Makefile.am

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 19 Feb 03 jari 1 ## Process this file with automake to produce Makefile.in
2 19 Feb 03 jari 2 ##
2 19 Feb 03 jari 3
1673 22 Dec 08 peter 4 # $Id$
1673 22 Dec 08 peter 5 #
2119 12 Dec 09 peter 6 # Copyright (C) 2003 Daniel Dalevi, Jari Häkkinen
572 06 Apr 06 jari 7 # Copyright (C) 2005 Peter Johansson
2119 12 Dec 09 peter 8 # Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
2119 12 Dec 09 peter 9 # Copyright (C) 2007, 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
3417 25 May 15 peter 10 # Copyright (C) 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015 Peter Johansson
572 06 Apr 06 jari 11 #
1437 25 Aug 08 peter 12 # This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
572 06 Apr 06 jari 13 #
675 10 Oct 06 jari 14 # The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 15 # modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 16 # published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
572 06 Apr 06 jari 17 # License, or (at your option) any later version.
572 06 Apr 06 jari 18 #
675 10 Oct 06 jari 19 # The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
572 06 Apr 06 jari 20 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 21 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
572 06 Apr 06 jari 22 # General Public License for more details.
572 06 Apr 06 jari 23 #
572 06 Apr 06 jari 24 # You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 25 # along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
572 06 Apr 06 jari 26
1439 27 Aug 08 peter 27 # -I arg should be the same as arg in AC_CONFIG_MACRO_DIR in configure.ac
2063 14 Sep 09 peter 28 ACLOCAL_AMFLAGS = -I m4
1388 24 Jul 08 peter 29
2739 07 Jun 12 peter 30 CLEANFILES =
2739 07 Jun 12 peter 31 DOXYGEN_INPUT =
2739 07 Jun 12 peter 32 EXTRA_DIST =
2739 07 Jun 12 peter 33 MOSTLYCLEANFILES =
2853 23 Sep 12 peter 34 ## append targets to this variable for tests included in 'make installcheck'
2853 23 Sep 12 peter 35 INSTALL_CHECK_TARGETS =
573 06 Apr 06 jari 36
2739 07 Jun 12 peter 37 FORCE:
573 06 Apr 06 jari 38
2744 08 Jun 12 peter 39 ## variable to used to switch between verbose output and silence
2744 08 Jun 12 peter 40 ## yat_dev_null expands to empty string in verbose mode and to >
2744 08 Jun 12 peter 41 ## /dev/null in silent mode, so 'echo hello $(yat_dev_null)' will
2744 08 Jun 12 peter 42 ## display hello in verbose mode and being silent in silent mode.
2744 08 Jun 12 peter 43 yat_dev_null = $(yat_dev_null_$(V))
2744 08 Jun 12 peter 44 yat_dev_null_ = $(yat_dev_null_$(AM_DEFAULT_VERBOSITY))
2744 08 Jun 12 peter 45 yat_dev_null_0 = > /dev/null
2744 08 Jun 12 peter 46
2739 07 Jun 12 peter 47 include build_support/Makefile.am
2739 07 Jun 12 peter 48 ## yat/Makefile.am contains DOXYGEN definitions, so needs to be
2739 07 Jun 12 peter 49 ## included before doc/Makefile
2739 07 Jun 12 peter 50 include yat/Makefile.am
2739 07 Jun 12 peter 51 include doc/Makefile.am
2739 07 Jun 12 peter 52 include m4/Makefile.am
2739 07 Jun 12 peter 53 include test/Makefile.am
1673 22 Dec 08 peter 54
2775 13 Jul 12 peter 55 EXTRA_DIST += doc/Makefile
2775 13 Jul 12 peter 56 EXTRA_DIST += test/Makefile
2775 13 Jul 12 peter 57 EXTRA_DIST += yat/random/Makefile
2775 13 Jul 12 peter 58 EXTRA_DIST += yat/regression/Makefile
2775 13 Jul 12 peter 59 EXTRA_DIST += yat/normalizer/Makefile
2775 13 Jul 12 peter 60 EXTRA_DIST += yat/classifier/Makefile
2775 13 Jul 12 peter 61 EXTRA_DIST += yat/omic/Makefile
2775 13 Jul 12 peter 62 EXTRA_DIST += yat/statistics/Makefile
2775 13 Jul 12 peter 63 EXTRA_DIST += yat/utility/Makefile
2775 13 Jul 12 peter 64 EXTRA_DIST += yat/Makefile
2749 18 Jun 12 peter 65
2739 07 Jun 12 peter 66 clean-local:
3040 08 Jun 13 peter 67   rm -rf doc/$(DX_HTML_OUTPUT) test/yathello test/testSubDir test/lib
2739 07 Jun 12 peter 68
2853 23 Sep 12 peter 69 installcheck-local: $(INSTALL_CHECK_TARGETS)
2853 23 Sep 12 peter 70
2739 07 Jun 12 peter 71 .PHONY: doc maintainer-check news-check svn-check svn-clean release
2739 07 Jun 12 peter 72
2106 06 Nov 09 peter 73 # like the normal install target, but does not update header files
2462 11 Apr 11 peter 74 # (and their time stamps) if the content did not change.
