test/codon.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2368 11 Dec 10 peter 1 // $Id$
2368 11 Dec 10 peter 2
2368 11 Dec 10 peter 3 /*
4359 23 Aug 23 peter 4   Copyright (C) 2010, 2011, 2012 Peter Johansson
2368 11 Dec 10 peter 5
2368 11 Dec 10 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
2368 11 Dec 10 peter 7
2368 11 Dec 10 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
2368 11 Dec 10 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
2368 11 Dec 10 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
2368 11 Dec 10 peter 11   License, or (at your option) any later version.
2368 11 Dec 10 peter 12
2368 11 Dec 10 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
2368 11 Dec 10 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2368 11 Dec 10 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
2368 11 Dec 10 peter 16   General Public License for more details.
2368 11 Dec 10 peter 17
2368 11 Dec 10 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
2368 11 Dec 10 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2368 11 Dec 10 peter 20 */
2368 11 Dec 10 peter 21
2881 18 Nov 12 peter 22 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 23
2368 11 Dec 10 peter 24 #include "Suite.h"
2368 11 Dec 10 peter 25
2368 11 Dec 10 peter 26 #include "yat/omic/Codon.h"
2368 11 Dec 10 peter 27
2368 11 Dec 10 peter 28 using namespace theplu::yat;
2368 11 Dec 10 peter 29
2368 11 Dec 10 peter 30 int main(int argc,char* argv[])
3251 04 Jun 14 peter 31 {
2368 11 Dec 10 peter 32   test::Suite suite(argc, argv);
2368 11 Dec 10 peter 33   using omic::Codon;
2369 11 Dec 10 peter 34   using omic::DNA;
3251 04 Jun 14 peter 35
2368 11 Dec 10 peter 36   Codon c1;
2369 11 Dec 10 peter 37   Codon c2("ATG");
2369 11 Dec 10 peter 38   DNA a('A');
2369 11 Dec 10 peter 39   c1 = Codon(a,a,a);
2369 11 Dec 10 peter 40   if (!suite.add(c1.amino_acid()=='K')) {
2369 11 Dec 10 peter 41     suite.err() << "error: amino_acid() returned: " << c1.amino_acid()
2369 11 Dec 10 peter 42                 << "\n";
2369 11 Dec 10 peter 43     suite.err() << "expected: L\n";
3251 04 Jun 14 peter 44   }
2369 11 Dec 10 peter 45   std::string correct("ATG");
2369 11 Dec 10 peter 46   for (size_t i=0; i<3; ++i) {
2369 11 Dec 10 peter 47     if (!suite.add(c2(i)==DNA(correct[i])))
2369 11 Dec 10 peter 48       suite.err() << "error: (" << i << ") returned: " << c2(i) <<"\n"
2369 11 Dec 10 peter 49                   << "expected: " << correct[i] << "\n";
2369 11 Dec 10 peter 50   }
2368 11 Dec 10 peter 51
2369 11 Dec 10 peter 52   if (!suite.add(c2.start()))
2369 11 Dec 10 peter 53     suite.err() << "error: expected start() to return true\n";
2369 11 Dec 10 peter 54   if (!suite.add(!c2.stop()))
2369 11 Dec 10 peter 55     suite.err() << "error: expected end() to return false\n";
2369 11 Dec 10 peter 56
2470 12 Apr 11 peter 57   if (!suite.add(Codon("ATG").amino_acid()=='M'))
3251 04 Jun 14 peter 58     suite.err() << "error: Codon(\"ATG\").amino_acid() returns: `"
2470 12 Apr 11 peter 59                 << Codon("ATG").amino_acid() << "'\n";
2470 12 Apr 11 peter 60
2470 12 Apr 11 peter 61   if (!suite.add(Codon("ATG").start()))
3251 04 Jun 14 peter 62     suite.err() << "error: Codon(\"ATG\").start() returns: false\n";
2470 12 Apr 11 peter 63
2368 11 Dec 10 peter 64   return suite.return_value();
2368 11 Dec 10 peter 65 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:46 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)