yat/omic/DNA.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2342 17 Oct 10 peter 1 // $Id$
2342 17 Oct 10 peter 2
2342 17 Oct 10 peter 3 /*
4089 07 Sep 21 peter 4   Copyright (C) 2010, 2011, 2012, 2016, 2021 Peter Johansson
2342 17 Oct 10 peter 5
2342 17 Oct 10 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
2342 17 Oct 10 peter 7
2342 17 Oct 10 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
2342 17 Oct 10 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
2342 17 Oct 10 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
2342 17 Oct 10 peter 11   License, or (at your option) any later version.
2342 17 Oct 10 peter 12
2342 17 Oct 10 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
2342 17 Oct 10 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2342 17 Oct 10 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
2342 17 Oct 10 peter 16   General Public License for more details.
2342 17 Oct 10 peter 17
2342 17 Oct 10 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
2342 17 Oct 10 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
2342 17 Oct 10 peter 20 */
2342 17 Oct 10 peter 21
2881 18 Nov 12 peter 22 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 23
2342 17 Oct 10 peter 24 #include "DNA.h"
2342 17 Oct 10 peter 25
2342 17 Oct 10 peter 26 #include <cassert>
2342 17 Oct 10 peter 27 #include <ostream>
3502 07 Jun 16 peter 28 #include <sstream>
2342 17 Oct 10 peter 29 #include <stdexcept>
2342 17 Oct 10 peter 30
2342 17 Oct 10 peter 31 namespace theplu {
2342 17 Oct 10 peter 32 namespace yat {
2342 17 Oct 10 peter 33 namespace omic {
2342 17 Oct 10 peter 34
2342 17 Oct 10 peter 35   DNA::DNA(void)
2741 07 Jun 12 peter 36     : code_(0)
2342 17 Oct 10 peter 37   {
2342 17 Oct 10 peter 38     assert(code_<16);
2342 17 Oct 10 peter 39   }
2342 17 Oct 10 peter 40
2342 17 Oct 10 peter 41
2342 17 Oct 10 peter 42   DNA::DNA(char c)
2342 17 Oct 10 peter 43   {
2741 07 Jun 12 peter 44     try {
3502 07 Jun 16 peter 45       code_ = char2code(static_cast<size_t>(c));
2741 07 Jun 12 peter 46     }
2741 07 Jun 12 peter 47     catch (std::invalid_argument& e) {
2342 17 Oct 10 peter 48       std::string msg("DNA('");
2342 17 Oct 10 peter 49       msg += c;
2342 17 Oct 10 peter 50       msg += "')";
4060 10 May 21 peter 51       std::throw_with_nested(std::invalid_argument(msg));
2342 17 Oct 10 peter 52     }
2342 17 Oct 10 peter 53     assert(code_<16);
2342 17 Oct 10 peter 54   }
2342 17 Oct 10 peter 55
2342 17 Oct 10 peter 56
3502 07 Jun 16 peter 57   unsigned short DNA::char2code(char x) const
2342 17 Oct 10 peter 58   {
3502 07 Jun 16 peter 59     switch (x) {
3502 07 Jun 16 peter 60     case(' '): return 0;
3502 07 Jun 16 peter 61     case('A'): return 1;
3502 07 Jun 16 peter 62     case('C'): return 2;
3502 07 Jun 16 peter 63     case('M'): return 3;
3502 07 Jun 16 peter 64     case('G'): return 4;
3502 07 Jun 16 peter 65     case('R'): return 5;
3502 07 Jun 16 peter 66     case('S'): return 6;
3502 07 Jun 16 peter 67     case('V'): return 7;
3502 07 Jun 16 peter 68     case('T'): return 8;
3502 07 Jun 16 peter 69     case('W'): return 9;
3502 07 Jun 16 peter 70     case('Y'): return 10;
3502 07 Jun 16 peter 71     case('H'): return 11;
3502 07 Jun 16 peter 72     case('K'): return 12;
3502 07 Jun 16 peter 73     case('D'): return 13;
3502 07 Jun 16 peter 74     case('B'): return 14;
3502 07 Jun 16 peter 75     case('N'): return 15;
3502 07 Jun 16 peter 76     default:
3502 07 Jun 16 peter 77     std::stringstream ss;
3502 07 Jun 16 peter 78     ss << "DNA::char2code('" << x << "')";
