yat/statistics/FoldChange.h

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
680 11 Oct 06 jari 1 #ifndef _theplu_yat_statistics_foldchange_
680 11 Oct 06 jari 2 #define _theplu_yat_statistics_foldchange_
414 01 Dec 05 peter 3
616 31 Aug 06 jari 4 // $Id$
616 31 Aug 06 jari 5
675 10 Oct 06 jari 6 /*
831 27 Mar 07 peter 7   Copyright (C) 2005 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 9   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 10   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 11   Copyright (C) 2009 Peter Johansson
675 10 Oct 06 jari 12
1437 25 Aug 08 peter 13   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 14
675 10 Oct 06 jari 15   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 16   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 17   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 18   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 19
675 10 Oct 06 jari 20   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 21   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 22   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 23   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 24
675 10 Oct 06 jari 25   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 26   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 27 */
675 10 Oct 06 jari 28
414 01 Dec 05 peter 29 #include "Score.h"
414 01 Dec 05 peter 30
414 01 Dec 05 peter 31 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 32 namespace yat {
2055 08 Sep 09 peter 33 namespace utility {
2055 08 Sep 09 peter 34   class VectorBase;
2055 08 Sep 09 peter 35 }
414 01 Dec 05 peter 36 namespace statistics {
414 01 Dec 05 peter 37
414 01 Dec 05 peter 38   ///
767 22 Feb 07 peter 39   /// @brief Score given by the difference by the group means.
414 01 Dec 05 peter 40   ///
414 01 Dec 05 peter 41   class FoldChange : public Score
414 01 Dec 05 peter 42   {
414 01 Dec 05 peter 43   public:
414 01 Dec 05 peter 44
4200 19 Aug 22 peter 45     ///
4200 19 Aug 22 peter 46     /// @brief Default Constructor
4200 19 Aug 22 peter 47     ///
414 01 Dec 05 peter 48     FoldChange(bool absolute=true);
414 01 Dec 05 peter 49
414 01 Dec 05 peter 50     ///
414 01 Dec 05 peter 51     /// @return difference of the means of the two classes
414 01 Dec 05 peter 52     ///
4200 19 Aug 22 peter 53     /// @param target
414 01 Dec 05 peter 54     /// @param value vector of the values
414 01 Dec 05 peter 55     ///
4200 19 Aug 22 peter 56     double score(const classifier::Target& target,
4200 19 Aug 22 peter 57                  const utility::VectorBase& value) const;
4200 19 Aug 22 peter 58
4200 19 Aug 22 peter 59     ///
623 05 Sep 06 peter 60     /// @return difference of the means of the two classes
623 05 Sep 06 peter 61     ///
4200 19 Aug 22 peter 62     /// @param target
623 05 Sep 06 peter 63     /// @param value vector of the values (with weights)
623 05 Sep 06 peter 64     ///
4200 19 Aug 22 peter 65     double score(const classifier::Target& target,
4200 19 Aug 22 peter 66                  const classifier::DataLookupWeighted1D& value) const;
4200 19 Aug 22 peter 67
4200 19 Aug 22 peter 68     ///
414 01 Dec 05 peter 69     /// @return difference of the weighted means of the two classes
414 01 Dec 05 peter 70     ///
4200 19 Aug 22 peter 71     /// @param target
414 01 Dec 05 peter 72     /// @param value vector of the values
414 01 Dec 05 peter 73     /// @param weight vector of accompanied weight to the values
4200 19 Aug 22 peter 74     ///
4200 19 Aug 22 peter 75     double score(const classifier::Target& target,
1023 01 Feb 08 peter 76                  const utility::VectorBase& value,
4200 19 Aug 22 peter 77                  const utility::VectorBase& weight) const;
4200 19 Aug 22 peter 78
414 01 Dec 05 peter 79   private:
414 01 Dec 05 peter 80
4200 19 Aug 22 peter 81     ///
4200 19 Aug 22 peter 82     /// @brief Copy Constructor
4200 19 Aug 22 peter 83     ///
414 01 Dec 05 peter 84     FoldChange(const FoldChange&);
414 01 Dec 05 peter 85
414 01 Dec 05 peter 86     ///
414 01 Dec 05 peter 87     /// @brief Assignment operator
414 01 Dec 05 peter 88     ///
414 01 Dec 05 peter 89     FoldChange& operator=(const FoldChange&);
414 01 Dec 05 peter 90
414 01 Dec 05 peter 91   };
414 01 Dec 05 peter 92
680 11 Oct 06 jari 93 }}} // of namespace statistics, yat, and theplu
414 01 Dec 05 peter 94
414 01 Dec 05 peter 95 #endif

Generated on Sat Oct 14 02:23:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)