test/nni.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
145 05 Sep 04 jari 1 // $Id$
145 05 Sep 04 jari 2
675 10 Oct 06 jari 3 /*
2119 12 Dec 09 peter 4   Copyright (C) 2004 Jari Häkkinen
2119 12 Dec 09 peter 5   Copyright (C) 2005 Jari Häkkinen, Peter Johansson
2119 12 Dec 09 peter 6   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
2119 12 Dec 09 peter 9   Copyright (C) 2009 Jari Häkkinen
4359 23 Aug 23 peter 10   Copyright (C) 2012 Peter Johansson
301 30 Apr 05 peter 11
1437 25 Aug 08 peter 12   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 13
675 10 Oct 06 jari 14   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 15   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 16   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 17   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 18
675 10 Oct 06 jari 19   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 20   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 21   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 22   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 23
675 10 Oct 06 jari 24   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 25   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 26 */
675 10 Oct 06 jari 27
2881 18 Nov 12 peter 28 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 29
1242 16 Mar 08 peter 30 #include "Suite.h"
1242 16 Mar 08 peter 31
710 20 Dec 06 jari 32 #include "yat/utility/FileUtil.h"
1121 22 Feb 08 peter 33 #include "yat/utility/Matrix.h"
675 10 Oct 06 jari 34 #include "yat/utility/kNNI.h"
675 10 Oct 06 jari 35 #include "yat/utility/WeNNI.h"
675 10 Oct 06 jari 36
196 27 Oct 04 jari 37 #include <cmath>
145 05 Sep 04 jari 38 #include <iostream>
145 05 Sep 04 jari 39 #include <fstream>
145 05 Sep 04 jari 40 #include <string>
145 05 Sep 04 jari 41
680 11 Oct 06 jari 42 using namespace theplu::yat;
145 05 Sep 04 jari 43
146 08 Sep 04 jari 44 void check_file_access(std::string& str)
145 05 Sep 04 jari 45 {
711 21 Dec 06 jari 46   if (utility::FileUtil(str).permissions("r")) {
146 08 Sep 04 jari 47     std::cerr << "test_nni: Cannot access file " << str << std::endl;
146 08 Sep 04 jari 48     exit(-1);
145 05 Sep 04 jari 49   }
145 05 Sep 04 jari 50 }
145 05 Sep 04 jari 51
1242 16 Mar 08 peter 52 int main(int argc, char* argv[])
145 05 Sep 04 jari 53 {
1242 16 Mar 08 peter 54   test::Suite suite(argc, argv);
1727 15 Jan 09 jari 55   suite.err() << "Testing NNI algorithms" << std::endl;
1242 16 Mar 08 peter 56
1727 15 Jan 09 jari 57   suite.err() << "Reading data" << std::endl;
1273 10 Apr 08 jari 58   unsigned int neighbours=3;
1251 03 Apr 08 peter 59   std::string knni_data(test::filename("data/knni_matrix.data"));
1251 03 Apr 08 peter 60   std::string knni_result(test::filename("data/knni_result.data"));
1251 03 Apr 08 peter 61   std::string knni_weight(test::filename("data/knni_weight.data"));
1251 03 Apr 08 peter 62   std::string wenni_data(test::filename("data/knni_matrix.data"));
1251 03 Apr 08 peter 63   std::string wenni_result(test::filename("data/wenni_result.data"));
1251 03 Apr 08 peter 64   std::string wenni_weight(test::filename("data/wenni_weight.data"));
146 08 Sep 04 jari 65   check_file_access(knni_data);
146 08 Sep 04 jari 66   check_file_access(knni_result);
146 08 Sep 04 jari 67   check_file_access(knni_weight);
