yat/omic/VcfFile.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3762 19 Oct 18 peter 1 // $Id$
3762 19 Oct 18 peter 2
3762 19 Oct 18 peter 3 /*
4089 07 Sep 21 peter 4   Copyright (C) 2018, 2019, 2021 Peter Johansson
3762 19 Oct 18 peter 5
3762 19 Oct 18 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
3762 19 Oct 18 peter 7
3762 19 Oct 18 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
3762 19 Oct 18 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
3762 19 Oct 18 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
3762 19 Oct 18 peter 11   License, or (at your option) any later version.
3762 19 Oct 18 peter 12
3762 19 Oct 18 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
3762 19 Oct 18 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3762 19 Oct 18 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
3762 19 Oct 18 peter 16   General Public License for more details.
3762 19 Oct 18 peter 17
3762 19 Oct 18 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
3762 19 Oct 18 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3762 19 Oct 18 peter 20 */
3762 19 Oct 18 peter 21
3762 19 Oct 18 peter 22 #include <config.h>
3762 19 Oct 18 peter 23
3762 19 Oct 18 peter 24 #include "VcfFile.h"
3789 04 Apr 19 peter 25 #include "VCF.h"
3762 19 Oct 18 peter 26 #include "VcfHeader.h"
3762 19 Oct 18 peter 27
3762 19 Oct 18 peter 28 #include <yat/utility/Exception.h>
3762 19 Oct 18 peter 29
3762 19 Oct 18 peter 30 #include <boost/iostreams/filter/gzip.hpp>
3762 19 Oct 18 peter 31
3762 19 Oct 18 peter 32 #include <cassert>
3762 19 Oct 18 peter 33 #include <fstream>
3762 19 Oct 18 peter 34 #include <string>
3762 19 Oct 18 peter 35
3762 19 Oct 18 peter 36 namespace theplu {
3762 19 Oct 18 peter 37 namespace yat {
3762 19 Oct 18 peter 38 namespace omic {
3762 19 Oct 18 peter 39
3762 19 Oct 18 peter 40   VcfFile::VcfFile(void)
3762 19 Oct 18 peter 41   {
3762 19 Oct 18 peter 42   }
3762 19 Oct 18 peter 43
3762 19 Oct 18 peter 44
3762 19 Oct 18 peter 45   VcfFile::VcfFile(const std::string& fn)
3762 19 Oct 18 peter 46   {
3762 19 Oct 18 peter 47     open(fn);
3762 19 Oct 18 peter 48   }
3762 19 Oct 18 peter 49
3762 19 Oct 18 peter 50
3762 19 Oct 18 peter 51   void VcfFile::close(void)
3762 19 Oct 18 peter 52   {
3762 19 Oct 18 peter 53     // set pointers to NULL
3762 19 Oct 18 peter 54     header_.reset();
3762 19 Oct 18 peter 55     if (file_stream_)
3762 19 Oct 18 peter 56       file_stream_.reset();
3771 25 Oct 18 peter 57
3771 25 Oct 18 peter 58     fis_.reset();
3762 19 Oct 18 peter 59   }
3762 19 Oct 18 peter 60
3762 19 Oct 18 peter 61
3773 26 Oct 18 peter 62   bool VcfFile::good(void) const
3773 26 Oct 18 peter 63   {
3773 26 Oct 18 peter 64     return is_open() && fis_.good();
3773 26 Oct 18 peter 65   }
3773 26 Oct 18 peter 66
3773 26 Oct 18 peter 67
3762 19 Oct 18 peter 68   VcfHeader& VcfFile::header(void)
3762 19 Oct 18 peter 69   {
3762 19 Oct 18 peter 70     assert(header_);
3762 19 Oct 18 peter 71     return *header_;
3762 19 Oct 18 peter 72   }
3762 19 Oct 18 peter 73
3762 19 Oct 18 peter 74
3762 19 Oct 18 peter 75   const VcfHeader& VcfFile::header(void) const
3762 19 Oct 18 peter 76   {
3762 19 Oct 18 peter 77     assert(header_);
3762 19 Oct 18 peter 78     return *header_;
3762 19 Oct 18 peter 79   }
3762 19 Oct 18 peter 80
3762 19 Oct 18 peter 81
3762 19 Oct 18 peter 82   bool VcfFile::is_open(void) const
3762 19 Oct 18 peter 83   {
3762 19 Oct 18 peter 84     return header_ != NULL;
3762 19 Oct 18 peter 85   }
3762 19 Oct 18 peter 86
3762 19 Oct 18 peter 87
3762 19 Oct 18 peter 88   void VcfFile::open(const std::string& fn)
3762 19 Oct 18 peter 89   {
3764 22 Oct 18 peter 90     // Currently, if object is already open, the behaviour is
3764 22 Oct 18 peter 91     // undefined. What is the expected/desired behaviour?
