test/cigar_iterator.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3329 12 Oct 14 peter 1 // $Id$
3329 12 Oct 14 peter 2
3329 12 Oct 14 peter 3 /*
3417 25 May 15 peter 4   Copyright (C) 2014, 2015 Peter Johansson
3329 12 Oct 14 peter 5
3329 12 Oct 14 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
3329 12 Oct 14 peter 7
3329 12 Oct 14 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
3329 12 Oct 14 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
3329 12 Oct 14 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
3329 12 Oct 14 peter 11   License, or (at your option) any later version.
3329 12 Oct 14 peter 12
3329 12 Oct 14 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
3329 12 Oct 14 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3329 12 Oct 14 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
3329 12 Oct 14 peter 16   General Public License for more details.
3329 12 Oct 14 peter 17
3329 12 Oct 14 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
3329 12 Oct 14 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3329 12 Oct 14 peter 20 */
3329 12 Oct 14 peter 21
3329 12 Oct 14 peter 22 #include <config.h>
3329 12 Oct 14 peter 23
3329 12 Oct 14 peter 24 #include "Suite.h"
3329 12 Oct 14 peter 25
3329 12 Oct 14 peter 26 #include "yat/utility/Cigar.h"
3336 24 Oct 14 peter 27 #include "yat/utility/CigarIterator.h"
3329 12 Oct 14 peter 28
3329 12 Oct 14 peter 29 #include <boost/cstdint.hpp>
3329 12 Oct 14 peter 30
3329 12 Oct 14 peter 31 #include <cassert>
3372 11 Feb 15 peter 32 #include <deque>
3372 11 Feb 15 peter 33 #include <vector>
3329 12 Oct 14 peter 34
3329 12 Oct 14 peter 35 using namespace theplu::yat;
3329 12 Oct 14 peter 36
3329 12 Oct 14 peter 37 void test1(test::Suite& suite);
3329 12 Oct 14 peter 38
3329 12 Oct 14 peter 39 int main(int argc, char* argv[])
3329 12 Oct 14 peter 40 {
3329 12 Oct 14 peter 41   test::Suite suite(argc, argv);
3329 12 Oct 14 peter 42
3329 12 Oct 14 peter 43   test1(suite);
3329 12 Oct 14 peter 44
3329 12 Oct 14 peter 45   return suite.return_value();
3329 12 Oct 14 peter 46 }
3329 12 Oct 14 peter 47
3329 12 Oct 14 peter 48 void test1(test::Suite& suite)
3329 12 Oct 14 peter 49 {
3329 12 Oct 14 peter 50   // create a cigar 5S4M1D3M1I4M
3329 12 Oct 14 peter 51   std::vector<uint32_t> oplen;
3329 12 Oct 14 peter 52   std::vector<uint32_t> op;
3329 12 Oct 14 peter 53   oplen.push_back(5);
3329 12 Oct 14 peter 54   oplen.push_back(4);
3329 12 Oct 14 peter 55   oplen.push_back(1);
3329 12 Oct 14 peter 56   oplen.push_back(3);
3329 12 Oct 14 peter 57   oplen.push_back(1);
3329 12 Oct 14 peter 58   oplen.push_back(4);
3329 12 Oct 14 peter 59
3329 12 Oct 14 peter 60   op.push_back(BAM_CSOFT_CLIP);
3329 12 Oct 14 peter 61   op.push_back(BAM_CMATCH);
3329 12 Oct 14 peter 62   op.push_back(BAM_CDEL);
3329 12 Oct 14 peter 63   op.push_back(BAM_CMATCH);
3329 12 Oct 14 peter 64   op.push_back(BAM_CINS);
3329 12 Oct 14 peter 65   op.push_back(BAM_CMATCH);
3329 12 Oct 14 peter 66
3329 12 Oct 14 peter 67   assert(oplen.size()==op.size());
3329 12 Oct 14 peter 68   std::vector<uint32_t> cigar;
3329 12 Oct 14 peter 69   std::vector<uint32_t> long_cigar;
3329 12 Oct 14 peter 70   for (size_t i=0; i<op.size(); ++i) {
3329 12 Oct 14 peter 71     cigar.push_back(bam_cigar_gen(oplen[i], op[i]));
3329 12 Oct 14 peter 72     for (size_t j=0; j<oplen[i]; ++j)
3329 12 Oct 14 peter 73       long_cigar.push_back(op[i]);
3329 12 Oct 14 peter 74   }
3329 12 Oct 14 peter 75
3336 24 Oct 14 peter 76   typedef std::vector<uint32_t>::const_iterator Base;
3336 24 Oct 14 peter 77   utility::CigarIterator<Base> iter(cigar.begin());
3336 24 Oct 14 peter 78   utility::CigarIterator<Base> end(cigar.end());
3329 12 Oct 14 peter 79   std::vector<uint32_t>::const_iterator iter2 = long_cigar.begin();
3329 12 Oct 14 peter 80   while (iter!=end) {
3329 12 Oct 14 peter 81     assert(iter2<long_cigar.end());
3329 12 Oct 14 peter 82     if (*iter != *iter2) {
3329 12 Oct 14 peter 83       suite.add(false);
3329 12 Oct 14 peter 84       suite.err() << (iter2 - long_cigar.begin()) << " "
3329 12 Oct 14 peter 85                   << *iter << " " << *iter2 << "\n";
3329 12 Oct 14 peter 86     }
3329 12 Oct 14 peter 87     ++iter;
3329 12 Oct 14 peter 88     ++iter2;
3329 12 Oct 14 peter 89   }
3329 12 Oct 14 peter 90
3372 11 Feb 15 peter 91   // check default constructor
3372 11 Feb 15 peter 92   utility::CigarIterator<Base> iter3;
3372 11 Feb 15 peter 93   // check assignment
3372 11 Feb 15 peter 94   iter3 = utility::CigarIterator<Base>(cigar.begin());
3336 24 Oct 14 peter 95   utility::CigarIterator<Base> iter4(cigar.begin()+3, 1);
3329 12 Oct 14 peter 96   std::advance(iter3, oplen[0]+oplen[1]+oplen[2]+1);
3329 12 Oct 14 peter 97   if (iter3 != iter4) {
3329 12 Oct 14 peter 98     suite.add(false);
3329 12 Oct 14 peter 99     suite.err() << "error: iter3!=iter4\n";
3329 12 Oct 14 peter 100   }
3329 12 Oct 14 peter 101   // do not run compiler test
3329 12 Oct 14 peter 102   if (false) {
3329 12 Oct 14 peter 103     test::test_readable_iterator(iter3);
3329 12 Oct 14 peter 104     test::test_bidirectional_traversal_iterator(iter3);
3372 11 Feb 15 peter 105     // test default constructor
3372 11 Feb 15 peter 106     utility::CigarIterator<std::deque<uint32_t>::const_iterator> iter5;
3372 11 Feb 15 peter 107     test::avoid_compiler_warning(iter5);
3329 12 Oct 14 peter 108   }
3329 12 Oct 14 peter 109 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)