newDbControl();
1540 02 May 07 gregory 350         factory = new ItemFactory(dc);
1656 22 May 07 gregory 351         anna = new Annotator(factory);
1433 22 Mar 07 fredrik 352         owner = User.getById(dc, sc.getLoggedInUserId());
1433 22 Mar 07 fredrik 353         String base_file = resultsFile.getName();
1433 22 Mar 07 fredrik 354         if (base_file.indexOf('.') > 0)
1433 22 Mar 07 fredrik 355         {
1433 22 Mar 07 fredrik 356           base_file = base_file.substring(0, base_file
1433 22 Mar 07 fredrik 357             .lastIndexOf('.'));
1433 22 Mar 07 fredrik 358         }
1433 22 Mar 07 fredrik 359         /*
1433 22 Mar 07 fredrik 360          * New PeakListSet item (mzData item)
1433 22 Mar 07 fredrik 361          */
1546 02 May 07 gregory 362         PeakListSet peakListSet = factory.create(PeakListSet.class);
1433 22 Mar 07 fredrik 363         peakListSet.setSourceFile(resultsFile);
1433 22 Mar 07 fredrik 364         /*
1433 22 Mar 07 fredrik 365          * Set PeakListSet name to name of pkl file.
1433 22 Mar 07 fredrik 366          */
1433 22 Mar 07 fredrik 367         peakListSet.setName(base_file);
1433 22 Mar 07 fredrik 368         peakListSet.setDescription("Imported Piums Pepfil");
1433 22 Mar 07 fredrik 369         /*
1433 22 Mar 07 fredrik 370          * Check if hardware is given. Otherwise generate new
1433 22 Mar 07 fredrik 371          */
1433 22 Mar 07 fredrik 372         if (hardware == null)
1433 22 Mar 07 fredrik 373         {
1433 22 Mar 07 fredrik 374           log
1433 22 Mar 07 fredrik 375             .info("PiumsPepfilImport: No hardware given, trying default MS");
1433 22 Mar 07 fredrik 376           // This should be changed to mass spectrometer:
1656 22 May 07 gregory 377           HardwareType ht = factory.getById(HardwareType.class,
1656 22 May 07 gregory 378             SystemItems.getId(HardwareType.MASS_SPECTROMETER));
1656 22 May 07 gregory 379           hardware = factory.create(Hardware.class);
1656 22 May 07 gregory 380           hardware.setHardwareType(ht);
1433 22 Mar 07 fredrik 381           hardware.setOwner(owner);
1433 22 Mar 07 fredrik 382           hardware.setName("Unknown");
1433 22 Mar 07 fredrik 383           dc.saveItem(hardware);
1433 22 Mar 07 fredrik 384         }
1433 22 Mar 07 fredrik 385         peakListSet.setInstrument(hardware);
1656 22 May 07 gregory 386         anna.addAnnotation(peakListSet, "nameOfFile", Type.STRING,
1656 22 May 07 gregory 387           resultsFile.getName());
1656 22 May 07 gregory 388         anna.addAnnotation(peakListSet, "fileType", Type.STRING, "");
1433 22 Mar 07 fredrik 389         dc.saveItem(peakListSet);
1523 27 Apr 07 gregory 390         ItemFactory factory = new ItemFactory(dc);
1523 27 Apr 07 gregory 391         dataProcessing = factory.create(DataProcessingStep.class);
1433 22 Mar 07 fredrik 392         dataProcessing.setOwner(owner);
1433 22 Mar 07 fredrik 393         dc.saveItem(dataProcessing);
1433 22 Mar 07 fredrik 394         dataProcessing
1433 22 Mar 07 fredrik 395           .setDescription("Peak filtering and recalibration");
1433 22 Mar 07 fredrik 396         peakListSet.addDataProcessingStep(dataProcessing);
1542 02 May 07 gregory 397         peaklist = factory.create(PeakList.class);
1433 22 Mar 07 fredrik 398         peaklist.setSpectrumId(1);
1433 22 Mar 07 fredrik 399         peaklist.setMzDoublePrecision(true);
1433 22 Mar 07 fredrik 400         peaklist.setPeakListSet(peakListSet);
1433 22 Mar 07 fredrik 401         dc.saveItem(peaklist);
1433 22 Mar 07 fredrik 402       }
1433 22 Mar 07 fredrik 403       else if (qName.equals("peak"))
1433 22 Mar 07 fredrik 404       {
