yat/classifier/CrossValidationSampler.cc

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612 30 Aug 06 peter 1 // $Id$
612 30 Aug 06 peter 2
612 30 Aug 06 peter 3 /*
4359 23 Aug 23 peter 4   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 5   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 6   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2012 Peter Johansson
612 30 Aug 06 peter 8
1437 25 Aug 08 peter 9   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
612 30 Aug 06 peter 10
675 10 Oct 06 jari 11   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 12   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 13   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
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612 30 Aug 06 peter 15
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675 10 Oct 06 jari 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
612 30 Aug 06 peter 19   General Public License for more details.
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612 30 Aug 06 peter 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 22   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
612 30 Aug 06 peter 23 */
612 30 Aug 06 peter 24
2881 18 Nov 12 peter 25 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 26
680 11 Oct 06 jari 27 #include "CrossValidationSampler.h"
680 11 Oct 06 jari 28 #include "Target.h"
675 10 Oct 06 jari 29 #include "yat/random/random.h"
612 30 Aug 06 peter 30
612 30 Aug 06 peter 31 #include <algorithm>
612 30 Aug 06 peter 32 #include <cassert>
612 30 Aug 06 peter 33 #include <utility>
612 30 Aug 06 peter 34 #include <vector>
612 30 Aug 06 peter 35
612 30 Aug 06 peter 36 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 37 namespace yat {
4200 19 Aug 22 peter 38 namespace classifier {
612 30 Aug 06 peter 39
4200 19 Aug 22 peter 40   CrossValidationSampler::CrossValidationSampler(const Target& target,
4200 19 Aug 22 peter 41                                                  const size_t N,
612 30 Aug 06 peter 42                                                  const size_t k)
823 19 Mar 07 peter 43     : Sampler(target, N), k_(k)
4200 19 Aug 22 peter 44   {
612 30 Aug 06 peter 45     assert(target.size()>1);
612 30 Aug 06 peter 46     build(target, N, k);
612 30 Aug 06 peter 47   }
612 30 Aug 06 peter 48
612 30 Aug 06 peter 49   CrossValidationSampler::~CrossValidationSampler()
612 30 Aug 06 peter 50   {
612 30 Aug 06 peter 51   }
612 30 Aug 06 peter 52
612 30 Aug 06 peter 53   void CrossValidationSampler::build(const Target& target, size_t N, size_t k)
612 30 Aug 06 peter 54   {
612 30 Aug 06 peter 55     std::vector<std::pair<size_t,size_t> > v;
612 30 Aug 06 peter 56     for (size_t i=0; i<target.size(); i++)
612 30 Aug 06 peter 57       v.push_back(std::make_pair(target(i),i));
612 30 Aug 06 peter 58     // sorting with respect to class
612 30 Aug 06 peter 59     std::sort(v.begin(),v.end());
4200 19 Aug 22 peter 60
612 30 Aug 06 peter 61     // my_begin[i] is index of first sample of class i
612 30 Aug 06 peter 62     std::vector<size_t> my_begin;
612 30 Aug 06 peter 63     my_begin.reserve(target.nof_classes());
612 30 Aug 06 peter 64     my_begin.push_back(0);
612 30 Aug 06 peter 65     for (size_t i=1; i<target.size(); i++)
612 30 Aug 06 peter 66       while (v[i].first > my_begin.size()-1)
612 30 Aug 06 peter 67         my_begin.push_back(i);
612 30 Aug 06 peter 68     my_begin.push_back(target.size());
612 30 Aug 06 peter 69
612 30 Aug 06 peter 70     for (size_t i=0; i<N; ) {
612 30 Aug 06 peter 71       // shuffle indices within class each class
1002 14 Jan 08 peter 72       for (size_t j=0; j+1<my_begin.size(); ++j)
1004 23 Jan 08 peter 73         random::random_shuffle(v.begin()+my_begin[j],v.begin()+my_begin[j+1]);
4200 19 Aug 22 peter 74
612 30 Aug 06 peter 75       for (size_t part=0; part<k && i<N; i++, part++) {
612 30 Aug 06 peter 76         std::vector<size_t> training_index;
612 30 Aug 06 peter 77         std::vector<size_t> validation_index;
612 30 Aug 06 peter 78         for (size_t j=0; j<v.size(); j++) {
612 30 Aug 06 peter 79           if (j%k==part)
612 30 Aug 06 peter 80             validation_index.push_back(v[j].second);
612 30 Aug 06 peter 81           else
612 30 Aug 06 peter 82             training_index.push_back(v[j].second);
612 30 Aug 06 peter 83         }
612 30 Aug 06 peter 84
1134 23 Feb 08 peter 85         training_index_.push_back(utility::Index(training_index));
1134 23 Feb 08 peter 86         validation_index_.push_back(utility::Index(validation_index));
612 30 Aug 06 peter 87       }
612 30 Aug 06 peter 88     }
612 30 Aug 06 peter 89     assert(training_index_.size()==N);
612 30 Aug 06 peter 90     assert(validation_index_.size()==N);
4200 19 Aug 22 peter 91
615 31 Aug 06 peter 92     for (size_t i=0; i<N; ++i){
615 31 Aug 06 peter 93       training_target_.push_back(Target(target,training_index_[i]));
615 31 Aug 06 peter 94       validation_target_.push_back(Target(target,validation_index_[i]));
615 31 Aug 06 peter 95     }
615 31 Aug 06 peter 96     assert(training_target_.size()==N);
615 31 Aug 06 peter 97     assert(validation_target_.size()==N);
612 30 Aug 06 peter 98   }
612 30 Aug 06 peter 99
680 11 Oct 06 jari 100 }}} // of namespace classifier, yat, and theplu

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