test/kaplan_meier.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4255 16 Dec 22 peter 1 // $Id$
4255 16 Dec 22 peter 2
4255 16 Dec 22 peter 3 /*
4255 16 Dec 22 peter 4   Copyright (C) 2022 Peter Johansson
4255 16 Dec 22 peter 5
4255 16 Dec 22 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4255 16 Dec 22 peter 7
4255 16 Dec 22 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4255 16 Dec 22 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4255 16 Dec 22 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4255 16 Dec 22 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4255 16 Dec 22 peter 12
4255 16 Dec 22 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4255 16 Dec 22 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4255 16 Dec 22 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4255 16 Dec 22 peter 16   General Public License for more details.
4255 16 Dec 22 peter 17
4255 16 Dec 22 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4255 16 Dec 22 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4255 16 Dec 22 peter 20 */
4255 16 Dec 22 peter 21
4255 16 Dec 22 peter 22 #include <config.h>
4255 16 Dec 22 peter 23
4255 16 Dec 22 peter 24 #include "Suite.h"
4255 16 Dec 22 peter 25
4255 16 Dec 22 peter 26 #include <yat/statistics/KaplanMeier.h>
4255 16 Dec 22 peter 27
4255 16 Dec 22 peter 28 #include <cassert>
4255 16 Dec 22 peter 29
4255 16 Dec 22 peter 30 using namespace theplu;
4255 16 Dec 22 peter 31 using namespace yat;
4255 16 Dec 22 peter 32 using statistics::KaplanMeier;
4255 16 Dec 22 peter 33
4255 16 Dec 22 peter 34 void test1(yat::test::Suite& suite);
4255 16 Dec 22 peter 35
4255 16 Dec 22 peter 36 int main(int argc, char* argv[])
4255 16 Dec 22 peter 37 {
4255 16 Dec 22 peter 38   yat::test::Suite suite(argc, argv);
4255 16 Dec 22 peter 39   try {
4255 16 Dec 22 peter 40     test1(suite);
4255 16 Dec 22 peter 41   }
4255 16 Dec 22 peter 42   catch (std::runtime_error& e) {
4255 16 Dec 22 peter 43     suite.err() << "error: " << e.what() << "\n";
4255 16 Dec 22 peter 44     return EXIT_FAILURE;
4255 16 Dec 22 peter 45   }
4255 16 Dec 22 peter 46   return suite.return_value();
4255 16 Dec 22 peter 47 }
4255 16 Dec 22 peter 48
4255 16 Dec 22 peter 49
4255 16 Dec 22 peter 50 bool equal(int y, int x, yat::test::Suite& suite)
4255 16 Dec 22 peter 51 {
4255 16 Dec 22 peter 52   if (x == y)
4255 16 Dec 22 peter 53     return true;
4255 16 Dec 22 peter 54
4255 16 Dec 22 peter 55   suite.add(false);
4255 16 Dec 22 peter 56   suite.err() << x << " not equal " << y << "\n";
4255 16 Dec 22 peter 57   return false;
4255 16 Dec 22 peter 58 }
4255 16 Dec 22 peter 59
4255 16 Dec 22 peter 60
4255 16 Dec 22 peter 61 void test_result(yat::test::Suite& suite,
4255 16 Dec 22 peter 62                  const std::pair<const double, KaplanMeier::TimePoint>& x,
4255 16 Dec 22 peter 63                  double time, int event, int censored, int at_risk, double s)
4255 16 Dec 22 peter 64 {
4255 16 Dec 22 peter 65   const KaplanMeier::TimePoint& tp = x.second;
