test/dna.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2343 17 Oct 10 peter 1 // $Id$
2343 17 Oct 10 peter 2
2343 17 Oct 10 peter 3 /*
2787 23 Jul 12 peter 4   Copyright (C) 2010, 2012 Peter Johansson
2343 17 Oct 10 peter 5
2343 17 Oct 10 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
2343 17 Oct 10 peter 7
2343 17 Oct 10 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
2343 17 Oct 10 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
2343 17 Oct 10 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
2343 17 Oct 10 peter 11   License, or (at your option) any later version.
2343 17 Oct 10 peter 12
2343 17 Oct 10 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
2343 17 Oct 10 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2343 17 Oct 10 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
2343 17 Oct 10 peter 16   General Public License for more details.
2343 17 Oct 10 peter 17
2343 17 Oct 10 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
2343 17 Oct 10 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2343 17 Oct 10 peter 20 */
2343 17 Oct 10 peter 21
2881 18 Nov 12 peter 22 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 23
2343 17 Oct 10 peter 24 #include "Suite.h"
2343 17 Oct 10 peter 25
2343 17 Oct 10 peter 26 #include "yat/omic/DNA.h"
2343 17 Oct 10 peter 27 using namespace theplu::yat;
2343 17 Oct 10 peter 28 using omic::DNA;
2343 17 Oct 10 peter 29
2343 17 Oct 10 peter 30 void default_constructor(test::Suite&);
2343 17 Oct 10 peter 31 void copy_constructor(test::Suite&);
2343 17 Oct 10 peter 32 void char_constructor(test::Suite&);
2343 17 Oct 10 peter 33 void complement(test::Suite&);
2343 17 Oct 10 peter 34 void get(test::Suite&);
2343 17 Oct 10 peter 35 void test_operator(test::Suite&);
2343 17 Oct 10 peter 36 void expand(test::Suite&);
2343 17 Oct 10 peter 37
2343 17 Oct 10 peter 38 int main(int argc, char* argv[])
2343 17 Oct 10 peter 39 {
2343 17 Oct 10 peter 40   test::Suite suite(argc, argv);
2343 17 Oct 10 peter 41
2343 17 Oct 10 peter 42   default_constructor(suite);
2343 17 Oct 10 peter 43   copy_constructor(suite);
2343 17 Oct 10 peter 44   char_constructor(suite);
2343 17 Oct 10 peter 45   complement(suite);
2343 17 Oct 10 peter 46   get(suite);
2343 17 Oct 10 peter 47   test_operator(suite);
2343 17 Oct 10 peter 48   expand(suite);
2343 17 Oct 10 peter 49
2343 17 Oct 10 peter 50   return suite.return_value();
2343 17 Oct 10 peter 51 }
2343 17 Oct 10 peter 52
2343 17 Oct 10 peter 53 void default_constructor(test::Suite& suite)
2343 17 Oct 10 peter 54 {
2343 17 Oct 10 peter 55   DNA a1;
2343 17 Oct 10 peter 56   DNA a2(' ');
2343 17 Oct 10 peter 57   if (!suite.add(a1==a2))
2343 17 Oct 10 peter 58     suite.out() << "default constructor failed.\n";
2343 17 Oct 10 peter 59 }
2343 17 Oct 10 peter 60
2343 17 Oct 10 peter 61 void copy_constructor(test::Suite& suite)
2343 17 Oct 10 peter 62 {
2343 17 Oct 10 peter 63   DNA a1;
2343 17 Oct 10 peter 64   DNA a2(a1);
2343 17 Oct 10 peter 65   if (!suite.add(a1==a2))
2343 17 Oct 10 peter 66     suite.out() << "copy constructor failed.\n";
2343 17 Oct 10 peter 67
2343 17 Oct 10 peter 68 }
2343 17 Oct 10 peter 69
2343 17 Oct 10 peter 70 void char_constructor(test::Suite& suite)
2343 17 Oct 10 peter 71 {
2343 17 Oct 10 peter 72   std::string str("ACGTMRWSYKBDHVN ");
2343 17 Oct 10 peter 73   for (size_t i=0; i<str.size(); ++i) {
2343 17 Oct 10 peter 74     DNA a(str[i]);
2343 17 Oct 10 peter 75     a = a;
2343 17 Oct 10 peter 76   }
2343 17 Oct 10 peter 77
2343 17 Oct 10 peter 78   suite.out() << "check invalid constructor argument...";
2343 17 Oct 10 peter 79   try {
