test/smith_waterman.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3209 04 May 14 peter 1 // $Id$
3209 04 May 14 peter 2
3209 04 May 14 peter 3 /*
3209 04 May 14 peter 4   Copyright (C) 2014 Peter Johansson
3209 04 May 14 peter 5
3209 04 May 14 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
3209 04 May 14 peter 7
3209 04 May 14 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
3209 04 May 14 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
3209 04 May 14 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
3209 04 May 14 peter 11   License, or (at your option) any later version.
3209 04 May 14 peter 12
3209 04 May 14 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
3209 04 May 14 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3209 04 May 14 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
3209 04 May 14 peter 16   General Public License for more details.
3209 04 May 14 peter 17
3209 04 May 14 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
3209 04 May 14 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3209 04 May 14 peter 20 */
3209 04 May 14 peter 21
3209 04 May 14 peter 22 #include <config.h>
3209 04 May 14 peter 23
3209 04 May 14 peter 24 #include "Suite.h"
3209 04 May 14 peter 25
3209 04 May 14 peter 26 #include "yat/utility/Matrix.h"
3209 04 May 14 peter 27 #include "yat/utility/SmithWaterman.h"
3209 04 May 14 peter 28
3209 04 May 14 peter 29 using namespace theplu::yat;
3209 04 May 14 peter 30
3209 04 May 14 peter 31 int main(int argc, char* argv[])
3209 04 May 14 peter 32 {
3209 04 May 14 peter 33   test::Suite suite(argc, argv);
3209 04 May 14 peter 34
3209 04 May 14 peter 35   std::string ref = "XXXXXABCDEFGHIJDKLMNOPQRSTUVWXYZABCDEFGHXXXXXXXXXXXXXXX";
3209 04 May 14 peter 36   std::string seq =    "SSABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUIVWXYZxBCDEFGHS";
3209 04 May 14 peter 37
3209 04 May 14 peter 38   suite.out() << "ref: " << ref << "\n";
3209 04 May 14 peter 39   suite.out() << "seq: " << seq << "\n";
3209 04 May 14 peter 40
3209 04 May 14 peter 41   utility::SmithWaterman sw(2,3);
3209 04 May 14 peter 42   double score = sw(ref.begin(), ref.end(), seq.begin(), seq.end(), 3);
3209 04 May 14 peter 43   suite.out() << "sw score: " << score << "\n";
3209 04 May 14 peter 44
3209 04 May 14 peter 45   utility::Aligner::Cigar cig = sw.cigar();
3209 04 May 14 peter 46   std::ostringstream os;
3209 04 May 14 peter 47   os << cig;
3209 04 May 14 peter 48   suite.out() << os.str() << "\n";
3209 04 May 14 peter 49   std::string str = "2S10=1D11=1I5=1X7=1S";
3209 04 May 14 peter 50   if (os.str()!=str) {
3209 04 May 14 peter 51     suite.add(false);
3209 04 May 14 peter 52     suite.err() << "error: incorrect CIGAR string, expected\n" << str << "\n";
3209 04 May 14 peter 53   }
3209 04 May 14 peter 54
3209 04 May 14 peter 55   suite.out() << "pos: " << sw.position() << "\n";
3209 04 May 14 peter 56   if (sw.position()!=5)
3209 04 May 14 peter 57     suite.err() << "error: wrong position: " << sw.position()
3209 04 May 14 peter 58                 << " expected 4\n";
3209 04 May 14 peter 59
3209 04 May 14 peter 60   utility::Matrix x = sw.score();
3209 04 May 14 peter 61   return suite.return_value();
3209 04 May 14 peter 62 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:35 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)