test/bam_pair_iterator2.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3878 12 Mar 20 peter 1 // $Id$
3878 12 Mar 20 peter 2 //
3878 12 Mar 20 peter 3 // Copyright (C) 2020 Peter Johansson
3878 12 Mar 20 peter 4 //
3878 12 Mar 20 peter 5 // This program is free software; you can redistribute it and/or modify
3878 12 Mar 20 peter 6 // it under the terms of the GNU General Public License as published by
3878 12 Mar 20 peter 7 // the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
3878 12 Mar 20 peter 8 // (at your option) any later version.
3878 12 Mar 20 peter 9 //
3878 12 Mar 20 peter 10 // This program is distributed in the hope that it will be useful, but
3878 12 Mar 20 peter 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3878 12 Mar 20 peter 12 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
3878 12 Mar 20 peter 13 // General Public License for more details.
3878 12 Mar 20 peter 14 //
3878 12 Mar 20 peter 15 // You should have received a copy of the GNU General Public License
3878 12 Mar 20 peter 16 // along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3878 12 Mar 20 peter 17
3878 12 Mar 20 peter 18 #include <config.h>
3878 12 Mar 20 peter 19
3883 24 Mar 20 peter 20 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3878 12 Mar 20 peter 21 #include "yat/omic/BamFile.h"
3878 12 Mar 20 peter 22 #include "yat/omic/BamPairIterator2.h"
3878 12 Mar 20 peter 23 #include "yat/omic/BamRead.h"
3878 12 Mar 20 peter 24 #include "yat/omic/BamReadIterator.h"
3878 12 Mar 20 peter 25 #endif
3878 12 Mar 20 peter 26
3878 12 Mar 20 peter 27 #include <cassert>
3878 12 Mar 20 peter 28 #include <string>
3878 12 Mar 20 peter 29 #include <vector>
3878 12 Mar 20 peter 30
3878 12 Mar 20 peter 31 // include Suite.h late to expose bug #797
3878 12 Mar 20 peter 32 #include "Suite.h"
3878 12 Mar 20 peter 33
3878 12 Mar 20 peter 34 using namespace theplu::yat;
3883 24 Mar 20 peter 35 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3878 12 Mar 20 peter 36 using namespace omic;
3878 12 Mar 20 peter 37 #endif
3878 12 Mar 20 peter 38
3878 12 Mar 20 peter 39 void test1(test::Suite& suite);
3878 12 Mar 20 peter 40 void test2(test::Suite& suite);
3878 12 Mar 20 peter 41
3878 12 Mar 20 peter 42 int main(int argc, char* argv[])
3878 12 Mar 20 peter 43 {
3878 12 Mar 20 peter 44   test::Suite suite(argc, argv, true);
3878 12 Mar 20 peter 45   try {
3883 24 Mar 20 peter 46 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3878 12 Mar 20 peter 47     test1(suite);
3878 12 Mar 20 peter 48     test2(suite);
3878 12 Mar 20 peter 49 #endif
3878 12 Mar 20 peter 50   }
3878 12 Mar 20 peter 51   catch (std::runtime_error& e) {
3878 12 Mar 20 peter 52     suite.add(false);
3878 12 Mar 20 peter 53     suite.err() << "error: what: " << e.what() << "\n";
3878 12 Mar 20 peter 54   }
3878 12 Mar 20 peter 55   return suite.return_value();
3878 12 Mar 20 peter 56 }
3878 12 Mar 20 peter 57
3883 24 Mar 20 peter 58 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3878 12 Mar 20 peter 59
3878 12 Mar 20 peter 60 void test1(test::Suite& suite)
3878 12 Mar 20 peter 61 {
3878 12 Mar 20 peter 62   std::string file = "../../data/foo.sorted.bam";
3878 12 Mar 20 peter 63
3878 12 Mar 20 peter 64   InBamFile in(file);
3878 12 Mar 20 peter 65   BamReadIterator iter(in);
3878 12 Mar 20 peter 66   BamReadIterator end;
3878 12 Mar 20 peter 67
3878 12 Mar 20 peter 68   BamPairIterator2<BamReadIterator> pair_iterator(iter, end);
3878 12 Mar 20 peter 69   BamPairIterator2<BamReadIterator> pair_end(end, end);
3878 12 Mar 20 peter 70   std::vector<BamPair> result(pair_iterator, pair_end);
3878 12 Mar 20 peter 71
3878 12 Mar 20 peter 72   in.close();
3878 12 Mar 20 peter 73   if (!suite.add(result.size()))
3878 12 Mar 20 peter 74     suite.err() << "error: empty result\n";
3878 12 Mar 20 peter 75
3878 12 Mar 20 peter 76 }
3878 12 Mar 20 peter 77
3878 12 Mar 20 peter 78
3878 12 Mar 20 peter 79 void test2(test::Suite& suite)
3878 12 Mar 20 peter 80 {
3878 12 Mar 20 peter 81   std::string file = "../../data/foo.sorted.bam";
3878 12 Mar 20 peter 82
3878 12 Mar 20 peter 83   InBamFile in(file);
3878 12 Mar 20 peter 84   BamReadIterator iter(in);
3878 12 Mar 20 peter 85   BamReadIterator end;
3878 12 Mar 20 peter 86
3878 12 Mar 20 peter 87   BamPairIterator2<BamReadIterator> pair_iterator(iter, end);
3878 12 Mar 20 peter 88   BamPairIterator2<BamReadIterator> pair_end(end, end);
3878 12 Mar 20 peter 89   suite.test_input_iterator(pair_iterator);
3878 12 Mar 20 peter 90 }
3878 12 Mar 20 peter 91 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:20:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)