146 08 Sep 04 jari 68   check_file_access(wenni_data);
146 08 Sep 04 jari 69   check_file_access(wenni_result);
146 08 Sep 04 jari 70   check_file_access(wenni_weight);
145 05 Sep 04 jari 71
146 08 Sep 04 jari 72   // test kNNI
1727 15 Jan 09 jari 73   suite.err() << "Testing kNNI" << std::endl;
146 08 Sep 04 jari 74   std::ifstream data_stream(knni_data.c_str());
146 08 Sep 04 jari 75   std::ifstream weight_stream(knni_weight.c_str());
1121 22 Feb 08 peter 76   utility::Matrix data(data_stream);
1121 22 Feb 08 peter 77   utility::Matrix weight(weight_stream);
301 30 Apr 05 peter 78   utility::kNNI knni(data,weight,neighbours);
1726 15 Jan 09 jari 79   unsigned int nonimputed=knni.estimate();
1726 15 Jan 09 jari 80   if (!suite.equal(nonimputed,15)) {
1726 15 Jan 09 jari 81     suite.err() << "kNNI FAILED, unexpected number of non imputed rows" << std::endl;
1726 15 Jan 09 jari 82     suite.add(false);
1726 15 Jan 09 jari 83   }
146 08 Sep 04 jari 84   std::ifstream control_stream(knni_result.c_str());
1121 22 Feb 08 peter 85   utility::Matrix control(control_stream);
1669 22 Dec 08 peter 86   double error_bound = 1e-11;
145 05 Sep 04 jari 87   for (unsigned int i=0; i<control.rows(); i++)
145 05 Sep 04 jari 88     for (unsigned int j=0; j<control.columns(); j++)
1727 15 Jan 09 jari 89       if ((i==10) && (j==10)) {
1727 15 Jan 09 jari 90         if (!std::isnan(knni.imputed_data()(i,j)-control(i,j))) {
4200 19 Aug 22 peter 91           suite.err() << "kNNI FAILED, error on row " << i << " and "
1727 15 Jan 09 jari 92                       << "column " << j << " expected NaN" << std::endl;
1727 15 Jan 09 jari 93           suite.add(false);
1727 15 Jan 09 jari 94         }
1727 15 Jan 09 jari 95       }
1727 15 Jan 09 jari 96       else if (!suite.equal_fix(knni.imputed_data()(i,j),control(i,j),error_bound)) {
4200 19 Aug 22 peter 97         suite.err() << "kNNI FAILED, error on row " << i << " and "
1727 15 Jan 09 jari 98                     << "column " << j << std::endl;
1242 16 Mar 08 peter 99         suite.add(false); // calculation result out of accepted error bounds
145 05 Sep 04 jari 100       }
146 08 Sep 04 jari 101   control_stream.close();
146 08 Sep 04 jari 102   data_stream.close();
146 08 Sep 04 jari 103   weight_stream.close();
146 08 Sep 04 jari 104
146 08 Sep 04 jari 105   // test WeNNI
1727 15 Jan 09 jari 106   suite.err() << "Testing WeNNI" << std::endl;
146 08 Sep 04 jari 107   data_stream.open(wenni_data.c_str());
1121 22 Feb 08 peter 108   data=utility::Matrix(data_stream);
146 08 Sep 04 jari 109   weight_stream.open(wenni_weight.c_str());
1121 22 Feb 08 peter 110   weight=utility::Matrix(weight_stream);
301 30 Apr 05 peter 111   utility::WeNNI wenni(data,weight,neighbours);
1726 15 Jan 09 jari 112   nonimputed=wenni.estimate();
1726 15 Jan 09 jari 113   if (!suite.equal(nonimputed,15)) {
1726 15 Jan 09 jari 114     suite.err() << "WeNNI FAILED, unexpected number of non imputed rows" << std::endl;
1726 15 Jan 09 jari 115     suite.add(false);
1726 15 Jan 09 jari 116   }
146 08 Sep 04 jari 117   control_stream.open(wenni_result.c_str());
1121 22 Feb 08 peter 118   control=utility::Matrix(control_stream);
146 08 Sep 04 jari 119   for (unsigned int i=0; i<control.rows(); i++)
146 08 Sep 04 jari 120     for (unsigned int j=0; j<control.columns(); j++)
