test/mAligner.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4340 16 Apr 23 peter 1 // $Id$
4340 16 Apr 23 peter 2
4340 16 Apr 23 peter 3 /*
4340 16 Apr 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4340 16 Apr 23 peter 5
4340 16 Apr 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4340 16 Apr 23 peter 7
4340 16 Apr 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4340 16 Apr 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4340 16 Apr 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4340 16 Apr 23 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4340 16 Apr 23 peter 12
4340 16 Apr 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4340 16 Apr 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4340 16 Apr 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4340 16 Apr 23 peter 16   General Public License for more details.
4340 16 Apr 23 peter 17
4340 16 Apr 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4340 16 Apr 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4340 16 Apr 23 peter 20 */
4340 16 Apr 23 peter 21
4340 16 Apr 23 peter 22 #include <config.h>
4340 16 Apr 23 peter 23
4340 16 Apr 23 peter 24 #include "Suite.h"
4340 16 Apr 23 peter 25
4340 16 Apr 23 peter 26 #include <yat/utility/mNeedlemanWunsch.h>
4340 16 Apr 23 peter 27 #include <yat/utility/mSemiLocalAligner.h>
4340 16 Apr 23 peter 28 #include <yat/utility/mSmithWaterman.h>
4340 16 Apr 23 peter 29
4340 16 Apr 23 peter 30 #include <yat/utility/version.h>
4340 16 Apr 23 peter 31
4340 16 Apr 23 peter 32 using namespace theplu::yat;
4340 16 Apr 23 peter 33 using utility::mAligner;
4340 16 Apr 23 peter 34 using utility::mNeedlemanWunsch;
4340 16 Apr 23 peter 35 using utility::mSmithWaterman;
4340 16 Apr 23 peter 36 using utility::mSemiLocalAligner;
4340 16 Apr 23 peter 37
4340 16 Apr 23 peter 38 template<class ALIGNER>
4340 16 Apr 23 peter 39 void check_aligner(ALIGNER& aligner,
4340 16 Apr 23 peter 40                    const std::string& ref, const std::string& query,
4340 16 Apr 23 peter 41                    double score, const std::string& cig,
4340 16 Apr 23 peter 42                    const std::string& cig2,
4340 16 Apr 23 peter 43                    test::Suite& suite)
4340 16 Apr 23 peter 44 {
4340 16 Apr 23 peter 45   theplu::yat::utility::Aligner::Cigar cigar(cig);
4340 16 Apr 23 peter 46   theplu::yat::utility::Aligner::Cigar cigar2(cig2);
4340 16 Apr 23 peter 47   try {
4340 16 Apr 23 peter 48     aligner(ref.begin(), ref.end(), query.begin(), query.end(),
4353 23 Aug 23 peter 49             utility::mAlignerBase::MatchKernel(4));
4340 16 Apr 23 peter 50     if (aligner.score() != score) {
4340 16 Apr 23 peter 51       suite.out() << "score: " << aligner.score() << "\n";
4340 16 Apr 23 peter 52       suite.err() << "error: incorrect score; expected: " << score << "\n";
4340 16 Apr 23 peter 53       suite.add(false);
4340 16 Apr 23 peter 54     }
4340 16 Apr 23 peter 55     if (aligner.cigar() != cigar) {
4340 16 Apr 23 peter 56       suite.out() << "cigar: " << aligner.cigar() << "\n";
4340 16 Apr 23 peter 57       suite.err() << "error: incorrect cigar; expected: " << cigar << "\n";
4340 16 Apr 23 peter 58       suite.add(false);
4340 16 Apr 23 peter 59     }
4340 16 Apr 23 peter 60     if (aligner.cigar2() != cigar2) {
4340 16 Apr 23 peter 61       suite.out() << "cigar2: " << aligner.cigar2() << "\n";
4340 16 Apr 23 peter 62       suite.err() << "error: incorrect cigar2; expected: " << cigar2 << "\n";
4340 16 Apr 23 peter 63       suite.add(false);
4340 16 Apr 23 peter 64     }
4340 16 Apr 23 peter 65   }
4340 16 Apr 23 peter 66   catch (std::exception& e) {
4340 16 Apr 23 peter 67     suite.err() << "what(): " << e.what() << "\n";
4340 16 Apr 23 peter 68     suite.add(false);
4340 16 Apr 23 peter 69   }
4340 16 Apr 23 peter 70 }
4340 16 Apr 23 peter 71
4340 16 Apr 23 peter 72
4340 16 Apr 23 peter 73 void check_nw(const std::string& ref, const std::string& query,
4340 16 Apr 23 peter 74               double score, const std::string& cigar,
4340 16 Apr 23 peter 75               const std::string& cigar2, test::Suite& suite)
4340 16 Apr 23 peter 76 {
4340 16 Apr 23 peter 77   suite.out() << "check NeedlemanWunsch\n";
4340 16 Apr 23 peter 78   mNeedlemanWunsch aligner(1, 6);
4340 16 Apr 23 peter 79   check_aligner(aligner, ref, query, score, cigar, cigar2, suite);
4340 16 Apr 23 peter 80 }
4340 16 Apr 23 peter 81
4340 16 Apr 23 peter 82
4340 16 Apr 23 peter 83 void check_sla(const std::string& ref, const std::string& query,
4340 16 Apr 23 peter 84                double score, const std::string& cigar,