2343 17 Oct 10 peter 80     DNA a('X');
2343 17 Oct 10 peter 81     suite.out() << "failed\n";
2343 17 Oct 10 peter 82     suite.add(false);
2343 17 Oct 10 peter 83   }
2343 17 Oct 10 peter 84   catch (std::invalid_argument& e) {
2343 17 Oct 10 peter 85     suite.out() << "ok\n";
2343 17 Oct 10 peter 86     suite.out() << "expected exception with what(): " << e.what() << "\n";
2343 17 Oct 10 peter 87   }
2343 17 Oct 10 peter 88 }
2343 17 Oct 10 peter 89
2343 17 Oct 10 peter 90 void complement(test::Suite& suite)
2343 17 Oct 10 peter 91 {
2742 08 Jun 12 peter 92   suite.add(DNA(' ').complement()==DNA(' '));
2742 08 Jun 12 peter 93
2343 17 Oct 10 peter 94   suite.add(DNA('A').complement()==DNA('T'));
2742 08 Jun 12 peter 95   suite.add(DNA('C').complement()==DNA('G'));
2343 17 Oct 10 peter 96   suite.add(DNA('G').complement()==DNA('C'));
2742 08 Jun 12 peter 97   suite.add(DNA('T').complement()==DNA('A'));
2742 08 Jun 12 peter 98
2742 08 Jun 12 peter 99   suite.add(DNA('M').complement()==DNA('K'));
2742 08 Jun 12 peter 100   suite.add(DNA('K').complement()==DNA('M'));
2343 17 Oct 10 peter 101   suite.add(DNA('R').complement()==DNA('Y'));
2742 08 Jun 12 peter 102   suite.add(DNA('Y').complement()==DNA('R'));
2742 08 Jun 12 peter 103   suite.add(DNA('S').complement()==DNA('S'));
2742 08 Jun 12 peter 104   suite.add(DNA('W').complement()==DNA('W'));
2742 08 Jun 12 peter 105
2742 08 Jun 12 peter 106   suite.add(DNA('V').complement()==DNA('B'));
2742 08 Jun 12 peter 107   suite.add(DNA('H').complement()==DNA('D'));
2742 08 Jun 12 peter 108   suite.add(DNA('D').complement()==DNA('H'));
2742 08 Jun 12 peter 109   suite.add(DNA('B').complement()==DNA('V'));
2742 08 Jun 12 peter 110
2742 08 Jun 12 peter 111   suite.add(DNA('N').complement()==DNA('N'));
2343 17 Oct 10 peter 112 }
2343 17 Oct 10 peter 113
2343 17 Oct 10 peter 114 void get(test::Suite& suite)
2343 17 Oct 10 peter 115 {
2343 17 Oct 10 peter 116   char c;
2343 17 Oct 10 peter 117   c = DNA('A').get();
2343 17 Oct 10 peter 118   suite.add(c=='A');
2343 17 Oct 10 peter 119 }
2343 17 Oct 10 peter 120
2343 17 Oct 10 peter 121 void test_operator(test::Suite& suite)
2343 17 Oct 10 peter 122 {
2343 17 Oct 10 peter 123   DNA dna('N');
2343 17 Oct 10 peter 124   dna &= DNA('R');
2343 17 Oct 10 peter 125   suite.add(dna==DNA('R'));
2343 17 Oct 10 peter 126   dna &= DNA('M');
2343 17 Oct 10 peter 127   suite.add(dna==DNA('A'));
2343 17 Oct 10 peter 128
2343 17 Oct 10 peter 129   dna = DNA('R') & DNA('M');
2343 17 Oct 10 peter 130   suite.add(dna==DNA('A'));
2343 17 Oct 10 peter 131
2343 17 Oct 10 peter 132   dna = DNA('A');
2343 17 Oct 10 peter 133   dna |= DNA('C');
2343 17 Oct 10 peter 134   suite.add(dna==DNA('M'));
2343 17 Oct 10 peter 135
2343 17 Oct 10 peter 136   dna = DNA('A') | DNA('C');
2343 17 Oct 10 peter 137   suite.add(dna==DNA('M'));
2343 17 Oct 10 peter 138
2343 17 Oct 10 peter 139   dna ^= DNA('A');
2343 17 Oct 10 peter 140   suite.add(dna==DNA('C'));
2343 17 Oct 10 peter 141
2343 17 Oct 10 peter 142   dna = DNA('A') ^ DNA('M');
2343 17 Oct 10 peter 143   suite.add(dna==DNA('C'));
2343 17 Oct 10 peter 144
2343 17 Oct 10 peter 145   suite.out() << "testing output operator: " << DNA('N') << "\n";
2343 17 Oct 10 peter 146 }
2343 17 Oct 10 peter 147
2343 17 Oct 10 peter 148 void expand(test::Suite& suite)
2343 17 Oct 10 peter 149 {
2343 17 Oct 10 peter 150   DNA dna('M');
2343 17 Oct 10 peter 151   std::string str = expand(dna);
2343 17 Oct 10 peter 152   suite.add(str=="AC" || str=="CA");
2343 17 Oct 10 peter 153 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:52 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)