test/consensus_inputranker.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
158 16 Sep 04 peter 1 // $Id$
158 16 Sep 04 peter 2
675 10 Oct 06 jari 3 /*
831 27 Mar 07 peter 4   Copyright (C) 2004, 2005 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 6   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2012 Peter Johansson
158 16 Sep 04 peter 9
1437 25 Aug 08 peter 10   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 11
675 10 Oct 06 jari 12   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 13   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 14   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 15   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 16
675 10 Oct 06 jari 17   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 18   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 19   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 20   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 21
675 10 Oct 06 jari 22   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 23   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 24 */
675 10 Oct 06 jari 25
2881 18 Nov 12 peter 26 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 27
1232 15 Mar 08 peter 28 #include "Suite.h"
1232 15 Mar 08 peter 29
675 10 Oct 06 jari 30 #include "yat/classifier/ConsensusInputRanker.h"
820 17 Mar 07 peter 31 #include "yat/statistics/AUC.h"
1121 22 Feb 08 peter 32 #include "yat/utility/Matrix.h"
675 10 Oct 06 jari 33 #include "yat/classifier/MatrixLookup.h"
675 10 Oct 06 jari 34 #include "yat/classifier/CrossValidationSampler.h"
675 10 Oct 06 jari 35 #include "yat/classifier/IRRank.h"
828 19 Mar 07 peter 36 #include "yat/statistics/VectorFunction.h"
675 10 Oct 06 jari 37
158 16 Sep 04 peter 38 #include <cstdlib>
158 16 Sep 04 peter 39 #include <fstream>
158 16 Sep 04 peter 40 #include <iostream>
158 16 Sep 04 peter 41
158 16 Sep 04 peter 42 using namespace std;
158 16 Sep 04 peter 43
1232 15 Mar 08 peter 44 int main(int argc, char* argv[])
4200 19 Aug 22 peter 45 {
1251 03 Apr 08 peter 46   using namespace theplu::yat;
1232 15 Mar 08 peter 47   theplu::yat::test::Suite suite(argc, argv);
1232 15 Mar 08 peter 48   suite.err() << "testing consensus_inputranker" << std::endl;
475 22 Dec 05 peter 49
1251 03 Apr 08 peter 50   ifstream is(test::filename("data/rank_data.txt").c_str());
1121 22 Feb 08 peter 51   theplu::yat::utility::Matrix data_tmp(is);
680 11 Oct 06 jari 52   theplu::yat::classifier::MatrixLookup data(data_tmp);
158 16 Sep 04 peter 53   is.close();
158 16 Sep 04 peter 54
1251 03 Apr 08 peter 55   is.open(test::filename("data/rank_target.txt").c_str());
680 11 Oct 06 jari 56   theplu::yat::classifier::Target target(is);
158 16 Sep 04 peter 57   is.close();
158 16 Sep 04 peter 58
4200 19 Aug 22 peter 59
820 17 Mar 07 peter 60   theplu::yat::statistics::AUC roc;
680 11 Oct 06 jari 61   theplu::yat::classifier::CrossValidationSampler sampler(target,30,3);
1232 15 Mar 08 peter 62   suite.err() << "Building Consensus_Inputranker" << std::endl;
680 11 Oct 06 jari 63   theplu::yat::classifier::IRRank retrieve;
828 19 Mar 07 peter 64   theplu::yat::statistics::Median median;
828 19 Mar 07 peter 65   theplu::yat::classifier::ConsensusInputRanker cir(retrieve,median);
828 19 Mar 07 peter 66   cir.add(sampler,data,roc);
158 16 Sep 04 peter 67
1232 15 Mar 08 peter 68   suite.err() << "test ids... ";
158 16 Sep 04 peter 69   if (cir.id(0)!=2 || cir.id(1)!=0 || cir.id(2)!=1){
1232 15 Mar 08 peter 70     suite.err() << "\nincorrect id for weighted" << endl;
1232 15 Mar 08 peter 71     suite.add(false);
158 16 Sep 04 peter 72   }
4200 19 Aug 22 peter 73   else
1232 15 Mar 08 peter 74     suite.err() << "ok." << std::endl;
828 19 Mar 07 peter 75
1232 15 Mar 08 peter 76   suite.err() << "test ranks... ";
158 16 Sep 04 peter 77   if (cir.rank(0)!=1 || cir.rank(1)!=2 || cir.rank(2)!=0){
1232 15 Mar 08 peter 78     suite.err() << "\nincorrect rank for weighted" << endl;
1232 15 Mar 08 peter 79     suite.add(false);
158 16 Sep 04 peter 80   }
4200 19 Aug 22 peter 81   else
1232 15 Mar 08 peter 82     suite.err() << "ok." << std::endl;
158 16 Sep 04 peter 83
1121 22 Feb 08 peter 84   theplu::yat::utility::Matrix flag(data.rows(),data.columns(),1);
615 31 Aug 06 peter 85   // Peter, fix weighted version instead
828 19 Mar 07 peter 86   theplu::yat::classifier::ConsensusInputRanker cir2(retrieve,median);
828 19 Mar 07 peter 87   cir2.add(sampler,data,roc);
161 21 Sep 04 peter 88
1232 15 Mar 08 peter 89   suite.err() << "test ids... ";
161 21 Sep 04 peter 90   if (cir2.id(0)!=2 || cir2.id(1)!=0 || cir2.id(2)!=1){
1232 15 Mar 08 peter 91     suite.err() << "\nincorrect id for weighted" << endl;
1232 15 Mar 08 peter 92     suite.add(false);
161 21 Sep 04 peter 93   }
4200 19 Aug 22 peter 94   else
1232 15 Mar 08 peter 95     suite.err() << "ok." << std::endl;
4200 19 Aug 22 peter 96
1232 15 Mar 08 peter 97   suite.err() << "test ranks... ";
161 21 Sep 04 peter 98   if (cir2.rank(0)!=1 || cir2.rank(1)!=2 || cir2.rank(2)!=0){
1232 15 Mar 08 peter 99     suite.err() << "\nincorrect rank for weighted" << endl;
1232 15 Mar 08 peter 100     suite.add(false);
161 21 Sep 04 peter 101   }
4200 19 Aug 22 peter 102   else
1232 15 Mar 08 peter 103     suite.err() << "ok." << std::endl;
680 11 Oct 06 jari 104
1232 15 Mar 08 peter 105   return suite.return_value();
158 16 Sep 04 peter 106 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:48 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)