1433 22 Mar 07 fredrik 405         peak = true;
1433 22 Mar 07 fredrik 406         if (peak_list)
1433 22 Mar 07 fredrik 407         {
1540 02 May 07 gregory 408           currentPeak = factory.create(Peak.class);
1433 22 Mar 07 fredrik 409         }
1433 22 Mar 07 fredrik 410       }
1433 22 Mar 07 fredrik 411       else if (qName.equals("peak_list"))
1433 22 Mar 07 fredrik 412       {
1433 22 Mar 07 fredrik 413         peak_list = true;
1433 22 Mar 07 fredrik 414       }
1433 22 Mar 07 fredrik 415       else
1433 22 Mar 07 fredrik 416       {
1433 22 Mar 07 fredrik 417         buffer = new StringBuffer();
1433 22 Mar 07 fredrik 418       }
1433 22 Mar 07 fredrik 419     }
1433 22 Mar 07 fredrik 420
1433 22 Mar 07 fredrik 421
2386 14 Nov 07 gregory 422     @Override
1433 22 Mar 07 fredrik 423     public void characters(char[] ch, int start, int length)
1433 22 Mar 07 fredrik 424         throws SAXException
1433 22 Mar 07 fredrik 425     {
1433 22 Mar 07 fredrik 426       if (buffer != null)
1433 22 Mar 07 fredrik 427       {
1433 22 Mar 07 fredrik 428         buffer.append(ch, start, length);
1433 22 Mar 07 fredrik 429       }
1433 22 Mar 07 fredrik 430     }
1433 22 Mar 07 fredrik 431
1433 22 Mar 07 fredrik 432
2386 14 Nov 07 gregory 433     @Override
1433 22 Mar 07 fredrik 434     public void endElement(String uri, String localName, String qName)
1433 22 Mar 07 fredrik 435         throws SAXException
1433 22 Mar 07 fredrik 436     {
1433 22 Mar 07 fredrik 437       if (qName.equals("peak"))
1433 22 Mar 07 fredrik 438       {
1433 22 Mar 07 fredrik 439         peak = false;
1433 22 Mar 07 fredrik 440         if (peak_list)
1433 22 Mar 07 fredrik 441         {
1433 22 Mar 07 fredrik 442           dc.saveItem(currentPeak);
1433 22 Mar 07 fredrik 443           peaklist.addPeak(currentPeak);
1433 22 Mar 07 fredrik 444           log.info("Added peak");
1433 22 Mar 07 fredrik 445         }
1433 22 Mar 07 fredrik 446       }
1433 22 Mar 07 fredrik 447       else if (qName.equals("version"))
1433 22 Mar 07 fredrik 448       {
1433 22 Mar 07 fredrik 449         Software soft = null;
1433 22 Mar 07 fredrik 450         log.info("Piums Pepfil import: Querying for software");
1433 22 Mar 07 fredrik 451         ItemQuery<Software> query = Software.getQuery();
1433 22 Mar 07 fredrik 452         query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"),
1433 22 Mar 07 fredrik 453           Expressions.parameter("name")));
1433 22 Mar 07 fredrik 454         query.setParameter("name", "PIUMS Pepfil", null);
1433 22 Mar 07 fredrik 455         ItemResultIterator<Software> iter = query.iterate(dc);
1433 22 Mar 07 fredrik 456         while (iter.hasNext())
1433 22 Mar 07 fredrik 457         {
1433 22 Mar 07 fredrik 458           Software curr = iter.next();
1433 22 Mar 07 fredrik 459           if (curr.getVersionString().equals(buffer.toString()))
1433 22 Mar 07 fredrik 460           {
1433 22 Mar 07 fredrik 461             soft = curr;
1433 22 Mar 07 fredrik 462           }
1433 22 Mar 07 fredrik 463         }
1433 22 Mar 07 fredrik 464         iter.close();
1433 22 Mar 07 fredrik 465         log.info("Piums Pepfil import: Query finished");
1433 22 Mar 07 fredrik 466         if (soft == null)
1433 22 Mar 07 fredrik 467         {
1433 22 Mar 07 fredrik 468           SoftwareType st = SoftwareType.getById(dc, SystemItems
1433 22 Mar 07 fredrik 469             .getId(SoftwareType.PROTEIN_IDENTIFICATION));
1656 22 May 07 gregory 470           soft = factory.create(Software.class);
1656 22 May 07 gregory 471           soft.setSoftwareType(st);
1433 22 Mar 07 fredrik 472           soft.setName("PIUMS Pepfil");
