test/needleman_wunsch.cc

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4300 07 Feb 23 peter 1 // $Id$
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4300 07 Feb 23 peter 3 /*
4300 07 Feb 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4300 07 Feb 23 peter 5
4300 07 Feb 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
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4300 07 Feb 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4300 07 Feb 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4300 07 Feb 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4300 07 Feb 23 peter 11   License, or (at your option) any later version.
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4300 07 Feb 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4300 07 Feb 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4300 07 Feb 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4300 07 Feb 23 peter 16   General Public License for more details.
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4300 07 Feb 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4300 07 Feb 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4300 07 Feb 23 peter 20 */
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4300 07 Feb 23 peter 22 #include <config.h>
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4300 07 Feb 23 peter 24 #include "Suite.h"
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4300 07 Feb 23 peter 26 #include "yat/utility/Aligner.h"
4300 07 Feb 23 peter 27 #include "yat/utility/Matrix.h"
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4300 07 Feb 23 peter 29 #include <string>
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4300 07 Feb 23 peter 31 using namespace theplu::yat;
4300 07 Feb 23 peter 32
4300 07 Feb 23 peter 33
4300 07 Feb 23 peter 34 void check(test::Suite& suite, const std::string& ref,
4300 07 Feb 23 peter 35            const std::string& seq, double expected,
4300 07 Feb 23 peter 36            double q, double r, double b)
4300 07 Feb 23 peter 37 {
4300 07 Feb 23 peter 38   utility::Aligner aligner(r,q);
4300 07 Feb 23 peter 39
4300 07 Feb 23 peter 40   utility::Matrix dot(ref.size(), seq.size(), -b);
4300 07 Feb 23 peter 41   for (size_t i=0; i<dot.rows(); ++i)
4300 07 Feb 23 peter 42     for (size_t j=0; j<dot.columns(); ++j)
4300 07 Feb 23 peter 43       if (ref[i] == seq[j])
4300 07 Feb 23 peter 44         dot(i,j) = 1.0;
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4300 07 Feb 23 peter 46   double score = aligner.needleman_wunsch(dot);
4300 07 Feb 23 peter 47   if (!suite.equal(score, expected)) {
4300 07 Feb 23 peter 48     suite.err() << "incorrect score\n";
4300 07 Feb 23 peter 49     suite.err() << "ref: " << ref << "\n";
4300 07 Feb 23 peter 50     suite.err() << "seq: " << seq << "\n";
4300 07 Feb 23 peter 51     suite.err() << "aligner score: " << score << "\n";
4300 07 Feb 23 peter 52     suite.err() << "expected: " << expected << "\n";
4300 07 Feb 23 peter 53     suite.add(false);
4300 07 Feb 23 peter 54   }
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4300 07 Feb 23 peter 56 }
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4300 07 Feb 23 peter 58
4300 07 Feb 23 peter 59 int main(int argc, char* argv[])
4300 07 Feb 23 peter 60 {
4300 07 Feb 23 peter 61   test::Suite suite(argc, argv);
4300 07 Feb 23 peter 62
4300 07 Feb 23 peter 63   double q=5;
4300 07 Feb 23 peter 64   double r=2;
4300 07 Feb 23 peter 65   double b=3;
4300 07 Feb 23 peter 66   check(suite, "ABCDEFG", "ABCDEFG", 7, q, r, b);
4300 07 Feb 23 peter 67   check(suite, "ABCDEFG", "BCDEFG", 6 - (q + r), q, r, b);
4300 07 Feb 23 peter 68   check(suite, "ABCDEFG", "ABCDEF", 6 - (q + r), q, r, b);
4300 07 Feb 23 peter 69   check(suite, "ABCDEFG", "CD", 2 - (q + 2*r) - (q + 3*r), q, r, b);
4300 07 Feb 23 peter 70   check(suite, "BCDEFG", "ABCDEFG", 6 - (q + r), q, r, b);
4300 07 Feb 23 peter 71   check(suite, "ABCDE", "ABCDEFG", 5 - (q + 2*r), q, r, b);
4300 07 Feb 23 peter 72
4300 07 Feb 23 peter 73   return suite.return_value();
4300 07 Feb 23 peter 74 }

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