test/cigar2.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3339 05 Nov 14 peter 1 // $Id$
3339 05 Nov 14 peter 2
3339 05 Nov 14 peter 3 /*
3339 05 Nov 14 peter 4   Copyright (C) 2014 Peter Johansson
3339 05 Nov 14 peter 5
3339 05 Nov 14 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
3339 05 Nov 14 peter 7
3339 05 Nov 14 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
3339 05 Nov 14 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
3339 05 Nov 14 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
3339 05 Nov 14 peter 11   License, or (at your option) any later version.
3339 05 Nov 14 peter 12
3339 05 Nov 14 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
3339 05 Nov 14 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3339 05 Nov 14 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
3339 05 Nov 14 peter 16   General Public License for more details.
3339 05 Nov 14 peter 17
3339 05 Nov 14 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
3339 05 Nov 14 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3339 05 Nov 14 peter 20 */
3339 05 Nov 14 peter 21
3339 05 Nov 14 peter 22 #include <config.h>
3339 05 Nov 14 peter 23
3339 05 Nov 14 peter 24 #include "Suite.h"
3339 05 Nov 14 peter 25
3339 05 Nov 14 peter 26 #include "yat/utility/SmithWaterman.h"
3339 05 Nov 14 peter 27
3339 05 Nov 14 peter 28 #include <string>
3339 05 Nov 14 peter 29 #include <sstream>
3339 05 Nov 14 peter 30
3339 05 Nov 14 peter 31 using namespace theplu::yat;
3339 05 Nov 14 peter 32
3339 05 Nov 14 peter 33 int main(int argc, char* argv[])
3339 05 Nov 14 peter 34 {
3339 05 Nov 14 peter 35   test::Suite suite(argc, argv);
3339 05 Nov 14 peter 36
3339 05 Nov 14 peter 37   std::string ref("AAAGACTTACGATGAGGTCTGGCACCCTGAGCAGTCCAGCGAGGACTTGGTCTTAGTTGAGCAATTTGGCTAGGAGGATA");
3339 05 Nov 14 peter 38   utility::SmithWaterman aligner(2,5);
3339 05 Nov 14 peter 39
3339 05 Nov 14 peter 40   std::string query = ref.substr(0, 20);
3339 05 Nov 14 peter 41   double score = aligner(ref.begin(), ref.end(), query.begin(), query.end(),3);
3339 05 Nov 14 peter 42   suite.out() << "score: " << score << "\n";
3339 05 Nov 14 peter 43
3339 05 Nov 14 peter 44   query = "ATATTTTGGAATGGATGAGGTCTGGCACCCTGAGCAGTCCAGCGAGGACTTGGTCTTAGCTGAGCAATTTGG";
3339 05 Nov 14 peter 45   score = aligner(ref.begin(), ref.end(), query.begin(), query.end(),3);
3339 05 Nov 14 peter 46   suite.out() << "score: " << score << "\n";
3339 05 Nov 14 peter 47
3339 05 Nov 14 peter 48   std::ostringstream os;
3339 05 Nov 14 peter 49   os << aligner.cigar();
3339 05 Nov 14 peter 50   std::string correct("13S46=1X12=");
3339 05 Nov 14 peter 51   if (os.str() != correct) {
3339 05 Nov 14 peter 52     suite.add(false);
3339 05 Nov 14 peter 53     suite.err() << "incorrect cigar: " << aligner.cigar() << "\n";
3339 05 Nov 14 peter 54     suite.err() << "expected: " << correct << "\n";
3339 05 Nov 14 peter 55   }
3339 05 Nov 14 peter 56
3339 05 Nov 14 peter 57   return suite.return_value();
3339 05 Nov 14 peter 58 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)