3502 07 Jun 16 peter 79     throw std::invalid_argument(ss.str());
3502 07 Jun 16 peter 80     }
3502 07 Jun 16 peter 81     return 0;
3502 07 Jun 16 peter 82   }
2342 17 Oct 10 peter 83
3502 07 Jun 16 peter 84
3502 07 Jun 16 peter 85   char DNA::code2char(unsigned short i) const
3502 07 Jun 16 peter 86   {
3502 07 Jun 16 peter 87     assert(i<16);
3502 07 Jun 16 peter 88     char tmp[17] = " ACMGRSVTWYHKDBN";
3502 07 Jun 16 peter 89     return tmp[i];
2342 17 Oct 10 peter 90   }
2342 17 Oct 10 peter 91
2342 17 Oct 10 peter 92
2342 17 Oct 10 peter 93   DNA DNA::complement(void) const
2342 17 Oct 10 peter 94   {
3502 07 Jun 16 peter 95     //        code2char = " ACMGRSVTWYHKDBN";
2742 08 Jun 12 peter 96     // complment to string char2code_
3502 07 Jun 16 peter 97     char complement[17] = " TGKCYSBAWRDMHVN";
3502 07 Jun 16 peter 98     assert(code_<16);
2742 08 Jun 12 peter 99     return DNA(complement[code_]);
2342 17 Oct 10 peter 100   }
2342 17 Oct 10 peter 101
2342 17 Oct 10 peter 102
2342 17 Oct 10 peter 103   std::string expand(const DNA& dna)
2342 17 Oct 10 peter 104   {
2342 17 Oct 10 peter 105     std::string result;
2342 17 Oct 10 peter 106     std::string str="ACGT";
2342 17 Oct 10 peter 107     for (size_t i=0; i<str.size(); ++i)
2342 17 Oct 10 peter 108       if ((dna & DNA(str[i])) != DNA(' '))
2342 17 Oct 10 peter 109         result.push_back(str[i]);
2342 17 Oct 10 peter 110     return result;
2342 17 Oct 10 peter 111   }
2342 17 Oct 10 peter 112
2342 17 Oct 10 peter 113
2342 17 Oct 10 peter 114   char DNA::get(void) const
2342 17 Oct 10 peter 115   {
3502 07 Jun 16 peter 116     return code2char(code_);
2342 17 Oct 10 peter 117   }
2342 17 Oct 10 peter 118
2741 07 Jun 12 peter 119
2342 17 Oct 10 peter 120   bool operator==(const DNA& lhs, const DNA& rhs)
2342 17 Oct 10 peter 121   {
2342 17 Oct 10 peter 122     return lhs.code_ == rhs.code_;
2342 17 Oct 10 peter 123   }
2342 17 Oct 10 peter 124
2342 17 Oct 10 peter 125
2342 17 Oct 10 peter 126   std::ostream& operator<<(std::ostream& os, const DNA& dna)
2342 17 Oct 10 peter 127   {
2342 17 Oct 10 peter 128     os.put(dna.get());
2342 17 Oct 10 peter 129     return os;
2342 17 Oct 10 peter 130   }
2342 17 Oct 10 peter 131
2342 17 Oct 10 peter 132
2342 17 Oct 10 peter 133   DNA& DNA::operator&=(const DNA& other)
2342 17 Oct 10 peter 134   {
2342 17 Oct 10 peter 135     code_ &= other.code_;
2342 17 Oct 10 peter 136     assert(code_<16);
2342 17 Oct 10 peter 137     return *this;
2342 17 Oct 10 peter 138   }
2342 17 Oct 10 peter 139
2342 17 Oct 10 peter 140
2342 17 Oct 10 peter 141   DNA& DNA::operator|=(const DNA& other)
2342 17 Oct 10 peter 142   {
2342 17 Oct 10 peter 143     code_ |= other.code_;
2342 17 Oct 10 peter 144     assert(code_<16);
2342 17 Oct 10 peter 145     return *this;
2342 17 Oct 10 peter 146   }
2342 17 Oct 10 peter 147
2342 17 Oct 10 peter 148
2342 17 Oct 10 peter 149   DNA& DNA::operator^=(const DNA& other)
2342 17 Oct 10 peter 150   {
2342 17 Oct 10 peter 151     code_ ^= other.code_;
2342 17 Oct 10 peter 152     assert(code_<16);
2342 17 Oct 10 peter 153     return *this;
2342 17 Oct 10 peter 154   }
2577 03 Oct 11 peter 155
2577 03 Oct 11 peter 156
2577 03 Oct 11 peter 157   DNA& DNA::operator=(char c)
2577 03 Oct 11 peter 158   {
3502 07 Jun 16 peter 159     *this = DNA(c);
2577 03 Oct 11 peter 160     return *this;
2577 03 Oct 11 peter 161   }
2577 03 Oct 11 peter 162
2342 17 Oct 10 peter 163 }}}

Generated on Sat Oct 14 02:22:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)