test/Makefile.am

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4 25 Feb 03 daniel 1 ## $Id$
4 25 Feb 03 daniel 2
2121 13 Dec 09 peter 3 # Copyright (C) 2003 Daniel Dalevi, Jari Häkkinen
2121 13 Dec 09 peter 4 # Copyright (C) 2004 Jari Häkkinen, Peter Johansson, Cecilia Ritz
2121 13 Dec 09 peter 5 # Copyright (C) 2005 Jari Häkkinen, Peter Johansson
2121 13 Dec 09 peter 6 # Copyright (C) 2006, 2007, 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson, Markus Ringnér
4308 10 Feb 23 peter 7 # Copyright (C) 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023 Peter Johansson
580 04 May 06 jari 8 #
1437 25 Aug 08 peter 9 # This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
580 04 May 06 jari 10 #
675 10 Oct 06 jari 11 # The yat library is free software; you can redistribute it
580 04 May 06 jari 12 # and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 13 # published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
580 04 May 06 jari 14 # License, or (at your option) any later version.
580 04 May 06 jari 15 #
675 10 Oct 06 jari 16 # The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
580 04 May 06 jari 17 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
580 04 May 06 jari 18 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
580 04 May 06 jari 19 # General Public License for more details.
580 04 May 06 jari 20 #
580 04 May 06 jari 21 # You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 22 # along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
580 04 May 06 jari 23
2229 25 Mar 10 peter 24 ## we use suffix .cc for all source
2229 25 Mar 10 peter 25 AM_DEFAULT_SOURCE_EXT = .cc
2229 25 Mar 10 peter 26
4199 19 Aug 22 peter 27 noinst_HEADERS += test/Suite.h
1214 07 Mar 08 peter 28
2739 07 Jun 12 peter 29 check_LTLIBRARIES = test/libyattest.la
1228 13 Mar 08 peter 30
3036 03 Jun 13 peter 31 check_SCRIPTS = test/defs.sh
1842 02 Mar 09 peter 32
3041 08 Jun 13 peter 33 EXTRA_DIST += test/init.sh
3041 08 Jun 13 peter 34
4114 13 Oct 21 peter 35 CXX_TESTS = test/anova.test \
4114 13 Oct 21 peter 36   test/alignment.test \
2853 23 Sep 12 peter 37   test/alignment2.test \
2853 23 Sep 12 peter 38   test/averager.test \
2809 06 Aug 12 peter 39   test/averager1.test \
2809 06 Aug 12 peter 40   test/averager3.test \
2799 28 Jul 12 peter 41   test/averager4.test \
2986 18 Feb 13 peter 42   test/bam.test \
3878 12 Mar 20 peter 43   test/bam_pair.test \
2982 04 Feb 13 peter 44   test/bam_pair_analyse.test \
4057 31 Mar 21 peter 45   test/bam_pair_buffer.test \
2982 04 Feb 13 peter 46   test/bam_iterator.test \
2994 10 Mar 13 peter 47   test/bam_read_filter.test \
4345 19 Apr 23 peter 48   test/bam_read_sequence_iterator.test \
2980 04 Feb 13 peter 49   test/bam_region_iterator.test \
2980 04 Feb 13 peter 50   test/bam_header.test \
3144 18 Dec 13 peter 51   test/bam_header2.test \
4272 24 Jan 23 peter 52   test/bam_multi_region_iterator.test \
3173 08 Mar 14 peter 53   test/bam_pair_iterator.test \
3878 12 Mar 20 peter 54   test/bam_pair_iterator2.test \
3902 05 May 20 peter 55   test/binary_read_write.test \
3723 05 Feb 18 peter 56   test/chi2.test \
4280 27 Jan 23 peter 57   test/cholesky_decomposer.test \
3200 03 May 14 peter 58   test/cigar.test \
3342 06 Nov 14 peter 59   test/cigar2.test \
3329 12 Oct 14 peter 60   test/cigar_iterator.test \
2739 07 Jun 12 peter 61   test/codon.test test/commandline.test \
2739 07 Jun 12 peter 62   test/concept.test \
3454 09 Dec 15 peter 63   test/consensus_inputranker.test \
3454 09 Dec 15 peter 64   test/copy_k_of_n.test \
4198 19 Aug 22 peter 65   test/cox.test \
3454 09 Dec 15 peter 66   test/data_lookup_1d.test  \
