test/score.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
70 30 Apr 04 peter 1 // $Id$
70 30 Apr 04 peter 2
675 10 Oct 06 jari 3 /*
2119 12 Dec 09 peter 4   Copyright (C) 2004, 2005, 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 5   Copyright (C) 2007 Peter Johansson, Markus Ringnér
2119 12 Dec 09 peter 6   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2012 Peter Johansson
70 30 Apr 04 peter 8
1437 25 Aug 08 peter 9   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 10
675 10 Oct 06 jari 11   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 12   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 13   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 14   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 15
675 10 Oct 06 jari 16   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 19   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 20
675 10 Oct 06 jari 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 22   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 23 */
675 10 Oct 06 jari 24
2881 18 Nov 12 peter 25 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 26
1248 19 Mar 08 peter 27 #include "Suite.h"
1248 19 Mar 08 peter 28
747 11 Feb 07 peter 29 #include "yat/classifier/Target.h"
675 10 Oct 06 jari 30 #include "yat/statistics/FoldChange.h"
675 10 Oct 06 jari 31 #include "yat/statistics/Pearson.h"
820 17 Mar 07 peter 32 #include "yat/statistics/AUC.h"
779 05 Mar 07 peter 33 #include "yat/statistics/SAMScore.h"
862 10 Sep 07 markus 34 #include "yat/statistics/SNRScore.h"
675 10 Oct 06 jari 35 #include "yat/statistics/tScore.h"
675 10 Oct 06 jari 36 #include "yat/statistics/WilcoxonFoldChange.h"
1121 22 Feb 08 peter 37 #include "yat/utility/Matrix.h"
1120 21 Feb 08 peter 38 #include "yat/utility/Vector.h"
1015 01 Feb 08 peter 39 #include "yat/utility/VectorView.h"
675 10 Oct 06 jari 40
196 27 Oct 04 jari 41 #include <cmath>
151 09 Sep 04 peter 42 #include <fstream>
151 09 Sep 04 peter 43 #include <iostream>
70 30 Apr 04 peter 44
70 30 Apr 04 peter 45
680 11 Oct 06 jari 46 using namespace theplu::yat;
70 30 Apr 04 peter 47
1248 19 Mar 08 peter 48 int main(int argc, char* argv[])
4200 19 Aug 22 peter 49 {
1248 19 Mar 08 peter 50   test::Suite suite(argc, argv);
414 01 Dec 05 peter 51
1248 19 Mar 08 peter 52   suite.err() << "testing score classes" << std::endl;
1248 19 Mar 08 peter 53
1248 19 Mar 08 peter 54   suite.err() << "testing AUC" << std::endl;
1120 21 Feb 08 peter 55   utility::Vector value(31);
509 18 Feb 06 peter 56   std::vector<std::string> label(31,"negative");
4200 19 Aug 22 peter 57   for (size_t i=0; i<16; i++)
509 18 Feb 06 peter 58     label[i] = "positive";
509 18 Feb 06 peter 59   classifier::Target target(label);
4200 19 Aug 22 peter 60   for (size_t i=0; i<value.size(); i++)
70 30 Apr 04 peter 61     value(i)=i;
821 18 Mar 07 peter 62   statistics::AUC auc(false);
820 17 Mar 07 peter 63   double area = auc.score(target, value);
1248 19 Mar 08 peter 64   if (!(suite.equal(1-area,1))){
4200 19 Aug 22 peter 65     suite.err() << "test_auc: area is " << area << " should be 0.0"
414 01 Dec 05 peter 66            << std::endl;
1248 19 Mar 08 peter 67     suite.add(false);
151 09 Sep 04 peter 68   }
514 20 Feb 06 peter 69   target.set_binary(0,false);
514 20 Feb 06 peter 70   target.set_binary(1,true);
820 17 Mar 07 peter 71   area = auc.score(target, value);
1248 19 Mar 08 peter 72   if (!suite.equal(area,1.0)){
4200 19 Aug 22 peter 73     suite.err() << "test_auc: area is " << area << " should be 1.0"
