yat/statistics/WilcoxonFoldChange.h

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680 11 Oct 06 jari 1 #ifndef _theplu_yat_statistics_wilcoxonfoldchange_
680 11 Oct 06 jari 2 #define _theplu_yat_statistics_wilcoxonfoldchange_
461 16 Dec 05 peter 3
616 31 Aug 06 jari 4 // $Id$
616 31 Aug 06 jari 5
675 10 Oct 06 jari 6 /*
831 27 Mar 07 peter 7   Copyright (C) 2005 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 9   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 10   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
461 16 Dec 05 peter 11
1437 25 Aug 08 peter 12   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 13
675 10 Oct 06 jari 14   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 15   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 16   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 17   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 18
675 10 Oct 06 jari 19   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 20   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 21   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 22   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 23
675 10 Oct 06 jari 24   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 25   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 26 */
675 10 Oct 06 jari 27
680 11 Oct 06 jari 28 #include "Score.h"
675 10 Oct 06 jari 29
461 16 Dec 05 peter 30 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 31 namespace yat {
616 31 Aug 06 jari 32   namespace utility {
1023 01 Feb 08 peter 33     class VectorBase;
616 31 Aug 06 jari 34   }
461 16 Dec 05 peter 35 namespace statistics {
461 16 Dec 05 peter 36
1315 19 May 08 peter 37   /**
4200 19 Aug 22 peter 38      @brief WilcoxonFoldChange
4200 19 Aug 22 peter 39
1315 19 May 08 peter 40      WilcoxonFoldChange is calculated as follows: Having \f$ n_+ \f$
1315 19 May 08 peter 41      samples from class + and \f$ n_- \f$ from class -, all \f$ n_+
1315 19 May 08 peter 42      n_- \f$ pairwise distances are calculated, and the
1315 19 May 08 peter 43      WilcoxonFoldChange is the median of these values.
1315 19 May 08 peter 44   */
461 16 Dec 05 peter 45   class WilcoxonFoldChange : public Score
461 16 Dec 05 peter 46   {
461 16 Dec 05 peter 47   public:
461 16 Dec 05 peter 48
4200 19 Aug 22 peter 49     ///
4200 19 Aug 22 peter 50     /// @brief Default Constructor
4200 19 Aug 22 peter 51     ///
461 16 Dec 05 peter 52     WilcoxonFoldChange(bool absolute=true);
461 16 Dec 05 peter 53
461 16 Dec 05 peter 54     ///
1315 19 May 08 peter 55     /// @return median of all pairwise differences
461 16 Dec 05 peter 56     ///
648 14 Sep 06 peter 57     /// @param target defining the two groups (Target.binary() )
461 16 Dec 05 peter 58     /// @param value vector of the values
4200 19 Aug 22 peter 59     ///
4200 19 Aug 22 peter 60     double score(const classifier::Target& target,
4200 19 Aug 22 peter 61                  const utility::VectorBase& value) const;
4200 19 Aug 22 peter 62
4200 19 Aug 22 peter 63     ///
1471 02 Sep 08 peter 64     /// @return weighted median of all pairwise differences
4200 19 Aug 22 peter 65     ///
1471 02 Sep 08 peter 66     /// For each pair a DataWeight is created with value = value(i) -
1471 02 Sep 08 peter 67     /// value(j) and weight = weight(i)*weight(j) where sample i and
1471 02 Sep 08 peter 68     /// sample j come from different groups.
623 05 Sep 06 peter 69     ///
4200 19 Aug 22 peter 70     /// @param target defining the two groups
461 16 Dec 05 peter 71     /// @param value vector of the values
461 16 Dec 05 peter 72     /// @param weight vector of accompanied weight to the values
465 16 Dec 05 peter 73     ///
465 16 Dec 05 peter 74     /// @note not implemented
465 16 Dec 05 peter 75     ///
4200 19 Aug 22 peter 76     double score(const classifier::Target& target,
4200 19 Aug 22 peter 77                  const utility::VectorBase& value,
4200 19 Aug 22 peter 78                  const utility::VectorBase& weight) const;
4200 19 Aug 22 peter 79
461 16 Dec 05 peter 80   private:
461 16 Dec 05 peter 81
4200 19 Aug 22 peter 82     ///
4200 19 Aug 22 peter 83     /// @brief Copy Constructor
4200 19 Aug 22 peter 84     ///
461 16 Dec 05 peter 85     WilcoxonFoldChange(const WilcoxonFoldChange&);
461 16 Dec 05 peter 86
461 16 Dec 05 peter 87     ///
461 16 Dec 05 peter 88     /// @brief Assignment operator
461 16 Dec 05 peter 89     ///
461 16 Dec 05 peter 90     WilcoxonFoldChange& operator=(const WilcoxonFoldChange&);
461 16 Dec 05 peter 91   };
461 16 Dec 05 peter 92
680 11 Oct 06 jari 93 }}} // of namespace statistics, yat, and theplu
461 16 Dec 05 peter 94
461 16 Dec 05 peter 95 #endif

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