test/bam_pair_iterator.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3194 22 Apr 14 peter 1 // $Id$
3194 22 Apr 14 peter 2 //
3999 08 Oct 20 peter 3 // Copyright (C) 2014, 2020 Peter Johansson
3194 22 Apr 14 peter 4 //
3194 22 Apr 14 peter 5 // This program is free software; you can redistribute it and/or modify
3194 22 Apr 14 peter 6 // it under the terms of the GNU General Public License as published by
3194 22 Apr 14 peter 7 // the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
3194 22 Apr 14 peter 8 // (at your option) any later version.
3194 22 Apr 14 peter 9 //
3194 22 Apr 14 peter 10 // This program is distributed in the hope that it will be useful, but
3194 22 Apr 14 peter 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3194 22 Apr 14 peter 12 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
3194 22 Apr 14 peter 13 // General Public License for more details.
3194 22 Apr 14 peter 14 //
3194 22 Apr 14 peter 15 // You should have received a copy of the GNU General Public License
3194 22 Apr 14 peter 16 // along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3194 22 Apr 14 peter 17
3194 22 Apr 14 peter 18 #include <config.h>
3194 22 Apr 14 peter 19
3883 24 Mar 20 peter 20 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3194 22 Apr 14 peter 21 #include "yat/omic/BamFile.h"
3194 22 Apr 14 peter 22 #include "yat/omic/BamPairIterator.h"
3194 22 Apr 14 peter 23 #include "yat/omic/BamRead.h"
3194 22 Apr 14 peter 24 #include "yat/omic/BamReadIterator.h"
3194 22 Apr 14 peter 25 #include "yat/omic/BamWriteIterator.h"
3194 22 Apr 14 peter 26 #endif
3194 22 Apr 14 peter 27
3194 22 Apr 14 peter 28 #include <algorithm>
3194 22 Apr 14 peter 29 #include <cassert>
3194 22 Apr 14 peter 30 #include <string>
3194 22 Apr 14 peter 31
3295 25 Jul 14 peter 32 // include Suite.h late to expose bug #797
3295 25 Jul 14 peter 33 #include "Suite.h"
3295 25 Jul 14 peter 34
3194 22 Apr 14 peter 35 using namespace theplu::yat;
3883 24 Mar 20 peter 36 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3194 22 Apr 14 peter 37 using namespace omic;
3209 04 May 14 peter 38 #endif
3194 22 Apr 14 peter 39
3194 22 Apr 14 peter 40 void test1(test::Suite& suite);
3194 22 Apr 14 peter 41
3194 22 Apr 14 peter 42 int main(int argc, char* argv[])
3194 22 Apr 14 peter 43 {
3201 03 May 14 peter 44   test::Suite suite(argc, argv, true);
3194 22 Apr 14 peter 45   try {
3194 22 Apr 14 peter 46     test1(suite);
3194 22 Apr 14 peter 47   }
3194 22 Apr 14 peter 48   catch (std::runtime_error& e) {
3194 22 Apr 14 peter 49     suite.add(false);
3194 22 Apr 14 peter 50     suite.err() << "error: what: " << e.what() << "\n";
3194 22 Apr 14 peter 51   }
3194 22 Apr 14 peter 52   return suite.return_value();
3194 22 Apr 14 peter 53 }
3194 22 Apr 14 peter 54
3194 22 Apr 14 peter 55
3194 22 Apr 14 peter 56 void test1(test::Suite& suite)
3194 22 Apr 14 peter 57 {
3883 24 Mar 20 peter 58 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3194 22 Apr 14 peter 59   std::string file = "../../data/foo.sorted.bam";
3194 22 Apr 14 peter 60
3194 22 Apr 14 peter 61   InBamFile in(file);
3194 22 Apr 14 peter 62   BamReadIterator iter(in);
3194 22 Apr 14 peter 63   BamReadIterator end;
3194 22 Apr 14 peter 64
3194 22 Apr 14 peter 65   std::vector<BamPair> result;
3194 22 Apr 14 peter 66   BamPairIterator<BamReadIterator> piter(iter, end);
3194 22 Apr 14 peter 67   BamPairIterator<BamReadIterator> pend(end, end);
3194 22 Apr 14 peter 68   for (; piter!=pend; ++piter) {
3194 22 Apr 14 peter 69     result.push_back(*piter);
3197 29 Apr 14 peter 70     result.back() = *piter;
3196 22 Apr 14 peter 71     // This code doesn't work with boost 1.48 (or older). See
3196 22 Apr 14 peter 72     // https://svn.boost.org/trac/boost/ticket/5697 for details. It's
3196 22 Apr 14 peter 73     // not obvious the fix was included in v1.49, but let's test here
3196 22 Apr 14 peter 74     // and if it wasn't modify this test accordingly and update the
3196 22 Apr 14 peter 75     // docs in 'yat/omic/BamPairIterator.h'.
3194 22 Apr 14 peter 76     result.back().first() = piter->first();
3194 22 Apr 14 peter 77     result.back().second() = piter->second();
3194 22 Apr 14 peter 78   }
3194 22 Apr 14 peter 79   // not really doing anything since we've already iterated through
3194 22 Apr 14 peter 80   // the range, but checking that bam_pair_iterator functions compile
3194 22 Apr 14 peter 81   std::copy(bam_pair_iterator(iter, end), bam_pair_iterator(end),
3194 22 Apr 14 peter 82             result.begin());
3194 22 Apr 14 peter 83
3194 22 Apr 14 peter 84   in.close();
3194 22 Apr 14 peter 85   if (!suite.add(result.size()))
3194 22 Apr 14 peter 86     suite.err() << "error: empty result\n";
3194 22 Apr 14 peter 87
3878 12 Mar 20 peter 88   suite.test_input_iterator(piter);
3201 03 May 14 peter 89 #endif
3194 22 Apr 14 peter 90 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)