yat/classifier/GaussianKernelFunction.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
33 22 Jan 04 peter 1 // $Id$
33 22 Jan 04 peter 2
675 10 Oct 06 jari 3 /*
2119 12 Dec 09 peter 4   Copyright (C) 2004 Jari Häkkinen, Peter Johansson
831 27 Mar 07 peter 5   Copyright (C) 2005 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 6   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 9   Copyright (C) 2012 Peter Johansson
33 22 Jan 04 peter 10
1437 25 Aug 08 peter 11   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
33 22 Jan 04 peter 12
675 10 Oct 06 jari 13   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 14   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 15   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 16   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 17
675 10 Oct 06 jari 18   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 19   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 20   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 21   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 22
675 10 Oct 06 jari 23   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 24   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 25 */
675 10 Oct 06 jari 26
2881 18 Nov 12 peter 27 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 28
680 11 Oct 06 jari 29 #include "GaussianKernelFunction.h"
680 11 Oct 06 jari 30 #include "KernelFunction.h"
680 11 Oct 06 jari 31 #include "DataLookup1D.h"
680 11 Oct 06 jari 32 #include "DataLookupWeighted1D.h"
675 10 Oct 06 jari 33
781 05 Mar 07 peter 34 #include <cassert>
295 29 Apr 05 peter 35 #include <math.h>
33 22 Jan 04 peter 36
42 26 Feb 04 jari 37 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 38 namespace yat {
4200 19 Aug 22 peter 39 namespace classifier {
33 22 Jan 04 peter 40
4200 19 Aug 22 peter 41   GaussianKernelFunction::GaussianKernelFunction(double sigma)
527 01 Mar 06 peter 42     : KernelFunction(), sigma2_(sigma*sigma)
527 01 Mar 06 peter 43   {
527 01 Mar 06 peter 44   }
33 22 Jan 04 peter 45
527 01 Mar 06 peter 46   double GaussianKernelFunction::operator()(const DataLookup1D& x,
527 01 Mar 06 peter 47                                             const DataLookup1D& y) const
527 01 Mar 06 peter 48   {
527 01 Mar 06 peter 49     assert(x.size()==y.size());
527 01 Mar 06 peter 50     double d2 = 0;
527 01 Mar 06 peter 51     for (size_t i=0; i<x.size(); i++){
527 01 Mar 06 peter 52       double d = x(i)-y(i);
527 01 Mar 06 peter 53       d2 += d*d;
527 01 Mar 06 peter 54     }
4200 19 Aug 22 peter 55     return exp(-d2/sigma2_);
67 27 Apr 04 peter 56   }
33 22 Jan 04 peter 57
627 05 Sep 06 peter 58
627 05 Sep 06 peter 59   double GaussianKernelFunction::operator()(const DataLookup1D& x,
627 05 Sep 06 peter 60                                             const DataLookupWeighted1D& y) const
627 05 Sep 06 peter 61   {
627 05 Sep 06 peter 62     assert(x.size()==y.size());
627 05 Sep 06 peter 63     double d2 = 0;
627 05 Sep 06 peter 64     double normalization_factor = 0;
627 05 Sep 06 peter 65     for (size_t i=0; i<x.size(); i++) {
627 05 Sep 06 peter 66       // ignoring Nan with accompanied weight zero
627 05 Sep 06 peter 67       if (y.weight(i)){
627 05 Sep 06 peter 68         d2 += y.weight(i) * (x(i)-y.data(i)) * (x(i)-y.data(i));
627 05 Sep 06 peter 69         normalization_factor += y.weight(i);
627 05 Sep 06 peter 70       }
627 05 Sep 06 peter 71     }
627 05 Sep 06 peter 72     // to make it coherent with no weight case
4200 19 Aug 22 peter 73     normalization_factor /= x.size();
627 05 Sep 06 peter 74     return exp(d2/normalization_factor/sigma2_);
627 05 Sep 06 peter 75   }
627 05 Sep 06 peter 76
627 05 Sep 06 peter 77
627 05 Sep 06 peter 78   double GaussianKernelFunction::operator()(const DataLookupWeighted1D& x,
627 05 Sep 06 peter 79                                             const DataLookupWeighted1D& y) const
627 05 Sep 06 peter 80   {
627 05 Sep 06 peter 81     assert(x.size()==y.size());
627 05 Sep 06 peter 82     double d2 = 0;
627 05 Sep 06 peter 83     double normalization_factor = 0;
627 05 Sep 06 peter 84     for (size_t i=0; i<x.size(); i++) {
627 05 Sep 06 peter 85       // ignoring Nan with accompanied weight zero
627 05 Sep 06 peter 86       if (x.weight(i) && y.weight(i)){
4200 19 Aug 22 peter 87         d2 += x.weight(i) * y.weight(i) * (x.data(i)-y.data(i)) *
627 05 Sep 06 peter 88           (x.data(i)-y.data(i));
627 05 Sep 06 peter 89         normalization_factor += x.weight(i) * y.weight(i);
627 05 Sep 06 peter 90       }
627 05 Sep 06 peter 91     }
627 05 Sep 06 peter 92     // to make it coherent with no weight case
4200 19 Aug 22 peter 93     normalization_factor /= x.size();
627 05 Sep 06 peter 94     return exp(d2/normalization_factor/sigma2_);
627 05 Sep 06 peter 95   }
627 05 Sep 06 peter 96
627 05 Sep 06 peter 97
680 11 Oct 06 jari 98 }}} // of namespace svn, yat, and theplu

Generated on Sat Oct 14 02:22:06 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)