yat/omic/BamRegion.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4272 24 Jan 23 peter 1 // $Id$
4272 24 Jan 23 peter 2
4272 24 Jan 23 peter 3 /*
4272 24 Jan 23 peter 4   Copyright (C) 2023 Peter Johansson
4272 24 Jan 23 peter 5
4272 24 Jan 23 peter 6   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4272 24 Jan 23 peter 7
4272 24 Jan 23 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4272 24 Jan 23 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4272 24 Jan 23 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4272 24 Jan 23 peter 11   License, or (at your option) any later version.
4272 24 Jan 23 peter 12
4272 24 Jan 23 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4272 24 Jan 23 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4272 24 Jan 23 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4272 24 Jan 23 peter 16   General Public License for more details.
4272 24 Jan 23 peter 17
4272 24 Jan 23 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
4272 24 Jan 23 peter 19   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4272 24 Jan 23 peter 20 */
4272 24 Jan 23 peter 21
4272 24 Jan 23 peter 22 #include <config.h>
4272 24 Jan 23 peter 23
4272 24 Jan 23 peter 24 #include "BamRegion.h"
4272 24 Jan 23 peter 25
4272 24 Jan 23 peter 26 namespace theplu {
4272 24 Jan 23 peter 27 namespace yat {
4272 24 Jan 23 peter 28 namespace omic {
4272 24 Jan 23 peter 29
4272 24 Jan 23 peter 30   BamRegion::BamRegion(int tid, hts_pos_t begin, hts_pos_t end)
4272 24 Jan 23 peter 31     : tid_(tid), begin_(begin), end_(end)
4272 24 Jan 23 peter 32   {}
4272 24 Jan 23 peter 33
4272 24 Jan 23 peter 34
4272 24 Jan 23 peter 35   int& BamRegion::tid(void)
4272 24 Jan 23 peter 36   {
4272 24 Jan 23 peter 37     return tid_;
4272 24 Jan 23 peter 38   }
4272 24 Jan 23 peter 39
4272 24 Jan 23 peter 40
4272 24 Jan 23 peter 41   const int& BamRegion::tid(void) const
4272 24 Jan 23 peter 42   {
4272 24 Jan 23 peter 43     return tid_;
4272 24 Jan 23 peter 44   }
4272 24 Jan 23 peter 45
4272 24 Jan 23 peter 46
4272 24 Jan 23 peter 47   hts_pos_t& BamRegion::begin(void)
4272 24 Jan 23 peter 48   {
4272 24 Jan 23 peter 49     return begin_;
4272 24 Jan 23 peter 50   }
4272 24 Jan 23 peter 51
4272 24 Jan 23 peter 52
4272 24 Jan 23 peter 53   const hts_pos_t& BamRegion::begin(void) const
4272 24 Jan 23 peter 54   {
4272 24 Jan 23 peter 55     return begin_;
4272 24 Jan 23 peter 56   }
4272 24 Jan 23 peter 57
4272 24 Jan 23 peter 58
4272 24 Jan 23 peter 59   hts_pos_t& BamRegion::end(void)
4272 24 Jan 23 peter 60   {
4272 24 Jan 23 peter 61     return end_;
4272 24 Jan 23 peter 62   }
4272 24 Jan 23 peter 63
4272 24 Jan 23 peter 64
4272 24 Jan 23 peter 65   const hts_pos_t& BamRegion::end(void) const
4272 24 Jan 23 peter 66   {
4272 24 Jan 23 peter 67     return end_;
4272 24 Jan 23 peter 68   }
4272 24 Jan 23 peter 69
4272 24 Jan 23 peter 70 }}}

Generated on Sat Oct 14 02:22:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)