yat/statistics/FoldChange.cc

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414 01 Dec 05 peter 2
675 10 Oct 06 jari 3 /*
831 27 Mar 07 peter 4   Copyright (C) 2005 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 6   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2012 Peter Johansson
414 01 Dec 05 peter 9
1437 25 Aug 08 peter 10   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 11
675 10 Oct 06 jari 12   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
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675 10 Oct 06 jari 21
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1487 10 Sep 08 jari 23   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 24 */
675 10 Oct 06 jari 25
2881 18 Nov 12 peter 26 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 27
680 11 Oct 06 jari 28 #include "FoldChange.h"
680 11 Oct 06 jari 29 #include "Score.h"
680 11 Oct 06 jari 30 #include "Averager.h"
680 11 Oct 06 jari 31 #include "AveragerWeighted.h"
675 10 Oct 06 jari 32 #include "yat/classifier/DataLookupWeighted1D.h"
675 10 Oct 06 jari 33 #include "yat/classifier/Target.h"
1120 21 Feb 08 peter 34 #include "yat/utility/VectorBase.h"
675 10 Oct 06 jari 35
1683 30 Dec 08 peter 36 #include <cmath>
1683 30 Dec 08 peter 37
414 01 Dec 05 peter 38 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 39 namespace yat {
414 01 Dec 05 peter 40 namespace statistics {
414 01 Dec 05 peter 41
414 01 Dec 05 peter 42   FoldChange::FoldChange(bool absolute)
414 01 Dec 05 peter 43     : Score(absolute)
414 01 Dec 05 peter 44   {
414 01 Dec 05 peter 45   }
414 01 Dec 05 peter 46
4200 19 Aug 22 peter 47   double FoldChange::score(const classifier::Target& target,
1023 01 Feb 08 peter 48                            const utility::VectorBase& value) const
414 01 Dec 05 peter 49   {
414 01 Dec 05 peter 50     Averager pos;
414 01 Dec 05 peter 51     Averager neg;
414 01 Dec 05 peter 52
4200 19 Aug 22 peter 53     for (size_t i=0; i<value.size(); i++)
514 20 Feb 06 peter 54       if (target.binary(i))
475 22 Dec 05 peter 55         pos.add(value(i));
414 01 Dec 05 peter 56       else
475 22 Dec 05 peter 57         neg.add(value(i));
4200 19 Aug 22 peter 58
414 01 Dec 05 peter 59     if (absolute_)
1683 30 Dec 08 peter 60       return std::abs(pos.mean()-neg.mean());
414 01 Dec 05 peter 61     return pos.mean()-neg.mean();
414 01 Dec 05 peter 62   }
414 01 Dec 05 peter 63
4200 19 Aug 22 peter 64   double FoldChange::score(const classifier::Target& target,
779 05 Mar 07 peter 65                            const classifier::DataLookupWeighted1D& value) const
623 05 Sep 06 peter 66   {
623 05 Sep 06 peter 67     AveragerWeighted pos;
623 05 Sep 06 peter 68     AveragerWeighted neg;
623 05 Sep 06 peter 69
4200 19 Aug 22 peter 70     for (size_t i=0; i<value.size(); i++)
623 05 Sep 06 peter 71       if (target.binary(i))
623 05 Sep 06 peter 72         pos.add(value.data(i),value.weight(i));
623 05 Sep 06 peter 73       else
623 05 Sep 06 peter 74         neg.add(value.data(i),value.weight(i));
4200 19 Aug 22 peter 75
623 05 Sep 06 peter 76     if (absolute_)
1683 30 Dec 08 peter 77       return std::abs(pos.mean()-neg.mean());
623 05 Sep 06 peter 78     return pos.mean()-neg.mean();
623 05 Sep 06 peter 79   }
623 05 Sep 06 peter 80
4200 19 Aug 22 peter 81   double FoldChange::score(const classifier::Target& target,
1023 01 Feb 08 peter 82                            const utility::VectorBase& value,
1023 01 Feb 08 peter 83                            const utility::VectorBase& weight) const
414 01 Dec 05 peter 84   {
414 01 Dec 05 peter 85     AveragerWeighted pos;
414 01 Dec 05 peter 86     AveragerWeighted neg;
414 01 Dec 05 peter 87
4200 19 Aug 22 peter 88     for (size_t i=0; i<value.size(); i++)
514 20 Feb 06 peter 89       if (target.binary(i))
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414 01 Dec 05 peter 91       else
475 22 Dec 05 peter 92         neg.add(value(i),weight(i));
4200 19 Aug 22 peter 93
414 01 Dec 05 peter 94     if (absolute_)
1683 30 Dec 08 peter 95       return std::abs(pos.mean()-neg.mean());
414 01 Dec 05 peter 96     return pos.mean()-neg.mean();
414 01 Dec 05 peter 97   }
414 01 Dec 05 peter 98
680 11 Oct 06 jari 99 }}} // of namespace statistics, yat, and theplu

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