yat/classifier/InputRanker.h

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4200 19 Aug 22 peter 1 #ifndef _theplu_yat_classifier_inputranker_
4200 19 Aug 22 peter 2 #define _theplu_yat_classifier_inputranker_
89 28 May 04 peter 3
675 10 Oct 06 jari 4 // $Id$
675 10 Oct 06 jari 5
675 10 Oct 06 jari 6 /*
831 27 Mar 07 peter 7   Copyright (C) 2004 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2005, 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 9   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 10   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
2986 18 Feb 13 peter 11   Copyright (C) 2013 Jari Häkkinen
675 10 Oct 06 jari 12
1437 25 Aug 08 peter 13   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 14
675 10 Oct 06 jari 15   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 16   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 17   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 18   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 19
675 10 Oct 06 jari 20   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 21   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 22   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 23   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 24
675 10 Oct 06 jari 25   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 26   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 27 */
675 10 Oct 06 jari 28
2966 23 Jan 13 jari 29 #include <cstddef>
295 29 Apr 05 peter 30 #include <vector>
89 28 May 04 peter 31
89 28 May 04 peter 32 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 33 namespace yat {
295 29 Apr 05 peter 34 namespace statistics {
295 29 Apr 05 peter 35   class Score;
295 29 Apr 05 peter 36 }
4200 19 Aug 22 peter 37 namespace classifier {
475 22 Dec 05 peter 38
475 22 Dec 05 peter 39   class MatrixLookup;
624 05 Sep 06 peter 40   class MatrixLookupWeighted;
475 22 Dec 05 peter 41   class Target;
475 22 Dec 05 peter 42
89 28 May 04 peter 43   ///
767 22 Feb 07 peter 44   /// @brief Class for ranking rows in a matrix, using a Score and a
102 15 Jun 04 peter 45   /// target vector.
4200 19 Aug 22 peter 46   ///
89 28 May 04 peter 47   class InputRanker
89 28 May 04 peter 48   {
420 02 Dec 05 jari 49
89 28 May 04 peter 50   public:
89 28 May 04 peter 51     ///
134 16 Aug 04 peter 52     /// Constructor taking data, target, a Score
108 16 Jun 04 peter 53     /// object and vector defining what samples to use (default is to
108 16 Jun 04 peter 54     /// use all samples)
89 28 May 04 peter 55     ///
4200 19 Aug 22 peter 56     InputRanker(const MatrixLookup&, const Target&, const statistics::Score&);
89 28 May 04 peter 57
89 28 May 04 peter 58     ///
624 05 Sep 06 peter 59     /// Constructor taking data, target, a Score
624 05 Sep 06 peter 60     /// object and vector defining what samples to use (default is to
624 05 Sep 06 peter 61     /// use all samples)
624 05 Sep 06 peter 62     ///
4200 19 Aug 22 peter 63     InputRanker(const MatrixLookupWeighted&, const Target&,
4200 19 Aug 22 peter 64                 const statistics::Score&);
624 05 Sep 06 peter 65
624 05 Sep 06 peter 66     ///
150 09 Sep 04 peter 67     /// highest ranked gene is ranked as number zero @return id
150 09 Sep 04 peter 68     /// (index) of input ranked as number \a i
89 28 May 04 peter 69     ///
720 26 Dec 06 jari 70     const std::vector<size_t>& id(void) const;
420 02 Dec 05 jari 71
89 28 May 04 peter 72     ///
150 09 Sep 04 peter 73     /// highest ranked gene is ranked as number zero @return rank for
665 05 Oct 06 peter 74     /// id (row) \a i
89 28 May 04 peter 75     ///
720 26 Dec 06 jari 76     const std::vector<size_t>& rank(void) const;
89 28 May 04 peter 77
665 05 Oct 06 peter 78     ///
1085 13 Feb 08 peter 79     /// @param rank should be a number in range [0,N-1] where N is number
665 05 Oct 06 peter 80     /// of inputs in data matrix. "score(0)" will gives the score of
4200 19 Aug 22 peter 81     /// the feature that had the highest score.
665 05 Oct 06 peter 82     ///
929 03 Oct 07 peter 83     /// @return score of the input that has been been ranked as
665 05 Oct 06 peter 84     /// number @a rank.
665 05 Oct 06 peter 85     ///
720 26 Dec 06 jari 86     double score(size_t rank) const;
89 28 May 04 peter 87
89 28 May 04 peter 88   private:
89 28 May 04 peter 89     std::vector<size_t> id_;
89 28 May 04 peter 90     std::vector<size_t> rank_;
665 05 Oct 06 peter 91     std::vector<double> score_;
89 28 May 04 peter 92   };
89 28 May 04 peter 93
420 02 Dec 05 jari 94
680 11 Oct 06 jari 95 }}} // of namespace classifier, yat, and theplu
89 28 May 04 peter 96
89 28 May 04 peter 97 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:22:09 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)