2105 06 Nov 09 peter 75 install-modified:
2105 06 Nov 09 peter 76   $(MAKE) install $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_HEADER="$(install_sh_DATA) -C"
2105 06 Nov 09 peter 77
2112 15 Nov 09 peter 78 ###############################################################
2739 07 Jun 12 peter 79 ##
2112 15 Nov 09 peter 80 ## Some targets useful for the maintainer
2112 15 Nov 09 peter 81 ##
2775 13 Jul 12 peter 82 MAINTAINER_CHECK_LOCAL = maintainer-check-local
2112 15 Nov 09 peter 83 RELEASE_LOCAL = ltversion-check
2112 15 Nov 09 peter 84
2112 15 Nov 09 peter 85 .PHONY: maintainer-check-local ltversion-check
2112 15 Nov 09 peter 86
2112 15 Nov 09 peter 87 ltversion-check:
2112 15 Nov 09 peter 88   @case `sed 200q $(srcdir)/m4/version.m4` in \
2112 15 Nov 09 peter 89   *yat-$(VERSION)*$(YAT_LT_VERSION)*);; \
2112 15 Nov 09 peter 90   *) \
2112 15 Nov 09 peter 91     echo "version.m4: YAT_LT_VERSION not updated;" 1>&2;\
2112 15 Nov 09 peter 92     echo "  expected to find 'yat-$(VERSION)  $(YAT_LT_VERSION)'" 1>&2;\
2112 15 Nov 09 peter 93     exit 1;; \
2112 15 Nov 09 peter 94   esac
2112 15 Nov 09 peter 95
3098 28 Oct 13 peter 96 maintainer-check-local:
3098 28 Oct 13 peter 97   $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) mc_installcheck
3098 28 Oct 13 peter 98   $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) mc_without_samtools
3098 28 Oct 13 peter 99   $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) yat-pc-check
2775 13 Jul 12 peter 100
2775 13 Jul 12 peter 101 mc_installcheck:
2112 15 Nov 09 peter 102   mkdir _inst
2112 15 Nov 09 peter 103   @mcl_install=`cd _inst && pwd` \
2417 29 Jan 11 peter 104   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) clean \
2112 15 Nov 09 peter 105   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=$$mcl_install \
2853 23 Sep 12 peter 106   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=$$mcl_install doc \
2112 15 Nov 09 peter 107   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=$$mcl_install install \
2739 07 Jun 12 peter 108   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=$$mcl_install installcheck
2112 15 Nov 09 peter 109
2418 30 Jan 11 peter 110 # check that yat.pc is correctly generated with different combinations
2418 30 Jan 11 peter 111 # of ./configure; make. This target is typically used within
2604 31 Oct 11 peter 112 # mainatiner-check; if used outside maintainer-check, please note that
2436 12 Mar 11 peter 113 # the target calls configure possibly with other arguments, so it's
2418 30 Jan 11 peter 114 # probably a good a idea to re-configure afterwards.
