test/msmith_waterman2.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4353 23 Aug 23 peter 1 // $Id$
4353 23 Aug 23 peter 2
4353 23 Aug 23 peter 3 /*
4353 23 Aug 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4353 23 Aug 23 peter 5
4353 23 Aug 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4353 23 Aug 23 peter 7
4353 23 Aug 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4353 23 Aug 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4353 23 Aug 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4353 23 Aug 23 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4353 23 Aug 23 peter 12
4353 23 Aug 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4353 23 Aug 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4353 23 Aug 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4353 23 Aug 23 peter 16   General Public License for more details.
4353 23 Aug 23 peter 17
4353 23 Aug 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4353 23 Aug 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4353 23 Aug 23 peter 20 */
4353 23 Aug 23 peter 21
4353 23 Aug 23 peter 22 #include <config.h>
4353 23 Aug 23 peter 23
4353 23 Aug 23 peter 24 #include "Suite.h"
4353 23 Aug 23 peter 25
4353 23 Aug 23 peter 26 #include <yat/utility/mSmithWaterman2.h>
4353 23 Aug 23 peter 27
4353 23 Aug 23 peter 28 using namespace theplu::yat;
4353 23 Aug 23 peter 29 using utility::mSmithWaterman2;
4353 23 Aug 23 peter 30
4353 23 Aug 23 peter 31 std::string stringify(const utility::Aligner::Cigar& cigar)
4353 23 Aug 23 peter 32 {
4353 23 Aug 23 peter 33   std::ostringstream ss;
4353 23 Aug 23 peter 34   ss << cigar;
4353 23 Aug 23 peter 35   return ss.str();
4353 23 Aug 23 peter 36 }
4353 23 Aug 23 peter 37
4353 23 Aug 23 peter 38
4353 23 Aug 23 peter 39 int main(int argc, char* argv[])
4353 23 Aug 23 peter 40 {
4353 23 Aug 23 peter 41   test::Suite suite(argc, argv);
4353 23 Aug 23 peter 42
4353 23 Aug 23 peter 43   size_t left = 13;
4353 23 Aug 23 peter 44   size_t middle1 = 23;
4353 23 Aug 23 peter 45   size_t middle2 = 17;
4353 23 Aug 23 peter 46   size_t right = 50;
4353 23 Aug 23 peter 47
4353 23 Aug 23 peter 48   std::string ref1(left, 'x');
4353 23 Aug 23 peter 49   ref1 += "Hello";
4353 23 Aug 23 peter 50   ref1 += std::string(middle1, 'x');
4353 23 Aug 23 peter 51
4353 23 Aug 23 peter 52   std::string ref2(middle2, 'x');
4353 23 Aug 23 peter 53   ref2 += "World";
4353 23 Aug 23 peter 54   ref2 += std::string(right, 'x');
4353 23 Aug 23 peter 55
4353 23 Aug 23 peter 56   suite.out() << "ref1: '" << ref1 << "'\n";
4353 23 Aug 23 peter 57   suite.out() << "ref2: '" << ref2 << "'\n";
4353 23 Aug 23 peter 58
4353 23 Aug 23 peter 59   std::string query("Hello World");
4353 23 Aug 23 peter 60   suite.out() << "query: '" << query << "'\n";
4353 23 Aug 23 peter 61
4353 23 Aug 23 peter 62   mSmithWaterman2 aligner(1, 6);
4353 23 Aug 23 peter 63   utility::mAlignerBase::MatchKernel kernel(4);
4353 23 Aug 23 peter 64   double s = aligner(ref1.begin(), ref1.end(), ref2.begin(), ref2.end(),
4353 23 Aug 23 peter 65                      query.begin(), query.end(), kernel);
4353 23 Aug 23 peter 66
4353 23 Aug 23 peter 67   suite.out() << "score: " << s << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 68   suite.out() << "first:\n";
4353 23 Aug 23 peter 69   suite.out() << "  score: " << aligner.first().score() << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 70   suite.out() << "  position: " << aligner.first().position() << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 71   suite.out() << "  cigar: " << aligner.first().cigar() << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 72   suite.out() << "  cigar2: " << aligner.first().cigar2() << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 73   suite.out() << "second:\n";