2858 28 Sep 12 peter 67   test/data_weight.test test/data_weight_proxy.test \
2858 28 Sep 12 peter 68   test/deleter.test \
3655 13 Jul 17 peter 69   test/diagonal_matrix.test \
2858 28 Sep 12 peter 70   test/distance.test \
3475 08 Mar 16 peter 71   test/dna.test \
3475 08 Mar 16 peter 72   test/dna_reverse_complement.test \
3475 08 Mar 16 peter 73   test/ensemble.test \
3475 08 Mar 16 peter 74   test/fasta.test \
3475 08 Mar 16 peter 75   test/feature_selection.test \
2739 07 Jun 12 peter 76   test/fileutil.test \
3644 11 May 17 peter 77   test/fisher.test \
3644 11 May 17 peter 78   test/gaussian_mixture.test \
3644 11 May 17 peter 79   test/genomic_position.test test/getline_iterator.test \
3639 26 Apr 17 peter 80   test/getvector.test \
3963 06 Aug 20 peter 81   test/gff.test \
3963 06 Aug 20 peter 82   test/gsl_error_handler.test \
4152 09 Mar 22 peter 83   test/histogram.test \
2739 07 Jun 12 peter 84   test/igp.test test/index.test test/inputranker.test test/interpolation.test \
4284 30 Jan 23 peter 85   test/inverse_svd.test \
4349 19 Jul 23 peter 86   test/is_sorted_until.test \
4255 16 Dec 22 peter 87   test/iterator.test \
4287 30 Jan 23 peter 88   test/kalman_filter.test \
4255 16 Dec 22 peter 89   test/kaplan_meier.test \
4255 16 Dec 22 peter 90   test/kendall.test test/kernel_lookup.test \
3190 30 Mar 14 peter 91   test/kernel_matrix.test \
2739 07 Jun 12 peter 92   test/kernel_pca.test test/kernel.test \
3912 18 May 20 peter 93   test/knn.test test/kolmogorov_smirnov.test \
3912 18 May 20 peter 94   test/large_file.test \
3883 24 Mar 20 peter 95   test/libbam.test \
4289 02 Feb 23 peter 96   test/likelihood.test \
3138 29 Nov 13 peter 97   test/likelihood_ratio_test_binomial.test \
4340 16 Apr 23 peter 98   test/mAligner.test \
4336 14 Apr 23 peter 99   test/ln_pdf.test \
2739 07 Jun 12 peter 100   test/matrix_lookup.test \
2739 07 Jun 12 peter 101   test/matrix_lookup_weighted.test test/matrix.test \
3603 23 Jan 17 peter 102   test/matrix_expression.test \
4129 19 Jan 22 peter 103   test/matrix_view.test \
2995 13 Mar 13 peter 104   test/matrix_weighted.test test/merge.test \
4044 01 Mar 21 peter 105   test/merge_iterator.test \
4252 18 Nov 22 peter 106   test/minimizer.test \
4353 23 Aug 23 peter 107   test/msmith_waterman2.test \
4172 12 May 22 peter 108   test/multiminimizer.test \
4175 01 Jun 22 peter 109   test/multiminimizerderivative.test \
4044 01 Mar 21 peter 110   test/multiprocess.test \
4130 20 Jan 22 peter 111   test/multivariate.test \
4281 29 Jan 23 peter 112   test/multivariate_gaussian.test \
4044 01 Mar 21 peter 113   test/nbc.test \
3659 13 Jul 17 peter 114   test/ncc.test \
4308 10 Feb 23 peter 115   test/needleman_wunsch.test \
4334 25 Mar 23 peter 116   test/needleman_wunsch2.test \
3659 13 Jul 17 peter 117   test/negative_binomial.test \
4184 30 Jun 22 peter 118   test/negative_binomial_mixture.test \
4192 11 Aug 22 peter 119   test/negative_binomial_extended_mixture.test \
3659 13 Jul 17 peter 120   test/nni.test test/normalization.test \
3151 23 Dec 13 peter 121   test/ostream_iterator.test \
3151 23 Dec 13 peter 122   test/pca.test \
4363 08 Sep 23 peter 123   test/pca2.test \
4035 23 Jan 21 peter 124   test/percentile_confidence_interval.test \
3709 08 Nov 17 peter 125   test/perceptron.test \
3325 07 Oct 14 peter 126   test/phred.test \
3317 19 Sep 14 peter 127   test/pileup.test \
3730 10 Apr 18 peter 128   test/print_what.test \
3399 30 Mar 15 peter 129   test/priority_queue.test \
3615 06 Feb 17 peter 130   test/poisson.test \
4180 09 Jun 22 peter 131   test/poisson_mixture.test \
3063 02 Jul 13 peter 132   test/queue.test test/queue2.test \
