test/fasta.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3475 08 Mar 16 peter 1 // $Id$
3475 08 Mar 16 peter 2 //
3999 08 Oct 20 peter 3 // Copyright (C) 2016, 2017, 2020 Peter Johansson
3475 08 Mar 16 peter 4 //
3475 08 Mar 16 peter 5 // This program is free software; you can redistribute it and/or modify
3475 08 Mar 16 peter 6 // it under the terms of the GNU General Public License as published by
3475 08 Mar 16 peter 7 // the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
3475 08 Mar 16 peter 8 // (at your option) any later version.
3475 08 Mar 16 peter 9 //
3475 08 Mar 16 peter 10 // This program is distributed in the hope that it will be useful, but
3475 08 Mar 16 peter 11 // WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3475 08 Mar 16 peter 12 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
3475 08 Mar 16 peter 13 // General Public License for more details.
3475 08 Mar 16 peter 14 //
3475 08 Mar 16 peter 15 // You should have received a copy of the GNU General Public License
3475 08 Mar 16 peter 16 // along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3475 08 Mar 16 peter 17
3475 08 Mar 16 peter 18 #include <config.h>
3475 08 Mar 16 peter 19
3475 08 Mar 16 peter 20 #include "Suite.h"
3475 08 Mar 16 peter 21
3883 24 Mar 20 peter 22 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3475 08 Mar 16 peter 23 #include "yat/omic/Fasta.h"
3475 08 Mar 16 peter 24 #endif
3475 08 Mar 16 peter 25
3475 08 Mar 16 peter 26 #include <algorithm>
3475 08 Mar 16 peter 27 #include <string>
3475 08 Mar 16 peter 28
3475 08 Mar 16 peter 29 using namespace theplu::yat;
3475 08 Mar 16 peter 30
3475 08 Mar 16 peter 31 void test1(test::Suite& suite);
3475 08 Mar 16 peter 32
3475 08 Mar 16 peter 33 int main(int argc, char* argv[])
3475 08 Mar 16 peter 34 {
3475 08 Mar 16 peter 35   test::Suite suite(argc, argv, true);
3883 24 Mar 20 peter 36 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3475 08 Mar 16 peter 37   test1(suite);
3475 08 Mar 16 peter 38 #endif
3475 08 Mar 16 peter 39   return suite.return_value();
3475 08 Mar 16 peter 40 }
3475 08 Mar 16 peter 41
3883 24 Mar 20 peter 42 #ifdef YAT_HAVE_HTSLIB
3475 08 Mar 16 peter 43 using namespace omic;
3475 08 Mar 16 peter 44
3475 08 Mar 16 peter 45 void test1(test::Suite& suite)
3475 08 Mar 16 peter 46 {
3497 25 May 16 peter 47   // 'samtools fasta' is required to generate input fasta file
3497 25 May 16 peter 48 #ifndef HAVE_SAMTOOLS_FASTA_EXECUTABLE
3579 16 Jan 17 peter 49   suite.out() << "no samtools with 'samtools fasta' support found\n";
3497 25 May 16 peter 50   exit (EXIT_SKIP);
3497 25 May 16 peter 51 #endif
3475 08 Mar 16 peter 52   Fasta fasta("../../data/foo.fasta");
3475 08 Mar 16 peter 53   if (fasta.present("nonsense")) {
3475 08 Mar 16 peter 54     suite.err() << "error: Fasta::present nonsense\n";
3475 08 Mar 16 peter 55     suite.add(false);
3475 08 Mar 16 peter 56   }
3475 08 Mar 16 peter 57   std::string chr = "544:991-46/1";
3475 08 Mar 16 peter 58   if (!fasta.present(chr)) {
3475 08 Mar 16 peter 59     suite.add(false);
3475 08 Mar 16 peter 60     suite.err() << "error: " << chr << " not present\n";
3475 08 Mar 16 peter 61   }
3475 08 Mar 16 peter 62   if (fasta.name(0) != chr) {
3475 08 Mar 16 peter 63     suite.add(false);
3475 08 Mar 16 peter 64     suite.err() << "error: name(0)!=" << chr << ": " << fasta.name(0) << "\n";
3475 08 Mar 16 peter 65   }
3475 08 Mar 16 peter 66   if (!suite.add(fasta.nseq() == 800))
3475 08 Mar 16 peter 67     suite.err() << "error: nseq: " << fasta.nseq() << "\n";
3475 08 Mar 16 peter 68   if (!suite.add(fasta.sequence_length(chr) == 100))
3475 08 Mar 16 peter 69     suite.err() << "error: sequence_length: " << fasta.sequence_length(0)
3475 08 Mar 16 peter 70                 << "\n";
3475 08 Mar 16 peter 71
3475 08 Mar 16 peter 72   Fasta::Sequence s = fasta.sequence(chr);
3475 08 Mar 16 peter 73   if (s.size() != fasta.sequence_length(chr))
3475 08 Mar 16 peter 74     suite.err() << "error: Sequence::size " << s.size() << "\n";
3475 08 Mar 16 peter 75
3475 08 Mar 16 peter 76   int offset = 50;
3475 08 Mar 16 peter 77   int len = 25;
3475 08 Mar 16 peter 78   Fasta::Sequence s2 = fasta.sequence(chr, offset, offset+len);
3475 08 Mar 16 peter 79   if (s.size() != len)
3475 08 Mar 16 peter 80     suite.err() << "error: Sequence::size " << s2.size() << "\n";
3475 08 Mar 16 peter 81
3475 08 Mar 16 peter 82   if (!std::equal(s2.begin(), s2.end(), s.begin()+offset)) {
3475 08 Mar 16 peter 83     suite.add(false);
3475 08 Mar 16 peter 84     suite.err() << std::string(s2.begin(), s2.end()) << "\n";
3475 08 Mar 16 peter 85     suite.err() << std::string(s.begin()+offset, s.begin()+offset+len) << "\n";
3475 08 Mar 16 peter 86   }
3475 08 Mar 16 peter 87
3475 08 Mar 16 peter 88   Fasta::Sequence rc = reverse_complement(s);
3475 08 Mar 16 peter 89   if (rc.size() != len)
3475 08 Mar 16 peter 90     suite.err() << "error: Sequence::size " << rc.size() << " in rc\n";
3883 24 Mar 20 peter 91
3475 08 Mar 16 peter 92 }
3475 08 Mar 16 peter 93 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:20:54 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)