yat/statistics/tTest.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
98 10 Jun 04 peter 1 // $Id$
98 10 Jun 04 peter 2
675 10 Oct 06 jari 3 /*
2119 12 Dec 09 peter 4   Copyright (C) 2004 Jari Häkkinen, Peter Johansson
831 27 Mar 07 peter 5   Copyright (C) 2005 Peter Johansson
2119 12 Dec 09 peter 6   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson, Markus Ringnér
4359 23 Aug 23 peter 7   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
4359 23 Aug 23 peter 8   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson
3114 10 Nov 13 peter 9   Copyright (C) 2012, 2013 Peter Johansson
675 10 Oct 06 jari 10
1437 25 Aug 08 peter 11   This file is part of the yat library, http://dev.thep.lu.se/yat
675 10 Oct 06 jari 12
675 10 Oct 06 jari 13   The yat library is free software; you can redistribute it and/or
675 10 Oct 06 jari 14   modify it under the terms of the GNU General Public License as
1486 09 Sep 08 jari 15   published by the Free Software Foundation; either version 3 of the
675 10 Oct 06 jari 16   License, or (at your option) any later version.
675 10 Oct 06 jari 17
675 10 Oct 06 jari 18   The yat library is distributed in the hope that it will be useful,
675 10 Oct 06 jari 19   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
675 10 Oct 06 jari 20   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
675 10 Oct 06 jari 21   General Public License for more details.
675 10 Oct 06 jari 22
675 10 Oct 06 jari 23   You should have received a copy of the GNU General Public License
1487 10 Sep 08 jari 24   along with yat. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
675 10 Oct 06 jari 25 */
675 10 Oct 06 jari 26
2881 18 Nov 12 peter 27 #include <config.h>
2881 18 Nov 12 peter 28
779 05 Mar 07 peter 29 #include "tTest.h"
822 18 Mar 07 peter 30 #include "AveragerWeighted.h"
680 11 Oct 06 jari 31 #include "tScore.h"
623 05 Sep 06 peter 32
822 18 Mar 07 peter 33 #include <algorithm>
98 10 Jun 04 peter 34 #include <cmath>
98 10 Jun 04 peter 35
98 10 Jun 04 peter 36 namespace theplu {
680 11 Oct 06 jari 37 namespace yat {
3023 06 Apr 13 peter 38 namespace statistics {
98 10 Jun 04 peter 39
3023 06 Apr 13 peter 40   tTest::tTest(void)
822 18 Mar 07 peter 41     : updated_(false)
102 15 Jun 04 peter 42   {
102 15 Jun 04 peter 43   }
102 15 Jun 04 peter 44
3023 06 Apr 13 peter 45
822 18 Mar 07 peter 46   void tTest::add(double x, bool target, double w)
98 10 Jun 04 peter 47   {
822 18 Mar 07 peter 48     if (!w)
822 18 Mar 07 peter 49       return;
822 18 Mar 07 peter 50     if (target)
822 18 Mar 07 peter 51       pos_.add(x,w);
822 18 Mar 07 peter 52     else
822 18 Mar 07 peter 53       neg_.add(x,w);
822 18 Mar 07 peter 54     updated_=false;
98 10 Jun 04 peter 55   }
98 10 Jun 04 peter 56
3023 06 Apr 13 peter 57
1451 28 Aug 08 peter 58   void tTest::reset(void)
1451 28 Aug 08 peter 59   {
1451 28 Aug 08 peter 60     pos_.reset();
1451 28 Aug 08 peter 61     neg_.reset();
1451 28 Aug 08 peter 62     dof_=0;
1451 28 Aug 08 peter 63     t_=0;
1451 28 Aug 08 peter 64     updated_=false;
1451 28 Aug 08 peter 65   }
1451 28 Aug 08 peter 66
1451 28 Aug 08 peter 67
3024 06 Apr 13 peter 68   double tTest::score(void) const
623 05 Sep 06 peter 69   {
822 18 Mar 07 peter 70     if (!updated_){
822 18 Mar 07 peter 71       tScore score(false);
822 18 Mar 07 peter 72       t_ = score.score(pos_, neg_, &dof_);
822 18 Mar 07 peter 73       updated_=true;
822 18 Mar 07 peter 74     }
623 05 Sep 06 peter 75     return t_;
623 05 Sep 06 peter 76   }
623 05 Sep 06 peter 77
623 05 Sep 06 peter 78
3023 06 Apr 13 peter 79   double tTest::p_left(void) const
112 07 Jul 04 peter 80   {
3025 06 Apr 13 peter 81     double t = score();
3025 06 Apr 13 peter 82     if (!dof_)
3025 06 Apr 13 peter 83       return 1.0;
3025 06 Apr 13 peter 84     return gsl_cdf_tdist_P(t, dof_);
112 07 Jul 04 peter 85   }
98 10 Jun 04 peter 86
822 18 Mar 07 peter 87
3023 06 Apr 13 peter 88   double tTest::p_right(void) const
98 10 Jun 04 peter 89   {
3024 06 Apr 13 peter 90     double t = score();
3024 06 Apr 13 peter 91     if (!dof_)
779 05 Mar 07 peter 92       return 1.0;
3024 06 Apr 13 peter 93     return gsl_cdf_tdist_Q(t, dof_);
98 10 Jun 04 peter 94   }
98 10 Jun 04 peter 95
3023 06 Apr 13 peter 96
3023 06 Apr 13 peter 97   double tTest::p_value(void) const
3023 06 Apr 13 peter 98   {
3023 06 Apr 13 peter 99     double p=2*p_right();
3023 06 Apr 13 peter 100     return std::min(p,2-p);
3023 06 Apr 13 peter 101   }
3023 06 Apr 13 peter 102
3023 06 Apr 13 peter 103
3023 06 Apr 13 peter 104   double tTest::p_value_one_sided(void) const
3023 06 Apr 13 peter 105   {
3023 06 Apr 13 peter 106     return p_right();
3023 06 Apr 13 peter 107   }
3023 06 Apr 13 peter 108
680 11 Oct 06 jari 109 }}} // of namespace statistics, yat, and theplu

Generated on Sat Oct 14 02:24:07 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)