4043 01 Mar 21 peter 133   test/queue3.test \
4252 18 Nov 22 peter 134   test/random_shuffle.test \
4083 27 Aug 21 peter 135   test/range.test \
4083 27 Aug 21 peter 136   test/ranking.test \
4083 27 Aug 21 peter 137   test/regression.test test/rnd.test \
2769 11 Jul 12 peter 138   test/rng-mt.test \
4252 18 Nov 22 peter 139   test/root_finder.test  \
4252 18 Nov 22 peter 140   test/root_finder_derivative.test  \
4059 20 Apr 21 peter 141   test/round.test  \
3346 06 Nov 14 peter 142   test/score.test  \
3346 06 Nov 14 peter 143   test/scheduler.test \
3402 31 Mar 15 peter 144   test/scheduler2.test \
3405 06 Apr 15 peter 145   test/scheduler3.test \
3686 22 Aug 17 peter 146   test/scheduler4.test \
3823 16 Jul 19 peter 147   test/scheduler5.test \
3827 19 Jul 19 peter 148   test/scheduler6.test \
3848 23 Sep 19 peter 149   test/scheduler7.test \
4164 13 Mar 22 peter 150   test/scheduler8.test \
4164 13 Mar 22 peter 151   test/scheduler9.test \
3346 06 Nov 14 peter 152   test/segment.test test/smart_ptr.test  \
3205 04 May 14 peter 153   test/smith_waterman.test \
2739 07 Jun 12 peter 154   test/smoother.test test/spearman.test \
2739 07 Jun 12 peter 155   test/split.test test/statistics.test test/stream_redirect.test \
2739 07 Jun 12 peter 156   test/subset_generator.test test/svd.test test/svm.test \
2739 07 Jun 12 peter 157   test/svm_multi_class.test test/target.test \
2739 07 Jun 12 peter 158   test/ttest.test test/tukey.test \
4164 13 Mar 22 peter 159   test/unity_scaler.test \
3314 13 Sep 14 peter 160   test/utility.test test/vector.test test/version.test \
3314 13 Sep 14 peter 161   test/weighted_iterator_archetype.test \
3747 14 Aug 18 peter 162   test/vcf.test \
3759 17 Oct 18 peter 163   test/vcf_compare.test \
3763 19 Oct 18 peter 164   test/vcf_file.test \
3763 19 Oct 18 peter 165   test/vcf_file2.test \
4044 01 Mar 21 peter 166   test/vcf_file3.test \
3750 17 Oct 18 peter 167   test/vcf_header.test \
3605 27 Jan 17 peter 168   test/vector_expression.test \
3314 13 Sep 14 peter 169   test/view.test
1693 02 Jan 09 peter 170
4034 23 Jan 21 peter 171 EXTRA_PROGRAMS = $(CXX_TESTS)
4252 18 Nov 22 peter 172 EXTRA_PROGRAMS += test/shuffle
4153 09 Mar 22 peter 173 EXTRA_PROGRAMS += test/stdopt
4034 23 Jan 21 peter 174
2739 07 Jun 12 peter 175 CLEANFILES += $(EXTRA_PROGRAMS)
285 21 Apr 05 peter 176
1420 20 Aug 08 peter 177 # tests not passing through yet
4136 21 Jan 22 peter 178 XFAIL_TESTS =
1418 19 Aug 08 peter 179
1897 15 Apr 09 peter 180 DISTRIBUTED_TESTS = \
2853 23 Sep 12 peter 181 test/cmd_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 182 test/doxygen_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 183 test/help_test.sh \
4252 18 Nov 22 peter 184 test/random_shuffle.sh \
4153 09 Mar 22 peter 185 test/version_option_test.sh \
4326 12 Mar 23 peter 186 test/yat_ac_write_to_file_test.sh \
4326 12 Mar 23 peter 187 test/yat_am_local_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 188 test/yat_config_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 189 test/yat_config_cblas_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 190 test/yat_cpp_add_flag_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 191 test/yat_cxx_add_flag_test.sh \
3228 17 May 14 peter 192 test/yat_header_assert_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 193 test/yat_ld_add_flag_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 194 test/yat_have_svn_wc_test.sh \
3069 27 Aug 13 peter 195 test/yat_lt_compile_ifelse_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 196 test/yat_lt_link_ifelse_test.sh \