1433 22 Mar 07 fredrik 473           soft.setVersionString(buffer.toString());
1433 22 Mar 07 fredrik 474           dc.saveItem(soft);
1433 22 Mar 07 fredrik 475         }
1433 22 Mar 07 fredrik 476         dataProcessing.setSoftware(soft);
1433 22 Mar 07 fredrik 477       }
1433 22 Mar 07 fredrik 478       else if (qName.equals("date_created"))
1433 22 Mar 07 fredrik 479       {
1433 22 Mar 07 fredrik 480         String s = new String(buffer.toString());
1433 22 Mar 07 fredrik 481         Date date;
1433 22 Mar 07 fredrik 482         DateFormat df_in = new SimpleDateFormat(
1433 22 Mar 07 fredrik 483           "HH:mm:ss, dd MMM, yyyy");
1433 22 Mar 07 fredrik 484         date = df_in.parse(s, new ParsePosition(0));
1433 22 Mar 07 fredrik 485         dataProcessing.setCompletionTime(date);
1433 22 Mar 07 fredrik 486       }
1433 22 Mar 07 fredrik 487       else if (qName.equals("subtract_hydrogen_mass"))
1433 22 Mar 07 fredrik 488       {
1433 22 Mar 07 fredrik 489         subtract_hydrogen_mass = Boolean
1433 22 Mar 07 fredrik 490           .parseBoolean(buffer.toString());
1433 22 Mar 07 fredrik 491       }
1433 22 Mar 07 fredrik 492       else if (peak)
1433 22 Mar 07 fredrik 493       {
1433 22 Mar 07 fredrik 494         if (qName.equals("mass"))
1433 22 Mar 07 fredrik 495         {
1433 22 Mar 07 fredrik 496           double mz = (Double.parseDouble(buffer.toString()));
1433 22 Mar 07 fredrik 497           if (subtract_hydrogen_mass)
1433 22 Mar 07 fredrik 498             mz += MONOISOTOPIC_PROTON_MASS;
1433 22 Mar 07 fredrik 499           currentPeak.setMassToChargeRatio(new Double(mz));
1433 22 Mar 07 fredrik 500         }
1433 22 Mar 07 fredrik 501         else if (qName.equals("intensity"))
1433 22 Mar 07 fredrik 502         {
1433 22 Mar 07 fredrik 503           currentPeak.setIntensity(Double.valueOf(buffer.toString()));
1433 22 Mar 07 fredrik 504           total_intensity += currentPeak.getIntensity().floatValue();
1523 27 Apr 07 gregory 505           if (currentPeak.getIntensity().floatValue() > base_peak)
1433 22 Mar 07 fredrik 506           {
1523 27 Apr 07 gregory 507             base_peak = currentPeak.getIntensity().floatValue();
1433 22 Mar 07 fredrik 508           }
1433 22 Mar 07 fredrik 509         }
1433 22 Mar 07 fredrik 510         else if (!qName.equals("quality"))
1433 22 Mar 07 fredrik 511         {
1523 27 Apr 07 gregory 512           // Within matched peaks all other values are floats
1656 22 May 07 gregory 513           anna.addAnnotation(currentPeak, qName, Type.FLOAT, Float
1656 22 May 07 gregory 514             .valueOf(buffer.toString()));
1523 27 Apr 07 gregory 515           log.info("Added peak annotation:" + buffer.toString());
1433 22 Mar 07 fredrik 516         }
1433 22 Mar 07 fredrik 517       }
1433 22 Mar 07 fredrik 518       else if (qName.equals("pepfil3"))
1433 22 Mar 07 fredrik 519       // End of file.
1433 22 Mar 07 fredrik 520       {
1433 22 Mar 07 fredrik 521         peaklist.setTotalIntensity(Float.valueOf(total_intensity));
1433 22 Mar 07 fredrik 522         peaklist.setBasePeakIntensity(Float.valueOf(base_peak));
1433 22 Mar 07 fredrik 523         log.info("PiumsPepfilImport end: dc.commit()");
1433 22 Mar 07 fredrik 524         dc.commit();
1433 22 Mar 07 fredrik 525         if (progress != null)
1433 22 Mar 07 fredrik 526           progress.display(100, "Piums Pepfil import done\n");
1433 22 Mar 07 fredrik 527       }
1433 22 Mar 07 fredrik 528     }
1433 22 Mar 07 fredrik 529   }
1433 22 Mar 07 fredrik 530 }

Generated on Thu Jul 20 09:49:18 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)