4340 16 Apr 23 peter 85                const std::string& cigar2, test::Suite& suite)
4340 16 Apr 23 peter 86 {
4340 16 Apr 23 peter 87   suite.out() << "check SemiLocalAligner\n";
4340 16 Apr 23 peter 88   mSemiLocalAligner aligner(1, 6);
4340 16 Apr 23 peter 89   check_aligner(aligner, ref, query, score, cigar, cigar2, suite);
4340 16 Apr 23 peter 90 }
4340 16 Apr 23 peter 91
4340 16 Apr 23 peter 92
4340 16 Apr 23 peter 93 void check_sw(const std::string& ref, const std::string& query,
4340 16 Apr 23 peter 94               double score, const std::string& cigar,const std::string& cigar2,
4340 16 Apr 23 peter 95               test::Suite& suite)
4340 16 Apr 23 peter 96 {
4340 16 Apr 23 peter 97   suite.out() << "check SmithWaterman\n";
4340 16 Apr 23 peter 98   mSmithWaterman aligner(1, 6);
4340 16 Apr 23 peter 99   check_aligner(aligner, ref, query, score, cigar, cigar2, suite);
4340 16 Apr 23 peter 100 }
4340 16 Apr 23 peter 101
4340 16 Apr 23 peter 102
4340 16 Apr 23 peter 103 void check(test::Suite& suite,
4340 16 Apr 23 peter 104            const std::string& ref, const std::string& query,
4340 16 Apr 23 peter 105            double nw_score, const std::string& nw_cigar,
4340 16 Apr 23 peter 106            const std::string& nw_cigar2,
4340 16 Apr 23 peter 107            double sla_score, const std::string& sla_cigar,
4340 16 Apr 23 peter 108            const std::string& sla_cigar2,
4340 16 Apr 23 peter 109            double sw_score, const std::string& sw_cigar,
4340 16 Apr 23 peter 110            const std::string& sw_cigar2)
4340 16 Apr 23 peter 111 {
4340 16 Apr 23 peter 112   suite.out() << "\nref:   " << ref << "\n"
4340 16 Apr 23 peter 113             << "query: " << query << "\n";
4340 16 Apr 23 peter 114   check_nw(ref, query, nw_score, nw_cigar, nw_cigar2, suite);
4340 16 Apr 23 peter 115   check_sla(ref, query, sla_score, sla_cigar, sla_cigar2, suite);
4340 16 Apr 23 peter 116   check_sw(ref, query, sw_score, sw_cigar, sw_cigar2, suite);
4340 16 Apr 23 peter 117 }
4340 16 Apr 23 peter 118
4340 16 Apr 23 peter 119
4340 16 Apr 23 peter 120 int main(int argc, char* argv[])
4340 16 Apr 23 peter 121 {
4340 16 Apr 23 peter 122   test::Suite suite(argc, argv);
4340 16 Apr 23 peter 123
4340 16 Apr 23 peter 124   check(suite,
4340 16 Apr 23 peter 125         "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz",
4340 16 Apr 23 peter 126         "abcdefghijklmnxpqrstuvwxyz",
4340 16 Apr 23 peter 127         25-1*4, "26M", "14=1X11=",
4340 16 Apr 23 peter 128         25-1*4, "26M", "14=1X11=",
4340 16 Apr 23 peter 129         25-1*4, "26M", "14=1X11=");
4340 16 Apr 23 peter 130
4340 16 Apr 23 peter 131   check(suite,
4340 16 Apr 23 peter 132         "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz",
4340 16 Apr 23 peter 133         "abcdefghijklxxxpqrstuvwxyz",
4340 16 Apr 23 peter 134         12-3*4+11, "26M", "12=3X11=",
4340 16 Apr 23 peter 135         12-3*4+11, "26M", "12=3X11=",
4340 16 Apr 23 peter 136         12, "12M14S", "12=14S");
4340 16 Apr 23 peter 137
4340 16 Apr 23 peter 138   check(suite,
4340 16 Apr 23 peter 139         "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz",
4340 16 Apr 23 peter 140         "abcdefhijklxxxpqrstuvwxyz",
4340 16 Apr 23 peter 141         6-7-3*4+16, "6M1D19M", "6=1D5=3X11=",
4340 16 Apr 23 peter 142         6-7-3*4+16, "6M1D19M", "6=1D5=3X11=",
4353 23 Aug 23 peter 143         11, "14S11M", "14S11=");
4340 16 Apr 23 peter 144
4340 16 Apr 23 peter 145   check(suite,
4340 16 Apr 23 peter 146         "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz",
4340 16 Apr 23 peter 147         "fghijklmnoqrstuvwahaxyz!",
4353 23 Aug 23 peter 148         -(6+5)+10-(6+1)+7-(6+3)+3-(6+1), "10M1D7M3I3M1I", "10=1D7=3I3=1I",
4353 23 Aug 23 peter 149         10-7+7-(6+7), "10M1D7M7I", "10=1D7=7I",
4340 16 Apr 23 peter 150         10, "10M14S", "10=14S");
4340 16 Apr 23 peter 151
4340 16 Apr 23 peter 152   // left clipped
4340 16 Apr 23 peter 153   check(suite,
4340 16 Apr 23 peter 154         "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz",
4340 16 Apr 23 peter 155         "xxabcdefghijxlmnopqrstuvwxyz",
4340 16 Apr 23 peter 156         -(6+2)+10-4+15, "2S26M", "2S10=1X15=",
4340 16 Apr 23 peter 157         -(6+2)+10-4+15, "2S26M", "2S10=1X15=",
4340 16 Apr 23 peter 158         10-4+15, "2S26M", "2S10=1X15=");
4340 16 Apr 23 peter 159
4340 16 Apr 23 peter 160   return suite.return_value();
4340 16 Apr 23 peter 161 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:08 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)