3069 27 Aug 13 peter 197 test/yat_lt_link_la_ifelse_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 198 test/yat_msg_error_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 199 test/yat_msg_error_test2.sh \
3053 13 Jun 13 peter 200 test/yat_m4_with_bam_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 201 test/yat_m4_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 202 test/yat_m4_test2.sh \
2950 11 Jan 13 peter 203 test/yat_pc_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 204 test/yat_prog_move_if_change_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 205 test/yat_revision_header_test.sh \
2739 07 Jun 12 peter 206 test/yat_svn_release_year_test.sh \
3034 30 Apr 13 peter 207 test/yat_svn_revision_test.sh \
4319 21 Feb 23 peter 208 test/yat_svn_timestamp_test.sh \
3034 30 Apr 13 peter 209 test/yat_use_libtool_tag_test.sh
1846 04 Mar 09 peter 210
4034 23 Jan 21 peter 211 TESTS = $(DISTRIBUTED_TESTS) $(CXX_TESTS)
2739 07 Jun 12 peter 212 EXTRA_DIST += $(DISTRIBUTED_TESTS)
1846 04 Mar 09 peter 213
2370 11 Dec 10 peter 214 TEST_EXTENSIONS = .sh .test
2232 26 Mar 10 peter 215
2739 07 Jun 12 peter 216 LDADD = yat/libyat.la test/libyattest.la $(YAT_LIBS)
210 03 Nov 04 peter 217
2893 09 Dec 12 peter 218 #test_large_file_test_LDADD = test/libyattest.la
2413 15 Jan 11 peter 219
2893 09 Dec 12 peter 220 test_libyattest_la_LIBADD = yat/libyat.la
2739 07 Jun 12 peter 221 test_libyattest_la_SOURCES = test/Suite.cc
2232 26 Mar 10 peter 222
2649 14 Nov 11 peter 223 lazycheck:; $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) check RECHECK_LOGS=
2232 26 Mar 10 peter 224
3037 04 Jun 13 peter 225 shell_test_deps = $(srcdir)/test/init.sh test/defs.sh
3036 03 Jun 13 peter 226
2232 26 Mar 10 peter 227 # dependencies for lazycheck
4114 13 Oct 21 peter 228 test/anova.log: test/data/anova.txt
3317 19 Sep 14 peter 229 test/bam.log: test/data/foo.sorted.bam
3317 19 Sep 14 peter 230 test/bam_header.log: test/data/foo.sorted.bam
3317 19 Sep 14 peter 231 test/bam_header2.log: test/data/foo.sorted.bam
3317 19 Sep 14 peter 232 test/bam_iterator.log: test/data/foo.sorted.bam
4272 24 Jan 23 peter 233 test/bam_multi_region_iterator.log: test/data/foo.sorted.bam
3317 19 Sep 14 peter 234 test/bam_pair_analyse.log: test/data/foo.sorted.bam
3317 19 Sep 14 peter 235 test/bam_pair_iterator.log: test/data/foo.sorted.bam
3317 19 Sep 14 peter 236 test/bam_read_filter.log: test/data/foo.sorted.bam
4345 19 Apr 23 peter 237 test/bam_read_sequence_iterator.log: test/data/foo.sorted.bam
3317 19 Sep 14 peter 238 test/bam_region_iterator.log: test/data/foo.sorted.bam
4153 09 Mar 22 peter 239 test/cmd_test.log: test/stdopt $(shell_test_deps)
4153 09 Mar 22 peter 240 test/help_test.log: test/stdopt $(shell_test_deps)
3987 26 Aug 20 peter 241 test/kendall.log: $(top_srcdir)/test/data/kendall.txt
4252 18 Nov 22 peter 242 test/multiprocess.log: test/data/foo.vcf.gz
3317 19 Sep 14 peter 243 test/pileup.log: test/data/foo.sorted.bam
4252 18 Nov 22 peter 244 test/random_shuffle.log: test/shuffle
3036 03 Jun 13 peter 245 test/static_test.log: $(srcdir)/m4/yat.m4 $(shell_test_deps)
3763 19 Oct 18 peter 246
3763 19 Oct 18 peter 247 test/vcf_file.log: $(srcdir)/test/data/foo.vcf
3763 19 Oct 18 peter 248 test/vcf_file2.log: test/data/foo.vcf.gz
3763 19 Oct 18 peter 249
4153 09 Mar 22 peter 250 test/version_option_test.log: test/stdopt $(shell_test_deps)
4153 09 Mar 22 peter 251
2739 07 Jun 12 peter 252 test/yat_config_test.log: build_support/yat-config \
3036 03 Jun 13 peter 253   build_support/for_installation/yat-config $(shell_test_deps)
3036 03 Jun 13 peter 254 test/yat_config_cblas_test.log: build_support/yat-config $(shell_test_deps)
