yat/omic/BamWriteIterator.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2883 03 Dec 12 peter 1 // $Id$
2883 03 Dec 12 peter 2
2993 03 Mar 13 peter 3 /*
3999 08 Oct 20 peter 4   Copyright (C) 2012, 2013, 2017, 2018, 2020 Peter Johansson
2993 03 Mar 13 peter 5
2993 03 Mar 13 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
2993 03 Mar 13 peter 7
2993 03 Mar 13 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
2993 03 Mar 13 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
2993 03 Mar 13 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
2993 03 Mar 13 peter 11   License, or (at your option) any later version.
2993 03 Mar 13 peter 12
2993 03 Mar 13 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
2993 03 Mar 13 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2993 03 Mar 13 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
2993 03 Mar 13 peter 16   General Public License for more details.
2993 03 Mar 13 peter 17
2993 03 Mar 13 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
3752 17 Oct 18 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2993 03 Mar 13 peter 20 */
2993 03 Mar 13 peter 21
2980 04 Feb 13 peter 22 #include <config.h>
2980 04 Feb 13 peter 23
2883 03 Dec 12 peter 24 #include "BamWriteIterator.h"
2883 03 Dec 12 peter 25
2883 03 Dec 12 peter 26 #include "BamFile.h"
2883 03 Dec 12 peter 27
3883 24 Mar 20 peter 28 #include <htslib/sam.h>
2883 03 Dec 12 peter 29
2883 03 Dec 12 peter 30 #include <cassert>
2883 03 Dec 12 peter 31
2883 03 Dec 12 peter 32 namespace theplu {
2883 03 Dec 12 peter 33 namespace yat {
2883 03 Dec 12 peter 34 namespace omic {
2883 03 Dec 12 peter 35
2883 03 Dec 12 peter 36   BamWriter::BamWriter(void)
2883 03 Dec 12 peter 37     : out_(NULL)
2883 03 Dec 12 peter 38   {}
2883 03 Dec 12 peter 39
2883 03 Dec 12 peter 40
2883 03 Dec 12 peter 41   BamWriter::BamWriter(OutBamFile& o)
2883 03 Dec 12 peter 42   : out_(&o)
2883 03 Dec 12 peter 43   {}
2883 03 Dec 12 peter 44
2883 03 Dec 12 peter 45
2883 03 Dec 12 peter 46   void BamWriter::operator()(const BamRead& b) const
2883 03 Dec 12 peter 47   {
2883 03 Dec 12 peter 48     assert(out_);
2883 03 Dec 12 peter 49     out_->write(b);
2883 03 Dec 12 peter 50   }
2883 03 Dec 12 peter 51
2883 03 Dec 12 peter 52
3698 25 Sep 17 peter 53   BamWriteIterator::BamWriteIterator(void)
3698 25 Sep 17 peter 54   {}
3698 25 Sep 17 peter 55
3698 25 Sep 17 peter 56
2883 03 Dec 12 peter 57   BamWriteIterator::BamWriteIterator(OutBamFile& out)
2883 03 Dec 12 peter 58     : boost::function_output_iterator<BamWriter>(BamWriter(out))
2883 03 Dec 12 peter 59   {}
2883 03 Dec 12 peter 60
2883 03 Dec 12 peter 61 }}}

Generated on Sat Oct 14 02:22:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)