test/needleman_wunsch2.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4334 25 Mar 23 peter 1 // $Id$
4334 25 Mar 23 peter 2
4334 25 Mar 23 peter 3 /*
4334 25 Mar 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4334 25 Mar 23 peter 5
4334 25 Mar 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4334 25 Mar 23 peter 7
4334 25 Mar 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4334 25 Mar 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4334 25 Mar 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4334 25 Mar 23 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4334 25 Mar 23 peter 12
4334 25 Mar 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4334 25 Mar 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4334 25 Mar 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4334 25 Mar 23 peter 16   General Public License for more details.
4334 25 Mar 23 peter 17
4334 25 Mar 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4334 25 Mar 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4334 25 Mar 23 peter 20 */
4334 25 Mar 23 peter 21
4334 25 Mar 23 peter 22 #include <config.h>
4334 25 Mar 23 peter 23
4334 25 Mar 23 peter 24 #include "Suite.h"
4334 25 Mar 23 peter 25
4334 25 Mar 23 peter 26 #include "yat/utility/Matrix.h"
4334 25 Mar 23 peter 27 #include "yat/utility/NeedlemanWunsch.h"
4334 25 Mar 23 peter 28
4334 25 Mar 23 peter 29 using namespace theplu::yat;
4334 25 Mar 23 peter 30
4334 25 Mar 23 peter 31 int main(int argc, char* argv[])
4334 25 Mar 23 peter 32 {
4334 25 Mar 23 peter 33   test::Suite suite(argc, argv);
4334 25 Mar 23 peter 34
4334 25 Mar 23 peter 35   utility::NeedlemanWunsch aligner(2,3);
4334 25 Mar 23 peter 36
4334 25 Mar 23 peter 37   std::string ref = "abcdefghijklmnopqrstuvxyz";
4334 25 Mar 23 peter 38   std::string seq =      "fghijklmnoqrstuvahaxyz!";
4334 25 Mar 23 peter 39   // The expected 5D10=1D6=3I3=1I => -13 + 10 - 5 + 6 - 9 + 3 - 5
4334 25 Mar 23 peter 40   double score = aligner(ref.begin(), ref.end(), seq.begin(), seq.end(), 5);
4334 25 Mar 23 peter 41   suite.out() << "score: " << score << "\n";
4334 25 Mar 23 peter 42   if (!suite.equal(score, -13)) {
4334 25 Mar 23 peter 43     suite.add(false);
4334 25 Mar 23 peter 44     suite.err() << "incorrect score\n";
4334 25 Mar 23 peter 45   }
4334 25 Mar 23 peter 46   utility::Aligner::Cigar cigar("5D10=1D6=3I3=1I");
4334 25 Mar 23 peter 47   if (aligner.cigar() != cigar) {
4334 25 Mar 23 peter 48     suite.add(false);
4334 25 Mar 23 peter 49     suite.err() << "CIGAR:   " << aligner.cigar() << "\n";
4334 25 Mar 23 peter 50     suite.err() << "expected:" << cigar << "\n";
4334 25 Mar 23 peter 51   }
4334 25 Mar 23 peter 52
4334 25 Mar 23 peter 53   return suite.return_value();
4334 25 Mar 23 peter 54 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:16 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)