2739 07 Jun 12 peter 255 test/yat_cpp_add_flag_test.log: $(srcdir)/m4/yat_add_flag.m4 \
2739 07 Jun 12 peter 256   $(srcdir)/m4/ax_append_flag.m4 \
2739 07 Jun 12 peter 257   $(srcdir)/m4/ax_check_preproc_flag.m4 \
3036 03 Jun 13 peter 258   $(shell_test_deps)
2739 07 Jun 12 peter 259 test/yat_cxx_add_flag_test.log: $(top_srcdir)/m4/yat_add_flag.m4 \
2525 21 Jul 11 peter 260   $(top_srcdir)/m4/ax_append_compile_flags.m4 \
2524 19 Jul 11 peter 261   $(top_srcdir)/m4/ax_append_flag.m4 \
2524 19 Jul 11 peter 262   $(top_srcdir)/m4/ax_check_compile_flag.m4 \
3312 25 Aug 14 peter 263   $(top_srcdir)/m4/ax_require_defined.m4 \
3036 03 Jun 13 peter 264   $(shell_test_deps)
3036 03 Jun 13 peter 265 test/yat_have_svn_wc_test.log: $(srcdir)/m4/yat_am_macros.m4 $(shell_test_deps)
2739 07 Jun 12 peter 266 test/yat_ld_add_flag_test.log: $(top_srcdir)/m4/yat_add_flag.m4 \
2524 19 Jul 11 peter 267   $(top_srcdir)/m4/ax_append_flag.m4 \
2525 21 Jul 11 peter 268   $(top_srcdir)/m4/ax_append_link_flags.m4 \
2524 19 Jul 11 peter 269   $(top_srcdir)/m4/ax_check_link_flag.m4 \
3312 25 Aug 14 peter 270   $(top_srcdir)/m4/ax_require_defined.m4 \
3036 03 Jun 13 peter 271   $(shell_test_deps)
3069 27 Aug 13 peter 272 test/yat_lt_compile_ifelse_test.log: $(shell_test_deps) \
3069 27 Aug 13 peter 273   $(top_srcdir)/m4/yat_lt_link_ifelse.m4
2739 07 Jun 12 peter 274 test/yat_lt_link_ifelse_test.log: $(top_srcdir)/m4/yat_lt_link_ifelse.m4 \
3036 03 Jun 13 peter 275   $(top_srcdir)/m4/yat.m4 $(shell_test_deps) \
2524 19 Jul 11 peter 276   $(top_builddir)/build_support/yat-config
3069 27 Aug 13 peter 277 test/yat_lt_link_la_ifelse_test.log: $(shell_test_deps) \
3130 18 Nov 13 peter 278   test/lib/libmy-shared.la \
3070 27 Aug 13 peter 279   $(top_srcdir)/m4/yat_lt_link_ifelse.m4 \
3070 27 Aug 13 peter 280   $(top_srcdir)/m4/yat_common.m4
3036 03 Jun 13 peter 281 test/yat_m4_test.log:$(top_srcdir)/m4/yat.m4 $(shell_test_deps) \
2237 04 Apr 10 peter 282   $(top_builddir)/build_support/yat-config
3036 03 Jun 13 peter 283 test/yat_m4_test2.log:$(top_srcdir)/m4/yat.m4 $(shell_test_deps)
3036 03 Jun 13 peter 284 test/yat_msg_error_test.log:$(srcdir)/m4/yat_msg_error.m4 $(shell_test_deps)
3036 03 Jun 13 peter 285 test/yat_msg_error_test2.log:$(srcdir)/m4/yat_msg_error.m4 $(shell_test_deps)
3036 03 Jun 13 peter 286 test/yat_pc_test.log: $(shell_test_deps) build_support/yat.pc
2739 07 Jun 12 peter 287 test/yat_prog_move_if_change_test.log: $(top_srcdir)/m4/yat_am_macros.m4 \
3036 03 Jun 13 peter 288   $(shell_test_deps)
2739 07 Jun 12 peter 289 test/yat_revision_header_test.log: $(top_srcdir)/m4/yat_am_macros.m4 \
4332 12 Mar 23 peter 290   $(shell_test_deps)
2739 07 Jun 12 peter 291 test/yat_svn_release_year_test.log: $(top_srcdir)/m4/yat_am_macros.m4 \
4332 12 Mar 23 peter 292   $(shell_test_deps)
2739 07 Jun 12 peter 293 test/yat_svn_revision_test.log: $(top_srcdir)/m4/yat_am_macros.m4 \
4332 12 Mar 23 peter 294   $(shell_test_deps)
3036 03 Jun 13 peter 295 test/yat_use_libtool_tag_test.log: $(shell_test_deps) \
3034 30 Apr 13 peter 296   $(top_srcdir)/m4/yat_lt_link_ifelse.m4
2232 26 Mar 10 peter 297
2762 09 Jul 12 peter 298 if DX_ENABLE_HTML
3966 11 Aug 20 peter 299 test/doxygen_test.log: doc/html/index.html
2762 09 Jul 12 peter 300 endif
2438 12 Mar 11 peter 301
2438 12 Mar 11 peter 302 # yat-hello is an example of a tiny package that uses yat
2946 09 Jan 13 peter 303 dist_noinst_DATA = $(srcdir)/test/yat-hello-1.0.tar.gz
2438 12 Mar 11 peter 304
2438 12 Mar 11 peter 305 # Directory yat-hello contains what a developer would check out
2438 12 Mar 11 peter 306 # from a VCS, i.e., no files generated by autotools.
