test/feature_selection.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
605 29 Aug 06 peter 1 // $Id$
605 29 Aug 06 peter 2
675 10 Oct 06 jari 3 /*
2119 12 Dec 09 peter 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 5   Copyright (C) 2007 Peter Johansson, Markus Ringnér
2119 12 Dec 09 peter 6   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2009, 2012 Peter Johansson
605 29 Aug 06 peter 8
1437 25 Aug 08 peter 9   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 10
675 10 Oct 06 jari 11   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 12   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 13   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 14   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 15
675 10 Oct 06 jari 16   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 19   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 20
675 10 Oct 06 jari 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 22   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 23 */
675 10 Oct 06 jari 24
2881 18 Nov 12 peter 25 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 26
1237 15 Mar 08 peter 27 #include "Suite.h"
1237 15 Mar 08 peter 28
864 10 Sep 07 markus 29 #include "yat/classifier/DataLookupWeighted1D.h"
675 10 Oct 06 jari 30 #include "yat/classifier/FeatureSelectorIR.h"
675 10 Oct 06 jari 31 #include "yat/classifier/FeatureSelectorRandom.h"
862 10 Sep 07 markus 32 #include "yat/classifier/MatrixLookupWeighted.h"
862 10 Sep 07 markus 33 #include "yat/classifier/Target.h"
864 10 Sep 07 markus 34 #include "yat/statistics/SNRScore.h"
675 10 Oct 06 jari 35
1121 22 Feb 08 peter 36 #include "yat/utility/Matrix.h"
1584 15 Oct 08 peter 37 #include "yat/utility/MatrixWeighted.h"
862 10 Sep 07 markus 38
862 10 Sep 07 markus 39 #include <algorithm>
862 10 Sep 07 markus 40 #include <cmath>
605 29 Aug 06 peter 41 #include <fstream>
862 10 Sep 07 markus 42 #include <iterator>
605 29 Aug 06 peter 43 #include <iostream>
605 29 Aug 06 peter 44 #include <string>
605 29 Aug 06 peter 45
680 11 Oct 06 jari 46 using namespace theplu::yat;
605 29 Aug 06 peter 47
1237 15 Mar 08 peter 48 int main(int argc, char* argv[])
4200 19 Aug 22 peter 49 {
1237 15 Mar 08 peter 50   test::Suite suite(argc, argv);
1237 15 Mar 08 peter 51   suite.err() << "testing feature_selection" << std::endl;
605 29 Aug 06 peter 52
864 10 Sep 07 markus 53   statistics::SNRScore snr;
864 10 Sep 07 markus 54   classifier::FeatureSelectorIR f(snr, 12);
642 07 Sep 06 peter 55   classifier::FeatureSelectorRandom f2(12);
605 29 Aug 06 peter 56
1237 15 Mar 08 peter 57   suite.err() << "Reading in Sorlie data to identify top gene ..." << std::endl;
1251 03 Apr 08 peter 58   std::ifstream is(test::filename("data/sorlie_centroid_data.txt").c_str());
1121 22 Feb 08 peter 59   utility::Matrix data(is,'\t');
862 10 Sep 07 markus 60   is.close();
862 10 Sep 07 markus 61
1251 03 Apr 08 peter 62   is.open(test::filename("data/sorlie_centroid_classes.txt").c_str());
862 10 Sep 07 markus 63   classifier::Target targets(is);
862 10 Sep 07 markus 64   is.close();
862 10 Sep 07 markus 65
1237 15 Mar 08 peter 66   suite.err() << "... done" << std::endl;
862 10 Sep 07 markus 67
1584 15 Oct 08 peter 68   // Generate matrix with weight 0 for missing values and 1 for others.
1584 15 Oct 08 peter 69   utility::MatrixWeighted xw(data);
1584 15 Oct 08 peter 70   classifier::MatrixLookupWeighted dataviewweighted(xw);
4200 19 Aug 22 peter 71
862 10 Sep 07 markus 72   f2.update(dataviewweighted,targets);
1237 15 Mar 08 peter 73   suite.err() << "\nRandomly ordered features (top 12):\n";
1134 23 Feb 08 peter 74   std::vector<size_t> features=f2.features().vector();
862 10 Sep 07 markus 75   std::copy(features.begin(),features.end(),
4200 19 Aug 22 peter 76             std::ostream_iterator<size_t>(suite.err()," "));
1237 15 Mar 08 peter 77   suite.err() << std::endl;
862 10 Sep 07 markus 78
862 10 Sep 07 markus 79   f.update(dataviewweighted,targets);
1237 15 Mar 08 peter 80   suite.err() << "\nSNR ordered ordered features (top 12):\n";
1134 23 Feb 08 peter 81   features=f.features().vector();
862 10 Sep 07 markus 82   std::copy(features.begin(),features.end(),
4200 19 Aug 22 peter 83             std::ostream_iterator<size_t>(suite.err()," "));
1237 15 Mar 08 peter 84   suite.err() << std::endl;
862 10 Sep 07 markus 85
864 10 Sep 07 markus 86   size_t best_feature=features[0];
864 10 Sep 07 markus 87   if(best_feature!=69) {
1237 15 Mar 08 peter 88     suite.err() << "\nERROR: Incorrect best feature found!\n" << std::endl;
1237 15 Mar 08 peter 89     suite.add(false);
864 10 Sep 07 markus 90   }
862 10 Sep 07 markus 91
864 10 Sep 07 markus 92   classifier::DataLookupWeighted1D row(dataviewweighted,best_feature,true);
1704 08 Jan 09 peter 93   if(!suite.equal_fix(snr.score(targets, row), 1.47804, 0.00001) ) {
1237 15 Mar 08 peter 94     suite.err() << "\nERROR: Best score not what expected!\n" << std::endl;
1237 15 Mar 08 peter 95     suite.add(false);
864 10 Sep 07 markus 96   }
4200 19 Aug 22 peter 97
4200 19 Aug 22 peter 98   // Re-rank the best features
864 10 Sep 07 markus 99    classifier::MatrixLookupWeighted ranked=f.get(dataviewweighted);
864 10 Sep 07 markus 100   f.update(ranked,targets);
1134 23 Feb 08 peter 101   features=f.features().vector();
864 10 Sep 07 markus 102   for(size_t i=0;i<features.size();i++) {
864 10 Sep 07 markus 103     if(features[i]!=i) {
1237 15 Mar 08 peter 104       suite.add(false);
1237 15 Mar 08 peter 105       suite.err() << "ERROR: Problem with top-ranked feature" << std::endl;
864 10 Sep 07 markus 106     }
864 10 Sep 07 markus 107   }
864 10 Sep 07 markus 108
1237 15 Mar 08 peter 109   return suite.return_value();
605 29 Aug 06 peter 110 }

Generated on Sat Oct 14 02:20:54 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)