3762 19 Oct 18 peter 92     assert(!is_open());
3762 19 Oct 18 peter 93     name_ = fn;
3762 19 Oct 18 peter 94
3762 19 Oct 18 peter 95     // pointer to input stream we're working on, either cin of
3762 19 Oct 18 peter 96     // constructed file stream.
3762 19 Oct 18 peter 97     std::istream* is = NULL;
3762 19 Oct 18 peter 98     if (fn == "-")
3762 19 Oct 18 peter 99       is = &std::cin;
3762 19 Oct 18 peter 100     else {
3764 22 Oct 18 peter 101       file_stream_.reset(new std::ifstream(fn.c_str()));
3762 19 Oct 18 peter 102       is = file_stream_.get();
3762 19 Oct 18 peter 103     }
3762 19 Oct 18 peter 104
3762 19 Oct 18 peter 105     // if stream is no good, throw
3762 19 Oct 18 peter 106     if (!is || !is->good()) {
3762 19 Oct 18 peter 107       std::ostringstream os;
3762 19 Oct 18 peter 108       os << "failed to open '" << fn << "'";
3762 19 Oct 18 peter 109       throw utility::IO_error(os.str());
3762 19 Oct 18 peter 110     }
3762 19 Oct 18 peter 111
3762 19 Oct 18 peter 112
3762 19 Oct 18 peter 113     // peek at the first character and determine if compressed or not
3762 19 Oct 18 peter 114     // if compressed, first char in stream is 0x1f (31)
3762 19 Oct 18 peter 115     bool compressed = (is->peek() == 31);
3762 19 Oct 18 peter 116     if (compressed)
3762 19 Oct 18 peter 117       fis_.push(boost::iostreams::gzip_decompressor());
3762 19 Oct 18 peter 118
3762 19 Oct 18 peter 119     fis_.push(*is);
3762 19 Oct 18 peter 120     assert(fis_.is_complete());
3762 19 Oct 18 peter 121
3762 19 Oct 18 peter 122     try {
3764 22 Oct 18 peter 123       assert(!header_);
3764 22 Oct 18 peter 124       header_.reset(new VcfHeader(fis_));
3762 19 Oct 18 peter 125     }
3762 19 Oct 18 peter 126     catch (utility::IO_error& e) {
3762 19 Oct 18 peter 127       std::ostringstream os;
3762 19 Oct 18 peter 128       os << "failed to open '" << fn << "' as ";
3762 19 Oct 18 peter 129       // compressed case
3762 19 Oct 18 peter 130       if (compressed)
3762 19 Oct 18 peter 131         os << "a compressed ";
3762 19 Oct 18 peter 132       else
3762 19 Oct 18 peter 133         os << "an uncompressed ";
3762 19 Oct 18 peter 134       os << "VCF file: " << e.what();
4060 10 May 21 peter 135       std::throw_with_nested(utility::runtime_error(os.str()));
3762 19 Oct 18 peter 136     }
3762 19 Oct 18 peter 137     assert(header_);
3762 19 Oct 18 peter 138     assert(is_open());
3762 19 Oct 18 peter 139   }
3762 19 Oct 18 peter 140
3773 26 Oct 18 peter 141
3773 26 Oct 18 peter 142   bool VcfFile::read(VCF& vcf)
3773 26 Oct 18 peter 143   {
3773 26 Oct 18 peter 144     fis_ >> vcf;
3773 26 Oct 18 peter 145     return good();
3773 26 Oct 18 peter 146   }
3773 26 Oct 18 peter 147
3762 19 Oct 18 peter 148 }}}

Generated on Sat Oct 14 02:22:55 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)