2438 12 Mar 11 peter 307 yat_hello_sources  =
2739 07 Jun 12 peter 308 yat_hello_sources += $(srcdir)/test/yat-hello/configure.ac
2739 07 Jun 12 peter 309 yat_hello_sources += $(srcdir)/test/yat-hello/Makefile.am
2739 07 Jun 12 peter 310 yat_hello_sources += $(srcdir)/test/yat-hello/hello.cc
2438 12 Mar 11 peter 311
2438 12 Mar 11 peter 312 EXTRA_DIST += $(yat_hello_sources)
2438 12 Mar 11 peter 313
2438 12 Mar 11 peter 314 yat_hello_tmp_files =
2438 12 Mar 11 peter 315 yat_hello_tmp_files += Makefile.in
2438 12 Mar 11 peter 316 yat_hello_tmp_files += autom4te.cache
2438 12 Mar 11 peter 317 yat_hello_tmp_files += aclocal.m4
2477 15 Apr 11 peter 318 yat_hello_tmp_files += build-aux
2438 12 Mar 11 peter 319 yat_hello_tmp_files += configure
3313 25 Aug 14 peter 320 yat_hello_tmp_files += config.h.in
2438 12 Mar 11 peter 321 yat_hello_tmp_files += m4
2438 12 Mar 11 peter 322
2438 12 Mar 11 peter 323
2649 14 Nov 11 peter 324 yat_hello_deps = $(yat_hello_sources)
2649 14 Nov 11 peter 325 yat_hello_deps += $(top_srcdir)/m4/yat.m4
2438 12 Mar 11 peter 326 ## We depend on version.m4 so tarball is updated at every release (at least)
2438 12 Mar 11 peter 327 yat_hello_deps += $(top_srcdir)/m4/version.m4
2438 12 Mar 11 peter 328
2739 07 Jun 12 peter 329 $(srcdir)/test/yat-hello-1.0.tar.gz: $(yat_hello_deps)
3018 04 Apr 13 peter 330   $(AM_V_GEN)$(MKDIR_P) $(srcdir)/test/yat-hello/m4 \
3018 04 Apr 13 peter 331   && cd $(srcdir)/test/yat-hello \
2439 14 Mar 11 peter 332   && cp $(abs_top_srcdir)/m4/yat.m4 m4/ \
2744 08 Jun 12 peter 333   && autoreconf -if $(yat_dev_null) \
2744 08 Jun 12 peter 334   && ./configure --without-yat $(yat_dev_null) \
2744 08 Jun 12 peter 335   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) dist $(yat_dev_null) \
2744 08 Jun 12 peter 336   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) distclean $(yat_dev_null) \
2438 12 Mar 11 peter 337   && mv yat-hello-1.0.tar.gz .. \
2739 07 Jun 12 peter 338   && rm -rf $(yat_hello_tmp_files)
2438 12 Mar 11 peter 339
2853 23 Sep 12 peter 340 INSTALL_CHECK_TARGETS += yat-hello-check
2438 12 Mar 11 peter 341
2739 07 Jun 12 peter 342 yat-hello-check: $(srcdir)/test/yat-hello-1.0.tar.gz
2739 07 Jun 12 peter 343   GZIP=$(GZIP_ENV) gzip -dc $(srcdir)/test/yat-hello-1.0.tar.gz | $(am__untar)\
2438 12 Mar 11 peter 344   && cd yat-hello-1.0 \
2438 12 Mar 11 peter 345   && ./configure --with-yat=$(bindir) \
2438 12 Mar 11 peter 346   && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) all \
2438 12 Mar 11 peter 347   && ./hello \
3170 31 Jan 14 peter 348   && test x"`./hello`" = x"$(VERSION)" \
2438 12 Mar 11 peter 349   && cd .. \
2438 12 Mar 11 peter 350   && rm -rf yat-hello-1.0
2452 29 Mar 11 peter 351
2452 29 Mar 11 peter 352
2452 29 Mar 11 peter 353 ## test data
2490 27 May 11 peter 354 EXTRA_DIST += \
4116 14 Oct 21 peter 355 test/data/anova.txt \
2888 05 Dec 12 peter 356 test/data/foo.sam \