4353 23 Aug 23 peter 74   suite.out() << "  score: " << aligner.second().score() << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 75   suite.out() << "  position: " << aligner.second().position() << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 76   suite.out() << "  cigar: " << aligner.second().cigar() << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 77   suite.out() << "  cigar2: " << aligner.second().cigar2() << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 78
4353 23 Aug 23 peter 79   if (!suite.equal(s, query.size()-1)) {
4353 23 Aug 23 peter 80     suite.add(false);
4353 23 Aug 23 peter 81     suite.err() << "error: incorrect score: " << s << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 82   }
4353 23 Aug 23 peter 83   if (!suite.equal(aligner.first().score(), 5)) {
4353 23 Aug 23 peter 84     suite.add(false);
4353 23 Aug 23 peter 85     suite.err() << "error: incorrect first score\n";
4353 23 Aug 23 peter 86   }
4353 23 Aug 23 peter 87   if (!suite.equal(aligner.second().score(), 5)) {
4353 23 Aug 23 peter 88     suite.add(false);
4353 23 Aug 23 peter 89     suite.err() << "error: incorrect second score\n";
4353 23 Aug 23 peter 90   }
4353 23 Aug 23 peter 91
4353 23 Aug 23 peter 92   if (aligner.first().position() != left) {
4353 23 Aug 23 peter 93     suite.add(false);
4353 23 Aug 23 peter 94     suite.err() << "error: incorrect first position: "
4353 23 Aug 23 peter 95                 << aligner.first().position()
4353 23 Aug 23 peter 96                 << "; expected: " << left << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 97   }
4353 23 Aug 23 peter 98   if (aligner.second().position() != middle2) {
4353 23 Aug 23 peter 99     suite.add(false);
4353 23 Aug 23 peter 100     suite.err() << "error: incorrect second position: "
4353 23 Aug 23 peter 101                 << aligner.second().position()
4353 23 Aug 23 peter 102                 << "; expected: " << middle2 << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 103   }
4353 23 Aug 23 peter 104
4353 23 Aug 23 peter 105   std::string first_cigar = "5M6S";
4353 23 Aug 23 peter 106   std::string first_cigar2 = "5=6S";
4353 23 Aug 23 peter 107   std::string second_cigar = "6S5M";
4353 23 Aug 23 peter 108   std::string second_cigar2 = "6S5=";
4353 23 Aug 23 peter 109   if (stringify(aligner.first().cigar()) != first_cigar) {
4353 23 Aug 23 peter 110     suite.add(false);
4353 23 Aug 23 peter 111     suite.err() << "error: incorrect first cigar: "
4353 23 Aug 23 peter 112                 << aligner.first().cigar()
4353 23 Aug 23 peter 113                 << "; expected: " << first_cigar << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 114   }
4353 23 Aug 23 peter 115   if (stringify(aligner.first().cigar2()) != first_cigar2) {
4353 23 Aug 23 peter 116     suite.add(false);
4353 23 Aug 23 peter 117     suite.err() << "error: incorrect first cigar2: "
4353 23 Aug 23 peter 118                 << aligner.first().cigar2()
4353 23 Aug 23 peter 119                 << "; expected: " << first_cigar2 << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 120   }
4353 23 Aug 23 peter 121   if (stringify(aligner.second().cigar()) != second_cigar) {
4353 23 Aug 23 peter 122     suite.add(false);
4353 23 Aug 23 peter 123     suite.err() << "error: incorrect second cigar: "
4353 23 Aug 23 peter 124                 << aligner.second().cigar()
4353 23 Aug 23 peter 125                 << "; expected: " << second_cigar << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 126   }
4353 23 Aug 23 peter 127   if (stringify(aligner.second().cigar2()) != second_cigar2) {
4353 23 Aug 23 peter 128     suite.add(false);
4353 23 Aug 23 peter 129     suite.err() << "error: incorrect second cigar2: "
4353 23 Aug 23 peter 130                 << aligner.second().cigar2()
4353 23 Aug 23 peter 131                 << "; expected: " << second_cigar2 << "\n";
4353 23 Aug 23 peter 132   }
4353 23 Aug 23 peter 133
4353 23 Aug 23 peter 134   return suite.return_value();
4353 23 Aug 23 peter 135 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:13 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)