4255 16 Dec 22 peter 66   if (!suite.add(suite.equal(x.first, time)))
4255 16 Dec 22 peter 67     suite.err() << "error: time incorrect\n";
4255 16 Dec 22 peter 68
4255 16 Dec 22 peter 69   if (!equal(tp.event(), event, suite))
4255 16 Dec 22 peter 70     suite.err() << "error: event incorrect\n";
4255 16 Dec 22 peter 71
4255 16 Dec 22 peter 72   if (!equal(tp.censored(), censored, suite))
4255 16 Dec 22 peter 73     suite.err() << "error: censored incorrect\n";
4255 16 Dec 22 peter 74
4255 16 Dec 22 peter 75   if (!equal(tp.at_risk(), at_risk, suite))
4255 16 Dec 22 peter 76     suite.err() << "error: at_risk incorrect\n";
4255 16 Dec 22 peter 77
4255 16 Dec 22 peter 78   if (!suite.add(suite.equal_fix(tp.survival_proportion(), s, 5*1e-6)))
4255 16 Dec 22 peter 79     suite.err() << "error: survival proportions incorrect\n";
4255 16 Dec 22 peter 80 }
4255 16 Dec 22 peter 81
4255 16 Dec 22 peter 82
4255 16 Dec 22 peter 83
4255 16 Dec 22 peter 84 void test1(yat::test::Suite& suite)
4255 16 Dec 22 peter 85 {
4255 16 Dec 22 peter 86   statistics::KaplanMeier km;
4255 16 Dec 22 peter 87   std::vector<double> time =
4255 16 Dec 22 peter 88     { 610, 1015, 1155, 92, 780, 1143, 944, 901, 961, 725, 406, 668, 668, 259,
4255 16 Dec 22 peter 89       282, 791, 720, 645, 513, 552, 617, 609};
4255 16 Dec 22 peter 90   std::vector<char> event =
4255 16 Dec 22 peter 91     { 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0};
4255 16 Dec 22 peter 92   assert(time.size() == event.size());
4255 16 Dec 22 peter 93   for (size_t i=0; i<time.size(); ++i)
4255 16 Dec 22 peter 94     km.add(time[i], event[i]);
4255 16 Dec 22 peter 95
4255 16 Dec 22 peter 96   auto it = km.begin();
4255 16 Dec 22 peter 97   if (!equal(it->second.at_risk(), 22, suite))
4255 16 Dec 22 peter 98     suite.err() << "error: at_risk incorrect\n";
4255 16 Dec 22 peter 99
4255 16 Dec 22 peter 100   it = km.find(259.0);
4255 16 Dec 22 peter 101   assert(it!=km.end());
4255 16 Dec 22 peter 102   test_result(suite, *it, 259, 1, 0, 21, 0.90909);
4255 16 Dec 22 peter 103
4255 16 Dec 22 peter 104   it = km.find(668.0);
4255 16 Dec 22 peter 105   assert(it!=km.end());
4255 16 Dec 22 peter 106   test_result(suite, *it, 668, 2, 0, 12, 0.67549);
4255 16 Dec 22 peter 107
4255 16 Dec 22 peter 108   it = km.find(720.0);
4255 16 Dec 22 peter 109   assert(it!=km.end());
4255 16 Dec 22 peter 110   test_result(suite, *it, 720, 0, 1, 10, 0.67549);
4255 16 Dec 22 peter 111
4255 16 Dec 22 peter 112   ++it;
4255 16 Dec 22 peter 113   assert(it!=km.end());
4255 16 Dec 22 peter 114   test_result(suite, *it, 725, 1, 0, 9, 0.60043);
4255 16 Dec 22 peter 115
4255 16 Dec 22 peter 116   ++it;
4255 16 Dec 22 peter 117   assert(it!=km.end());
4255 16 Dec 22 peter 118   test_result(suite, *it, 780, 1, 0, 8, 0.52538);
4255 16 Dec 22 peter 119
4255 16 Dec 22 peter 120   ++it;
4255 16 Dec 22 peter 121   assert(it!=km.end());
4255 16 Dec 22 peter 122   test_result(suite, *it, 791, 0, 1, 7, 0.52538);
4255 16 Dec 22 peter 123 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)