3767 24 Oct 18 peter 357 test/data/foo.vcf \
2739 07 Jun 12 peter 358 test/data/isoform.peaks \
3987 26 Aug 20 peter 359 test/data/kendall.txt \
2739 07 Jun 12 peter 360 test/data/knni_matrix.data \
2739 07 Jun 12 peter 361 test/data/knni_result.data \
2739 07 Jun 12 peter 362 test/data/knni_weight.data \
2739 07 Jun 12 peter 363 test/data/nm_alpha_linear_matlab.txt \
2739 07 Jun 12 peter 364 test/data/nm_data_centralized.txt \
2739 07 Jun 12 peter 365 test/data/nm_kernel.txt \
2739 07 Jun 12 peter 366 test/data/nm_kernel2.txt \
2739 07 Jun 12 peter 367 test/data/nm_kernel_gaussian.txt \
2739 07 Jun 12 peter 368 test/data/nm_target_bin.txt \
2739 07 Jun 12 peter 369 test/data/normalization_test.data \
2739 07 Jun 12 peter 370 test/data/rank_data.txt \
2739 07 Jun 12 peter 371 test/data/rank_target.txt \
2739 07 Jun 12 peter 372 test/data/regression_gauss.data \
2739 07 Jun 12 peter 373 test/data/small.gff2 \
2739 07 Jun 12 peter 374 test/data/small.gff3 \
2739 07 Jun 12 peter 375 test/data/sorlie_centroid_classes.txt \
2739 07 Jun 12 peter 376 test/data/sorlie_centroid_data.txt  \
2739 07 Jun 12 peter 377 test/data/sorlie_centroid_predictions.txt \
2739 07 Jun 12 peter 378 test/data/sorlie_centroids.txt \
2739 07 Jun 12 peter 379 test/data/vector1.data  \
2739 07 Jun 12 peter 380 test/data/vector2.data \
2739 07 Jun 12 peter 381 test/data/vector3.data \
2739 07 Jun 12 peter 382 test/data/vector4.data \
2739 07 Jun 12 peter 383 test/data/vector5.data \
2739 07 Jun 12 peter 384 test/data/vector6.data  \
2739 07 Jun 12 peter 385 test/data/vector7.data \
2739 07 Jun 12 peter 386 test/data/wenni_result.data \
2739 07 Jun 12 peter 387 test/data/wenni_weight.data
2891 08 Dec 12 peter 388
2891 08 Dec 12 peter 389 CLEANFILES += test/data/.dirstamp
2943 04 Jan 13 peter 390 CLEANFILES += test/data/foo.sorted.bam
2943 04 Jan 13 peter 391 CLEANFILES += test/data/foo.sorted.bam.bai
3476 09 Mar 16 peter 392 CLEANFILES += test/data/foo.fasta
3476 09 Mar 16 peter 393 CLEANFILES += test/data/foo.fasta.fai
3763 19 Oct 18 peter 394 CLEANFILES += test/data/foo.vcf.gz
2891 08 Dec 12 peter 395
2891 08 Dec 12 peter 396 check_DATA  = test/data/foo.sorted.bam
2891 08 Dec 12 peter 397 check_DATA += test/data/foo.sorted.bam.bai
3475 08 Mar 16 peter 398 check_DATA += test/data/foo.fasta
3475 08 Mar 16 peter 399 check_DATA += test/data/foo.fasta.fai
3763 19 Oct 18 peter 400 check_DATA += test/data/foo.vcf.gz
2891 08 Dec 12 peter 401
2891 08 Dec 12 peter 402 test/data/.dirstamp:
2891 08 Dec 12 peter 403   @$(MKDIR_P) test/data
2891 08 Dec 12 peter 404   @: > $@
2891 08 Dec 12 peter 405
3413 27 Apr 15 peter 406 if HAVE_SAMTOOLS_EXECUTABLE
3497 25 May 16 peter 407 # depend on config.h to ensure rule is triggered when
3497 25 May 16 peter 408 # HAVE_SAMTOOLS_EXECUTABLE has changed and possible (empty) dummy bam
3497 25 May 16 peter 409 # file is replaced with a proper one.
