test/vcf_file.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3763 19 Oct 18 peter 1 // $Id$
3763 19 Oct 18 peter 2
3763 19 Oct 18 peter 3 /*
3763 19 Oct 18 peter 4   Copyright (C) 2018 Peter Johansson
3763 19 Oct 18 peter 5
3763 19 Oct 18 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
3763 19 Oct 18 peter 7
3763 19 Oct 18 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
3763 19 Oct 18 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
3763 19 Oct 18 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
3763 19 Oct 18 peter 11   License, or (at your option) any later version.
3763 19 Oct 18 peter 12
3763 19 Oct 18 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
3763 19 Oct 18 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3763 19 Oct 18 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
3763 19 Oct 18 peter 16   General Public License for more details.
3763 19 Oct 18 peter 17
3763 19 Oct 18 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
3763 19 Oct 18 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3763 19 Oct 18 peter 20 */
3763 19 Oct 18 peter 21
3763 19 Oct 18 peter 22 #include <config.h>
3763 19 Oct 18 peter 23
3763 19 Oct 18 peter 24 #include "Suite.h"
3763 19 Oct 18 peter 25
3773 26 Oct 18 peter 26 #include "yat/omic/VCF.h"
3763 19 Oct 18 peter 27 #include "yat/omic/VcfFile.h"
3763 19 Oct 18 peter 28 #include "yat/omic/VcfHeader.h"
3774 26 Oct 18 peter 29 #include "yat/omic/VcfIterator.h"
3763 19 Oct 18 peter 30
3774 26 Oct 18 peter 31 #include "yat/random/random.h"
3774 26 Oct 18 peter 32
3774 26 Oct 18 peter 33 #include <algorithm>
3774 26 Oct 18 peter 34 #include <iterator>
3763 19 Oct 18 peter 35 #include <sstream>
3774 26 Oct 18 peter 36 #include <vector>
3763 19 Oct 18 peter 37
3763 19 Oct 18 peter 38 using namespace theplu::yat;
3763 19 Oct 18 peter 39
3763 19 Oct 18 peter 40 int main(int argc, char* argv[])
3763 19 Oct 18 peter 41 {
3763 19 Oct 18 peter 42   test::Suite suite(argc, argv);
3763 19 Oct 18 peter 43   omic::VcfFile vcf(test::filename("data/foo.vcf"));
3763 19 Oct 18 peter 44   if (vcf.is_open()) {
3763 19 Oct 18 peter 45     std::ostringstream ss;
3763 19 Oct 18 peter 46     ss << vcf.header();
3763 19 Oct 18 peter 47   }
3763 19 Oct 18 peter 48   else {
3763 19 Oct 18 peter 49     suite.add(false);
3763 19 Oct 18 peter 50     suite.err() << "error: failed open input file\n";
3763 19 Oct 18 peter 51   }
3763 19 Oct 18 peter 52   vcf.close();
3763 19 Oct 18 peter 53
3771 25 Oct 18 peter 54   // try to reopen file
3771 25 Oct 18 peter 55   vcf.open(test::filename("data/foo.vcf"));
3773 26 Oct 18 peter 56   omic::VCF entry;
3773 26 Oct 18 peter 57   vcf.read(entry);
3774 26 Oct 18 peter 58   // create a vector VCFs from iterator range
3774 26 Oct 18 peter 59   omic::VcfIterator begin(vcf);
3774 26 Oct 18 peter 60   omic::VcfIterator end;
3774 26 Oct 18 peter 61   std::vector<omic::VCF> vec(begin, end);
3774 26 Oct 18 peter 62   if (vec.empty()) {
3774 26 Oct 18 peter 63     suite.add(false);
3774 26 Oct 18 peter 64     suite.err() << "error: vector is empty\n";
3774 26 Oct 18 peter 65   }
3774 26 Oct 18 peter 66
3774 26 Oct 18 peter 67   // randomise variants
3774 26 Oct 18 peter 68   random::random_shuffle(vec.begin(), vec.end());
3774 26 Oct 18 peter 69
3774 26 Oct 18 peter 70   // just illustrating how to output vcfs using ostream_iterator
3774 26 Oct 18 peter 71   std::stringstream os;
3774 26 Oct 18 peter 72   std::copy(vec.begin(), vec.end(),std::ostream_iterator<omic::VCF>(os, "\n"));
3774 26 Oct 18 peter 73   suite.out() << "output:\n" << os.str().substr(0, 100)
3774 26 Oct 18 peter 74               << "--->8 cut\n";
3774 26 Oct 18 peter 75   if (os.str().size() < 100) {
3774 26 Oct 18 peter 76     suite.add(false);
3774 26 Oct 18 peter 77     suite.err() << "error: too small output\n";
3774 26 Oct 18 peter 78   }
3774 26 Oct 18 peter 79
3771 25 Oct 18 peter 80   vcf.close();
3763 19 Oct 18 peter 81   return suite.return_value();
3763 19 Oct 18 peter 82 }

Generated on Sat Oct 14 02:21:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)