2418 30 Jan 11 peter 115 yat-pc-check:
2418 30 Jan 11 peter 116   $(SHELL) $(srcdir)/configure $(DISTCHECK_CONFIGURE_FLAGS) \
3018 04 Apr 13 peter 117   && rm -f build_support/yat.pc && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) \
2739 07 Jun 12 peter 118   && $(GREP) '^prefix=/usr/local' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 119   && $(GREP) '^exec_prefix=$${prefix}' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 120   && $(GREP) '^libdir=$${exec_prefix}/lib' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 121   && $(GREP) '^includedir=$${prefix}/include' build_support/yat.pc \
3018 04 Apr 13 peter 122   && rm -f build_support/yat.pc && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=foo \
2739 07 Jun 12 peter 123   && $(GREP) '^prefix=foo' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 124   && $(GREP) '^exec_prefix=$${prefix}' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 125   && $(GREP) '^libdir=$${exec_prefix}/lib' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 126   && $(GREP) '^includedir=$${prefix}/include' build_support/yat.pc \
3018 04 Apr 13 peter 127   && rm -f build_support/yat.pc \
3018 04 Apr 13 peter 128   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=foo exec_prefix=bar \
2739 07 Jun 12 peter 129   && $(GREP) '^prefix=foo' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 130   && $(GREP) '^exec_prefix=bar' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 131   && $(GREP) '^libdir=$${exec_prefix}/lib' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 132   && $(GREP) '^includedir=$${prefix}/include' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 133   && rm -f build_support/yat.pc \
3018 04 Apr 13 peter 134   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=foo exec_prefix=bar libdir=baz includedir=quz \
2739 07 Jun 12 peter 135   && $(GREP) '^prefix=foo' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 136   && $(GREP) '^exec_prefix=bar' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 137   && $(GREP) '^libdir=baz' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 138   && $(GREP) '^includedir=quz' build_support/yat.pc \
2418 30 Jan 11 peter 139   && $(SHELL) $(srcdir)/configure $(DISTCHECK_CONFIGURE_FLAGS) exec_prefix=/t \
3018 04 Apr 13 peter 140   && rm -f build_support/yat.pc && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) \
2739 07 Jun 12 peter 141   && $(GREP) '^prefix=/usr/local' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 142   && $(GREP) '^exec_prefix=/t' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 143   && $(GREP) '^libdir=$${exec_prefix}/lib' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 144   && $(GREP) '^includedir=$${prefix}/include' build_support/yat.pc \
3018 04 Apr 13 peter 145   && rm -f build_support/yat.pc && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=foo \
2739 07 Jun 12 peter 146   && $(GREP) '^prefix=foo' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 147   && $(GREP) '^exec_prefix=/t' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 148   && $(GREP) '^libdir=$${exec_prefix}/lib' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 149   && $(GREP) '^includedir=$${prefix}/include' build_support/yat.pc \
3018 04 Apr 13 peter 150   && rm -f build_support/yat.pc \
3018 04 Apr 13 peter 151   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=foo exec_prefix=bar \
2739 07 Jun 12 peter 152   && $(GREP) '^prefix=foo' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 153   && $(GREP) '^exec_prefix=bar' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 154   && $(GREP) '^libdir=$${exec_prefix}/lib' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 155   && $(GREP) '^includedir=$${prefix}/include' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 156   && rm -f build_support/yat.pc \
3018 04 Apr 13 peter 157   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) prefix=foo exec_prefix=bar libdir=baz includedir=quz \
2739 07 Jun 12 peter 158   && $(GREP) '^prefix=foo' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 159   && $(GREP) '^exec_prefix=bar' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 160   && $(GREP) '^libdir=baz' build_support/yat.pc \
2739 07 Jun 12 peter 161   && $(GREP) '^includedir=quz' build_support/yat.pc
2418 30 Jan 11 peter 162
2224 22 Mar 10 peter 163 include $(srcdir)/am/maintainer.am
2943 04 Jan 13 peter 164
2943 04 Jan 13 peter 165 # run within maintainer-check
3400 30 Mar 15 peter 166 # try ./configure --without-htslib; make; make check
2943 04 Jan 13 peter 167 mc_without_samtools:
3400 30 Mar 15 peter 168   @rm -rf _mc_without_htslib
3400 30 Mar 15 peter 169   mkdir _mc_without_htslib
3400 30 Mar 15 peter 170   cd _mc_without_htslib \
3400 30 Mar 15 peter 171   && ../$(srcdir)/configure $(DISTCHECK_CONFIGURE_FLAGS) --without-htslib \
2943 04 Jan 13 peter 172   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) && $(MAKE) check $(AM_MAKEFLAGS)