test/bam_region_iterator.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2895 10 Dec 12 peter 1 // $Id$
2895 10 Dec 12 peter 2 //
3999 08 Oct 20 peter 3 // Copyright (C) 2012, 2013, 2014, 2017, 2020 Peter Johansson
2895 10 Dec 12 peter 4 //
2895 10 Dec 12 peter 5 // This program is free software; you can redistribute it and/or modify
2895 10 Dec 12 peter 6 // it under the terms of the GNU General Public License as published by
2895 10 Dec 12 peter 7 // the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
2895 10 Dec 12 peter 8 // (at your option) any later version.
2895 10 Dec 12 peter 9 //
2895 10 Dec 12 peter 10 // This program is distributed in the hope that it will be useful, but
2895 10 Dec 12 peter 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2895 10 Dec 12 peter 12 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
2895 10 Dec 12 peter 13 // General Public License for more details.
2895 10 Dec 12 peter 14 //
2895 10 Dec 12 peter 15 // You should have received a copy of the GNU General Public License
2895 10 Dec 12 peter 16 // along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2895 10 Dec 12 peter 17
2895 10 Dec 12 peter 18 #include <config.h>
2895 10 Dec 12 peter 19
2895 10 Dec 12 peter 20 #include "Suite.h"
2895 10 Dec 12 peter 21
3883 24 Mar 20 peter 22 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
2895 10 Dec 12 peter 23 #include "yat/omic/BamReadIterator.h"
2895 10 Dec 12 peter 24 #include "yat/omic/BamWriteIterator.h"
2943 04 Jan 13 peter 25 #include "yat/omic/config_bam.h"
2943 04 Jan 13 peter 26 #endif
2895 10 Dec 12 peter 27
3056 24 Jun 13 peter 28 #include <yat/utility/Exception.h>
3056 24 Jun 13 peter 29
2895 10 Dec 12 peter 30 #include <algorithm>
2895 10 Dec 12 peter 31 #include <cassert>
2895 10 Dec 12 peter 32 #include <fstream>
2895 10 Dec 12 peter 33 #include <iostream>
2895 10 Dec 12 peter 34 #include <string>
2895 10 Dec 12 peter 35
2895 10 Dec 12 peter 36 using namespace theplu::yat;
2895 10 Dec 12 peter 37
2943 04 Jan 13 peter 38 void test1(test::Suite& suite);
2943 04 Jan 13 peter 39 int main(int argc, char* argv[])
2943 04 Jan 13 peter 40 {
3201 03 May 14 peter 41   test::Suite suite(argc, argv, true);
2943 04 Jan 13 peter 42
2943 04 Jan 13 peter 43   try {
2943 04 Jan 13 peter 44     test1(suite);
2943 04 Jan 13 peter 45   }
2943 04 Jan 13 peter 46   catch (std::runtime_error& e) {
2943 04 Jan 13 peter 47     suite.err() << "what: " << e.what() << "\n";
2943 04 Jan 13 peter 48     suite.add(false);
2943 04 Jan 13 peter 49   }
2943 04 Jan 13 peter 50
2943 04 Jan 13 peter 51   return suite.return_value();
2943 04 Jan 13 peter 52 }
2943 04 Jan 13 peter 53
2895 10 Dec 12 peter 54 void test1(test::Suite& suite)
2895 10 Dec 12 peter 55 {
3883 24 Mar 20 peter 56 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
2943 04 Jan 13 peter 57   using namespace omic;
2895 10 Dec 12 peter 58   std::string file = "../../data/foo.sorted.bam";
2895 10 Dec 12 peter 59
2895 10 Dec 12 peter 60   InBamFile bam_stream(file);
2895 10 Dec 12 peter 61   if (!bam_stream.is_open()) {
2895 10 Dec 12 peter 62     suite.err() << "cannot read " << file << "\n";
2895 10 Dec 12 peter 63     suite.add(false);
2895 10 Dec 12 peter 64     return;
2895 10 Dec 12 peter 65   }
2895 10 Dec 12 peter 66   int begin = 24500;
2895 10 Dec 12 peter 67   int endpos = 24600;
2895 10 Dec 12 peter 68   BamReadIterator first(bam_stream, 1, begin, endpos);
2895 10 Dec 12 peter 69   BamReadIterator end;
2895 10 Dec 12 peter 70
2895 10 Dec 12 peter 71   int count = 0;
2895 10 Dec 12 peter 72   while (first != end) {
2895 10 Dec 12 peter 73     if (!suite.add(first->pos() < endpos) || !suite.add(first->end() > begin))
2895 10 Dec 12 peter 74       suite.err() << "error: " << first->pos() << "-" << first->end() << "\n";
2895 10 Dec 12 peter 75     ++count;
2895 10 Dec 12 peter 76     ++first;
2895 10 Dec 12 peter 77   }
2895 10 Dec 12 peter 78   suite.out() << count << std::endl;
2895 10 Dec 12 peter 79
3056 24 Jun 13 peter 80   if (count!=185) {
3056 24 Jun 13 peter 81     suite.err() << "count: " << count << "\nexpected: 185\n";
3056 24 Jun 13 peter 82     suite.add(false);
3056 24 Jun 13 peter 83   }
2895 10 Dec 12 peter 84
3056 24 Jun 13 peter 85   // test negative coordinates trigger exception
3056 24 Jun 13 peter 86   suite.out() << "test negative coordinates\n";
3056 24 Jun 13 peter 87   try {
3056 24 Jun 13 peter 88     BamReadIterator iter(bam_stream, 1, -2, -1);
3056 24 Jun 13 peter 89     suite.add(false);
3056 24 Jun 13 peter 90     suite.err() << "error: no exception thrown\n";
3056 24 Jun 13 peter 91   }
3056 24 Jun 13 peter 92   catch (utility::runtime_error& e) {
3056 24 Jun 13 peter 93     suite.out() << "expected exception caught with what(): '" << e.what()
3056 24 Jun 13 peter 94                 << "'\n";
3056 24 Jun 13 peter 95   }
3056 24 Jun 13 peter 96
3672 31 Jul 17 peter 97   {
3672 31 Jul 17 peter 98     BamReadIterator begin(bam_stream, 1);
3672 31 Jul 17 peter 99     BamReadIterator end;
3672 31 Jul 17 peter 100     if (begin == end) {
3672 31 Jul 17 peter 101       suite.add(false);
3672 31 Jul 17 peter 102       suite.err() << "error: BamReadIterator(2): begin == end\n";
3672 31 Jul 17 peter 103     }
3672 31 Jul 17 peter 104   }
3672 31 Jul 17 peter 105
2895 10 Dec 12 peter 106 #endif
2895 10 Dec 12 peter 107 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)