test/bam_read_sequence_iterator.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4345 19 Apr 23 peter 1 // $Id$
4345 19 Apr 23 peter 2
4345 19 Apr 23 peter 3 /*
4345 19 Apr 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4345 19 Apr 23 peter 5
4345 19 Apr 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4345 19 Apr 23 peter 7
4345 19 Apr 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4345 19 Apr 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4345 19 Apr 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4345 19 Apr 23 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4345 19 Apr 23 peter 12
4345 19 Apr 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4345 19 Apr 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4345 19 Apr 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4345 19 Apr 23 peter 16   General Public License for more details.
4345 19 Apr 23 peter 17
4345 19 Apr 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4345 19 Apr 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4345 19 Apr 23 peter 20 */
4345 19 Apr 23 peter 21
4345 19 Apr 23 peter 22 #include <config.h>
4345 19 Apr 23 peter 23
4345 19 Apr 23 peter 24 #include "Suite.h"
4345 19 Apr 23 peter 25
4345 19 Apr 23 peter 26 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
4345 19 Apr 23 peter 27 #include "yat/omic/BamFile.h"
4345 19 Apr 23 peter 28 #include "yat/omic/BamRead.h"
4345 19 Apr 23 peter 29 #include "yat/omic/BamReadSequenceIterator.h"
4345 19 Apr 23 peter 30 #endif
4345 19 Apr 23 peter 31
4345 19 Apr 23 peter 32 using namespace theplu::yat;
4345 19 Apr 23 peter 33
4345 19 Apr 23 peter 34 void test1(test::Suite& suite);
4345 19 Apr 23 peter 35
4345 19 Apr 23 peter 36 int main(int argc, char* argv[])
4345 19 Apr 23 peter 37 {
4345 19 Apr 23 peter 38   test::Suite suite(argc, argv, true);
4345 19 Apr 23 peter 39   try {
4345 19 Apr 23 peter 40     test1(suite);
4345 19 Apr 23 peter 41   }
4345 19 Apr 23 peter 42   catch (std::runtime_error& e) {
4345 19 Apr 23 peter 43     suite.add(false);
4345 19 Apr 23 peter 44     suite.err() << "error: what: " << e.what() << "\n";
4345 19 Apr 23 peter 45   }
4345 19 Apr 23 peter 46   return suite.return_value();
4345 19 Apr 23 peter 47 }
4345 19 Apr 23 peter 48
4345 19 Apr 23 peter 49 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
4345 19 Apr 23 peter 50 using namespace omic;
4345 19 Apr 23 peter 51
4345 19 Apr 23 peter 52 void test1(test::Suite& suite)
4345 19 Apr 23 peter 53 {
4345 19 Apr 23 peter 54   std::string fn = "../../data/foo.sorted.bam";
4345 19 Apr 23 peter 55
4345 19 Apr 23 peter 56   InBamFile bam_file(fn);
4345 19 Apr 23 peter 57   BamRead bam;
4345 19 Apr 23 peter 58   bam_file.read(bam);
4345 19 Apr 23 peter 59   size_t k=3;
4345 19 Apr 23 peter 60   BamReadSequenceIterator it(bam, k);
4345 19 Apr 23 peter 61   BamReadSequenceIterator end(bam, bam.sequence_length());
4345 19 Apr 23 peter 62   if (bam.sequence_str(k) != it->base()) {
4345 19 Apr 23 peter 63     suite.add(false);
4345 19 Apr 23 peter 64     suite.err() << "error: ::sequence_str(k): "
4345 19 Apr 23 peter 65                 << bam.sequence_str(k) << " != it->base(): "
4345 19 Apr 23 peter 66                 << it->base() << "\n";
4345 19 Apr 23 peter 67   }
4345 19 Apr 23 peter 68   if (bam.qual(k) != it->qual()) {
4345 19 Apr 23 peter 69     suite.add(false);
4345 19 Apr 23 peter 70     suite.err() << "error: ::qual(k): "
4345 19 Apr 23 peter 71                 << static_cast<int>(bam.qual(k)) << " != it->qual(): "
4345 19 Apr 23 peter 72                 << static_cast<int>(it->qual()) << "\n";
4345 19 Apr 23 peter 73   }
4345 19 Apr 23 peter 74   it -= k;
4345 19 Apr 23 peter 75   int count = 0;
4345 19 Apr 23 peter 76   for ( ; it!=end; ++it) {
4345 19 Apr 23 peter 77     suite.out() << it->base() << "\t" << static_cast<int>(it->qual())
4345 19 Apr 23 peter 78                 << "\t" << count << "\n";
4345 19 Apr 23 peter 79     ++count;
4345 19 Apr 23 peter 80     if (count > 1000) {
4345 19 Apr 23 peter 81       suite.err() << "error: count > 1000\n";
4345 19 Apr 23 peter 82       suite.add(false);
4345 19 Apr 23 peter 83       break;
4345 19 Apr 23 peter 84     }
4345 19 Apr 23 peter 85   }
4345 19 Apr 23 peter 86
4345 19 Apr 23 peter 87   BamReadSequenceIterator it2(bam);
4345 19 Apr 23 peter 88   test::test_const_iterator(it2);
4345 19 Apr 23 peter 89   suite.test_random_access_iterator(it2);
4345 19 Apr 23 peter 90 }
4345 19 Apr 23 peter 91 #else
4345 19 Apr 23 peter 92 void test1(test::Suite& suite) {}
4345 19 Apr 23 peter 93 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:20:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)