test/bam_header2.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3140 16 Dec 13 peter 1 // $Id$
3140 16 Dec 13 peter 2 //
3999 08 Oct 20 peter 3 // Copyright (C) 2013, 2014, 2020 Peter Johansson
3140 16 Dec 13 peter 4 //
3140 16 Dec 13 peter 5 // This program is free software; you can redistribute it and/or modify
3140 16 Dec 13 peter 6 // it under the terms of the GNU General Public License as published by
3140 16 Dec 13 peter 7 // the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
3140 16 Dec 13 peter 8 // (at your option) any later version.
3140 16 Dec 13 peter 9 //
3140 16 Dec 13 peter 10 // This program is distributed in the hope that it will be useful, but
3140 16 Dec 13 peter 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3140 16 Dec 13 peter 12 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
3140 16 Dec 13 peter 13 // General Public License for more details.
3140 16 Dec 13 peter 14 //
3140 16 Dec 13 peter 15 // You should have received a copy of the GNU General Public License
3140 16 Dec 13 peter 16 // along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3140 16 Dec 13 peter 17
3140 16 Dec 13 peter 18 #include <config.h>
3140 16 Dec 13 peter 19
3140 16 Dec 13 peter 20 #include "Suite.h"
3140 16 Dec 13 peter 21
3883 24 Mar 20 peter 22 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3140 16 Dec 13 peter 23 #include "yat/omic/BamFile.h"
3140 16 Dec 13 peter 24 #include "yat/omic/BamHeader.h"
3140 16 Dec 13 peter 25 #endif
3140 16 Dec 13 peter 26
3140 16 Dec 13 peter 27 using namespace theplu::yat;
3140 16 Dec 13 peter 28
3883 24 Mar 20 peter 29 #ifndef YAT_HAVE_HTSLIB
3140 16 Dec 13 peter 30 void do_main(test::Suite& suite) {}
3140 16 Dec 13 peter 31 #else
3140 16 Dec 13 peter 32 void do_main(test::Suite& suite);
3140 16 Dec 13 peter 33 #endif
3140 16 Dec 13 peter 34
3140 16 Dec 13 peter 35 int main(int argc, char* argv[])
3140 16 Dec 13 peter 36 {
3201 03 May 14 peter 37   test::Suite suite(argc, argv, true);
3140 16 Dec 13 peter 38   try {
3140 16 Dec 13 peter 39     do_main(suite);
3140 16 Dec 13 peter 40   }
3140 16 Dec 13 peter 41   catch (std::runtime_error& e) {
3140 16 Dec 13 peter 42     suite.err() << "what: " << e.what() << "\n";
3140 16 Dec 13 peter 43     suite.add(false);
3140 16 Dec 13 peter 44   }
3140 16 Dec 13 peter 45
3140 16 Dec 13 peter 46   return suite.return_value();
3140 16 Dec 13 peter 47 }
3140 16 Dec 13 peter 48
3883 24 Mar 20 peter 49 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3140 16 Dec 13 peter 50 void do_main(test::Suite& suite)
3140 16 Dec 13 peter 51 {
3140 16 Dec 13 peter 52   using namespace omic;
3140 16 Dec 13 peter 53   std::string file = "../../data/foo.sorted.bam";
3140 16 Dec 13 peter 54
3140 16 Dec 13 peter 55   InBamFile bam_stream(file);
3140 16 Dec 13 peter 56   BamHeader hdr = bam_stream.header();
3140 16 Dec 13 peter 57   int32_t tid1 = hdr.tid("2");
3140 16 Dec 13 peter 58   if (tid1 != 1) {
3140 16 Dec 13 peter 59     suite.add(false);
3140 16 Dec 13 peter 60     suite.err() << "incorrect tid1: " << tid1 << " expected: 1\n";
3140 16 Dec 13 peter 61   }
3140 16 Dec 13 peter 62   int32_t tid2 = hdr.tid("2");
3140 16 Dec 13 peter 63   if (tid1 != tid2) {
3140 16 Dec 13 peter 64     suite.add(false);
3140 16 Dec 13 peter 65     suite.err() << "error: tid1: " << tid1 << " != tid2: " << tid2 << "\n";
3140 16 Dec 13 peter 66   }
3140 16 Dec 13 peter 67 }
3140 16 Dec 13 peter 68 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:20:39 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)