1727 15 Jan 09 jari 121       if ((i==10) && (j==10)) {
1727 15 Jan 09 jari 122         if (!std::isnan(knni.imputed_data()(i,j)-control(i,j))) {
4200 19 Aug 22 peter 123           suite.err() << "WeNNI FAILED, error on row " << i << " and "
1727 15 Jan 09 jari 124                       << "column " << j << " expected NaN" << std::endl;
1727 15 Jan 09 jari 125           suite.add(false);
1727 15 Jan 09 jari 126         }
1727 15 Jan 09 jari 127       }
1727 15 Jan 09 jari 128       else if (!suite.equal_fix(wenni.imputed_data()(i,j),control(i,j),error_bound)){
4200 19 Aug 22 peter 129         suite.err() << "WeNNI FAILED, error on row " << i << " and "
1669 22 Dec 08 peter 130                     << "column " << j << std::endl;
1242 16 Mar 08 peter 131         suite.add(false); // calculation result out of accepted error bounds
146 08 Sep 04 jari 132       }
335 02 Jun 05 jari 133   control_stream.close();
335 02 Jun 05 jari 134   data_stream.close();
335 02 Jun 05 jari 135   weight_stream.close();
335 02 Jun 05 jari 136
335 02 Jun 05 jari 137   // test WeNNI with binary weights
1727 15 Jan 09 jari 138   suite.err() << "Testing WeNNI with binary weights" << std::endl;
335 02 Jun 05 jari 139   data_stream.open(knni_data.c_str());
1121 22 Feb 08 peter 140   data=utility::Matrix(data_stream);
335 02 Jun 05 jari 141   weight_stream.open(knni_weight.c_str());
1121 22 Feb 08 peter 142   weight=utility::Matrix(weight_stream);
335 02 Jun 05 jari 143   utility::WeNNI wenni2(data,weight,neighbours);
1726 15 Jan 09 jari 144   nonimputed=wenni2.estimate();
1726 15 Jan 09 jari 145   if (!suite.equal(nonimputed,15)) {
1726 15 Jan 09 jari 146     suite.err() << "binary WeNNI FAILED, unexpected number of non imputed rows"
1726 15 Jan 09 jari 147                 << std::endl;
1726 15 Jan 09 jari 148     suite.add(false);
1726 15 Jan 09 jari 149   }
335 02 Jun 05 jari 150   control_stream.open(knni_result.c_str());
1121 22 Feb 08 peter 151   control=utility::Matrix(control_stream);
335 02 Jun 05 jari 152   for (unsigned int i=0; i<control.rows(); i++)
335 02 Jun 05 jari 153     for (unsigned int j=0; j<control.columns(); j++)
1727 15 Jan 09 jari 154       if ((i==10) && (j==10)) {
1727 15 Jan 09 jari 155         if (!std::isnan(knni.imputed_data()(i,j)-control(i,j))) {
4200 19 Aug 22 peter 156           suite.err() << "binary WeNNI FAILED, error on row " << i << " and "
1727 15 Jan 09 jari 157                       << "column " << j << " expected NaN" << std::endl;
1727 15 Jan 09 jari 158           suite.add(false);
1727 15 Jan 09 jari 159         }
1727 15 Jan 09 jari 160       }
1727 15 Jan 09 jari 161       else if (!suite.equal_fix(wenni2.imputed_data()(i,j),control(i,j),error_bound)){
1242 16 Mar 08 peter 162         suite.err() << "WeNNI binary weight test FAILED.\nError on row " << i
1669 22 Dec 08 peter 163                     << " and column " << j << std::endl;
1242 16 Mar 08 peter 164         suite.add(false); // calculation result out of accepted error bounds
335 02 Jun 05 jari 165       }
335 02 Jun 05 jari 166   control_stream.close();
335 02 Jun 05 jari 167   data_stream.close();
335 02 Jun 05 jari 168   weight_stream.close();
335 02 Jun 05 jari 169
1242 16 Mar 08 peter 170   return suite.return_value();
145 05 Sep 04 jari 171 }

Generated on Wed Sep 20 02:21:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)