test/yat_pc_test.sh

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2950 11 Jan 13 peter 1 #! /bin/sh
2950 11 Jan 13 peter 2 # $Id$
2950 11 Jan 13 peter 3 #
3966 11 Aug 20 peter 4 # Copyright (C) 2013, 2014, 2015, 2017, 2020 Peter Johansson
2950 11 Jan 13 peter 5 #
2950 11 Jan 13 peter 6 # This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
2950 11 Jan 13 peter 7 #
2950 11 Jan 13 peter 8 # The yat library is free software; you can redistribute it
2950 11 Jan 13 peter 9 # and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as
2950 11 Jan 13 peter 10 # published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
2950 11 Jan 13 peter 11 # License, or (at your option) any later version.
2950 11 Jan 13 peter 12 #
2950 11 Jan 13 peter 13 # The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
2950 11 Jan 13 peter 14 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2950 11 Jan 13 peter 15 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
2950 11 Jan 13 peter 16 # General Public License for more details.
2950 11 Jan 13 peter 17 #
2950 11 Jan 13 peter 18 # You should have received a copy of the GNU General Public License
2950 11 Jan 13 peter 19 # along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2950 11 Jan 13 peter 20
2950 11 Jan 13 peter 21 # testing that pkg-config works with yat.pc
2950 11 Jan 13 peter 22
3400 30 Mar 15 peter 23 required="pkg-config htslib"
2950 11 Jan 13 peter 24
2950 11 Jan 13 peter 25 set -e
2950 11 Jan 13 peter 26
3036 03 Jun 13 peter 27 . test/init.sh || exit 99
2950 11 Jan 13 peter 28
2950 11 Jan 13 peter 29
3365 01 Dec 14 peter 30 #
3365 01 Dec 14 peter 31 populate_search_dirs ()
3365 01 Dec 14 peter 32 {
3365 01 Dec 14 peter 33   search_dirs=`grep '^sys_lib_dlsearch_path_spec' \
3365 01 Dec 14 peter 34   $abs_top_builddir/libtool | cut -f 2 -d '='`
3365 01 Dec 14 peter 35   for d in : $YAT_LDFLAGS $LDFLAGS; do
3365 01 Dec 14 peter 36     echo $d | grep '^-L' -q \
3365 01 Dec 14 peter 37     && search_dirs="$search_dirs `echo $d | sed 's,-L,,'`"
3365 01 Dec 14 peter 38   done
3365 01 Dec 14 peter 39 }
3365 01 Dec 14 peter 40
3365 01 Dec 14 peter 41
3365 01 Dec 14 peter 42 # look for pc file $pkg and update PKG_CONFIG_PATH
3365 01 Dec 14 peter 43 pc_find ()
3365 01 Dec 14 peter 44 {
3365 01 Dec 14 peter 45   pkg=$1
3365 01 Dec 14 peter 46   test x"$search_dirs" = x"" && populate_search_dirs
3365 01 Dec 14 peter 47   pc_dir=
3365 01 Dec 14 peter 48   for d in $search_dirs; do
3365 01 Dec 14 peter 49     test x"$pc_dir" = x"" \
3365 01 Dec 14 peter 50     && test -e $d/pkgconfig/${pkg}.pc \
3365 01 Dec 14 peter 51     && pc_dir="$d/pkgconfig";
3365 01 Dec 14 peter 52   done
3365 01 Dec 14 peter 53   test x"$pc_dir" = x"" && exit_fail no $pkg pc file found
3365 01 Dec 14 peter 54   PKG_CONFIG_PATH="$PKG_CONFIG_PATH:$pc_dir"
3365 01 Dec 14 peter 55   export PKG_CONFIG_PATH
3945 20 Jul 20 peter 56   $PKG_CONFIG $pkg --exists --print-errors || exit_skip no $pkg pc file found
3365 01 Dec 14 peter 57 }
3365 01 Dec 14 peter 58
3588 19 Jan 17 peter 59 PATH="$abs_top_builddir/build_support:$PATH"
3588 19 Jan 17 peter 60 export PATH
