test/bam_pair.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3879 13 Mar 20 peter 1 // $Id$
3879 13 Mar 20 peter 2 //
3879 13 Mar 20 peter 3 // Copyright (C) 2020 Peter Johansson
3879 13 Mar 20 peter 4 //
3879 13 Mar 20 peter 5 // This program is free software; you can redistribute it and/or modify
3879 13 Mar 20 peter 6 // it under the terms of the GNU General Public License as published by
3879 13 Mar 20 peter 7 // the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
3879 13 Mar 20 peter 8 // (at your option) any later version.
3879 13 Mar 20 peter 9 //
3879 13 Mar 20 peter 10 // This program is distributed in the hope that it will be useful, but
3879 13 Mar 20 peter 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3879 13 Mar 20 peter 12 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
3879 13 Mar 20 peter 13 // General Public License for more details.
3879 13 Mar 20 peter 14 //
3879 13 Mar 20 peter 15 // You should have received a copy of the GNU General Public License
3879 13 Mar 20 peter 16 // along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3879 13 Mar 20 peter 17
3879 13 Mar 20 peter 18 #include <config.h>
3879 13 Mar 20 peter 19
3883 24 Mar 20 peter 20 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3879 13 Mar 20 peter 21 #include "yat/omic/BamPair.h"
3879 13 Mar 20 peter 22 #endif
3879 13 Mar 20 peter 23
3879 13 Mar 20 peter 24 #include <cassert>
3879 13 Mar 20 peter 25 #include <string>
3879 13 Mar 20 peter 26
3879 13 Mar 20 peter 27 #include "Suite.h"
3879 13 Mar 20 peter 28
3879 13 Mar 20 peter 29 using namespace theplu::yat;
3879 13 Mar 20 peter 30
3879 13 Mar 20 peter 31 void test1(test::Suite& suite);
3879 13 Mar 20 peter 32
3879 13 Mar 20 peter 33 int main(int argc, char* argv[])
3879 13 Mar 20 peter 34 {
3879 13 Mar 20 peter 35   test::Suite suite(argc, argv, true);
3879 13 Mar 20 peter 36   try {
3879 13 Mar 20 peter 37     //test1(suite);
3879 13 Mar 20 peter 38   }
3879 13 Mar 20 peter 39   catch (std::runtime_error& e) {
3879 13 Mar 20 peter 40     suite.add(false);
3879 13 Mar 20 peter 41     suite.err() << "error: what: " << e.what() << "\n";
3879 13 Mar 20 peter 42   }
3879 13 Mar 20 peter 43   return suite.return_value();
3879 13 Mar 20 peter 44 }
3879 13 Mar 20 peter 45
3883 24 Mar 20 peter 46 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3879 13 Mar 20 peter 47
3879 13 Mar 20 peter 48 omic::BamPair func_pair(const omic::BamRead& read)
3879 13 Mar 20 peter 49 {
3879 13 Mar 20 peter 50   return omic::BamPair(read, read);
3879 13 Mar 20 peter 51 }
3879 13 Mar 20 peter 52
3879 13 Mar 20 peter 53
3879 13 Mar 20 peter 54 omic::BamPair func_proxy(const omic::BamRead& read)
3879 13 Mar 20 peter 55 {
3879 13 Mar 20 peter 56   return omic::BamPairProxy(&read, &read);
3879 13 Mar 20 peter 57 }
3879 13 Mar 20 peter 58
3879 13 Mar 20 peter 59
3879 13 Mar 20 peter 60 void test1(test::Suite& suite)
3879 13 Mar 20 peter 61 {
3879 13 Mar 20 peter 62   const omic::BamRead read;
3879 13 Mar 20 peter 63   const omic::BamPair pair(read, read);
3879 13 Mar 20 peter 64   // using empty constructor above so avoid running tests below
3879 13 Mar 20 peter 65   if (false) {
3879 13 Mar 20 peter 66     omic::BamPair other(pair);
3879 13 Mar 20 peter 67     other = pair;
3879 13 Mar 20 peter 68     other.first() = pair.first();
3879 13 Mar 20 peter 69     other.second() = pair.second();
3879 13 Mar 20 peter 70
3879 13 Mar 20 peter 71     other = func_pair(read);
3879 13 Mar 20 peter 72     other = func_proxy(read);
3879 13 Mar 20 peter 73   }
3879 13 Mar 20 peter 74 }
3879 13 Mar 20 peter 75 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:20:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)