yat/statistics/WilcoxonFoldChange.cc

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461 16 Dec 05 peter 2
675 10 Oct 06 jari 3 /*
831 27 Mar 07 peter 4   Copyright (C) 2005 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 5   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 6   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2012 Peter Johansson
461 16 Dec 05 peter 9
1437 25 Aug 08 peter 10   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 11
675 10 Oct 06 jari 12   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
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1486 09 Sep 08 jari 14   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
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675 10 Oct 06 jari 16
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675 10 Oct 06 jari 20   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 21
675 10 Oct 06 jari 22   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 23   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 24 */
675 10 Oct 06 jari 25
2881 18 Nov 12 peter 26 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 27
680 11 Oct 06 jari 28 #include "WilcoxonFoldChange.h"
680 11 Oct 06 jari 29 #include "utility.h"
675 10 Oct 06 jari 30 #include "yat/classifier/Target.h"
1471 02 Sep 08 peter 31 #include "yat/utility/DataWeight.h"
675 10 Oct 06 jari 32
465 16 Dec 05 peter 33 #include <cmath>
475 22 Dec 05 peter 34 #include <vector>
488 04 Jan 06 peter 35 #include <iostream>
461 16 Dec 05 peter 36
461 16 Dec 05 peter 37 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 38 namespace yat {
461 16 Dec 05 peter 39 namespace statistics {
461 16 Dec 05 peter 40
461 16 Dec 05 peter 41
461 16 Dec 05 peter 42   WilcoxonFoldChange::WilcoxonFoldChange(bool absolute)
461 16 Dec 05 peter 43     : Score(absolute)
461 16 Dec 05 peter 44   {
461 16 Dec 05 peter 45   }
461 16 Dec 05 peter 46
461 16 Dec 05 peter 47
4200 19 Aug 22 peter 48   double WilcoxonFoldChange::score(const classifier::Target& target,
1023 01 Feb 08 peter 49                                    const utility::VectorBase& value) const
461 16 Dec 05 peter 50   {
465 16 Dec 05 peter 51     std::vector<double> distance;
4200 19 Aug 22 peter 52     //Peter, should reserve the vector to avoid reallocations
475 22 Dec 05 peter 53     for (size_t i=0; i<target.size(); i++) {
1315 19 May 08 peter 54       if (target.binary(i)) continue;
488 04 Jan 06 peter 55       for (size_t j=0; j<target.size(); j++) {
1315 19 May 08 peter 56         if (!target.binary(j))
1315 19 May 08 peter 57           distance.push_back(value(i)-value(j));
465 16 Dec 05 peter 58       }
465 16 Dec 05 peter 59     }
465 16 Dec 05 peter 60     if (absolute_)
1683 30 Dec 08 peter 61       return std::abs(median(distance.begin(), distance.end()));
932 05 Oct 07 peter 62     return median(distance.begin(), distance.end());
461 16 Dec 05 peter 63   }
461 16 Dec 05 peter 64
623 05 Sep 06 peter 65
4200 19 Aug 22 peter 66   double WilcoxonFoldChange::score(const classifier::Target& target,
1023 01 Feb 08 peter 67                                    const utility::VectorBase& value,
1023 01 Feb 08 peter 68                                    const utility::VectorBase& weight) const
461 16 Dec 05 peter 69   {
1471 02 Sep 08 peter 70     std::vector<utility::DataWeight> distance;
4200 19 Aug 22 peter 71     //Peter, should reserve the vector to avoid reallocations
1471 02 Sep 08 peter 72     for (size_t i=0; i<target.size(); i++) {
1471 02 Sep 08 peter 73       if (target.binary(i)) continue;
1471 02 Sep 08 peter 74       for (size_t j=0; j<target.size(); j++) {
1471 02 Sep 08 peter 75         if (!target.binary(j))
1471 02 Sep 08 peter 76           distance.push_back(utility::DataWeight(value(i)-value(j),
1471 02 Sep 08 peter 77                                                  weight(i)*weight(j)));
1471 02 Sep 08 peter 78       }
1471 02 Sep 08 peter 79     }
1471 02 Sep 08 peter 80     if (absolute_)
1683 30 Dec 08 peter 81       return std::abs(median(distance.begin(), distance.end()));
1471 02 Sep 08 peter 82     return median(distance.begin(), distance.end());
1471 02 Sep 08 peter 83
4200 19 Aug 22 peter 84
465 16 Dec 05 peter 85     return 0;
461 16 Dec 05 peter 86   }
461 16 Dec 05 peter 87
680 11 Oct 06 jari 88 }}} // of namespace statistics, yat, and theplu

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