yat/omic/VcfCompare.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3759 17 Oct 18 peter 1 // $Id$
3759 17 Oct 18 peter 2
3759 17 Oct 18 peter 3 /*
3759 17 Oct 18 peter 4   Copyright (C) 2018 Peter Johansson
3759 17 Oct 18 peter 5
3759 17 Oct 18 peter 6   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
3759 17 Oct 18 peter 7   modify it under the terms of the GNU General Public License as
3759 17 Oct 18 peter 8   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
3759 17 Oct 18 peter 9   License, or (at your option) any later version.
3759 17 Oct 18 peter 10
3759 17 Oct 18 peter 11   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
3759 17 Oct 18 peter 12   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3759 17 Oct 18 peter 13   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
3759 17 Oct 18 peter 14   General Public License for more details.
3759 17 Oct 18 peter 15
3759 17 Oct 18 peter 16   You should have received a copy of the GNU General Public License
3759 17 Oct 18 peter 17   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3759 17 Oct 18 peter 18 */
3759 17 Oct 18 peter 19
3759 17 Oct 18 peter 20
3759 17 Oct 18 peter 21 #include <config.h>
3759 17 Oct 18 peter 22
3759 17 Oct 18 peter 23 #include "VcfCompare.h"
3759 17 Oct 18 peter 24
3759 17 Oct 18 peter 25 #include "VCF.h"
3759 17 Oct 18 peter 26 #include "VcfHeader.h"
3759 17 Oct 18 peter 27
3759 17 Oct 18 peter 28 #include <yat/utility/Exception.h>
3759 17 Oct 18 peter 29 #include <yat/utility/stl_utility.h>
3759 17 Oct 18 peter 30 #include <yat/utility/split.h>
3759 17 Oct 18 peter 31
3759 17 Oct 18 peter 32 #include <cassert>
3759 17 Oct 18 peter 33 #include <vector>
3759 17 Oct 18 peter 34 #include <sstream>
3759 17 Oct 18 peter 35 #include <string>
3759 17 Oct 18 peter 36
3759 17 Oct 18 peter 37 namespace theplu {
3759 17 Oct 18 peter 38 namespace yat {
3759 17 Oct 18 peter 39 namespace omic {
3759 17 Oct 18 peter 40
3759 17 Oct 18 peter 41   VcfCompare::VcfCompare(void)
3759 17 Oct 18 peter 42   {}
3759 17 Oct 18 peter 43
3759 17 Oct 18 peter 44
3759 17 Oct 18 peter 45   VcfCompare::VcfCompare(const VcfHeader& hdr)
3759 17 Oct 18 peter 46   {
3759 17 Oct 18 peter 47     for (size_t i=0; i<hdr.size(); ++i) {
3759 17 Oct 18 peter 48       if (hdr.key(i) != "contig")
3759 17 Oct 18 peter 49         continue;
3759 17 Oct 18 peter 50       std::vector<std::string> vec;
3759 17 Oct 18 peter 51       utility::split(vec, hdr.value(i), "=,");
3759 17 Oct 18 peter 52       assert(vec.size()>1);
3759 17 Oct 18 peter 53       int n = chr2tid_.size();
3759 17 Oct 18 peter 54       chr2tid_[vec[1]] = n;
3759 17 Oct 18 peter 55     }
3759 17 Oct 18 peter 56   }
3759 17 Oct 18 peter 57
3759 17 Oct 18 peter 58
3759 17 Oct 18 peter 59   bool VcfCompare::operator()(const VCF& lhs, const VCF& rhs) const
3759 17 Oct 18 peter 60   {
3759 17 Oct 18 peter 61     if (lhs.chromosome() != rhs.chromosome()) {
3759 17 Oct 18 peter 62       try {
3759 17 Oct 18 peter 63         return utility::get(chr2tid_, lhs.chromosome()) <
3759 17 Oct 18 peter 64           utility::get(chr2tid_, rhs.chromosome());
3759 17 Oct 18 peter 65       }
3759 17 Oct 18 peter 66       catch (const utility::get_error<std::string>& e) {
3759 17 Oct 18 peter 67         std::ostringstream msg;
3759 17 Oct 18 peter 68         msg << "VcfCompare: unknown chromosome: " << e.key();
3759 17 Oct 18 peter 69         throw utility::runtime_error(msg.str());
3759 17 Oct 18 peter 70       }
3759 17 Oct 18 peter 71     }
3759 17 Oct 18 peter 72
3759 17 Oct 18 peter 73     if (lhs.pos() != rhs.pos())
3759 17 Oct 18 peter 74       return lhs.pos() < rhs.pos();
3759 17 Oct 18 peter 75
3759 17 Oct 18 peter 76     if (lhs.ref() != rhs.ref())
3759 17 Oct 18 peter 77       return lhs.ref() < rhs.ref();
3759 17 Oct 18 peter 78
3759 17 Oct 18 peter 79     return lhs.alt() < rhs.alt();
3759 17 Oct 18 peter 80   }
3759 17 Oct 18 peter 81
3759 17 Oct 18 peter 82 }}}

Generated on Sat Oct 14 02:22:54 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)