test/multiprocess.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4044 01 Mar 21 peter 1 // $Id$
4044 01 Mar 21 peter 2
4044 01 Mar 21 peter 3 /*
4252 18 Nov 22 peter 4   Copyright (C) 2021, 2022 Peter Johansson
4044 01 Mar 21 peter 5
4044 01 Mar 21 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
4044 01 Mar 21 peter 7
4044 01 Mar 21 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4044 01 Mar 21 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4044 01 Mar 21 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4044 01 Mar 21 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4044 01 Mar 21 peter 12
4044 01 Mar 21 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4044 01 Mar 21 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4044 01 Mar 21 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4044 01 Mar 21 peter 16   General Public License for more details.
4044 01 Mar 21 peter 17
4044 01 Mar 21 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4044 01 Mar 21 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
4044 01 Mar 21 peter 20 */
4044 01 Mar 21 peter 21
4044 01 Mar 21 peter 22 #include <config.h>
4044 01 Mar 21 peter 23
4044 01 Mar 21 peter 24 #include "Suite.h"
4044 01 Mar 21 peter 25
4044 01 Mar 21 peter 26 #include "yat/omic/VCF.h"
4044 01 Mar 21 peter 27 #include "yat/omic/VcfCompare.h"
4044 01 Mar 21 peter 28 #include "yat/omic/VcfFile.h"
4044 01 Mar 21 peter 29 #include "yat/omic/VcfHeader.h"
4044 01 Mar 21 peter 30 #include "yat/omic/VcfIterator.h"
4044 01 Mar 21 peter 31
4044 01 Mar 21 peter 32 #include "yat/utility/multiprocess.h"
4044 01 Mar 21 peter 33
4044 01 Mar 21 peter 34 #include <algorithm>
4044 01 Mar 21 peter 35 #include <iterator>
4044 01 Mar 21 peter 36
4044 01 Mar 21 peter 37 using namespace theplu::yat;
4044 01 Mar 21 peter 38
4044 01 Mar 21 peter 39 struct Processor
4044 01 Mar 21 peter 40 {
4044 01 Mar 21 peter 41   bool operator()(omic::VCF& vcf) const
4044 01 Mar 21 peter 42   {
4044 01 Mar 21 peter 43     if (vcf.n_alleles() != 1)
4044 01 Mar 21 peter 44       return false;
4044 01 Mar 21 peter 45     vcf.id(".");
4044 01 Mar 21 peter 46     return true;
4044 01 Mar 21 peter 47   }
4044 01 Mar 21 peter 48 };
4044 01 Mar 21 peter 49
4044 01 Mar 21 peter 50
4044 01 Mar 21 peter 51 struct IntFunction
4044 01 Mar 21 peter 52 {
4044 01 Mar 21 peter 53   bool operator()(int s) const
4044 01 Mar 21 peter 54   {
4044 01 Mar 21 peter 55     return true;
4044 01 Mar 21 peter 56   }
4044 01 Mar 21 peter 57 };
4044 01 Mar 21 peter 58
4044 01 Mar 21 peter 59
4044 01 Mar 21 peter 60 int main(int argc, char* argv[])
4044 01 Mar 21 peter 61 {
4044 01 Mar 21 peter 62   test::Suite suite(argc, argv);
4252 18 Nov 22 peter 63   suite.require_foo_vcf_gz();
4044 01 Mar 21 peter 64   omic::VcfFile file("../../data/foo.vcf.gz");
4044 01 Mar 21 peter 65   omic::VcfCompare compare(file.header());
4044 01 Mar 21 peter 66   omic::VcfIterator vcf(file);
4044 01 Mar 21 peter 67   omic::VcfIterator end;
4044 01 Mar 21 peter 68   std::vector<omic::VCF> result;
4044 01 Mar 21 peter 69   Processor processor;
4044 01 Mar 21 peter 70
4044 01 Mar 21 peter 71   utility::multiprocess(vcf, end, std::back_inserter(result),
4044 01 Mar 21 peter 72                         100, 4, 100, processor, compare);
4044 01 Mar 21 peter 73
4044 01 Mar 21 peter 74   if (result.size() != 7) {
4044 01 Mar 21 peter 75     suite.add(false);
4044 01 Mar 21 peter 76     suite.err() << "error: " << result.size()
4044 01 Mar 21 peter 77                 << " resulting entries; expected 8\n";
4044 01 Mar 21 peter 78   }
4044 01 Mar 21 peter 79   if (std::is_sorted(result.begin(), result.end(), compare)==false) {
4044 01 Mar 21 peter 80     suite.add(false);
4044 01 Mar 21 peter 81     suite.err() << "result is not sorted\n";
4044 01 Mar 21 peter 82     std::copy(result.begin(), result.end(),
4044 01 Mar 21 peter 83               std::ostream_iterator<omic::VCF>(suite.err(), "\n"));
4044 01 Mar 21 peter 84   }
4044 01 Mar 21 peter 85
4044 01 Mar 21 peter 86   // test that shorter version compiles
4044 01 Mar 21 peter 87   std::vector<int> input;
4044 01 Mar 21 peter 88   std::vector<double> output;
4044 01 Mar 21 peter 89   IntFunction function;
4044 01 Mar 21 peter 90   utility::multiprocess(input.begin(), input.end(), output.begin(),
4044 01 Mar 21 peter 91                         10, 2, 100, function);
4044 01 Mar 21 peter 92
4044 01 Mar 21 peter 93   return suite.return_value();
4044 01 Mar 21 peter 94 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)