yat/omic/phred.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
3325 07 Oct 14 peter 1 // $Id$
3325 07 Oct 14 peter 2
3325 07 Oct 14 peter 3 /*
3325 07 Oct 14 peter 4   Copyright (C) 2014 Peter Johansson
3325 07 Oct 14 peter 5
3325 07 Oct 14 peter 6   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
3325 07 Oct 14 peter 7
3325 07 Oct 14 peter 8   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
3325 07 Oct 14 peter 9   modify it under the terms of the GNU General Public License as
3325 07 Oct 14 peter 10   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
3325 07 Oct 14 peter 11   License, or (at your option) any later version.
3325 07 Oct 14 peter 12
3325 07 Oct 14 peter 13   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
3325 07 Oct 14 peter 14   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3325 07 Oct 14 peter 15   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
3325 07 Oct 14 peter 16   General Public License for more details.
3325 07 Oct 14 peter 17
3325 07 Oct 14 peter 18   You should have received a copy of the GNU General Public License
3325 07 Oct 14 peter 19   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
3325 07 Oct 14 peter 20 */
3325 07 Oct 14 peter 21
3325 07 Oct 14 peter 22 #include <config.h>
3325 07 Oct 14 peter 23
3325 07 Oct 14 peter 24 #include "phred.h"
3325 07 Oct 14 peter 25
3325 07 Oct 14 peter 26 #include <cmath>
3325 07 Oct 14 peter 27
3325 07 Oct 14 peter 28 namespace theplu {
3325 07 Oct 14 peter 29 namespace yat {
3325 07 Oct 14 peter 30 namespace omic {
3325 07 Oct 14 peter 31
3325 07 Oct 14 peter 32   double phred(double p)
3325 07 Oct 14 peter 33   {
3325 07 Oct 14 peter 34     return - 10 * std::log10(p);
3325 07 Oct 14 peter 35   }
3325 07 Oct 14 peter 36
3325 07 Oct 14 peter 37
3325 07 Oct 14 peter 38   double phred_inv(double x)
3325 07 Oct 14 peter 39   {
3325 07 Oct 14 peter 40     return std::pow(10.0, -x/10.0);
3325 07 Oct 14 peter 41   }
3325 07 Oct 14 peter 42
3325 07 Oct 14 peter 43 }}}

Generated on Sat Oct 14 02:22:59 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)