3365 01 Dec 14 peter 61
2950 11 Jan 13 peter 62 # add PATH so pkg-config find yat.pc in build tree first
2950 11 Jan 13 peter 63 PKG_CONFIG_PATH=$abs_top_builddir/build_support:$PKG_CONFIG_PATH
3365 01 Dec 14 peter 64
3365 01 Dec 14 peter 65 echo "check if we need to update PKG_CONFIG_PATH"
3365 01 Dec 14 peter 66
3365 01 Dec 14 peter 67 # test if pkg-config finds gsl.pc
3945 20 Jul 20 peter 68 $PKG_CONFIG gsl --exists --print-errors || pc_find gsl
3933 10 Jul 20 peter 69 # ensure path for zlib
3945 20 Jul 20 peter 70 $PKG_CONFIG zlib --exists --print-errors || pc_find zlib
3365 01 Dec 14 peter 71
3906 08 May 20 peter 72 if test $have_htslib = yes; then
3945 20 Jul 20 peter 73   $PKG_CONFIG htslib --exists --print-errors || pc_find htslib;
3365 01 Dec 14 peter 74 fi
3365 01 Dec 14 peter 75
2950 11 Jan 13 peter 76 export PKG_CONFIG_PATH
2950 11 Jan 13 peter 77
3945 20 Jul 20 peter 78 $PKG_CONFIG yat --exists --print-errors || exit_fail
2950 11 Jan 13 peter 79
2950 11 Jan 13 peter 80 cat > Makefile <<EOF
3582 19 Jan 17 peter 81 CXX = `yat-config --cxx`
2950 11 Jan 13 peter 82 # add -I flags to include local header files; 2nd term needed for VPATH build
4019 06 Nov 20 peter 83 CPPFLAGS = -I$abs_top_srcdir -I$abs_top_builddir \
4019 06 Nov 20 peter 84 -I$abs_top_builddir/yat/utility \
3945 20 Jul 20 peter 85 `$PKG_CONFIG yat --cflags-only-I`
3945 20 Jul 20 peter 86 CXXFLAGS = `$PKG_CONFIG yat --cflags-only-other`
2950 11 Jan 13 peter 87 # add -L to link to local libyat
3966 11 Aug 20 peter 88 LDFLAGS = -L$abs_top_builddir/yat/${lt_cv_objdir} `$PKG_CONFIG yat --libs-only-L --libs-only-other`
3966 11 Aug 20 peter 89 LDLIBS = `$PKG_CONFIG yat --libs-only-l`
3966 11 Aug 20 peter 90
2950 11 Jan 13 peter 91 all: prog
3107 04 Nov 13 peter 92
3966 11 Aug 20 peter 93 # Make the rules explicit to allow also non-GNU make.
3107 04 Nov 13 peter 94 prog.o: prog.cc
3107 04 Nov 13 peter 95   \$(CXX) -c -o \$@ \$< \$(CPPFLAGS) \$(CXXFLAGS)
3107 04 Nov 13 peter 96 prog: prog.o
3966 11 Aug 20 peter 97   \$(CXX) -o \$@ \$< \$(CXXFLAGS) \$(LDFLAGS) \$(LDLIBS)
2950 11 Jan 13 peter 98 EOF
2950 11 Jan 13 peter 99
2950 11 Jan 13 peter 100 cat Makefile
2950 11 Jan 13 peter 101
2950 11 Jan 13 peter 102 cat > prog.cc <<EOF
2950 11 Jan 13 peter 103 #include <yat/utility/Vector.h>
2950 11 Jan 13 peter 104 #include <yat/random/random.h>
2950 11 Jan 13 peter 105 #include <yat/omic/BamFile.h>
3966 11 Aug 20 peter 106 #include <yat/omic/VcfFile.h>
2950 11 Jan 13 peter 107 int main()
2950 11 Jan 13 peter 108 {
2950 11 Jan 13 peter 109 theplu::yat::utility::Vector x(52);
2950 11 Jan 13 peter 110 theplu::yat::random::Gaussian gauss;
2950 11 Jan 13 peter 111 x(0) = gauss();
2950 11 Jan 13 peter 112 theplu::yat::omic::OutBamFile out;
3966 11 Aug 20 peter 113 theplu::yat::omic::VcfFile vcf;
2950 11 Jan 13 peter 114 return 0;
2950 11 Jan 13 peter 115 }
2950 11 Jan 13 peter 116 EOF
2950 11 Jan 13 peter 117
2950 11 Jan 13 peter 118 rm -f prog
3945 20 Jul 20 peter 119 $MAKE || exit_fail
2950 11 Jan 13 peter 120 test -s prog || exit_fail
2950 11 Jan 13 peter 121 exit_success

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