3497 25 May 16 peter 410 test/data/foo.sorted.bam: test/data/.dirstamp test/data/foo.sam config.h
3042 08 Jun 13 peter 411   $(AM_V_GEN)
3495 23 May 16 peter 412   $(AM_V_at)$(SAMTOOLS) sort -T foo -o $@ $(srcdir)/test/data/foo.sam
2891 08 Dec 12 peter 413
2891 08 Dec 12 peter 414 test/data/foo.sorted.bam.bai: test/data/foo.sorted.bam
3042 08 Jun 13 peter 415   $(AM_V_GEN)
3042 08 Jun 13 peter 416   $(AM_V_at)$(SAMTOOLS) index test/data/foo.sorted.bam
3475 08 Mar 16 peter 417
3497 25 May 16 peter 418 else
3497 25 May 16 peter 419 test/data/foo.sorted.bam: test/data/.dirstamp
3497 25 May 16 peter 420   $(AM_V_at): > $@
3497 25 May 16 peter 421
3497 25 May 16 peter 422 test/data/foo.sorted.bam.bai: test/data/.dirstamp
3497 25 May 16 peter 423   $(AM_V_at): > $@
3497 25 May 16 peter 424 endif
3497 25 May 16 peter 425
3497 25 May 16 peter 426 if HAVE_SAMTOOLS_FASTA_EXECUTABLE
3475 08 Mar 16 peter 427 test/data/foo.fasta: test/data/foo.sorted.bam
3475 08 Mar 16 peter 428   $(AM_V_GEN)
3475 08 Mar 16 peter 429   $(AM_V_at)$(SAMTOOLS) fasta test/data/foo.sorted.bam > $@
3475 08 Mar 16 peter 430
3475 08 Mar 16 peter 431 test/data/foo.fasta.fai: test/data/foo.fasta
3475 08 Mar 16 peter 432   $(AM_V_GEN)
3475 08 Mar 16 peter 433   $(AM_V_at)$(SAMTOOLS) faidx test/data/foo.fasta
3475 08 Mar 16 peter 434
2891 08 Dec 12 peter 435 else
3475 08 Mar 16 peter 436 test/data/foo.fasta: test/data/.dirstamp
3475 08 Mar 16 peter 437   $(AM_V_at): > $@
3475 08 Mar 16 peter 438
3475 08 Mar 16 peter 439 test/data/foo.fasta.fai: test/data/.dirstamp
3475 08 Mar 16 peter 440   $(AM_V_at): > $@
2891 08 Dec 12 peter 441 endif
3038 07 Jun 13 peter 442
3763 19 Oct 18 peter 443 if HAVE_BCFTOOLS_EXECUTABLE
3766 23 Oct 18 peter 444 test/data/foo.vcf.gz: test/data/.dirstamp test/data/foo.vcf
3763 19 Oct 18 peter 445   $(AM_V_GEN)
3763 19 Oct 18 peter 446   $(AM_V_at)$(BCFTOOLS) view $(srcdir)/test/data/foo.vcf -O z > $@
3763 19 Oct 18 peter 447 else
3766 23 Oct 18 peter 448 test/data/foo.vcf.gz: test/data/.dirstamp
3763 19 Oct 18 peter 449   $(AM_V_at): > $@
3763 19 Oct 18 peter 450 endif
3763 19 Oct 18 peter 451
3038 07 Jun 13 peter 452 test/lib/.dirstamp:
3038 07 Jun 13 peter 453   @$(MKDIR_P) test/lib
3038 07 Jun 13 peter 454   @: > $@
3038 07 Jun 13 peter 455
3038 07 Jun 13 peter 456 check_DATA += test/lib/libmy-static.a
3041 08 Jun 13 peter 457 EXTRA_DIST += test/gen_libmy_static.sh
3038 07 Jun 13 peter 458
3038 07 Jun 13 peter 459 test/lib/libmy-static.a: test/lib/.dirstamp test/gen_libmy_static.sh \
3038 07 Jun 13 peter 460 test/defs.sh
3038 07 Jun 13 peter 461   $(AM_V_GEN)
3041 08 Jun 13 peter 462   $(AM_V_at)$(SHELL) $(srcdir)/test/gen_libmy_static.sh $(yat_dev_null)
3040 08 Jun 13 peter 463
3040 08 Jun 13 peter 464 check_DATA += test/lib/libmy-shared.la
3041 08 Jun 13 peter 465 EXTRA_DIST += test/gen_libmy_shared.sh
3040 08 Jun 13 peter 466
3040 08 Jun 13 peter 467 test/lib/libmy-shared.la: test/lib/.dirstamp test/gen_libmy_shared.sh \
3040 08 Jun 13 peter 468 test/defs.sh
3040 08 Jun 13 peter 469   $(AM_V_GEN)
3041 08 Jun 13 peter 470   $(AM_V_at)$(SHELL) $(srcdir)/test/gen_libmy_shared.sh $(yat_dev_null)

Generated on Sat Oct 14 02:20:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)