yat/omic/config_bam.h

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2928 25 Dec 12 peter 1 #ifndef theplu_yat_omic_config_bam
2928 25 Dec 12 peter 2 #define theplu_yat_omic_config_bam
2928 25 Dec 12 peter 3
2928 25 Dec 12 peter 4 // $Id$
2928 25 Dec 12 peter 5
2928 25 Dec 12 peter 6 /*
4346 24 Apr 23 peter 7   Copyright (C) 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2018, 2020, 2022, 2023 Peter Johansson
4346 24 Apr 23 peter 8
4346 24 Apr 23 peter 9   This file is part of the yat library, https://dev.thep.lu.se/yat
4346 24 Apr 23 peter 10
4346 24 Apr 23 peter 11   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
4346 24 Apr 23 peter 12   modify it under the terms of the GNU General Public License as
4346 24 Apr 23 peter 13   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
4346 24 Apr 23 peter 14   License, or (at your option) any later version.
4346 24 Apr 23 peter 15
4346 24 Apr 23 peter 16   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
4346 24 Apr 23 peter 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
4346 24 Apr 23 peter 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
4346 24 Apr 23 peter 19   General Public License for more details.
4346 24 Apr 23 peter 20
4346 24 Apr 23 peter 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
4346 24 Apr 23 peter 22   along with yat. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
4346 24 Apr 23 peter 23 */
4346 24 Apr 23 peter 24
4346 24 Apr 23 peter 25 /*
2928 25 Dec 12 peter 26    The purpose of this file is to cater for different installation
2928 25 Dec 12 peter 27    styles. As samtools' Makefile contains no install rule, different
2928 25 Dec 12 peter 28    distributions have come up with different ideas where to put
2978 30 Jan 13 peter 29    samtools' header files. Red Hat put them in '/usr/include/bam'
2928 25 Dec 12 peter 30    whereas Ubuntu put them in '/usr/include/samtools/'. We could solve
2928 25 Dec 12 peter 31    this by #including <bam.h> and then add appropriate include path
2928 25 Dec 12 peter 32    (-I) flags to the compiler, but in order to support arbitrary
2928 25 Dec 12 peter 33    PREFIX we instead choose to #define macros BAM_HEADER and
2978 30 Jan 13 peter 34    SAM_HEADER depending on where we found the bam headers (at
2978 30 Jan 13 peter 35    configure time) as <bam.h>, <bam/bam.h>, or <samtools/bam.h>.
2928 25 Dec 12 peter 36  */
2928 25 Dec 12 peter 37
2928 25 Dec 12 peter 38 #include "yat/utility/config_public.h"
2928 25 Dec 12 peter 39
4169 25 Mar 22 peter 40 // These #defines are not needed anymore (since we don't support
3883 24 Mar 20 peter 41 // building against libbam), but left for backward compatibility with
3883 24 Mar 20 peter 42 // yat 0.17.
3415 30 Apr 15 peter 43 #if defined YAT_HAVE_HTSLIB_HTS_H
3350 20 Nov 14 peter 44 #  define YAT_SAM_HEADER "htslib/sam.h"
3475 08 Mar 16 peter 45 #  define YAT_FAIDX_HEADER "htslib/faidx.h"
2928 25 Dec 12 peter 46 #endif
2928 25 Dec 12 peter 47
3350 20 Nov 14 peter 48 #ifndef YAT_SAM_HEADER
2990 26 Feb 13 peter 49 #error This file requires samtools header files and cannot be used when \
3439 20 Nov 15 peter 50 yat was configured with switch '--without-htslib'.
2928 25 Dec 12 peter 51 #endif
2990 26 Feb 13 peter 52
2990 26 Feb 13 peter 53 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:22:58 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)