414 01 Dec 05 peter 74            << std::endl;
1248 19 Mar 08 peter 75     suite.add(false);
151 09 Sep 04 peter 76   }
4200 19 Aug 22 peter 77
1251 03 Apr 08 peter 78   std::ifstream is(test::filename("data/rank_data.txt").c_str());
1121 22 Feb 08 peter 79   utility::Matrix data(is);
151 09 Sep 04 peter 80   is.close();
151 09 Sep 04 peter 81
1251 03 Apr 08 peter 82   is.open(test::filename("data/rank_target.txt").c_str());
475 22 Dec 05 peter 83   classifier::Target target2(is);
151 09 Sep 04 peter 84   is.close();
4200 19 Aug 22 peter 85
1120 21 Feb 08 peter 86   utility::Vector correct_area(3);
821 18 Mar 07 peter 87   correct_area(0)=1.0/9.0;
821 18 Mar 07 peter 88   correct_area(1)=3.0/9.0;
821 18 Mar 07 peter 89   correct_area(2)=0.0;
151 09 Sep 04 peter 90
151 09 Sep 04 peter 91   for (size_t i=0; i<data.rows(); i++){
1015 01 Feb 08 peter 92     utility::VectorView vec(data,i);
509 18 Feb 06 peter 93     if (vec.size()!=target2.size()){
4200 19 Aug 22 peter 94       suite.err() << "vec.size() is " << vec.size() << " and target2.size() is "
4200 19 Aug 22 peter 95              << target2.size() << ". Should be equal." << std::endl;
1248 19 Mar 08 peter 96       suite.add(false);
509 18 Feb 06 peter 97     }
820 17 Mar 07 peter 98     area = auc.score(target2,vec);
1248 19 Mar 08 peter 99     if (!suite.equal(area, correct_area(i)) ){
4200 19 Aug 22 peter 100       suite.err() << "test_roc: area is " << area << " should be "
301 30 Apr 05 peter 101              << correct_area(i) << std::endl;
1248 19 Mar 08 peter 102       suite.add(false);
151 09 Sep 04 peter 103     }
151 09 Sep 04 peter 104   }
151 09 Sep 04 peter 105
1120 21 Feb 08 peter 106   utility::Vector weight(target2.size(),1);
156 10 Sep 04 peter 107   for (size_t i=0; i<data.rows(); i++){
1028 03 Feb 08 peter 108     utility::VectorView vec = data.row_view(i);
820 17 Mar 07 peter 109     area = auc.score(target2, vec, weight);
1248 19 Mar 08 peter 110     if (!suite.equal(area,correct_area(i)) ){
4200 19 Aug 22 peter 111       suite.err() << "test_roc: weighted area is " << area << " should be "
301 30 Apr 05 peter 112              << correct_area(i) << std::endl;
1248 19 Mar 08 peter 113       suite.add(false);
156 10 Sep 04 peter 114     }
156 10 Sep 04 peter 115   }
156 10 Sep 04 peter 116
1248 19 Mar 08 peter 117   suite.err() << "testing FoldChange" << std::endl;
414 01 Dec 05 peter 118   statistics::FoldChange fold_change(true);
156 10 Sep 04 peter 119
1248 19 Mar 08 peter 120   suite.err() << "testing tScore" << std::endl;
414 01 Dec 05 peter 121   statistics::tScore t_score(true);
414 01 Dec 05 peter 122
1248 19 Mar 08 peter 123   suite.err() << "testing Pearson" << std::endl;
414 01 Dec 05 peter 124   statistics::Pearson pearson(true);
414 01 Dec 05 peter 125
1248 19 Mar 08 peter 126   suite.err() << "testing WilcoxonFoldChange" << std::endl;
463 16 Dec 05 peter 127   statistics::WilcoxonFoldChange wfc(true);
414 01 Dec 05 peter 128
1248 19 Mar 08 peter 129   suite.err() << "testing SAMScore" << std::endl;
779 05 Mar 07 peter 130   statistics::SAMScore sam(1.0,true);
463 16 Dec 05 peter 131
1248 19 Mar 08 peter 132   suite.err() << "testing SNRScore" << std::endl;
862 10 Sep 07 markus 133   statistics::SNRScore snr(true);
669 07 Oct 06 peter 134
862 10 Sep 07 markus 135
1248 19 Mar 08 peter 136   return suite.return_value();
70 30 Apr 04 peter 137 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:33 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)