test/ttest.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
822 18 Mar 07 peter 1 // $Id$
822 18 Mar 07 peter 2
822 18 Mar 07 peter 3 /*
4359 23 Aug 23 peter 4   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 5   Copyright (C) 2008 Jari H√§kkinen, Peter Johansson
3114 10 Nov 13 peter 6   Copyright (C) 2012, 2013 Peter Johansson
822 18 Mar 07 peter 7
1437 25 Aug 08 peter 8   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
822 18 Mar 07 peter 9
822 18 Mar 07 peter 10   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
822 18 Mar 07 peter 11   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 12   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
822 18 Mar 07 peter 13   License, or (at your option) any later version.
822 18 Mar 07 peter 14
822 18 Mar 07 peter 15   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
822 18 Mar 07 peter 16   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
822 18 Mar 07 peter 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
822 18 Mar 07 peter 18   General Public License for more details.
822 18 Mar 07 peter 19
822 18 Mar 07 peter 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 21   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
822 18 Mar 07 peter 22 */
822 18 Mar 07 peter 23
2881 18 Nov 12 peter 24 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 25
1248 19 Mar 08 peter 26 #include "Suite.h"
1248 19 Mar 08 peter 27
822 18 Mar 07 peter 28 #include "yat/classifier/Target.h"
822 18 Mar 07 peter 29 #include "yat/statistics/tTest.h"
822 18 Mar 07 peter 30 #include "yat/statistics/utility.h"
1120 21 Feb 08 peter 31 #include "yat/utility/Vector.h"
822 18 Mar 07 peter 32
822 18 Mar 07 peter 33 #include <cmath>
822 18 Mar 07 peter 34 #include <fstream>
822 18 Mar 07 peter 35 #include <iostream>
822 18 Mar 07 peter 36
822 18 Mar 07 peter 37
822 18 Mar 07 peter 38 using namespace theplu::yat;
822 18 Mar 07 peter 39
1248 19 Mar 08 peter 40 int main(int argc, char* argv[])
3043 08 Jun 13 peter 41 {
1248 19 Mar 08 peter 42   test::Suite suite(argc, argv);
822 18 Mar 07 peter 43
1248 19 Mar 08 peter 44   suite.err() << "testing ttest" << std::endl;
1120 21 Feb 08 peter 45   utility::Vector value(31);
822 18 Mar 07 peter 46   std::vector<std::string> label(31,"positive");
3043 08 Jun 13 peter 47   for (size_t i=0; i<16; i++)
822 18 Mar 07 peter 48     label[i] = "negative";
822 18 Mar 07 peter 49   classifier::Target target(label);
822 18 Mar 07 peter 50   target.set_binary(0,false);
822 18 Mar 07 peter 51   target.set_binary(1,true);
3043 08 Jun 13 peter 52   for (size_t i=0; i<value.size(); i++)
822 18 Mar 07 peter 53     value(i)=i;
822 18 Mar 07 peter 54   statistics::tTest test;
1145 25 Feb 08 peter 55   statistics::add(test, value.begin(), value.end(), target);
3043 08 Jun 13 peter 56   double p = test.p_right();
822 18 Mar 07 peter 57   double p2 = test.p_value();
1248 19 Mar 08 peter 58   if (!suite.equal(p2, 2*p) ){
1248 19 Mar 08 peter 59     suite.add(false);
1248 19 Mar 08 peter 60     suite.err() << "Two-sided P-value should equal 2 * one-sided P-value.\n";
822 18 Mar 07 peter 61   }
822 18 Mar 07 peter 62
1248 19 Mar 08 peter 63   return suite.return_value();
822 18 Mar 07 peter 64 }